Systematic genome reductions: Theoretical and experimental approaches

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3498-3513

  Fehér, Tamás ^a   Papp, Balázs ^a,b   Pál, Csaba ^c   Pósfai, György ^a  

^a INSTITUTE OF EXPERIMENTAL MEDICINE   (Hungary)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLS; CHEMICAL REACTIONS; COMPUTER SIMULATION; ESTIMATION;

GENE CONTENT; GENOME REDUCTION;

GENES;

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; GENE DELETION; GENETICS; GENOME; GENOMICS; HUMAN; METHODOLOGY; REVIEW; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; GENE DELETION; GENOME; GENOMICS; HUMANS; MODELS, GENETIC; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 34548264698     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0683111     Document Type: Review

References (169)

1. Neidhardt, F. C.; Umberger, H. E. In Escherichia coli and Salmonella thyphimurium, cellular and molecular biology; Neidhardt, F. C., Curtiss, R., III, Ingraham, J. L., Lin, E. C. C., Low, K. B., Magasanik, B., Reznikoff, W. S., Riley, M., Schaechter, M., Umberger, H. E., Eds.; American Society of Microbiology: Washington, DC, 1996; Vol. 1.
2. Fraser, C. M.; Gocayne, J. D.; White, O.; Adams, M. D.; Clayton, R. A.; Fleischmann, R. D.; Bult, C. J.; Kerlavage, A. R.; Sutton, G.; Kelley, J. M.; Fritchman, R. D.; Weidman, J. F.; Small, K. V.; Sandusky, M.; Fuhrmann, J.; Nguyen, D.; Utterback, T. R.; Saudek, D. M.; Phillips, C. A.; Merrick, J. M.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A.; Bott, K. F.; Hu, P. C.; Lucier, T, S.; Peterson, S. N.; Smith, H. O.; Hutchison, C. A., III; Venter, J. C. Science 1995, 270, 397.
3. Waters, E.; Hohn, M. J.; Ahel, I.; Graham, D. E.; Adams, M. D.; Barnstead, M.; Beeson, K. Y.; Bibbs, L.; Bolanos, R.; Keller, M.; Kretz, K.; Lin, X.; Mathur, E.; Ni, J.; Podar, M.; Richardson, T.; Sutton, G. G.; Simon, M.; Soll, D.; Stetter, K. O.; Short, J. M.; Noordewier, M. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2003, 100, 12984.
4. Gil, R.; Sabater-Munoz, B.; Latorre, A.; Silva, F. J.; Moya, A. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2002, 99, 4454.
5. Perez-Brocal, V.; Gil, R.; Ramos, S.; Lamelas, A.; Postigo, M.; Michelena, J. M.; Silva, F. J.; Moya, A.; Latorre, A. Science 2006, 314, 312.
6. Lodish, H.; Berk, A.; Matsudaira, P.; Kaiser, C. A.; Krieger, M.; Scott, M. P.; Zipursky, S. L.; Darnell, J. E. Molecular Cell Biology; W.H. Freeman & Company: New York, 2003.
7. Reed, J. L.; Vo, T. D.; Schilling, C. H.; Palsson, B. O. Genome Biol. 2003, 4, R54.
8. Covert, M. W.; Knight, E. M.; Reed, J. L.; Herrgard, M. J.; Palsson, B. O. Nature 2004, 429, 92.
9. Watson, J. D.; Baker, T. A.; Bell, S. P.; Gann, A.; Levine, M.; Losick, R. Molecular Biology of the Gene; The Benjamin/Cummings Publishing Company, Inc.: Madrid, 2004.
10. Koob, M. D.; Shaw, A. J.; Cameron, D. C. Ann. N. Y. Acad Sci. 1994, 745, 1.
11. Koonin, E. V. Nat. Rev. Microbiol. 2003, 1, 127.
12. Gil, R.; Silva, F. J.; Pereto, J.; Moya, A. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 518.
13. Pál, C.; Papp, B.; Lercher, M. J.; Csermely, P.; Oliver, S. G.; Hurst, L. D. Nature 2006, 440, 667.
14. Judson, N.; Mekalanos, J. J. Trends Microbiol. 2000, 8, 521.
15. Hutchison, C. A.; Peterson, S. N.; Gill, S. R.; Cline, R. T.; White, O.; Fraser, C. M.; Smith, H. O.; Venter, J. C. Science 1999, 286, 2165.
