Small molecule microarrays: Applications using specially tagged chemical libraries

QSAR and Combinatorial Science

Volumn 25, Issue 11, 2006, Pages 1009-1019

  Wang, Jun ^a   Uttamchandani, Mahesh ^a   Sun, Hongyan ^a   Yao, Shao Q ^a  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

Chemical genetics; Combinatorial synthesis; Encoding; High throughput screening; Microarray; Proteomics

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS; DIAGNOSIS; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULES; SIGNAL ENCODING;

CHEMICAL GENETICS; CHEMICAL LIBRARIES; COMBINATORIAL SYNTHESIS; ENCODINGS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; MICROARRAY APPLICATIONS; PROTEOMICS; ROBUST TECHNOLOGY; SMALL MOLECULE MICROARRAYS; SMALL MOLECULES;

PROTEINS;

CHEMICAL ANALYSIS; CHEMICAL STRUCTURE; COMBINATORIAL LIBRARY; DNA FINGERPRINTING; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; IMMOBILIZATION; MICROARRAY ANALYSIS; MOLECULE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; REVIEW; SYNTHESIS;

EID: 33751515126     PISSN: 1611020X     EISSN: 16110218     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qsar.200640083     Document Type: Review

References (83)

1. a) B. R. Stockwell, Nat. Rev. Genet. 2000, 1, 116-125;
2. b) K. M. Specht, K. M. Shokat, Curr. Opin. Cell Biol. 2002, 14, 155-159.
3. M. R. Arkin, J. A. Wells, Nat. Rev. Drug Discov. 2004, 3, 301-317.
4. P. Walters, M. Namchuk, Nat. Rev. Drug Discov. 2003, 2, 259-266.
5. K. S. Lam, M. Lebl, V. Krchnak, Chem Rev. 1997, 97, 411-448.
6. A. Furka, F. Sebestyen, M. Asgedom, G. Dibo, Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 37, 487-493.
7. R. A. Houghten, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2000, 40, 273-282.
8. K. S. Lam, Anticancer Drug Des. 1997, 12, 145-167.
9. a) K. S. Lam, M. Renil, Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 353-358;
10. b) M. Uttamchandani, D. P. Walsh, S. Q. Yao, Y. T. Chang, Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 4-13;
11. c) G. Y. J. Chen, M. Uttamchandani, R. Y. P. Lue, M. Lesaicherre, S. Q. Yao, Curr. Top. Med. Chem. 2003, 3, 705-724;
12. d) G. Chiosis, J. L. Brodsky, Trends Biotechnol. 2005, 23, 217-274;
13. e) M. Uttamchandani, J. Wang, S. Q. Yao, Mol. Biosyst. 2006, 2, 58-68;
14. f) F. Darvas, G. Dorman, P. Krajcsi, L. G. Puskas, Z. Kovari, Z. Lorincz, L. Urge, Curr. Med. Chem. 2004, 11, 3119-3145.
15. G. Mitsopoulos, D. P. Walsh, Y. T. Chang, Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 26-32.
16. G. MacBeath, A. N. Koehler, S. L. Schreiber, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7967-7968.
17. J. C. Wong, S. M. Sternson, J. B. Louca, R. Hong, S. L. Schreiber, Chem. Biol. 2004, 11, 1279-1291.
18. D. Barnes-Seeman, S. B. Park, A. N. Koehler, S. L. Schreiber, Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2376-2379.
19. D. B. Seeman, S. B. Park, A. N. Koehler, S. L. Schreiber, Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 2376-2379.
20. a) A. N. Koehler, A. F. Shamji, S. L. Schreiber, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8420-8421;
21. b) D. R. Spring, S. Krishnan, H. E. Blackwell, S. L. Schreiber, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1354-1363;
22. c) R. A. Stavenger, S. L. Schreiber, Angew. Chem. Int. Ed. 2001, 40, 3417-3421.
