The DDX3 subfamily of the DEAD box helicases: Divergent roles as unveiled by studying different organisms and in vitro assays

Current Medicinal Chemistry

Volumn 14, Issue 23, 2007, Pages 2517-2525

  Rosner, Amalia ^a   Rinkevich, Buki ^a  

^a ISRAEL OCEANOGRAPHIC AND LIMNOLOGICAL RESEARCH   (Israel)

Author keywords

Botryllus schlosseri; Cell cycle; DDX3; DEAD box RNA helicases; HCV; HIV 1; mRNP; PL10

Indexed keywords

DEAD BOX PROTEIN; INTERFERON; MESSENGER RNA; PROTEIN DDX3; PROTEIN DDX3X; PROTEIN DDX3Y; RNA HELICASE; UNCLASSIFIED DRUG;

ASEXUAL REPRODUCTION; CELL CYCLE REGULATION; EMBRYO DEVELOPMENT; GRAFT VERSUS HOST REACTION; HEPATITIS B; HEPATITIS C; HUMAN; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS INFECTION; IN VITRO STUDY; LIVER CELL CARCINOMA; MOLECULAR PHYLOGENY; NONHUMAN; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEIN SYNTHESIS; REGENERATION; REVIEW; RNA METABOLISM; RNA SPLICING; RNA TRANSCRIPTION; RNA TRANSPORT; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE; SPERMATOGENESIS; TRANSLATION INITIATION; VIRUS REPLICATION;

ANIMALS; CELL CYCLE; DEAD-BOX RNA HELICASES; DRUG DESIGN; GENOME, HUMAN; HEPATITIS B; HEPATITIS C; HIV INFECTIONS; HUMANS; MICE; MODELS, BIOLOGICAL; PHYLOGENY; RNA HELICASES; RNA SPLICING; SCHIZOSACCHAROMYCES;

EID: 35449007714     PISSN: 09298673     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/092986707782023677     Document Type: Review

References (134)

