Ortholog search of proteins involved in copper delivery to cytochrome c oxidase and functional analysis of paralogs and gene neighbors by genomic context

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 1, 2005, Pages 63-70

  Arnesano, Fabio ^a   Banci, Lucia ^a   Bertini, Ivano ^a   Martinelli, Manuele ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

Copper trafficking; Cytochrome c oxidase; Enzyme assembly; Genomic context; Origin of mitochondria; Paralogs

Indexed keywords

CHAPERONE; COPPER; CYTOCHROME C OXIDASE; PROTEIN;

ARTICLE; GENE DUPLICATION; GENE INSERTION SEQUENCE; GENOME ANALYSIS; MOLECULAR PHYLOGENY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; ORTHOLOGY; OXIDATION REDUCTION REACTION; PARALOGY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ASSEMBLY; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FUNCTION;

ANIMALS; BACTERIAL PROTEINS; CARRIER PROTEINS; CATION TRANSPORT PROTEINS; COPPER; DATABASES, PROTEIN; ELECTRON TRANSPORT COMPLEX IV; GENOMICS; HUMANS; MEMBRANE PROTEINS; MITOCHONDRIA; MITOCHONDRIAL PROTEINS; PHYLOGENY; PROTEINS;

ARCHAEA; EUKARYOTA; PROKARYOTA;

EID: 14844336406     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049862f     Document Type: Article

References (58)