16. Gerdes, S. Y.; Scholle, M. D.; Campbell, J. W.; Balazsi, G.; Ravasz, E.; Daugherty, M. D.; Somera, A. L.; Kyrpides, N. C.; Anderson, I.; Gelfand, M. S.; Bhattacharya, A.; Kapatral, V.; D'Souza, M.; Baev, M. V.; Grechkin, Y.; Mseeh, F.; Fonstein, M. Y.; Overbeek, R.; Barabasi, A. L.; Oltvai, Z. N.; Osterman, A. L. J. Bacteriol. 2003, 185, 5673.
17. Sassetti, C. M.; Boyd, D. H.; Rubin, E. J. Mol. Microbiol. 2003, 48, 77.
18. Glass, J. I.; Assad-Garcia, N.; Alperovich, N.; Yooseph, S.; Lewis, M. R.; Maruf, M.; Hutchison, C. A., III; Smith, H. O.; Venter, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 425.
19. Akerley, B. J.; Rubin, E. J.; Novick, V. L.; Amaya, K.; Judson, N.; Mekalanos, J. J. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2002, 99, 966.
20. Kobayashi, K.; Ehrlich, S. D.; Albertini, A.; Amati, G.; Andersen, K. K.; Arnaud, M.; Asai, K.; Ashikaga, S.; Aymerich, S.; Bessieres, P.; Boland, F.; Brignell, S. C.; Bron, S.; Bunai, K.; Chapuis, J.; Christiansen, L. C.; Danchin, A.; Debarbouille, M.; Dervyn, E.; Deuerling, E.; Devine, K.; Devine, S. K.; Dreesen, O.; Errington, J.; Fillinger, S.; Foster, S. J.; Fujita, Y.; Galizzi, A.; Gardan, R.; Eschevins, C.; Fukushima, T.; Haga, K.; Harwood, C. R.; Hecker, M.; Hosoya, D.; Hullo, M. R; Kakeshita, H.; Karamata, D.; Kasahara, Y.; Kawamura, F.; Koga, K.; Koski, P.; Kuwana, R.; Imamura, D.; Ishimaru, M.; Ishikawa, S.; Ishio, I.; Le, Coq, D.; Masson, A.; Mauel, C.; Meima, R.; Mellado, R. P.; Moir, A.; Moriya, S.; Nagakawa, E.; Nanamiya, H.; Nakai, S.; Nygaard, P.; Ogura, M.; Ohanan, T.; O'Reilly, M.; O'Rourke, M.; Pragai, Z.; Pooley, H. M.; Rapoport, G.; Rawlins, J. P.; Rivas, L. A.; Rivolta, C.; Sadaie, A.; Sadaie, Y.; Sarvas, M.; Sato, T.; Saxild, H. H.; Scanlan, E.; Schumann, W.; Seegers, J. F.; Sekiguchi, J.; Sekowska, A.; Seror, S. J.; Simon, M.; Stragier, P.; Studer, R.; Takamatsu, H.; Tanaka, T.; Takeuchi, M.; Thomaides, H. B.; Vagner, V.; van Dijl, J. M.; Watabe, K.; Wipat, A.; Yamamoto, H.; Yamamoto, M.; Yamamoto, Y.; Yamane, K.; Yata, K.; Yoshida, K.; Yoshikawa, H.; Zuber, U.; Ogasawara, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4678.
21. Kang, Y.; Durfee, T.; Glasner, J. D.; Qiu, Y.; Frisch, D.; Winterberg, K. M.; Blattner, F. R. J. Bacteriol. 2004, 186, 4921.
22. Baba, T.; Ara, T.; Hasegawa, M.; Takai, Y.; Okumura, Y.; Baba, M.; Datsenko, K. A.; Tomita, M.; Wanner, B. L.; Mori, H. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 0008.
23. Ji, Y.; Zhang, B.; Van, S. F.; Horn Warren, P.; Woodnutt, G.; Burnham, M. K.; Rosenberg, M. Science 2001, 293, 2266.
24. Forsyth, R. A.; Haselbeck, R. J.; Ohlsen, K. L.; Yamamoto, R. T.; Xu, H.; Trawick, J. D.; Wall, D.; Wang, L.; Brown-Driver, V.; Froelich, J. M.; C, K. G.; King, P.; McCarthy, M.; Malone, C.; Misiner, B.; Robbins, D.; Tan, Z.; Zhu, Zy, Z. Y.; Carr, G.; Mosca, D. A.; Zamudio, C.; Foulkes, J. G.; Zyskind, J. W. Mol. Microbiol. 2002, 43, 1387.