23. a) H. S. Moon, E. M. Jacobson, S. M. Khersonsky, M. R. Luzung, D. P. Walsh, W. Xiong, J. W. Lee, P. B. Parikh, J. C. Lam, T. W. Kang, G. R. Rosania, A. F. Schier, Y. T. Chang, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11608-11609;
24. b) J. Bork, J. W. Lee, S. M. Khersonsky, H. S. Moon, Y. T. Chang, Org. Lett. 2003, 5, 117-120.
25. M. Uttamchandani, D. P. Walsh, S. M. Khersonsky, X. Huang, S. Q. Yao, Y. T. Chang, J. Comb. Chem. 2004, 6, 862-868.
26. J. C. Love, L. A. Estroff, J. K. Kriebel, R. G. Nuzzo, G. M. Whitesides, Chem. Rev. 2005, 105, 1103-1169.
27. a) B. T. Houseman, J. H. Huh, S. J. Kron, M. Mrksich, Nat. Biotechnol. 2002, 20, 270-274;
28. b) W. S. Dillmore, M. N. Yousaf, M. Mrksich, Langmuir 2004, 20, 7223-7231.
29. B. T. Houseman, E. S. Gawalt, M. Mrksich, Langmuir 2003, 19, 1522-1531.
30. L. A. Ruiz-Taylor, T. L. Martin, F. G. Zaugg, K. Witte, P. Indermuhle, S. Nock, P. Wagner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2001, 98, 852-857.
31. R. C. Panicker, X. Huang, S. Q. Yao, Comb. Chem. High Throughput Screen. 2004, 7, 547-556.
32. S. Y. D. Yeo, R. Srinivasan, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Chem. Eur. J. 2004, 10, 4664-4672.
33. a) M. L. Lesaicherre, Y. P. R. Lue, G. Y. J. Chen, Q. Zhu, S. Q. Yao, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8768-8769;
34. b) R. Y. P. Lue, G. Y. J. Chen, Y. Hu, Q. Zhu, S. Q. Yao, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1055-1062.
35. S. Y. D. Yeo, R. Srinivasan, M. Uttamchandani, G. Y. J. Chen, Q. Zhu, S. Q. Yao, Chem. Commun. 2003, 2870-2871.
36. a) M. Uttamchandani, E. W. S. Chan, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 2997-3000;
37. b) M. L. Lesaicherre, M. Uttamchandani, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002, 12, 2079-2083;
38. c) M. L. Lesaicherre, M. Uttamchandani, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002, 12, 2085-2088;
39. d) A. Girish, H. Sun, D. S. Y. Yeo, G. Y. J. Chen, T.-K. Chua, S. Q. Yao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 2447-2451.
40. M. Takahashi, K. Nokihara, H. Mihara, Chem. Biol. 2003, 10, 53-60.
41. a) X. Duburcq, C. Olivier, F. Malingue, R. Desmet, A. Bouzidi, F. Zhou, C. Auriault, H. Gras-Masse, O. Melnyk, Bioconj. Chem. 2004, 15, 307-316;
42. b) O. Melnyk, X. Duburcq, C. Olivier, F. Urbes, C. Auriault, H. Gras-Masse, Bioconj. Chem. 2002, 13, 713-720.
43. J. R. Falsey, M. Renil, S. Park, S. Li, K. S. Lam, Bioconj. Chem. 2001, 12, 346-353.
44. M. C. Bryan, F. Fazio, H. K. Lee, C. Y. Huang, A. Chang, M. D. Best, D. A. Calarese, O. Blixt, J. C. Paulson, D. Burton, I. A. Wilson, C. H. Wong, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8640-8641.
45. H. C. Kolb, K. B. Sharpless, Drug Disc. Today 2003, 8, 1128-1137.
46. a) M. Kohn, R. Wacker, C. Peters, H. Schroder, L. Soulere, R. Breinbauer, C. M. Niemeyer, H. Waldmann, Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 5830-5834;
47. b) M. B. Soellner, K. A. Dickson, B. L. Nilsson, R. T. Raines, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 11790-11791.
48. M. Lee, I. Shin, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 2881-2884.
49. M. Lee, I. Shin, Org. Lett. 2005, 7, 4269-4272.
50. N. Kanoh, S. Kumashiro, S. Simizu, Y. Kondoh, S. Hatakeyama, H. Tashiro, H. Osada, Angew. Chem. Int. Ed. 2003, 42, 5584-5587.
51. N. Kanoh, K. Honda, S. Simizu, M. Muroi, H. Osada, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 3559-3562.