1. Tanner, N.K.; Cordin, O.; Banroques, J.; Doere, M.; Linder, P. Mol. Cell., 2003, 11, 127.
2. Cordin, O.; Banroques, J.; Tanner, N. K.; Linder P. Gene, 2006, 367, 17.
3. Tanner, N.K.; Linder, P. Mol. Cell, 2001, 8, 251.
4. Linder, P. Nuciec Acids Res., 2006, 34, 4168.
5. Fairman, M.E.; Maroney, P.A.; Wang, W.; Bowers, H.A.; Gollnick, P.; Nilsen, T.W.; Jankowsky, E. Science 2004, 304, 730.
6. Fuller-Pace, F.V.; Nicol, S.M.; Reid, A.D.; Lane, D.P. EMBO J., 1993, 12, 3619.
7. Kossen, K.; Uhlenbeck, O.C. Nucleic Acids Res., 1999, 27, 3811.
8. Nicol, S.M.; Fuller-Pace, F.V. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 11681.
9. O'Day, C.L.; Dalbadie-McFarland, G.; Abelson, J. J. Biol. Chem., 1996, 271, 33261.
10. Tsu, C.A.; Kossen, K.; Uhlenbeck, O.C. RNA, 2001, 7, 702.
11. Linder, P.; Tanner, N.K.; Banroques, J. Trends Biochem. Sci., 2001, 26, 339.
12. Staley, J. P.; Guthrie, C. Mol. Cell, 1999 3, 55.
13. Lund, M. K; Guthrie, C. Mol. Cell, 2005, 20, 645.
14. Fuller-Pace, F. V. Nucleic Acids Res., 2006, 34, 4206.
15. Jankowsky, E.; Bowers, H. Nucleic Acids Res., 2006, 34, 4181.
16. Kwong, A.D.; Rao, B.G.; Jeang, K.T. Nat. Rev. Drug. Discov., 2005, 4, 845.
17. Buelt M.K.; Glidden, B.J.; Storm, D.R. J. Biol. Chem., 1994, 269, 29367.
18. Abdelhaleem, M. Clin. Biochem., 2005, 38, 499.
19. Godbout, R.; Packer, M.; Bie, W. J. Biol. Chem., 1998, 273, 21161.
20. Abdelhaleem, M. Biochim. Biophys. Acta, 2004, 1704, 37.
21. Heung, L.J.; Del Poeta, M. Clin. Invest., 2005, 115, 593.
22. Rocak, S.; Linder, P. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol., 2004, 5, 232.
23. Mochizuki, K.; Nishimiya-Fujisawa, C.; Fujisawa, T. Dev. Genes Evol., 2001, 211, 299.
24. Saffman, E.E.; Lasko, P. Cell. Mol. Life Sci., 1999, 55, 1141.
25. Fujimura, M.; Takamura, K. Dev. Genes Evol., 2000, 210, 64.
26. Castrillon, D.H.; Quade, B.J.; Wang, T.Y.; Quigley, C.; Crum, C.P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 9585.
27. Linder, P.; Lasko, P. Cell, 2006, 125, 219.
28. Fang, J.; Kubota, S.; Yang, B.; Zhou, N.; Zhang, H.; Godbout, R.; Pomerantz, R. J. Virology, 2004, 330, 471.
29. Tang, H.; Peng, T.; Wong-Staal, F. Curr. Opin. Pharmacol., 2002, 2, 541.
30. Kwong, A.D.; Rao, B.G.; Jeang, K.T. Nat. Rev. Drug Discov., 2005, 4, 845.
31. Kim, Y-S.; Lee, S-G.; Park, S. H.; Kyuyoung, S. Mol. Cells, 2001, 12, 209.
32. Park, S.H.; Lee, S.G.; Kim, Y.; Song, K. Cytogenet. Cell Genet., 1998, 81, 178.
33. Lahn, B.T.; Page, D.C. Science, 1997, 278, 675.
34. Sekiguchi, T.; Iida, H.; Fukumura, J.; Nishimoto, T. Exp. Cell. Res., 2004, 300, 213.
35. Askjaer, P.; Rosendahl, R.; Kjems, J. J. Biol. Chem., 2000, 275, 11561.
36. Askjaer, P.; Bachi, A.; Wilm, M.; Bischoff, F.R.; Weeks, D.L.; Ogniewski, V.; Ohno, M.; Niehrs, C.; Kjems, J.; Mattaj, I. W.; Fornerod, M. Mol. Cell. Biol., 1999, 19, 6276.
37. Vogt, P. H.; Edelmann, A.; Kirsch, S.; Henegariu, O.; Hirschmann, P.; Kiesewetter, F.; Kohn, F.M.; Schill, W.B.; Farah, S.; Ramos, C.; Hartmann, M.; Hartschuh, W.; Meschede, D.; Behre, H.M.; Castel, A.; Nieschlag, E.; Weidner, W.; Grone, H.J.; Jung, A.; Engel, W.; Haidl G. Hum. Mol. Genet., 1999, 5, 933.
38. Foresta, C.; Ferlin, A., Moro E. Hum. Mol. Genet., 2000, 9, 1161.
39. Foresta, C.; Moro, E.; Ferlin, A. Hum. Reprod., 2001, 16, 1543.
40. Kuo, P.L.; Lin, Y.H.; Teng, Y.N.; Hsu, C.C.; Lin, J.S.; Lin, Y.M. Urology, 2004, 63, 131.
41. Foresta, C.; Ferlin, A.; Garolla, A.; Moro, E.; Pistorello, M.; Barbaux, S.; Rossato, M. Hum. Reprod., 1998, 13, 302.
42. Ditton, H.J.; Zimmer, J.; Kamp, C.; Rajpert-De Meyts, E.; Vogt P.H. Hum. Mol. Genet., 2004, 13, 2333.
43. Vogt, M.H.; van den Muijsenberg, J.W.; Goulmy, E.; Spierings, E.; Kluck, P.; Kester, M.G.; van Soest, R.A.; Drijfhout, J.W.; Willemze, R.; Falkenburg, J.H. Blood, 2002, 99, 3027.
44. Miklos, D.B.; Kim, H.T.; Zorn, E.; Hochberg, E.P.; Guo, L.; Mattes-Ritz, A.; Viatte, S.; Soiffer, R.J.; Antin, J.H.; Ritz, J. Blood, 2004, 103, 353.
45. Zorn, E.; Miklos, D.B.; Floyd, B.H.; Mattes-Ritz, A.; Guo, L.; Soiffer, R.J.; Antin, J.H.; Ritz, J. J. Exp. Med., 2004, 199, 1133.
46. Owsianka, A.M.; Patel, A.H. Virology, 1999, 257, 330.
47. Deckert, J.; Hartmuth, K.; Boehringer, D.; Behzadnia, N.; Will, C.L.; Kastner, B.; Stark, H.; Urlaub, H.; Luhrmann, R. Mol. Cell. Biol., 2006, 26, 5528.
48. Merz, C.; Urlaub, H.; Will, C.L.; Luhrmann, R. RNA, 2007, 13, 116.
49. Kanai, Y.; Dohmae, N.; Hirokawa, N. Neuron, 2004, 43, 513.
50. Mamiya, N.; Worman, H.J. J. Biol. Chem., 1999, 274, 15751.
51. You, L.R.; Chen, C.M.; Yeh, T.S.; Tsai, T.Y.; Mai, R.T.; Lin, C.H.; Lee, Y.H. J. Virol., 1999, 73, 2841.
52. Huang, J-S.; Chao, C.-C.; Su, T.-L.; Yeh, S.-H.; Chen, D.-S.; Chen, C.-T.; Chen, P.J.; Jou, Y-S. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2004, 315, 950.
53. Chang, P.C.; Chi, C.W.; Chan, G.Y.; Li, F.Y.; Tsai, Y.H.; Wu, J.C.; Wu Lee, Y.H. Oncogene, 2006, 25, 1991.
54. Dotto, G.P. Biochim. Biophys. Acta, 2000, 1471, M43.
55. Chao, C.H.; Chen, C.M.; Cheng, P.L.; Shih, J.W.; Tsou, A.P., Lee, Y.H. Cancer Res., 2006, 66, 6579.
56. Fukumura, J.; Noguchi, E.; Sekiguchi, T.; Nishimoto, T. J. Biochem., 2003, 134, 71.
57. Fontoura, B.M.; Faria, P.A.; Nussenzveig, D.R. IUBMB Life, 2005, 57, 65.
58. Kutay, U.; Guttinger, S. Trends Cell. Biol., 2005, 15, 121.
59. Will, C. L.; Lührmann, R. Curr. Opin. Cell. Biol., 2001, 13, 290.
60. Cullen, B.R. Trends Biochem. Sci., 2003, 28, 419.
61. Yashiroda, Y.; Yoshida M. CMC., 2003, 10, 741.
62. Poon, I.K.; Jans D.A. Traffic, 2005, 6, 173.
63. Yedavalli, V.S.; Neuveut, C.; Chi, Y.H.; Kleiman, L.; Jeang, K.T. Cell, 2004, 119, 381.
64. Krishnan, V.; Zeichner, S.L. Retrovirology, 2004, 1, 42.
65. Dayton, A.I. Retrovirology, 2004, 1, 35.
66. Saban, M. R.; Hellmich, H.L.; Turner, M.; Nguyen, N-B.; Vadigepalli, R.; Dyer, D.W.; Hurst, R.E.; Michael Centola, M.; Saban, R. B.M.C. Physiology, 2006, 6, 1.
67. de Veer, M. J.; Holko, M.; Frevel, M.; Walker, E.; Der, S.; Paranjape, J.M.; Silverman, R.H.;. Williams, B. R. G. J. Leuk. Biol., 2001, 69, 912.
68. Jamieson, D.J.; Beggs, J.D. Mol. Microbiol., 1991, 5, 805.
