Addressing the protein crystallization bottleneck by cocrystallization

Crystal Growth and Design

Volumn 7, Issue 11, 2007, Pages 2219-2225

  Warke, Ashwini ^a   Momany, Cory ^a  

^a UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36549014165     PISSN: 15287483     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cg700702c     Document Type: Conference Paper

References (80)

1. Hunte, C.; Michel, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 503-508.
2. Kovari, L. C.; Momany, C.; Rossmann, M. G. Structure 1995, 3, 1291-1293.
3. Zhou, Y.; Morais-Cabral, J. H.; Kaufman, A.; MacKinnon, R. Nature 2001, 414, 43-48.
4. Kwong, P. D.; Wyatt, R.; Robinson, J.; Sweet, R. W.; Sodroski, J.; Hendrickson, W. A. Nature 1998, 393, 648-659.
5. Kleymann, G.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Skerra, A.; Michel, H. Biotechnology 1995, 13, 155-160.
6. Laver, W. G. In Methods: A Companion to Methods of Enzymology; Birren, B., Lai, E., Eds.; Academic Press: San Diego, CA, 1990; Vol. 1, pp 70-74.
7. Wilson, I. A.; Stanfield, R. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 857-867.
8. Harris, L. J.; Larson, S. B.; Skaletsky, E.; McPherson, A. Immunol. Rev. 1998, 163, 35-43.
9. Lesk, A. M.; Chothia, C. Nature 1988, 335, 188-190.
10. Padan, E.; Venturi, M.; Michel, H.; Hunte, C. FEBS Lett. 1998, 441, 53-58.
11. Bird, R. E.; Hardman, K. D.; Jacobson, J. W.; Johnson, S.; Kaufman, B. M.; Lee, S. M.; Lee, T.; Pope, S. H.; Riordan, G. S.; Whitlow, M. Science 1988, 242, 423-426.
12. Holliger, P.; Prospero, T.; Winter, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 6444-6448.
13. Rothlisberger, D.; Honegger, A.; Plückthun, A. J. Mol. Biol. 2005, 347, 773-789.
14. Ward, E. S.; Gussow, D.; Griffiths, A. D.; Jones, P. T.; Winter, G. Nature 1989, 341, 544-546.
15. Desmyter, A.; Transue, T. R.; Ghahroudi, M. A.; Thi, M. H.; Poortmans, F.; Hamers, R.; Muyldermans, S.; Wyns, L. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 803-811.
16. Ostermeier, C.; Iwata, S.; Ludwig, B.; Michel, H. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 842-846.
17. Stura, E. A.; Graille, M.; Housden, N. G.; Gore, M. G. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 1744-1748.
18. Stura, E. A.; Taussig, M. J.; Sutton, B. J.; Duquerroy, S.; Bressanelli, S.; Minson, A. C.; Rey, F. A. Acta Crystallogr., Sect. D 2002, 58, 1715-1721.
19. Roosild, T. P.; Castronovo, S.; Choe, S. Acta Crystallogr., Sect. F 2006, 62, 835-839.
20. Pancer, Z.; Amemiya, C. T.; Ehrhardt, G. R.; Ceitlin, J.; Gartland, G. L.; Cooper, M. D. Nature 2004, 430, 174-180.
21. Hosse, R. J.; Rothe, A.; Power, B. E. Protein Sci. 2006, 15, 14-27.
22. Bork, P. Proteins 1993, 17, 363-74.
23. Kobe, B.; Kajava, A. V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 725-732.
24. Sedgwick, S. G.; Smerdon, S. J. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 311-316.
25. Marcotte, E. M.; Pellegrini, M.; Yeates, T. O.; Eisenberg, D. J. Mol. Biol. 1999, 293, 151-160.
26. Kohl, A.; Binz, H. K.; Forrer, P.; Stumpp, M. T.; Plückthun, A.; Grütter, M. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1700-1705.
27. Binz, H. K.; Stumpp, M. T.; Forrer, P.; Amstutz, P.; Plückthun, A. J. Mol. Biol. 2003, 332, 489-503.
28. Amstutz, P.; Binz, H. K.; Parizek, P.; Stumpp, M. T.; Kohl, A.; Grütter, M. G.; Forrer, P.; Plückthun, A. J. Biol. Chem. 2005, 280, 24715-24722.
29. Amstutz, P.; Koch, H.; Binz, H. K.; Deuber, S. A.; Plückthun, A. Protein Eng. Des. Sel. 2006, 19, 219-29.
30. Kohl, A.; Amstutz, P.; Parizek, P.; Binz, H. K.; Briand, C.; Capitani, G.; Forrer, P.; Plückthun, A.; Grütter, M. G. Structure 2005, 13, 1131-1141.
31. Nilsson, B.; Moks, T.; Jansson, B.; Abrahmsen, L.; Elmblad, A.; Holmgren, E.; Henrichson, C.; Jones, T. A.; Uhlen, M. Protein Eng. 1987, 1, 107-113.
32. Nord, K.; Nilsson, J.; Nilsson, B.; Uhlen, M.; Nygren, P. A. Protein Eng. 1995, 8, 601-608.
33. Högbom, M.; Eklund, M.; Nygren, P.-A.; Nordlund, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3191-3196.
34. Huston, J. S.; Levinson, D.; Mudgett-Hunter, M.; Tai, M.-S.; Novotny, J.; Margolies, M. N.; Ridge, R. J.; Bruccoleri, R. E.; Haber, E.; Crea, R.; Oppermann, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 5879-5883.
35. McCafferty, J.; Griffiths, A. D.; Winter, G.; Chiswell, D. J. Nature 1990, 348, 552-554.
36. Phage Display: A Laboratory Manual; Barbas, C. F., Ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 2001.
37. Röthlisberger, D.; Pos, K. M.; Plückthun, A. FEBS Lett. 2004, 564, 340-348.
38. Kelley, L. L.; Momany, C. Biotechniques 2003, 35, 750-756.
39. Nadkarni, A.; Kelley, L. L.; Momany, C. Protein Expression Purif. 2007, 52, 219-229.
40. Padan, E.; Venturi, M.; Michel, H.; Hunte, C. Qiagen News 1999, 17-20.
41. Shadidi, M.; Sioud, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 280, 548-552.
42. Mirzabekov, T.; Kontos, H.; Farzan, M.; Marasco, W.; Sodroski, J. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 649-654.
43. McConnell, S. J.; Dinh, T.; Le, M. H.; Spinella, D. G. Biotechniques 1999, 26, 208210, 214.
44. Vanhercke, T.; Ampe, C.; Tirry, L.; Denolf, P. J. Biomol. Screening 2005, 10, 108-117.
45. Walter, G.; Konthur, Z.; Lehrach, H. Comb. Chem. High Throughput Screening 2001, 4, 193-205.
46. Hogan, S.; Rookey, K.; Ladner, R. Biotechniques 2005, 38, 536-538.
47. Shea, C.; Bloedorn, L.; Sullivan, M. A. J. Struct. Funct. Genomics 2005, 6, 171-175.
48. Küttner, G.; Keitel, T.; Gieimann, E.; Wessner, H.; Scholz, C.; Höhne, W. Mol. Immunol. 1998, 35, 189-194.
49. Ay, J.; Keitel, T.; Küttner, G.; Wessner, H.; Scholz, C.; Hahn, M.; Höhne, W. J. Mol. Biol. 2000, 301, 239-246.
50. Chen, Y.; Wiesmann, C.; Fuh, G.; Li, B.; Christinger, H. W.; McKay, P.; de Vos, A. M.; Lowman, H. B. J. Mol. Biol. 1999, 293, 865-881.
51. Fellouse, F. A.; Li, B.; Compaan, D. M.; Peden, A. A.; Hymowitz, S. G.; Sidhu, S. S. J. Mol. Biol. 2005, 348, 1153-1162.
52. Lee, C. V.; Hymowitz, S. G.; Wallweber, H. J.; Gordon, N. C.; Billeci, K. L.; Tsai, S. P.; Compaan, D. M.; Yin, J.; Gong, Q.; Kelley, R. F.; DeForge, L. E.; Martin, F.; Starovasnik, M. A.; Fuh, G. Blood 2006, 108, 3103-3111.
53. Li, B.; Russell, S. J.; Compaan, D. M.; Totpal, K.; Marsters, S. A.; Ashkenazi, A.; Cochran, A. G.; Hymowitz, S. G.; Sidhu, S. S. J. Mol. Biol. 2006, 361, 522-536.
