Computational studies of enzyme mechanism: Linking theory with experiment in the analysis of enzymic H-tunnelling

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 8, Issue 39, 2006, Pages 4510-4516

  Sutcliffe, Michael J ^a   Scrutton, Nigel S ^b  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYME; HYDROGEN;

BIOLOGY; BIOPHYSICS; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; COMPUTER SIMULATION; KINETICS; METHODOLOGY; PHYSICAL CHEMISTRY; REVIEW; TEMPERATURE;

BIOPHYSICS; CHEMISTRY, PHYSICAL; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; ENZYMES; HYDROGEN; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; SOFTWARE; TEMPERATURE;

EID: 33749676457     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b609622k     Document Type: Review

References (57)

1. S. J. Benkovic S. Hammes-Schiffer Science 2003 301 1196 1202
2. A. Kohen J. P. Klinman Acc. Chem. Res. 1998 31 397 404
3. A. Kohen J. P. Klinman Chem. Biol. 1999 6 R191 R198
4. J. Basran M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton Biochemistry 1999 38 3218 3222
5. J. Basran R. J. Harris M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton J. Biol. Chem. 2003 278 43973 43982
6. A. Kohen R. Cannio S. Bartolucci J. P. Klinman Nature 1999 399 496 499
7. J. Basran S. Patel M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton J. Biol. Chem. 2001 276 6234 6242
8. R. J. Harris R. Meskys M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton Biochemistry 2000 39 1189 1198
9. J. Basran M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton J. Biol. Chem. 2001 276 24581 24587
10. L. Masgrau A. Roujeinikova L. O. Johannissen P. Hothi J. Basran K. E. Ranaghan A. J. Mulholland M. J. Sutcliffe N. S. Scrutton D. Leys Science 2006 312 237 241
11. M. J. Knapp K. Rickert J. P. Klinman J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3865 3874
12. W. A. Francisco M. J. Knapp N. J. Blackburn J. P. Klinman J. Am. Chem. Soc. 2002 124 8194 8195
13. N. Agrawal B. Hong C. Mihai A. Kohen Biochemistry 2004 43 1998 2006
14. R. P. Bell, in The Tunnel Effect in Chemistry, Chapman and Hall, London, 1980, pp. 51-140
15. R. S. Sikorski L. Wang K. A. Markham P. T. R. Rajagopalan S. J. Benkovic A. Kohen J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4778 4779
16. G. Maglia R. K. Allemann J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13372 13373
17. P. Ball Nature 2004 431 396 397
18. S. Caratzoulas S. D. Schwartz J. Chem. Phys. 2001 114 2910 2918
19. M. P. Meyer J. P. Klinmanr Chem. Phys. 2005 319 283 296
20. S. Caratzoulas J. S. Mincer S. D. Schwartz J. Am. Chem. Soc. 2002 124 3270 3276
21. A. M. Kuznetsov J. Ulstrup Can. J. Chem. 1999 77 1085 1096
22. M. J. Knapp J. P. Klinman Eur. J. Biochem. 2002 269 3113 3121
23. L. O. Johannissen S. Hay N. S. Scrutton M. J. Sutcliffe J. Phys. Chem. B 2006
24. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
25. J. L. Radkiewicz C. L. Brooks J. Am. Chem. Soc. 2000 122 225 231
26. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700 733
27. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 227 249
28. A. J. Mulholland Drug Discovery Today 2005 10 1393 1402
29. R. A. Friesner V. Guallar Annu. Rev. Phys. Chem. 2005 56 389 427
30. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Phys. 1977 23 187 199
31. A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley and Sons, New York, 1991
32. J. Gao D. G. Truhlar Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 467 505
33. B. C. Garrett and D. G. Truhlar, in Theory and Applications of Computational Chemistry: The First Forty Years, ed., C. E. Dykstra,,, G. Frenking,,, K. Kim, and, G. Scuseria,, Elsevier, Amsterdam, 2005, pp. 67-87
34. D. G. Truhlar J. Gao C. Alhambra M. Garcia-Viloca J. Corchado M. L. Sánchez J. Villà Acc. Chem. Res. 2001 35 341 349
35. D. G. Truhlar J. L. Gao M. Garcia-Viloca C. Alhambra J. Corchado M. L. Sanchez T. D. Poulsen Int. J. Quantum Chem. 2004 100 1136 1152
36. J. C. Corchado, Y. Y. Chuang, P. L. