Sodium ions as the effector of catalytic action of α-thrombin

Ukrain'skyi Biokhimichnyi Zhurnal

Volumn 79, Issue 1, 2007, Pages 5-21

  Kololdzeyskaya, M V ^a   Volkov, G L ^a  

^a INSTITUTE OF HYDROBIOLOGY   (Ukraine)

Author keywords

Allosteric molecule nucleus; Anticoagulant activity; Na + binding site; Procoagulant activity; Protein C; Thrombin; Thrombin activity modulations; Univalent cation specificity

Indexed keywords

ANTICOAGULANT AGENT; SODIUM; THROMBIN;

ANIMAL; ARTICLE; BINDING SITE; BLOOD CLOTTING; CATALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG EFFECT; HUMAN; METABOLISM; PHYSIOLOGY; PROTEIN CONFORMATION;

ALLOSTERIC SITE; ANIMALS; ANTICOAGULANTS; BLOOD COAGULATION; CATALYSIS; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; SODIUM; THROMBIN;

EID: 34547641734     PISSN: 02018470     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (108)

1. Fenton II J. W. // Ann. N. Y. Acad. Sci. 1986. - 485, N 5. - P. 5-15.
2. Russian source
3. Russian source
4. Russian source
5. Colard O., Breton M., Bereziat G. // Biochem. J. - 1986. - 233, N 3. - P. 691-695.
6. Ruggiero M., Lapetina E. G. // Thromb. Res. 1986. - 42, N 2. - P. 247-255.
7. Zavoico G. B., Cragoe E. J., Feinstein M. B. // J. Biol. Chem. - 1986. - 261, N 28. - P. 13160-13167.
8. Lollar P., Knutson G. J., Fass D. N. // Biochemistry. - 1985. - 24, N 27. - P. 8056-8064.
9. Lorand L. // Ann. N. Y. Acad. Sci. - 1986. 485, N 5. - P. 144-158.
10. Esmon C. T., Esmon N. L., Harris K. W. // J. Biol. Chem. - 1982. - 257, N 14. - P. 79447947.
11. Russian source
12. Russian source
13. Russian source
14. Russian source
15. Russian source
16. Bode W., Baumann U., Huber R. et al. // EMBO J. - 1989. - 8. - P. 3467-3476.
17. Bode W., Turk D., Karshikov A. // Protein Sci. - 1992. - 1. - P. 426-471.
18. Fenton II J. W., Olson T. A., Zabenski M. P., Wilner G. D. // Biochemistry. - 1988. - 27, N 18. - P 7106-7112.
19. Rydel T. J., Ravichandran K. G., Tulinsky A. et al. // Science. - 1990. - 249, N 4966. - P. 277-280.
20. Orthner C. L., Kosow D. P. // Arch. Biochem. Biophys. - 1980. - 202, N 1. - P. 63-75.
21. Villanueva G. B., Perret V. // Thromb. Res. 1983. - 29, N 5. - P. 489-498.
22. Landis B. H., Koehler K. A., Fenton J. W. II // J. Biol. Chem. - 1981. - 256, N 9. - P. 4604-4610.
23. Wells Ch. M., Di Cera E. // Biochemistry. - 1992. - 31, N 47. - P. 11721-11730.
24. Stone S. R., Betz A., Hofsteenge J. // Ibid. - 1991. - 30, N 40. - P. 9841-9848.
25. Fersht A. R. // Enzyme Structure and Mechanism. -1985. -Freeman. New-York.
26. Dang Q. D., Vindigni A., Di Cera E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1995. - 92, N 13. - P. 5977-5981.
27. Di Cera E., Guinto E. R., Vindigni A. et al. // J. Biol. Chem. - 1995. - 270, N 38. - P. 22089-22092.
28. Ayala Y., Di Cera E. // J. Mol. Biol. - 1994. - 235, N 2. - P. 733-746.
29. Orthner C. L., Kosow D. P. // Arch. Biochem. Biophys. - 1978. - 185, N 2. - P. 400-406.
30. Steiner S. A., Amphlett G. N., Castellino F. J. // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1980. - 94, N 1. - P. 340-347.
31. Skrzypczak-Jankun E., Carperos V. E., Ravichandran K. G. et al. // J. Mol. Biol. - 1991. - 221, N 4. - P. 1379-1393.
32. Stubbs M. T., Oschkinat H., Mayr I et al. // Eur J. Biochem. - 1992. - 206, N 1. - P 187-195.
33. Mathews I. I., Padmanabhan K. P., Ganesh V. et al. // Biochemistry. - 1994. - 33, N 13. - P. 3266-3279.