54. Ling, M. M. Comb. Chem. High Throughput Screening 2003, 6, 421-432.
55. Hanes, J.; Plückthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 4937-4942.
56. Wilson, D. S.; Keefe, A. D.; Szostak, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3750-3755.
57. Sawata, S. Y.; Suyama, E.; Taira, K. Protein Eng. Des. Sci. 2004, 17, 501-508.
58. Roberts, R. W. Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 268-273.
59. Kurz, M.; Gu, K.; Lohse, P. A. Nucleic Acids Res. 2000, 28, E83.
60. Gold, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 48254826.
61. Dufner, P.; Jermutus, L.; Minter, R. R. Trends Biotechnol. 2006.
62. Hanes, J.; Jermutus, L.; Weber-Bornhauser, S.; Bosshard, H. R.; Plückthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 141305..
63. Binz, H. K.; Amstutz, P.; Kohl, A.; Stumpp, M. T.; Briand, C.; Forrer, P.; Grütter, M. G.; Plückthun, A. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 575-82.
64. Huber, T.; Steiner, D.; Röthhsberger, D.; Plückthun, A. J. Struct. Biol. 2007, 159, 206-21.
65. Sennhauser, G.; Amstutz, P.; Briand, C.; Storchenegger, O.; Grütter, M. G. PLoS Biol. 2006, 5, e7.
66. Murakami, S.; Nakashima, R.; Yamashita, E.; Matsumoto, T.; Yamaguchi, A. Nature 2006, 443, 173-9.
67. Seeger, M. A.; Schiefner, A.; Eicher, T.; Verrey, F.; Diederichs, K.; Pos, K. M. Science 2006, 313, 1295-8.
68. Momany, C.; Kovari, L. C.; Prongay, A. J.; Keller, W.; Gitti, R. K.; Lee, B. M.; Gorbalenya, A. E.; Tong, L.; McClure, J.; Ehrlich, L. S.; Summers, M. F.; Carter, C.; Rossmann, M. G. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 763-70.
69. Dutzler, R.; Campbell, E. B.; MacKinnon, R. Science 2003, 300, 108-12.
70. Hunte, C.; Koepke, J.; Lange, C.; Rossmanith, T.; Michel, H. Structure 2000, 8, 669-84.
71. Ostermeier, C.; Harrenga, A.; Ermler, U.; Michel, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 1054710553..
72. Xiaoli, S.; Yongdong, L.; Chuanbing, B.; Gengxiang, Z.; Mingdong, H. Acta Crystallogr., Sect. D 2005, 61, 701-703.
73. Ding, J.; Das, K.; Hsiou, Y.; Sarafianos, S. G.; Clark, J. A. D.; Jacobo-Molina, A.; Tantillo, C.; Hughes, S. H.; Arnold, E. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1095-1111.
74. Berthet-Colominas, C.; Monaco, S.; Novelli, A.; Sibai, G.; Mallet, F.; Cusack, S. EMBO J. 1999, 18, 1124-36.
75. Fleury, D.; Barrere, B.; Bizebard, T.; Daniels, R. S.; Skehel, J. J.; Knossow, M. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 530-4.
76. Lee, S.-Y.; Lee, A.; Chen, J.; MacKinnon, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 1544115446..
77. Jiang, Y.; Lee, A.; Chen, J.; Ruta, V.; Cadene, M.; Chart, B. T.; MacKinnon, R. Nature 2003, 423, 33-41.
78. Li, H.; Dunn, J. J.; Luft, B. J.; Lawson, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1997, 94, 35843589..
79. Graille, M.; Stura, E. A.; Corper, A. L.; Sutton, B. J.; Taussig, M. J.; Charbonnier, J.-B.; Silverman, G. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 53995404..
80. Fuh, G.; Wu, P.; Liang, W.-C.; Ultsch, M.; Lee, C. V.; Moffat, B.; Wiesmann, C. J. Biol. Chem. 2006, 281, 6625-6631.