25. Perna, N. T.; Plunkett, G., III; Burland, V.; Mau, B.; Glasner, J. D.; Rose, D. J.; Mayhew, G. F.; Evans, P. S.; Gregor, J.; Kirkpatrick, H. A.; Posfai, G.; Hackett, J.; Klink, S.; Boutin, A.; Shao, Y.; Miller, L.; Grotbeck, E. J.; Davis, N. W.; Lim, A.; Dimalanta, E. T.; Potamousis, K. D.; Apodaca, J.; Anantharaman, T. S.; Lin, J.; Yen, G.; Schwartz, D. C.; Welch, R. A.; Blattner, F. R. Nature 2001, 409, 529.
26. Welch, R. A.; Burland, V.; Plunkett, G., III; Redford, P.; Roesch, P.; Rasko, D.; Buckles, E. L.; Liou, S. R.; Boutin, A.; Hackett, J.; Stroud, D.; Mayhew, G. F.; Rose, D. J.; Zhou, S.; Schwartz, D. C.; Perna, N. T.; Mobley, H. L.; Donnenberg, M. S.; Blattner, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 17020.
27. Medini, D.; Donati, C.; Tettelin, H.; Masignani, V.; Rappuoli, R. Curr. Opin. Genet. Dev. 2005, 15, 589.
28. Kolisnychenko, V.; Plunkett, G., III; Herring, C. D.; Feher, T.; Posfai, J.; Blattner, F. R.; Posfai, G. Genome Res. 2002, 12, 640.
29. Suzuki, N.; Okayama, S.; Nonaka, H.; Tsuge, Y.; Inui, M.; Yukawa, H. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 3369.
30. Westers, H.; Dorenbos, R.; van Dijl, J. M.; Kabel, J.; Flanagan, T.; Devine, K. M.; Jude, F.; Seror, S. J.; Beekman, A. C.; Darmon, E.; Eschevins, C.; de Jong, A.; Bron, S.; Kuipers, O. P.; Albertini, A. M.; Antelmann, H.; Hecker, M.; Zamboni, N.; Sauer, U.; Bruand, C.; Ehrlich, D. S.; Alonso, J. C.; Salas, M.; Quax, W. J. Mol. Biol. Evol. 2003, 20, 2076.
31. Posfai, G.; Plunkett, G., III; Feher, T.; Frisch, D.; Keil, G. M.; Umenhoffer, K.; Kolisnychenko, V.; Stahl, B.; Sharma, S. S.; de Arruda, M.; Burland, V.; Harcum, S. W.; Blattner, F. R. Science 2006, 312, 1044.
32. Riley, M.; Abe, T.; Arnaud, M. B.; Berlyn, M. K.; Blattner, F. R.; Chaudhuri, R. R.; Glasner, J. D.; Horiuchi, T.; Keseler, I. M.; Kosuge, T.; Mori, H.; Perna, N. T.; Plunkett, G., III; Rudd, K. E.; Serres, M. H.; Thomas, G. H.; Thomson, N. R.; Wishart, D.; Wanner, B. L. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1.
33. Koonin, E. V. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2000, 1, 99.
34. Szathmáry, E. Nature 2005, 433, 469.
35. Forster, A. C.; Church, G. M. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 45.
36. Luisi, P. L.; Ferri, F.; Stano, P. Naturwissenschaften 2006, 93, 1.
37. Szostak, J. W.; Bartel, D. P.; Luisi, P. L. Nature 2001, 409, 387.
38. Szathmáry, E.; Santos, M.; Fernando, C. Top. Curr. Chem. 2005, 259, 167.
39. Pohorille, A.; Deamer, D. Trends Biotechnol. 2002, 20, 123.
40. Klasson, L.; Andersson, S. G. E. Trends Microbiol. 2004, 12, 37.
41. Zientz, E.; Dandekar, T.; Gross, R. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004, 68, 745.
42. Lerat, E.; Daubin, V.; Moran, N. A. PLoS Biol. 2003, 1, E19.
43. Sällström, B.; Andersson, S. G. E. Curr. Opin. Microbiol. 2005, 8, 579.
44. Woese, C. R. Microbiol. Rev. 1987, 51, 221.
45. Moran, N. A. Cell 2002, 108, 583.
46. Moran, N. A.; Mira, A. Genome Biol. 2001, 2, RESEARCH0054.
47. Nilsson, A. I.; Koskiniemi, S.; Eriksson, S.; Kugelberg, E.; Hinton, J. C.; Andersson, D. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 12112.