34. Ni F., Ripoll D. R., Martin P. D., Edwards B. F. P. // Ibid. - 1992. - 31, N 46. - P. 11551-11557.
35. Esmon C. T., Owen W. G. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1981. - 78, N 8. - P. 2249-2252.
36. Esmon C. T., Owen W. G. // J. Biol. Chem. - 1982. - 257, N 2. - P. 859-864.
37. Esmon C. T. // Ibid. - 1989. - 264, N 9. - p. 4743-4746.
38. Le Bonniec, B. Esmon C. T. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1991. - 88, N 16. - P. 7371-7375.
39. Wu Q., Sheehan J. P., Tsiang M., Lentz S. K. et al. // Ibid. - N 15. - P. 6775-6779.
40. Mathur A., Schlapkohl W. A., Di Cera E. // Biochemistry. - 1993. - 32, N 29. - P. 7568-7573.
41. Banfield D. K., Mac Gillivray R. T. A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1992. - 89, N 7.-P. 2779-2783.
42. Mathews I. I., Padmanabhan K. P., Tulinsky A., Sadler J. E. // Biochemistry. - 1994. - 33, N 46. - P. 13547-13552.
43. Amphlett G. W., Kisiel W., Castellino F. J. // Ibid. - 1981. - 20, N 8. - P. 2156-2161.
44. Johnson A. E., Esmon N. L., Laue T. M., Esmon C. T. // J. Biol. Chem. - 1983. - 258, N 9. - P. 5554-5560.
45. Rezaie A. R., Mather T., Sussman F., Esmon C. T. Il Ibid. - 1994. - 269, N 5. - P. 3151-3154.
46. Galvin J. B., Kurosawa S., Moore K., Esmon C. T., Esmon N. L. // Ibid. - 1987. - 262, N 6. - P. 2199-2205.
47. Di Cera E. // Chest. - 2003. - 124, N 3. - P. 11-17.
48. Myles T., Yun T. H., Hall S. W. et al. // J. Biol. Chem. - 2001. - 276, N 27. - P. 25143-25149.
49. Myles T., Yun T. H, Leung L. L. // Blood. - 2002. - 100, N 8. - P. 2800-2826.
50. Hedstrom L., Szilaggi L., Rutter W. J. // Science. - 1992. - 255, N 5049. - P. 1249-1253.
51. Hedstrom L., Farr-Jones S., Kettner C. A., Rutter W. J. // Biochemistry. - 1994. - 33, N 28. - P. 8764-8769.
52. Perona J. J., Hedstrom L., Rutter W. J., Fletterick R. J. // Ibid. - 1995. - 34, N 5.-P. 1489-1499.
53. Venekei I., Szilagyi L., Graf L., Rutter W. J. // FEBS Lett. - 1996. - 383, N 1. - P. 143-147.
54. Prasad S., Cantwell A. M., Bush L. A. et al. // J. Biol. Chem. - 2004. - 279, N 11- P. 10103-10108.
55. Dang Q. D., Di Cera E. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - 93, N 20. - P. 10653-10656.
56. Krem M. M., Di Cera E. // EMBO J. - 2001. - 20, N 12. - P. 3036-3045.
57. Krem M. M., Di Cera E. // Trends Biochem. Sci. - 2002. - 27, N 2. - P. 67-74.
58. Guinto E. R., Caceia S., Rose T. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1999. - 96, N 5. - P. 1852-1857.
59. Pineda A. O., Savvides S. N., Waksman G., Di Cera E. //. J. Biol. Chem. - 2002. - 277, N 43. - P. 40177-40180.
60. Ying H., Macon K. J., Moore D. et al. // EMBO J. - 1999. - 18, N 4. - P. 804-814.
61. Szabo E., Bocskei Z., Naray-Szabo G., Graf L. // Eur. J. Biochem. - 1999. - 263, N 1. - P. 20-26.
62. Szabo E., Venekei I., Bocskei Z. et al. // J. Mol. Biol. - 2003. - 331, N 5. - P. 1121-1130.
63. Prasad S., Wright K. J., Banerjee Roy D. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2003. - 100, N 24. - P. 13785-13790.
64. Sundararaju B., Chen H., Shilcutt S., Phillips R. S. // Biochemistry. - 2000. - 39, N 41. - P. 8546-8555.
65. Phillips R. S., Doshi K. J. // Eur. J. Biochem. - 1998. - 255, N 3. - P. 508-515.
66. Guinto E. R., Di Cera // Biochemistry. - 1996. - 35, N 27. - P. 8800-8804.
67. Morais- Cabrak J. H., Zhou T., MacKinnon R. // Nature. - 2001. - 414, N 6859. - P. 37-42.
68. Henriksen R. A., Dunham C. K., Miller L. D. et al. // Blood. - 1998. - 91, N 6. - P. 2026-2031.