69. Rosner, A.; Paz, G.; Rinkevich, B. Dev. Dyn., 2006, 235, 1508.
70. Gee, S.L.; Conboy, J.G. Gene, 1994, 140, 171.
71. Session, D.R.; Lee, G.S.; Wolgemuth, D.J. Fertil. Steril., 2001, 76, 804.
72. Vong, Q.P.; Li, Y.; Lau, Y.F.; Dym, M.; Rennert, O.M.; Chan, W.Y. J. Androl., 2006, 27, 653.
73. Handel, M. A. Exp. Cell Res., 2004, 296, 57.
74. Chuang, R-Y.; Weaver, P. L.; Liu, Z.; Chang, T-H. Science, 1997, 275, 1468.
75. de la Cruz, J.; Iost, I.; Kressler, D.; Linder, P. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 5201.
76. Linder, P. Biol. Cell., 2003, 95, 157.
77. Rogers, G.W. Jr.; Komar, A.A.; Merrick, W.C. Prog. Nucleic Acids Res. Mol. Biol., 2002, 72, 307.
78. Marsden, S.; Nardelli, M.; Linder, P.; McCarthy, J.E. J. Mol. Biol., 2006, 361, 327.
79. Yang, Q.; Jankowsky, E. Nat. Struct. Mol. Biol., 2006, 13, 981.
80. Mayas, R.M.; Staley, J.P. Nat. Struct. Mol. Biol., 2006, 13, 954.
81. Berthelot, K.; Muldoon, M.; Rajkowitsch, L.; Hughes, J.; McCarthy, J.E. Mol. Microbiol. 2004, 51, 987.
82. Stevens, S.W.; Ryan, D.E.; Ge, H.Y.; Moore, R.E.; Young, M.K.; Lee, T.D.; Abelson, J. Mol. Cell., 2002, 9, 31.
83. Halls, C.; Mohr, S.; Del Campo, M.; Yang, Q.; Jankowsky, E.; Lambowitz, A.M. J. Mol. Biol., 2007, 365, 835.
84. Chong, J-L.; Chuang, R-Y.; Tung, L.; Chang, T-H. Nucleic Acids Res., 2004, 32, 2031.
85. Nashchekin, D.; Zhao, J.; Visa, N.; Daneholt, B. J. Biol. Chem., 2006, 281, 14263.
86. Sommerville, J.; Ladomery, M. FASEB J., 1996, 10, 435.
87. Nekrasov, M.P.; Ivshina, M.P.; Chemov, K.G.; Kovrigina, E.A.; Evdokimova, V.M.; Thomas, A.A.; Hershey, J.W.; Ovchinnikov, L.P. J. Biol. Chem., 2003, 278, 13936.
88. Evdokimova, V.; Ruzanov, P.; Anglesio, M.S.; Sorokin, A.V.; Ovchinnikov, L.P.; Buckley, J.; Triche, T.J.; Sonenberg, N.; Sorensen, P.H. Mol. Cell. Biol., 2006, 26, 277.
89. Linder, P.; Stutz, F. Curr. Biol., 2001, 11, R961.
90. Rodriguez, M.S.; Dargemont, C.; Stutz, F. Biol. Cell., 2004, 96, 639.
91. Tokunaga, K.; Shibuya, T.; Ishihama, Y.; Tadakuma, H.; Ide, M.; Yoshida, M.; Funatsu, T.; Ohshima, Y.; Tani, T. Genes Cells., 2006, 11, 305.
92. Luo, M.J.; Reed, R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 14937.
93. Kawamukai, M. Biochim. Biophys. Acta, 1999, 1446, 93.
94. Golubuitschaja, O. Amino Acids, 2007, 32, 359.
95. Murray, AW. Cell, 2004, 116, 221.
96. Forbes, K.C.; Humphrey, T.; Enoch, T. Genetics, 1998, 150, 1361.
97. Blagosklonny, M. V. Cell Cycle, 2007, 6, 70.
98. Hagting, A.; Karlsson, C.; Clute, P.; Jackman, M.; Pines, J. EMBO J., 1998, 17, 4127.
99. Yang, J.; Bardes, E.S.; Moore, J.D.; Brennan, J.; Powers, M.A.; Kornbluth, S. Genes Dev., 1998, 12, 2131.
100. Yang, J.; Song, H.; Walsh, S.; Bardes, E.S.; Kornbluth, S. J. Biol. Chem., 2001, 276 3604.
101. Toyoshima, F.; Moriguchi, T.; Wada, A.; Fukuda, M.; Nishida, E. EMBO J., 1998, 17, 2728.
102. Grallert, B.; Kearsey, S.E.; Lenhard, M.; Carlson, C.R.; Nurse, P.; Boye, E.; Labib, K. J. Cell. Sci., 2000, 113, 1447.
