From genes to metalloproteins: A bioinformatic approach

European Journal of Inorganic Chemistry

Volumn , Issue 18, 2007, Pages 2546-2555

  Bertini, Ivano ^a   Rosato, Antonio ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

Bioinformatics; Copper; Heme proteins; Iron; Metalloproteins; Zinc

Indexed keywords

BIOINFORMATICS; COPPER; GENES; IRON; METAL IONS; PORPHYRINS;

ALTERNATIVE SPLICING; CELLULARS; GENOME SEQUENCING PROJECTS; HEME-PROTEINS; METALLO-PROTEINS; METALS IONS; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROKARYOTICS; ZINC; ZINC BINDING;

PROTEINS;

EID: 34447539947     PISSN: 14341948     EISSN: 10990682     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/ejic.200700186     Document Type: Short Survey

References (104)

1. I. Bertini, A. Sigel, H. Sigel, Handbook on Metalloproteins, 1st ed., Marcel Dekker, New York, 2001.
2. E. Marcotte, M. Pellegrini, M. Thompson, T. Yeates, D. Eisenberg, Nature 1999, 402, 83-86.
3. M. Y. Galperin, E. V. Koonin, Nat. Biotechnol. 2000, 18, 609-613.
4. R. L. Tatusov, E. V. Koonin, D. J. Lipman, Science 1997, 278, 631-637.
5. A. Valencia, Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 267-274.
6. J. M. Thornton, A. E. Todd, D. Milburn, N. Borkakoti, C. A. Orengo, Nat. Struct. Biol. 2000, 7 (suppl.), 991-994.
7. J. Moult, E. Melamud, Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 384-389.
8. J. C. Whisstock, A. M. Lesk, Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 307-340.
9. R. L. Marsden, J. A. Ranea, A. Sillero, O. Redfern, C. Yeats, M. Maibaum, D. Lee, S. Addou, G. A. Reeves, T. J. Dallman, C. A. Orengo, Philos. Trans. R. Soc., B 2006, 425-440.
10. J. D. Watson, R. A. Laskowski, J. M. Thornton, Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 275-284.
11. R. A. Laskowski, J. D. Watson, J. M. Thornton, J. Struct. Funct. Genomics 2003, 4, 167-177.
12. D. Pal, D. Eisenberg, Structure 2005, 13, 121-130.
13. M. R. Brent, Genome Res. 2005, 15, 1777-1786.
14. A. J. Windsor, T. Mitchell-Olds, Curr. Opin. Biotechnol. 2006, 17, 161-167.
15. I. Bertini, A. Rosato, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 3601-3604.
16. I. Bertini, C. Luchinat, A. Provenzani, A. Rosato, P. R. Vasos, Proteins Struct. Funct. Genet. 2002, 46, 110-127.
17. K. Degtyarenko, S. Contrino, BMC Struct. Biol. 2004, 4, 3.
18. C. Andreini, I. Bertini, A. Rosato, Bioinformatics 2004, 20, 1373-1380.
19. R. A. Scott, J. E. Shokes, N. J. Cosper, F. E. Jenney, M. W. W. Adams, J. Synchrotron Rad. 2005, 12, 19-22.
20. M. Hogbom, U. B. Ericsson, R. Lam, H. M. Bakali, E. Kuznetsova, P. Nordlund, D. B. Zamble, Mol. Cell Proteomics. 2005, 4, 827-834.
21. W. Shi, C. Zhan, A. Ignatov, B. A. Manjasetty, N. Marinkovic, M. Sullivan, R. Huang, M. R. Chance, Structure (Cambridge, MA, U. S.) 2005, 13, 1473-1486.
22. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, A. Rosato, J. Proteome Res. 2006, 5, 196-201.
23. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, S. Elmi, A. Rosato, Proteins 2007, 67, 317-324.
24. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, A. Rosato, J. Proteome Res. 2006, 5, 3173-3178.
25. L. Banci, M. Piccioli, Cobalt(II) and Nickel(II) Substituted Proteins (Eds.: D. M. Grant, R. K. Harris), Encyclopedia of Magnetic Resonance, Encycl. of Nuclear Magn. Reson., 1996, p. 1365.
26. L. Banci, I. Bertini, E. Gallori, C. Luchinat, F. Paoletti, M. Polsinelli, M. S. Viezzoli, J. Inorg. Biochem. 1987, 30, 77-85.
27. S. Benini, S. Ciurli, C. Luchinat, Inorg. Chem. 1995, 34, 417-420.
28. I. Bertini, I. Gelis, N. Katsaros, C. Luchinat, A. Provenzani, Biochemistry 2003, 42, 8011-8021.
29. P. Muller, S. Kopke, G. M. Sheldrick, Acta Crystallogr., Sect. D 2003, 59, 32-37.
30. J. W. Schymkowitz, F. Rousseau, I. C. Martins, J. Ferkinghoff-Borg, F. Stricher, L. Serrano, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2005, 102, 10147-10152.
31. E. Pidcock, G. R. Moore, J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 479-489.
32. M. M. Yamashita, L. Wesson, G. Eisenman, D. Eisenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1990, 87, 5648-5652.
33. M. M. Harding, Acta Crystallogr., Sect. D. 2006, 62, 678-682.
34. M. M. Harding, Acta Crystallogr., Sect. D. 2004, 60, 849-859.
35. M. Babor, H. M. Greenblatt, M. Edelman, V. Sobolev, Proteins 2005, 59, 221-230.
36. C. Zhan, E. V. Fedorov, W. Shi, U. A. Ramagopal, R. Thirumuruhan, B. A. Manjasetty, S. C. Almo, A. Fiser, M. R. Chance, A. A. Fedorov, Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2005, 61, 959-963.
37. J. T. Bolin, A. E. Ronco, T. V. Morgan, L. E. Mortenson, N. H. Xuong, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 1078-1082.
38. G. J. Kornhaber, D. Snyder, H. N. Moseley, G. T. Montelione, J. Biomol. NMR 2006, 34, 259-269.
39. I. Bertini, C. Luchinat, M. Piccioli, Methods Enzymol. 2001, 339, 314-340.
40. I. Bertini, Y.-M. Lee, C. Luchinat, M. Piccioli, L. Poggi, ChemBioChem 2001, 2, 550-558.
41. D. F. Hansen, J. J. Led, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 1738-1743.
42. L. M. Utschig, J. W. Bryson, T. V. O'Halloran, Science 1995, 268, 380-385.
43. L. M. Utschig, J. G. Wright, G. Dieckmann, V. L. Pecoraro, T. V. O'Halloran, Inorg. Chem. 1995, 34, 2497-2498.
44. K. Zangger, G. Oz, J. D. Otvos, I. M. Armitage, Protein Sci. 1999, 8, 2630-2638.
45. S. S. Narula, D. R. Winge, I. M. Armitage, Biochemistry 1993, 32, 6773-6787.
46. M. A. Marti-Renom, A. C. Stuart, A. Fiser, R. Sanchez, F. Melo, A. Sali, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 291-325.
47. A. Sali, T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 1993, 234, 779-815.
48. L. Banci, I. Bertini, A. Rosato, G. Varani, J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 824-837.
49. L. Banci, I. Bertini, S. Ciurli, A. Dikiy, J. Dittmer, A. Rosato, G. Sciara, A. R. Thompsett, ChemBioChem 2002, 3, 299-310.
50. I. Bartalesi, I. Bertini, P. Hajieva, A. Rosato, P. R. Vasos, Biochemistry 2002, 41, 5112-5119.
51. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, C. Luchinat, A. Rosato, J. Proteome Res. 2004, 3, 21-31.