1. Iwata, S.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Michel, H. Nature 1995, 376, 660-669.
2. Tsukihara, T.; Aoyama, H.; Yamashita, E.; Tomizaki, T.; Yamaguchi, H.; Shinzawa-Itoh, K.; Nakashima, R.; Yaono, R.; Yoshikawa, S. Science 1995, 269, 1069-1074.
3. Poyton, R. O. Nat. Genetic. 1998, 20, 316-317.
4. Carr, H. S.; Winge, D. R. Acc. Chem. Res. 2003, 36(5), 309-316.
5. Ramirez, B. E.; Malmström, B. G.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 11949-11951.
6. Garcia-Horsman, J. A.; Barquera, B.; Rumbley, J.; Ma, J.; Gennis, R. B. J. Bacteriol. 1994, 176, 5587-5600.
7. Pereira, M. M.; Santana, M.; Teixeira, M. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1505(2-3), 185-208.
8. O'Halloran, T. V.; Culotta, V. C. J. Biol. Chem. 2000, 275, 25057-25060.
9. Finney, L. A.; O'Halloran, T. V. Science 2003, 300, 931-936.
10. Glerum, D. M.; Shtanko, A.; Tzagoloff, A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 14504-14509.
11. Heaton, D.; Nittis, T.; Srinivasan, C.; Winge, D. R. J. Biol. Chem. 2000, 275, 37582-37587.
12. Glerum, D. M.; Shtanko, A.; Tzagoloff, A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 20531-20535.
13. Hiser, L.; Di Valentin, M.; Hamer, A. G.; Hosier, J. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 619-623.
14. Shoubridge, E. A. Hum. Mol. Genet. 2001, 10, 2277-2284.
15. Barrientos, A.; Barros, M. H.; Valnot, I.; Rotig, A.; Rustin, P.; Tzagoloff, A. Gene 2002, 286, 53-63.
16. Karlberg, E. O.; Andersson, S. G. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 391-397.
17. Wallace, D. C. Science 1999, 283, 1482-1488.
18. Huynen, M.; Snel, B.; Lathe, W.; Bork, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 366-370.
19. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaeffer, A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucl. Acids Res. 1997, 25(17), 3389-3402.
20. Zhang, Z.; Schaffer, A. A.; Miller, W.; Madden, T. L.; Lipman, D. J.; Koonin, E. V.; Altschul, S. F. Nucl. Acids Res. 1998, 26(17), 3986-3990.
21. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucl. Acids Res. 1994, 22(22), 4673-4680.
22. von Mering, C.; Huynen, M.; Jaeggi, D.; Schmidt, S.; Bork, P.; Snel, B. Nucl. Acids Res. 2003, 31, 258-261.
23. Tatusov, R. L.; Natale, D. A.; Garkavtsev, I. V.; Tatusova, T. A.; Shankavaram, U. T.; Rao, B. S.; Kiryutin, B.; Galperin, M. Y; Fedorova, R. D.; Koonin, E. V. Nucl. Acids Res. 2001, 29, 22-28.
24. Snel, B.; Bork, P.; Huynen, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5890-5895.
25. Sali, A.; Blundell, T. L. J. MoL Biol. 1993, 234(3), 779-815.
26. Balatri, E.; Banci, L.; Bertini, I.; Cantini, F.; Ciofl-Baffoni, S. Structure 2003, 11, 1431-1443.
27. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 51-55.
28. Pazos, F.; Valencia, A. Proteins 2002, 47, 219-227.
29. Pazos, F.; Olmea, O.; Valencia, A. CABIOS 1997, 13, 319-321.
30. Pazos, F.; Helmer-Citterich, M.; Ausiello, G.; Valencia, A. J. Mol. Biol. 1997, 271, 511-523.
31. Marcotte, E. M. Curr. Opin. Struct Biol. 2000, 10, 359-365.
32. Galperin, M. Y.; Koonin, E. V. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 609-613.
33. Huynen, M.; Snel, B.; von Mering, C.; Bork, P. Curr. Opin. Cell Biol. 2003, 2(15), 191-198.
34. De Vrind, J.; De Groot, A.; Brouwers, G. J.; Tommassen, J.; De Vrind-De Jong, E. Mol. Microbiol. 2003, 47, 993-1006.
35. Cuypers, H.; Zumft, W. G. J. Bacterial 1993, 175, 7236-7346.
36. Seib, K. L.; Jennings, M. P.; McEwan, A. G. FEBS Lett. 2003, 546, 411-415.
37. Arnesano, F.; Banci, L.; Bertini, L; Mangani, S.; Thompsett, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3814-3819.
38. Yoneyama, H.; Nakae, T. Microbiology 1996, 142, 2137-2144.
39. Ferguson, A. D.; Deisenhofer, J. Cell (Cambridge, Mass) 2004, 116, 15-24.
40. Wunsch, P.; Herb, M.; Wieland, H.; Schiek, U. M.; Zumft, W. G. J. Bacteriol. 2003, 185, 887-896.
41. Zhu, Z.; Yao, J.; Johns, T.; Fu, K.; De Bie, I.; Macmillan: C.; Cuthbert, A. P.; Newbold, R. F.; Wang, J.; Chevrette, M.; Brown, G. K.; Brown, R. M.; Shoubridge, E. A. Nat. Genet. 1998, 20, 337-343.
42. Antonicka, H.; Leary, S. C.; Guercin, G. H.; Agar, J. N.; Horvath, R.; Kennaway, N. G.; Harding, C. O.; Jaksch, M.; Shoubridge, E. A. Hum. Mol. Genet. 2003, 12, 2693-2702.
43. Winzeler, E. A.; Shoemaker, D. D.; Astromoff, A.; Liang, H.; Anderson, K.; Andre, B.; Bangham, R.; Benito, R.; Boeke, J. D.; Bussey, H.; Chu, A. M.; Connelly, C.; Davis, K.; Dietrich, F.; Dow, S. W.; El Bakkoury, M.; Foury, F.; Friend, S. H.; Gentalen, E.; Giaever, G.; Hegemann, J. H.; Jones, T.; Laub, M.; Liao, H.; Davis, R. W. Science 1999, 285, 901-906.
44. Banci, L.; Bertini, I.; Rosato, A.; Varani, G. J. Biol. Inorg. Chem. 1999, 4, 824-837.
45. Banci, L.; Bertini, I.; Bren, K. L.; Gray, H. B.; Sompornpisut, P.; Turano, P. Biochemistry 1997, 36, 8992-9001.
46. Zhen, Y.; Hoganson, C. W.; Babcock, G. T.; Ferguson-Miller, S. J. Biol. Chem. 1999, 274, 38032-38041.
47. Lode, A.; Kuschel, M.; Paret, C.; Rodel, G. FEBS Lett. 2000, 485(1), 19-24.
48. Koch, H. G.; Winterstein, C.; Saribas, A. S.; Alben, J. O.; Daldal, F. J. Mol. Biol. 2000, 297, 49-65.
49. Katzen, F.; Beckwith, J. Cell 2000, 103, 769-779.
50. Pearce, D. A.; Sherman, F. J. Biol. Chem. 1995, 270, 20879-20882.
51. Barrientos, A.; Pierre, D.; Lee, J.; Tzagoloff, A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 8881-8887.
52. Frausto da Silva, J. J. R.; Williams, R. J. P. The Biological Chemistry of the Elements: The Inorganic Chemistry of Life; University Press: New York, Oxford; 2001.
53. Thony-Meyer, L. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997, 61, 337-376.
54. Dyall, S. D.; Brown, M. T.; Johnson, P. J. Science 2004, 304(5668), 253-257.
55. Karlberg, O.; Canback, B.; Kurland, C. G.; Andersson, S. G. Yeast 2000, 17, 170-187.
56. Gabaldon, T.; Huynen, M. A. Science 2003, 301, 609.
57. Boussau, B.; Karlberg, E. O.; Frank, A. C.; Legault, B. A.; Andersson, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004.
58. Leary, S. C.; Kaufman, B. A.; Pellecchia, G.; Guercin, G. H.; Mattman, A.; Jaksch, M.; Shoubridge, E. A. Hum. Mol. Genet. 2004, 13, 1839-1848.