48. Teyssier, C.; Marchandin, H.; Simeon De Buochberg, M.; Ramuz, M.; Jumas-Bilak, E. J. Bacteriol. 2003, 185, 2901.
49. Gould, S. J. Wonderful Life: The Burgess Shale and the Nature of History; W. W. Norton: New York, 1989.
50. Mushegian, A. R.; Koonin, E. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10268.
51. Charlebois, R. L.; Doolittle, W,. F. Genome Res. 2004, 14, 2469.
52. Salama, N. R.; Shepherd, B.; Falkow, S. J. Bacteriol. 2004, 186, 7926.
53. Knuth, K.; Niesalla, H.; Hueck, C. J.; Fuchs, T. M. Mol. Microbiol. 2004, 51, 1729.
54. Suzuki, N.; Okai, N.; Nonaka, H.; Tsuge, Y.; Inui, M.; Yukawa, H. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 3750.
55. Gallagher, L. A.; Ramage, E.; Jacobs, M. A.; Kaul, R.; Brittnacher, M.; Manoil, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 1009.
56. Giaever, G.; Chu, A. M.; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; Andre, B.; Arkin, A. P.; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, K. D.; Flaherty, P.; Foury, F.; Garfinkel, D. J.; Gerstein, M.; Gotte, D.; Guldener, U.; Hegemann, J. H.; Hempel, S.; Herman, Z.; Jaramillo, D. F.; Kelly, D. E.; Kelly, S. L.; Kotter, P.; LaBonte, D.; Lamb, D. C.; Lan, N.; Liang, H.; Liao, H.; Liu, L.; Luo, C.; Lussier, M.; Mao, R.; Menard, P.; Ooi, S. L.; Revuelta, J. L.; Roberts, C. J.; Rose, M.; Ross-Macdonald, P.; Scherens, B.; Schimmack, G.; Shafer, B.; Shoemaker, D. D.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R. K.; Strathern, J. N.; Valle, G.; Voet, M.; Volckaert, G.; Wang, C. Y.; Ward, T. R.; Wilhelmy, J.; Winzeler, E. A.; Yang, Y.; Yen, G.; Youngman, E.; Yu, K.; Bussey, H.; Boeke, J. D.; Snyder, M.; Philippsen, P.; Davis, R. W.; Johnston, M. Nature 2002, 418, 387.
57. Kamath, R. S.; Fraser, A. G.; Dong, Y.; Poulin, G.; Durbin, R.; Gotta, M.; Kanapin, A.; Le Bot, N.; Moreno, S.; Sohrmann, M.; Welchman, D. P.; Zipperlen, P.; Ahringer, J. Nature 2003, 421, 231.
58. Thatcher, J. W.; Shaw, J. M.; Dickinson, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 253.
59. Warringer, J.; Ericson, E.; Fernandez, L.; Nerman, O.; Blomberg, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15724.
60. Deutschbauer, A. M.; Jaramillo, D. F.; Proctor, M.; Kumm, J.; Hillenmeyer, M. E.; Davis, R. W.; Nislow, C.; Giaever, G. Genetics 2005, 169, 1915.
61. Papp, B.; Pál, C.; Hurst, L. D. Nature 2004, 429, 661.
62. Harrison, R.; Papp, B.; Pal, C.; Oliver, S. G.; Delneri, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2307.
63. Wagner, A. Bioessays 2005, 27, 176.
64. Gu, Z.; Steinmetz, L. M.; Gu, X.; Scharfe, C.; Davis, R. W., Li, W. H. Nature 2003, 421, 63.
65. Fischer, E.; Sauer, U. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 880.
66. Tong, A. H.; Evangelista, M.; Parsons, A. B.; Xu, H.; Bader, G. D.; Page, N.; Robinson, M.; Raghibizadeh, S.; Hogue, C. W.; Bussey, H.; Andrews, B.; Tyers, M.; Boone, C. Science 2001, 294, 2364.
67. Schuldiner, M.; Collins, S. R.; Thompson, N. J.; Denic, V.; Bhamidipati, A.; Punna, T.; Ihmels, J.; Andrews, B.; Boone, C.; Greenblatt, J. F.; Weissman, J. S.; Krogan, N. J. Cell 2005, 123, 507.
68. Hashimoto, M.; Ichimura, T.; Mizoguchi, H.; Tanaka, K.; Fujimitsu, K.; Keyamura, K.; Ote, T.; Yamakawa, T.; Yamazaki, Y.; Mori, H.; Katayama, T.; Kato, J. Mol. Microbiol. 2005, 55, 137.