52. C. Andreini, L. Banci, I. Bertini, S. Elmi, A. Rosato, J. Proteome Res. 2005, 4, 881-888.
53. F. Arnesano, L. Banci, I. Bertini, S. Ciofi-Baffoni, E. Molteni, D. L. Huffman, T. V. O'Halloran, Genome Res. 2002, 12, 255-271.
54. F. Musiani, B. Zambelli, M. Stola, S. Ciurli, J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 803-813.
55. S. Ciurli, F. Musiani, Photosynth. Res. 2005, 85, 115-131.
56. B. Zambelli, M. Stola, F. Musiani, K. De Vriendt, B. Samyn, B. Devreese, J. Van Beeumen, P. Turano, A. Dikiy, D. A. Bryant, S. Ciurli, J. Biol. Chem. 2005, 280, 4684-4695.
57. S. C. Tosatto, G. M. Giacometti, G. Valle, P. Costantini, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006, 339, 277-283.
58. J. S. Oakhill, B. J. Sutton, A. R. Gorringe, R. W. Evans, Protein Eng. Des. Sel. 2005, 18, 221-228.
59. N. Hulo, A. Bairoch, V. Bulliard, L. Cerutti, E. De Castro, P. S. Langendijk-Genevaux, M. Pagni, C. J. Sigrist, Nucleic Acids Res. 2006, 34, D227-D230.
60. R. D. Finn, J. Mistry, B. Schuster-Bockler, S. Griffiths-Jones, V. Hollich, T. Lassmann, S. Moxon, M. Marshall, A. Khanna, R. Durbin, S. R. Eddy, E. L. Sonnhammer, A. Bateman, Nucleic Acids Res. 2006, 34, D247-D251.
61. A. Andreeva, D. Howorth, S. E. Brenner, T. J. Hubbard, C. Chothia, A. G. Murzin, Nucleic Acids Res. 2004, 32, D226-D229.
62. A. Passerini, M. Punta, A. Ceroni, B. Rost, P. Frasconi, Proteins 2006, 65, 305-316.
63. J. E. Coleman, Curr. Opin. Chem. Biol. 1998, 2, 222-234.
64. I. Bertini, C. Luchinat, M. S. Viezzoli, "Metal substitution as a tool for the investigation of zinc proteins" in Zinc Enzymes (Eds.: I. Bertini, C. Luchinat, W. Maret, M. Zeppezauer), Birkhäuser, Basel, 1986, pp. 27-47.
65. J. M. Matthews, M. Sunde, IUBMB Life 2002, 54, 351-355.
66. J. L. Erbe, K. B. Taylor, L. M. Hall, Nucleic Acids Res. 1995, 23, 2472-2478.
67. W. J. Cook, S. R. Kar, K. B. Taylor, L. M. Hall, J. Mol. Biol. 1998, 275, 337-346.
68. B. F. Volkman, S. J. Wilkens, A. L. Lee, B. Xia, W. M. Westler, R. Berger, J. L. Markley, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4677-4683.
69. R. Bau, D. C. Rees, D. M. Kurtz, Jr., R. A. Scott, H. S. Huang, M. W. W. Adams, M. K. Eidsness, J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 484-493.
70. I. Bertini, D. M. Kurtz, Jr., M. K. Eidsness, G. Liu, C. Luchinat, A. Rosato, R. A. Scott, J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 401-410.
71. Z. Dauter, K. S. Wilson, L. C. Sieker, J.-M. Moulis, J. Meyer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 8836-8840.
72. L. Thony-Meyer, Biochemistry 2003, 42, 13099-13105.
73. L. Thony-Meyer, Biochem. Soc. Trans. 2002, 30, 633-638.
74. F. Arnesano, L. Banci, P. D. Barker, I. Bertini, A. Rosato, X. C. Su, M. S. Viezzoli, Biochemistry 2002, 41, 13587-13594.
75. R. Lill, R. Dutkiewicz, H. P. Elsasser, A. Hausmann, D. J. Netz, A. J. Pierik, O. Stehling, E. Urzica, U. Muhlenhoff, Biochim. Biophys. Acta 2006, 1763, 652-667.
76. S. S. Mansy, J. A. Cowan, Acc. Chem. Res. 2004, 37, 719-725.
77. H. Beinert, R. H. Holm, E. Munck, Science 1997, 277, 653-659.