69. Nayal M., Di Cera E. // J. Mol. Biol. - 1996. -256, N 2. - P. 228-234.
70. Suelter C. H. // Science. - 1970. - 168, N 932. - P. 789-795.
71. Pineda A. O., Carrell Ch. J., Bush L. A., Prasad S. et al. // J. Biol. Chem. - 2004. - 279, N 30. - P. 31842-31853.
72. Rawlings N. D., Barrett A. J. // Biochem. J. - 1993. - 290, N 1. - P. 205-218.
73. Pineda A. O., Cantwell A. M., Bush L. A. et al. // J. Biol. Chem. - 2002. - 277, N 34. - P. 32015-32019.
74. Greenspan N. S., Di Cera E. // Nat. Biotechnol. - 1999. - 17, N 10. - P. 736-737.
75. Clackson T., Wells J. A. // Science. - 1995. - 267, N 5196. - P. 383-386.
76. Schreiber G., Fersht A. R. // J. Mol. Biol. - 1995. - 248, N 2. - P. 478-486.
77. Sun W. Y., Smirnow D., Jenkins M. L., Degen S. J. // Thromb. Haemostasis. - 2001. - 85, N 4. - P. 651-654.
78. Hedstrom L., Perona J. J., Rutter W. J. // Biochemistry. - 1994. - 33, N 29. - P. 8757-8763.
79. Perona J. J., Craik C. S. // Protein Sci. - 1995. - 4, N 3. - P. 337-360.
80. Ayala Y. M., Cantwell A. M., Rose T. et al. // Proteins. - 2001. - 45, N 2. - P. 107-116.
81. Degen S. J., McDowell S. A., Sparks L. M., Scharrer J. // Thromb. Haemostasis. - 1995. - 73, N 2. - P. 203-209.
82. Miyata T., Aruga R., Umeyama H et al. // Biochemistry. - 1992. - 31, N 33. - P. 7457-7462.
83. Gibbs C. S., Coutre S. E., Tsiang M. et al. // Nature. - 1995. - 378, N 6555. - P. 413-416.
84. Dang Q. D., Guinto E. R., Di Cera E. // Nat. Biotechnol. - 1997. - 15, N 2. - P. 146-149.
85. Gruber A., Cantwell A. M., Di Cera E., Hanson S. R. // J. Biol. Chem. - 2002. - 277, N 29. - P. 27581-27584.
86. Frisch C., Fersht A. R., Schreiber G. // J. Mol. Biol. - 2001. - 308, N 1. - P. 69-77.
87. Di Cera E. // Adv. Protein Chem. - 1998. - 51. - P. 59-119.
88. Guinto E. R., Di Cera E. // Biochemistry. - 1996. - 35, N 27. - P. 8800-8804.
89. Griffon N., Di Stasio E. // Biophys. Chem. - 2001. - 90, N 1. - P. 89-96.
90. Zhang E., Tulinsky A. // Ibid. - 1997. - 63, N 2-3. P. - 185-200.
91. Krem M. M., Di Cera E. // Proteins. - 1998. - 30, N 1. - P. 34-42.
92. Bartunik H. D., Summers L. J., Bartsch H. H. // J. Mol. Biol. - 1989. - 210, N 4. - P. 813-828.
93. Sanschagrin P. C., Kuhn L. A. // Protein Sci. - 1998. - 7, N 10. - P. 2054-2064.
94. Liu L. W., Vu T. K., Esmon C. T., Coughlin S. R. // J. Biol. Chem. - 1991. - 266, N 26. - P. 16977-16980.
95. Colwell N. S., Blinder M. A., Tsiang M. et al. // Biochemistry. - 1998. - 37, N 43. - P. 15057-15065.
96. Verhamme I. M., Olson S. T., Tollefsen D. M., Bock P. E. // J. Biol. Chem. - 2002. - 277, N 9. - P. 6788-6798.
97. Esmon C. T. // Chest. - 2003. - 124, N 3. Suppl. - P. 26S-32S.
98. Hirsh J., Weitz J. I. // Lancet. - 1999. - 353, N 9162. - P. 1431-1436.
99. Weitz J. I. // N. Engl. J. Med. - 1997. - 337, N 10. - P. 688-698.
100. Richardson J. L., Kroger B., Hoeffken W. et al. // EMBO J. - 2000. - 19, N 21. - P. 5650-5660.
101. Cohen J. // Nature. - 2002. - 420, N 6917. - P. 885-891.
102. Libby P. // Ibid. - P. 868-874.
103. Adzogue H. J., Madias N. E. // N. Engl. J. Med. - 2000. - 342, N 21. - P. 1581-1589.
104. Adrogue H. J., Madias N. E. // Ibid. - N 20. - P. 1493-1499.
105. Rubin D., Christian C. // Pediatr. Emerg. Care. - 2001. - 17, N 4. - P. 313-314.
106. Rezaie A. R., He X. // Biochemistry. 2000. - 39, N 7. - P. 1817-1825.
107. Retrovan R. J., Ruf W. // Ibid. - N 47. - P. 14457-14463.
108. He X., Rezaie A. R. // J. Biol. Chem. - 1999. - 274, N 7. - P. 4970-4976.