69. Yu, B. J.; Sung, B. H.; Koob, M. D.; Lee, C. H.; Lee, J. H.; Lee, W. S.; Kim, M. S.; Kim, S. C. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 1018.
70. Price, N. D.; Reed, J. L.; Palsson, B. O. Nat. Rev. Microbiol. 2004, 2, 886.
71. Mulquiney, P. J.; Kuchel, P. W. Biochem. J. 1999, 342 Pt 3, 597.
72. Chen, K. C.; Calzone, L.; Csikasz-Nagy, A.; Cross, F. R.; Novak, B.; Tyson, J. J. Mol. Biol. Cell. 2004, 15, 3841.
73. Nelson, D. E.; Ihekwaba, A. E.; Elliott, M.; Johnson, J. R.; Gibney, C. A.; Foreman, B. E.; Nelson, G.; See, V.; Horton, C. A.; Spiller, D. G.; Edwards, S. W.; McDowell, H. P.; Unitt, J. F.; Sullivan, E.; Grimley, R.; Benson, N.; Broomhead, D.; Kell, D. B.; White, M. R. Science 2004, 306, 704.
74. Burgard, A. P.; Vaidyaraman, S.; Maranas, C. D. Biotechnol. Prog. 2001, 17, 791.
75. Holzhütter, S.; Holzhütter, H. G. Chembiochem. 2004, 5, 1401.
76. Covert, M. W.; Famili, I.; Palsson, B. O. Biotechnol. Bioeng. 2003, 84, 763.
77. Edwards, J. S.; Covert, M.; Palsson, B. Environ. Microbiol. 2002, 4, 133.
78. Castellanos, M.; Wilson, D. B.; Studer, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6681.
79. Domach, M. M.; Leung, S. K.; Cahn, R. E.; Cocks, G. G.; Shuler, M. L. Biotechnol. Bioeng. 2000, 67, 827.
80. Andersson, S. G.; Kurland, C. G. Trends Microbiol. 1998, 6, 263.
81. Maniloff, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 10004.
82. Lovett, S. T.; Feschenko, V. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 7120.
83. Mira, A.; Ochman, H.; Moran, N. A. Trends Genet. 2001, 17, 589.
84. Goryshin, I. Y.; Naumann, T. A.; Apodaca, J.; Reznikoff, W. S. Genome Res. 2003, 13, 644.
85. Rupp, W. D. In Escherichia coli and Salmonella thyphimurium, cellular and molecular biology; Neidhardt, F. C., Curtiss, R., III, Ingraham, J. L., Lin, E. C. C., Low, K. B., Magasanik, B., Reznikoff, W. S., Riley, M., Schaechter, M., Umberger, H. E., Eds.; American Society of Microbiology: Washington, DC, 1996; Vol. 2.
86. Datsenko, K. A.; Wanner, B. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 6640.
87. Zhang, Y.; Buchholz, F.; Muyrers, J. P.; Stewart, A. F. Nat. Genet. 1998, 20, 123.
88. Murphy, K. C. J. Bacteriol. 1998, 180, 2063.
89. Muyrers, J. P.; Zhang, Y.; Buchholz, F.; Stewart, A. F. Genes Dev. 2000, 14, 1971.
90. Reyrat, J. M.; Pelicic, V.; Gicquel, B.; Rappuoli, R. Infect. Immun. 1998, 66, 4011.
91. Hoess, R. H.; Ziese, M.; Steinberg, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 3398.
92. Sternberg, N.; Hamilton, D. J. Mol. Biol. 1981, 150, 467.
93. Beggs, J. D. Nature 1978, 275, 104.
94. Broach, J. R.; Hicks, J. B. Cell 1980, 21, 501.
95. Miller, J. H. A Short Course in Bacterial Genetics: A Laboratory Manual for Escherichia coli and Related Bacteria; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1992.
96. Ruvkun, G. B.; Ausubel, F. M. Nature 1981, 289, 85.
97. Hamilton, C. M.; Aldea, M.; Washburn, B. K.; Babitzke, P.; Kushner, S. R. J. Bacteriol. 1989, 171, 4617.
98. Leenhouts, K.; Buist, G.; Bolhuis, A.; ten Berge, A.; Kiel, J.; Mierau, I.; Dabrowska, M.; Venema, G.; Kok, J. Mol. Gen. Genet. 1996, 253, 217.