103. Liu, H-Y.; Nefsky, B. S.; Walworth N.C. J. Biol. Chem., 2002, 277, 2637.
104. Fukumura, J.; Noguchi, E.; Sekiguchi, T.; Nishimoto, T. J. Biochem. (Tokyo), 2003, 134, 71.
105. Shu, H.; Chen, S.; Bi, Q.; Mumby, M.; Brekken, D.L. Mol. Cell Proteomics, 2004, 3, 279.
106. Sekiguchi, T.; Kurihara, Y.; Fukumura J. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2007, 356, 668.
107. Marracci, S.; Casola, C.; Bucci, S.; Ragghianti, M.; Ogielska, M.; Mancino, G. Dev. Genes Evol., 2007, 217, 395.
108. Gururajan, R.; Matthews, L.; Longo, F.J.; Weeks, D.L. PNAS, 1994, 91, 2056.
109. Bowers, H.A.; Maroney, P.A.; Fairman, M.E.; Kastner, B.; Luhrmann, R.; Nilsen, T.W.; Jankowsky, E. RNA, 2006, 12, 903.
110. Berrill, N.J. The Tunicata with an account of the British species. Ray Society: London, 1950.
111. Berrill, N.J. Biol. Rev., 1951, 26, 456.
112. Milkman, R. Biol. Bull., 1967, 132, 229.
113. Mukai, H.; Watanabe, H. Sci. Rep. Fac. Educ. Gumma. Univ., 1976, 25 61.
114. Mukai, H.; Watanabe, H. J. Morphol., 1976, 148, 337.
115. Lauzon, R.J.; Ishizuka, K.J.; Weissman, I.L. Dev. Dyn., 1992, 194, 71.
116. Lauzon, R.J.; Patton, C.W.; Weissman, I.L. Cell Tissue Res., 1993, 272, 115.
117. Shukalyuk, A.I. Russia J. Marine Biol., 2002, 28, 329.
118. Shukalyuk, A.I.; Golovnina, K.A.; Baiborodin, S.I.; Gunbin, K.V.; Blinov, A.G.;Isaeva, V.V. Cell. Biol. Int., 2006, 31, 97.
119. Alvarado, A. S. Cell, 2006, 124, 241.
120. Agata K. Curr. Opin. Genet. Dev., 2003, 13, 492.
121. Shibata, N.; Umesono, Y.; Orii, H.; Sakurai, T.; Watanabe, K.; Agata, K. Dev. Biol., 1999, 206, 73.
122. Kurimoto, K.; Muto, Y.; Obayashi, N.; Terada, T.; Shirouzu, M.; Yabuki, T.; Aoki, M.; Seki, E.; Matsuda, T.; Kigawa, T.; Okumura, H.; Tanaka, A.; Shibata, N.; Kashikawa, M.; Agata, K.; Yokoyama, S. J. Struct. Biol., 2005, 150, 58.
123. Gururajan, R.; Perry-O'Keefe, H.; Melton, D.A.; Weeks, D.L. Nature, 1991, 349, 717.
124. Longo, F.J.; Mathews, L.; Gururajan, R.; Chen, J.; Weeks, D.L. Mol. Reprod. Dev., 1996, 45, 491.
125. Callanan, M.; Kudo, N.; Gout, S.; Brocard, M-P.; Yoshida, M.; Dimitrov, S.; Khochbin, S. J. Cell Sci., 2000, 113, 451.
126. Sellars, M.J.; Lyons, R.E.; Grewe, P.M.; Vaocolo, T.; Leeton, L.; Coman, G.J.; Degnan, B.M.; Preston, N.P. Mar. Biotechnol. (NY)., 2007, 9, 377.
127. Olsen, L.C.; Aasland, R.; Fjose,A. Mech. Dev., 1997, 66, 95.
128. Johnstone, O.; Deuring, R.; Bock, R.; Linder, P.; Fuller, M.T.; Lasko, P. Dev. Biol., 2005, 277, 92.
129. Stommel, J.M.; Marchenko, N.D.; Jimenez, G.S.; Moll, U.M.; Hope, T.J.; Wahl, G.M. EMBO J., 1999, 18, 1660.
130. Lulli, V.; Romania, P.; Morsilli, O.; Gabbianelli, M.; Pagliuca, A.; Mazzeo, S.; Testa, U.; Peschle, C.; Marziali, G. Cell Death Differ., 2006, 13, 1064.
131. Hirokawa, N. J. Neurosci., 2006, 26, 7139.
132. Franca, R.; Belfiore, A.; Spadari, S.; Maga, G. Proteins, 2007. [Epub ahead of print]
133. Jeang, K-T; Yedavalli; V. Nucleic Acids Res., 2006, 34, 4198.
134. Skottman, H.; Stromberg, A.M.; Matilainen, E.; Inzunza, J.; Hovatta, O.; Lahesmaa, R. Stem Cells, 2006, 24, 151.