Milestones in the activation of G protein-coupled receptor. Insights from molecular-dynamics simulations into the human cholcystokinin receptor-1

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 12, 2008, Pages 2150-2159

  Chipot, Christophe ^a  

^a UNIVERSITÉ DE LORRAINE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149234226     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800313k     Document Type: Article

References (65)

1. Bockaert, J.; Pin, J. P. EMBO J. 1999, 18, 1723-1728.
2. Lefkowitz, R. J. Nat. Cell Biol. 2000, 2, E133-E136.
3. Sautel, M.; Milligan, G. Curr. Med. Chem. 2000, 7, 889-896.
4. Gether, U. Endocr. Rev. 2000, 21, 90-113.
5. Lefkowitz, R. J.; Cotecchia, S.; Samama, P.; Costa, T. Trends Pharmacol. Sci. 1993, 14, 303-307.
6. Kenakin, T. Trends Pharmacol. Sci. 1997, 18, 416-417.
7. Kenakin, T. Trends Pharmacol. Sci. 2004, 23, 186-192.
8. Swaminath, G.; Deupi, X.; Lee, T. W.; Zhu, W.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Kobilka, E. J. Biol. Chem. 2005, 280, 22165-22171.
9. Fanelli, F,; Benedetti, P. G. D. Chem. Rev. 2005, 105, 3297-3351.
10. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739-745.
11. Salom, D.; Lodowski, D. T.; Stenkamp, R. E.; Trong, I. L.; Golczak, M.; Jastrzebska, B.; Harris, T.; Ballesteros, J. A.; Palczewski, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 16123-16128.
12. Vaidehi, N.; Floriano, W. B.; Trabanino, R.; Hall, S. E.; Freddolino, P.; Choi, E. J.; Zamanakos, G.; Goddard, W. A., III Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12622-12627.
13. Ballesteros, J.; Palczewski, K. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2001, 4, 561-574.
14. Becker, O. M.; Shacham, S.; Marantz, Y.; Noiman, S. Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2003, 6, 353-361.
15. Archer-Lahlou, E.; Tikhonova, I.; Escrieut, C.; Dufresne, M.; Seva, C.; Clerc, P.; Pradayrol, L.; Moroder, L.; Maigret, B.; Fourmy, D. J. Med. Chem. 2005, 48, 180-191.
16. Hénin, J.; Maigret, B.; Tarek, M.; Escrieut, C.; Fourmy, D.; Chipot, C. Biophys. J. 2006, 90, 1232-1240.
17. Villanueva, M. L.; Collins, S. M.; Jensen, R. T.; Gardner, J. D. Am. J. Physiol. 1982, 242, G416-G422.
18. Gigoux, V.; Escrieut, C.; Silvente-Poirot, S.; Maigret, B.; Gouilleux, L.; Fehrentz, J. A.; Gully, D.; Moroder, L.; Vaysse, N.; Fourmy, D. J. Biol. Chem. 1998, 273, 14380-14386.
19. Gigoux, V.; Escrieut, C.; Fehrentz, J. A.; Poirot, S.; Maigret, B.; Moroder, L.; Gully, D.; Martinez, J.; Vaysse, N.; Fourmy, D. J. Biol. Chem. 1999, 274, 20457-20464.
20. Gigoux, V.; Maigret, B.; Escrieut, C.; Silvente-Poirot, S.; Bouisson, M.; Fehrentz, J. A.; Moroder, L.; Gully, D.; Martinez, J.; Vaysse, N.; Fourmy, D. Protein Sci. 1999, 8, 2347-2354.
21. Escrieut, C.; Gigoux, V.; Archer, E.; Verrier, S.; Maigret, B.; Behrendt, R.; Moroder, L.; Bignon, E.; Silvente-Poirot, S.; Pradayrol, L.; Fourmy, D. J. Biol. Chem. 2002, 277, 7546-7555.
22. Gouldson, P. R.; Kidley, N. J.; Bywater, R. P.; Psaroudakis, G.; Brooks, H. D.; Diaz, C.; Shire, D.; Reynolds, C. A. Proteins 2004, 56, 67-84.
23. Niv, M. Y.; Skrabanek, L.; Filizola, M.; Weinstein, H. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2006, 20, 437-448.
24. Marco, E.; Foucaud, M.; Langer, I.; Escrieut, C.; Tikhonova, I. G.; Fourmy, D. J. Biol. Chem. 2007.
25. Tikhonova, I.; Best, R.; Engel, S.; Gershengorn, M.; Hummer, G.; Costanzi, S. J. Am. Chem. Sot. 2008, 130, 10141-10149.
26. Martínez-Mayorga, K.; Pitman, M. C.; Grossfield, A.; Feller, S. E.; Brown, M. F. J. Am. Chem. Sot. 2006, 128, 16502-16503.
27. Crozier, P. S.; Stevens, M. J.; Woolf, T. B. Proteins 2007, 66, 559-574.
28. Cherezov, V.; Rosenbaum, D. M.; Hanson, M. A.; Rasmussen, S. G. F.; Thian, F. S.; Kobilka, T. S.; Choi, H. J.; Kuhn, P.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K.; Stevens, R. C. Nov 2007, 318 (5854), 1258-1265.
29. Fourrny, D.; Escrieut, C.; Archer, E.; Galès, C.; Gigoux, V.; Maigret, B.; Moroder, L.; Silvente-Poirot, S.; Martinez, J.; Fehrentz, J. A.; Pradayrol, L. Mol. Pharmacol. 2002, 91, 313-320.