99. Miller, V. L.; Mekalanos, J. J. J. Bacteriol. 1988, 170, 2575.
100. Gutterson, N. I.; Koshland, D. E., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 4894.
101. Slater, S.; Maurer, R. J. Bacteriol. 1993, 175, 4260.
102. Suzuki, N.; Tsuge, Y.; Inui, M.; Yukawa, H. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005, 67, 225.
103. Blomfield, I. C.; Vaughn, V.; Rest, R. F.; Eisenstein, B. I. Mol. Microbiol. 1991, 5, 1447.
104. Parish, T.; Stoker, N. G. Microbiol. 2000, 146 (Pt 8), 1969.
105. Suzuki, N.; Nonaka, H.; Tsuge, Y.; Okayama, S.; Inui, M.; Yukawa, H. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2005, 69, 151.
106. Fabret, C.; Ehrlich, S. D.; Noirot, P. Mol. Microbiol. 2002, 46, 25.
107. Lederberg, J.; Zinder, N. J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 4267.
108. Murphy, K. C.; Campellone, K. G.; Poteete, A. R. Gene 2000, 246, 321.
109. Biswas, I.; Gruss, A.; Ehrlich, S. D.; Maguin, E. J. Bacteriol. 1993, 175, 3628.
110. Monteilhet, C.; Perrin, A.; Thierry, A.; Colleaux, L.; Dujon, B. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 1407.
111. Posfai, G.; Kolisnychenko, V.; Bereczki, Z.; Blattner, F. R. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4409.
112. Jasin, M.; Schimmel, P. J. Bacteriol. 1984, 159, 783.
113. Russell, C. B.; Thaler, D. S.; Dahlquist, F. W. J. Bacteriol. 1989, 171, 2609.
114. Sambrook, J.; Fritch, E. F.; Maniatis, T. Molecular Cloning. A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1987.
115. Benzinger, R.; Enquist, L. W.; Skalka, A. J. Virol. 1975, 15, 861.
116. Yu, D.; Ellis, H. M.; Lee, E. C.; Jenkins, N. A.; Copeland, N. G.; Court, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5978.
117. Karu, A. E.; Sakaki, Y.; Echols, H.; Linn, S. J. Biol. Chem. 1975, 250, 7377.
118. Murphy, K. C. J. Bacteriol. 1991, 173, 5808.
119. Carter, D. M.; Radding, C. M. J. Biol. Chem. 1971, 246, 2502.
120. Little, J. W. J. Biol. Chem. 1967, 242, 679.
121. Kmiec, E.; Holloman, W. K. J. Biol. Chem. 1981, 256, 12636.
122. Muniyappa, K.; Radding, C. M. J. Biol. Chem. 1986, 261, 7472.
123. Pomerantsev, A. P.; Sitaraman, R.; Galloway, C. R.; Kivovich, V.; Leppla, S. H. Infect. Immun. 2006, 74, 682.
124. Stephan, J.; Stemmer, V.; Niederweis, M. Gene 2004, 343, 181.
125. Fukiya, S.; Mizoguchi, H.; Mori, H. FEMS Microbiol. Lett. 2004, 234, 325.
126. Albert, H.; Dale, E. C.; Lee, E.; Ow, D. W. Plant J. 1995, 7, 649.
127. Araki, K.; Araki, M.; Yamamura, K. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 868.
128. Suzuki, N.; Nonaka, H.; Tsuge, Y.; Inui, M.; Yukawa, H. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 8472.
129. Kleckner, N.; Roth, J.; Botstein, D. J. Mol. Biol. 1977, 116, 125.
130. McHattie, L. A.; Jackowski, J. B. In DNA, Insertion Elements, Plasmids and Episomes; Bukhari, A. L., Shapiro, J. A., Adhya, S. L., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1977.
131. Blattner, F. R.; Plunkett, G., III; Bloch, C. A.; Perna, N. T.; Burland, V.; Riley, M.; Collado-Vides, J.; Glasner, J. D.; Rode, C. K.; Mayhew, G. F.; Gregor, J.; Davis, N. W.; Kirkpatrick, H. A.; Goeden, M. A.; Rose, D. J.; Mau, B.; Shao, Y. Science 1997, 277, 1453.