78. C. Luchinat, F. Capozzi, D. Bentrop, Iron-Sulfur Proteins (Eds.: I. Bertini, A. Sigel, H. Sigel), Handbook on Metalloproteins, Marcel Dekker, New York, 2001.
79. I. Bertini, C. Luchinat, A. Rosato, NMR Spectra of Iron-Sulfur Proteins (Eds.: A. G. Sykes, R. Cammack), Advances in Inorganic Chemistry, Academic Press, San Diego, 1999, p. 251.
80. I. Bertini, S. Ciurli, C. Luchinat, Struct. Bonding (Berlin) 1995, 83, 1-54.
81. L. Banci, I. Bertini, C. Luchinat, P. Turano, Special Cofactors and Metal Clusters (Eds.: I. Bertini, B. H. Gray, J. S. Valentine, E. I. Stiefel), Biological Inorganic Chemistry: Structure & Reactivity, University Science Books, Sausalito (CA), 2006, p. 43.
82. I. Bertini, G. Cavallaro, A. Rosato, Chem. Rev. 2006, 106, 90-115.
83. L. A. Finney, T. V. O'Halloran, Science 2003, 300, 931-936.
84. M. D. Harrison, C. E. Jones, C. T. Dameron, J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 145-153.
85. T. V. O'Halloran, V. C. Culotta, J. Biol. Chem. 2000, 275, 25057-25060.
86. L. Banci, A. Rosato, Acc. Chem. Res. 2003, 36, 215-221.
87. L. Banci, I. Bertini, S. Ciofi-Baffoni, I. Leontari, M. Martinelli, P. Palumaa, R. Sillard, S. Wang, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2007, 104, 15-20.
88. L. Banci, I. Bertini, F. Cantini, N. DellaMalva, T. Herrmann, A. Rosato, K. Wuthrich, J. Biol. Chem. 2006, 281, 29141-29147.
89. L. Banci, I. Bertini, F. Cantini, I. C. Felli, L. Gonnelli, N. Hadjiliadis, R. Pierattelli, A. Rosato, P. Voulgaris, Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 367-368.
90. F. Arnesano, L. Banci, I. Bertini, M. Martinelli, J. Proteome Res. 2005, 4, 63-70.
91. L. Banci, I. Bertini, G. Cavallaro, A. Rosato, J. Proteome Res. 2007, 6, 1568-1579.
92. D. Strausak, J. F. Mercer, H. D. Hermann, W. Stremmel, G. Multhaup, Brain Res. Bull. 2001, 55, 175-185.
93. L. Thony-Meyer, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997, 61, 337-376.
94. H. Schulz, H. Hennecke, L. Thony-Meyer, Science 1998, 281, 1197-1200.
95. E. Enggist, L. Thony-Meyer, P. Guntert, K. Pervushin, Structure 2002, 10, 1551-1557.
96. A. L. Lamb, A. K. Wernimont, R. A. Pufahl, V. C. Culotta, T. V. O'Halloran, A. C. Rosenzweig, Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 724-729.
97. A. L. Lamb, A. S. Torres, T. V. O'Halloran, A. C. Rosenzweig, Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 751-755.
98. I. Anastassopoulou, L. Banci, I. Bertini, F. Cantini, E. Katsari, A. Rosato, Biochemistry 2004, 43, 13046-13053.
99. E. Balatri, L. Banci, I. Bertini, F. Cantini, S. Ciofi-Baffoni, Structure 2003, 11, 1431-1443.
100. H. Remaut, N. Safarov, S. Ciurli, J. J. Van Beeumen, J. Biol. Chem. 2001, 276, 49365-49370.
101. Y. F. Lin, A. R. Walmsley, B. P. Rosen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 15617-15622.
102. D. Namgaladze, H. W. Hofer, V. Ullrich, J. Biol. Chem. 2002, 277, 5962-5969.
103. M. R. Swingle, R. E. Honkanen, E. M. Ciszak, J. Biol. Chem. 2004, 279, 33992-33999.
104. M. Schmidt, B. Meier, F. Parak, J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 532-541.