52. G. O. Reznik, S. Vajda, C. R. Cantor, T. Sano, Bioconj. Chem. 2001, 12, 1000-1004.
53. F. Fazio, M. C. Bryan, H. K. Lee, A. Chang, C. H. Wong, Tetrahedron Lett. 2004, 45, 2689-2692.
54. K. S. Ko, F. A. Jaipuri, N. L. Pohl, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13162-13163.
55. M. Schena, D. Shalon, R. W. Davis, P. O. Brown, Science 1995, 270, 467-470.
56. M. Lovrinovic, C. M. Niemeyer, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 3179-3183.
57. Y. Hu, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Angew. Chem. Int. Ed. 2005, 44, 1048-1053.
58. S. Melkko, J. Scheuermann, C. E. Dumelin, D. Neri, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 568-574.
59. M. W. Kanan, M. M. Rozenman, K. Sakurai, T. M. Snyder, D. R. Liu, Nature 2004, 431, 545-549.
60. a) N. Winssinger, S. Ficarro, P. G. Schultz, J. L. Harris, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 11139-11144;
61. b) N. Winssinger, R. Damoiseaux, D. C. Tully, B. H. Geierstanger, K. Burdick, J. L. Harris, Chem. Biol. 2004, 11, 1351-1360;
62. c) J. L. Harris, D. E. Mason, J. Li, K. W. Burdick, B. J. Backes, T. Chen, A. Shipway, H. G. L. Van Gough, A. Ghaemmaghami, F. Shakib, F. Debaene, N. Winssinger, Chem. Biol. 2004, 11, 1361-1372.
63. J. Yin, F. Liu, M. Schinke, C. Daly, C. T. Walsh, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13570-13571.
64. A. Shaginian, M. Patel, M. H. Li, S. T. Flickinger, C. Kim, F. Cerrina, P. J. Belshaw, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16704-16705.
65. S. Li, D. Bowerman, N. Marthandan, S. Klyza, K. J. Luebke, H. R. Garner, T. Kodadek, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4088-4089.
66. S. W. Li, N. Marthandan, D. Bowerman, H. R. Garner, T. Kodadek, Chem. Commun. 2005, 581-583.
67. Q. Lin, J. C. O'Neill, H. E. Blackwell, Org. Lett. 2005, 7, 4455-4458.
68. D. G. Anderson, S. Levenberg, R. Langer, Nat. Biotechnol. 2004, 22, 863-866.
69. R. C. Panicker, S. Q. Yao, Anal. Chim. Acta 2006, 556, 69-79.
70. G. MacBeath, S. L. Schreiber, Science 2000, 289, 1760-1763.
71. Y. Hu, M. Uttamchandani, S. Q. Yao, Comb. Chem. High Throughput Screen. 2006, 9, 203-212.
72. Q. Zhu, M. Uttamchandani, D. B. Li, M. L. Lesaicherre, S. Q. Yao, Org. Lett. 2003, 5, 1257-1260.
73. S. M. Salisbury, D. Maly, J. A. Ellman, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14868-14870.
74. a) G. Y. J. Chen, M. Uttamchandani, Q. Zhu, G. Wang, S. Q. Yao, Chembiochem 2003, 4, 336-339;
75. b) R. Srinivasan, X. Huang, S. L. Ng, S. Q. Yao, Chembiochem 2006, 7, 32-36.
76. a) D. N. Gosalia, S. L. Diamond, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 8721-8726;
77. b) D. N. Gosalia, C. M. Salisbury, D. J. Maly, J. A. Ellman, S. L. Diamond, Proteomics 2005, 5, 1292-1298;
78. c) D. N. Gosalia, C. M. Salisbury, J. A. Ellman, S. L. Diamond, Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 626-636.
79. M. Uttamchandani, X. Huang, G. Y. J. Chen, S. Q. Yao, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005, 15, 2135-2139.
80. J. Wang, M. Uttamchandani, L. P. Sun, S. Q. Yao, Chem. Commun. 2006, 717-719.
81. S. N. Bailey, D. M. Sabatini, B. R. Stockwell, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 14144-14149.
82. M.-Y. Lee, C. B. Park, J. S. Dordick, D. S. Clark, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 983-987.
83. L. Hackler, Jr., G. Dorman, Z. Kele, L. Urge, F. Darvas, L. G. Puskas, Mol. Divers. 2003, 7, 25-36.