132. Tao, H.; Bausch, C.; Richmond, C.; Blattner, F. R.; Conway, T. J. Bacteriol. 1999, 181, 6425.
133. Wei, Y.; Lee, J. M.; Richmond, C.; Blattner, F. R.; Rafalski, J. A.; LaRossa, R. A. J. Bacteriol. 2001, 183, 545.
134. Hacker, J.; Hentschel, U.; Dobrindt, U. Science 2003, 301, 790.
135. Koob, M. D.; Shaw, A. J.; Cameron, D. C. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1994, 745, 1.
136. Allen, T. E.; Price, N. D.; Joyce, A. R.; Palsson, B. O. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e2.
137. Hill, T. M. In Escherichia coli and Salmonella thyphimurium, cellular and molecular biology; Neidhardt, F. C., Curtiss, R., III, Ingraham, J. L., Lin, E. C. C., Low, K. B., Magasanik, B., Reznikoff, W. S., Riley, M., Schaechter, M., Umberger, H. E., Eds.; American Society for Microbiology,: Washington, DC, 1996; Vol. 2.
138. Rothstein, R.; Michel, B.; Gangloff, S. Genes Dev. 2000, 14, 1.
139. Couturier, E.; Rocha, E. P. Mol. Microbiol. 2006, 59, 1506.
140. Guy, L.; Roten, C. A. Gene 2004, 340, 45.
141. Westers, L.; Westers, H.; Quax, W. J. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1694, 299.
142. Dorenbos, R.; Stein, T.; Kabel, J.; Bruand, C.; Bolhuis, A.; Bron, S.; Quax, W. J.; Van Dijl, J. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 16682.
143. Perego, M. In Bacillus subtilis and other Grampositive bacteria; Sonenshein, A. L., Hoch, J. A., Losick, R., Eds.; American Society of Microbiology: Washington, DC, 1993.
144. Swinfield, T. J.; Oultram, J. D.; Thompson, D. E.; Brelim, J. K.; Minton, N. P. Gene 1990, 87, 79.
145. Ikeda, M.; Nakagawa, S. Appl. Microbial. Biotechnol. 2003, 62, 99.
146. Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Publer, A.; Rey, D. A.; Ruckert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. J. Biotechnol. 2003, 104, 5.
147. Inui, M.; Tsuge, Y.; Suzuki, N.; Vertes, A. A.; Yukawa, H. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 407.
148. Hacker, J.; Blum-Oebler, G.; Muhldorfer, I.; Tschape, H. Mol. Microbiol. 1997, 23, 1089.
149. Lapidus, A.; Galleron, N.; Andersen, J. T.; Jorgensen, P. L.; Ehrlich, S. D.; Sorokin, A. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 209, 23.
150. Thomson, N. R.; Parkhill, J. Trends Microbiol. 2003, 11, 66.
151. Koumoutsi, A.; Chen, X. H.; Henne, A.; Liesegang, H.; Hitzeroth, G.; Franke, P.; Vater, J.; Borriss, R. J. Bacteriol. 2004, 186, 1084.
152. Tettelin, H.; Masignani, V.; Cieslewicz, M. J.; Donati, C.; Medini, D.; Ward, N. L.; Angiuoli, S. V.; Crabtree, J.; Jones, A. L.; Durkin, A. S.; Deboy, R. T.; Davidsen, T. M.; Mora, M.; Scarselli, M.; Margarit y Ros, I.; Peterson, J. D.; Hauser, C. R.; Sundaram, J. P.; Nelson, W. C.; Madupu, R.; Brinkac, L. M.; Dodson, R. J.; Rosovitz, M. J.; Sullivan, S. A.; Daugherty, S. C.; Haft, D. H.; Selengut, J.; Gwinn, M. L.; Zhou, L.; Zafar, N.; Khouri, H.; Radune, D.; Dimitrov, G.; Watkins, K.; O'Connor, K. J.; Smith, S.; Utterback, T. R.; White, O.; Rubens, C. E.; Grandi, G.; Madoff, L. C.; Kasper, D. L.; Telford, J. L.; Wessels, M. R.; Rappuoli, R.; Fraser, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13950.
153. Young, J. P.; Crossman, L. C.; Johnston, A. W.; Thomson, N. R.; Ghazoui, Z. F.; Hull, K. H.; Wexler, M.; Curson, A. R.; Todd, J. D.; Poole, P. S.; Mauchline, T. H.; East, A. K.; Quail, M. A.; Churcher, C.; Arrowsmith, C.; Cherevach, I.; Chillingworth, T.; Clarke, K.; Cronin, A.; Davis, P.; Fraser, A.; Hance, Z.; Hauser, H.; Jagels, K.; Moule, S.; Mungall, K.; Norbertczak, H.; Rabbinowitsch, E.; Sanders, M.; Simmonds, M.; Whitehead, S.; Parkhill, J. Genome Biol. 2006, 7, R34.