30. Archer, E.; Maigret, B.; Escrieut, C.; Pradayrol, L.; Fourmy, D. Trends Pharmacol. Sci. 2003, 24, 36-40.
31. Archer-Lahlou, E.; Escrieut, C.; Clerc, P.; Martinez, J.; Moroder, L.; Logsdon, C.; Kopin, A.; Seva, C.; Dufresne, M.; Pradayrol, L.; Maigret, B.; Fourmy, D. J. Biol. Chem. 2005, 280, 10664-10674.
32. Mart Jourdan, M.; Escrieut, C.; Archer, E.; González-Muniz, R.; García-López, M. T.; Maigret, B.; Herranz, R.; Fourmy, D. J. Med. Chem. 2005, 48, 4842-4850.
33. Tikhonova, I. G.; Marco, E.; Lahlou-Archer, E.; Langer, I.; Foucaud, M.; Maigret, B.; Fourmy, D. Curr. Top. Med. Chem. 2007, 7 (12), 1243-1247.
34. Foucaud, M.; Archer-Lahlou, E.; Marco, E.; Tikhonova, I. G.; Maigret, B.; Escrieut, C.; Langer, I.; Fourmy, D. Regul. Pept. 2008, 145, 17-23.
35. Dawson, E. S.; Henne, R. M.; Miller, L. J.; Lybrand, T. P. Pharmacol. Toxicol. 2002, 91, 290-296.
36. Giragossian, C.; Mierke, D. F. Biochemistry 2001, 40, 3804-3809.
37. Chipot, C.; Pohorille, A., Eds., Free energy calculations. Theory and applications in chemistry and biology; Springer Verlag: 2007.
38. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420-1426.
39. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
40. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R.J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621.
41. Darden, T. A.; York, D. M.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys.1993, 98, 10089-10092.
42. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Martyna, G.J.J. Phys. Chem. B 1992, 97, 1990-2001.
43. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 1023586-3616.
44. Feller, S. E.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510-7515.
45. Lu, N.; Kofke, D. A.; Woolf, T. B. J. Comput. Chem. 2004, 25, 28-39.
46. Bennett, C. H. J. Comput. Phys. 1976, 22, 245-268.
47. Fourmy, D.; Lopez, P.; Poirot, S.; Jimenez, J.; Dufresne, M.; Moroder, L.; Powers, S. P.; Vaysse, N. Eur. J. Biochem. 1989, 185, 397-403.
48. Kennedy, K.; Gigoux, V.; Escrieut, C.; Maigret, B.; Martinez, J.; Moroder, L.; Fréhel, D.; Gully, D.; Vaysse, N.; Fourmy, D. J. Biol Chem. 1997, 272, 2920-2926.
49. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8402-8406.
50. Dixit, S. B.; Chipot, C. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9795-9799.
51. Altenbach, C.; Cai, K.; Klein-Seetharaman, J.; Khorana, H. G.; Hubbell, W. L. Biochemistry 2001, 40, 15483-15492.
52. Farrens, D. L.; Altenbach, C.; Yang, K.; Hubbell, W. L.; Khorana, H. G. Science 1996, 274, 768-770.
53. Ghanouni, P.; Steenhuis, J. J.; Farrens, D. L.; Kobilka, B. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5997-6002.
54. Jensen, A. D.; Guarnieri, F.; Rasmussen, S. G.; Asmar, F.; Ballesteros, J. A.; Gether, U. J. Biol. Chem. 2001, 276, 9279-9290.
55. Gether, U.; Kobilka, B. K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 17979-17982.
56. Chipot, C.; Jaffe, R.; Maigret, B.; Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11217-11224.
57. Visiers, I.; Ballesteros, J. A.; Weinstein, H. Methods Enzymol. 2002, 343, 329-371.
58. Grossfield, A.; Pitman, M. C.; Feller, S. E.; Soubias, O.; Gawrisch, K. J. Mol. Biol. 2008, 381, 478-486.
59. Lin, S. W.; Sakmar, T. P. Biochemistry 1996, 35, 11149-11159.
60. Patel, A. B.; Crocker, E.; Reeves, P. J.; Getmanova, E. V.; Eilers, M.; Khorana, H. G.; Smith, S. O. J. Mol. Biol. 2005, 347, 803-812.
61. Crocker, E.; Eilers, M.; Ahuja, S.; Hornak, V.; Hirshfeld, A.; Sheves, M.; Smith, S. O. J. Mol. Biol. 2006, 357, 163-172.
62. Amis, S.; Fahmy, K.; Hofmann, K. P.; Sakmar, T. P. J. Biol. Chem. 1994, 269, 23879-23881.
63. Ballesteros, J.; Kitanovic, S.; Guarnieri, F.; Davies, P.; Fromme, B. J.; Konvicka, K.; Chi, L.; Millar, R. P.; Davidson, J. S.; Weinstein, H.; Sealfon, S. C. J. Biol. Chem. 1998, 273, 10445-10453.
64. Rath, P.; DeCaluwé, L. L.; Bovee-Geurts, P. H.; DeGrip, W. J.; Rothschild, K. J. Biochemistry 1993, 32, 10277-10282.
65. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.