154. Fong, S. S.; Palsson, B. O. Nat. Genet. 2004, 36, 1056.
155. Joyce, A. R.; Reed, J. L.; White, A.; Edwards, R.; Osterman, A.; Baba, T.; Mori, H.; Lesely, S. A.; Palsson, B. O.; Agarwalla, S. J. Bacteriol. 2006.
156. Peter, B. J.; Arsuaga, J.; Breier, A. M.; Khodursky, A. B.; Brown, P. O.; Cozzarelli, N. R. Genome Biol. 2004, 5, R87.
157. Cooper, T. F.; Rozen, D. E.; Lenski, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1072.
158. Sauer, U. Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2001, 73, 129.
159. Shendure, J.; Mitra, R. D.; Varma, C.; Church, G. M. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 335.
160. Margulies, M.; Egholm, M.; Altman, W. E.; Attiya, S.; Bader, J. S.; Bemben, L. A.; Berka, J.; Braverman, M. S.; Chen, Y. J.; Chen, Z.; Dewell, S. B.; Du, L.; Fierro, J. M.; Gomes, X. V.; Godwin, B. C.; He, W.; Helgesen, S.; Ho, C. H.; Irzyk, G. P.; Jando, S. C.; Alenquer, M. L.; Jarvie, T. P.; Jirage, K. B.; Kim, J. B.; Knight, J. R.; Lanza, J. R.; Leamon, J. H.; Lefkowitz, S. M.; Lei, M.; Li, J.; Lohman, K. L.; Lu, H.; Makhijam, V. B.; McDade, K. E.; McKenna, M. P.; Myers, E. W.; Nickerson, E.; Nobile, J. R.; Plant, R.; Puc, B. P.; Ronan, M. T.; Roth, G. T.; Sarkis, G. J.; Simons, J. F.; Simpson, J. W.; Srinivasan, M.; Tartaro, K. R.; Tomasz, A.; Vogt, K. A.; Volkmer, G. A.; Wang, S. H.; Wang, Y.; Weiner, M. P.; Yu, P.; Begley, R. F.; Rothberg, J. M. Nature 2005, 437, 376.
161. Honisch, C.; Raghunathan, A.; Cantor, C. R.; Palsson, B. O.; van den Boom, D. Genome Res. 2004, 14, 2495.
162. Herring, C. D.; Raghunathan, A.; Honisch, C.; Patel, T.; Applebee, M. K.; Joyce, A. R.; Albert, T. J.; Blattner, F. R.; van den Boom, D.; Cantor, C. R.; Palsson, B. O. Nat. Genet. 2006, 38, 1406.
163. Fong, S. S.; Nanchen, A.; Palsson, B. O.; Sauer, U. J. Biol. Chem. 2006, 281, 8024.
164. Liolios, K.; Tavernarakis, N.; Hugenholtz, P.; Kyrpides, N. C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D332.
165. Christie, K. R.; Weng, S.; Balakrishnan, R.; Costanzo, M. C.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Engel, S. R.; Feierbach, B.; Fisk, D. G.; Hirschman, J. E.; Hong, E. L.; Issel-Tarver, L.; Nash, R.; Sethuraman, A.; Starr, B.; Theesfeld, C. L.; Andrada, R.; Binkley, G.; Dong, Q.; Lane, C.; Schroeder, M.; Botstein, D.; Cherry, J. M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D311.
166. Kunst, F.; Ogasawara, N.; Moszer, I.; Albertini, A. M.; Alloni, G.; Azevedo, V.; Bertero, M. G.; Bessieres, P.; Bolotin, A.; Borchert, S.; Borriss, R.; Boursier, L.; Brans, A.; Braun, M.; Brignell, S. C.; Bron, S.; Brouillet, S.; Bruschi, C. V.; Caldwell, B.; Capuano, V.; Carter, N. M.; Choi, S. K.; Codani, J. J.; Connerton, I. F.; Danchin, A.; et al. Nature 1997, 390, 249.
167. Mizoguchi, H.; Mori, H.; Fujio, T. Biotechnol. Appl. Biochem. 2007, 46, 157.
168. Ara, K.; Ozaki, K.; Nakamura, K.; Yamane, K.; Sekiguchi, J.; Ogasawara, N. Biotechnol. Appl. Biochem. 2007, 46, 169.
169. Giga-Hama, Y.; Tohda, H.; Takegawa, K.; Kumagai, H. Biotechnol. Appl. Biochem. 2007, 46, 147.CR0683111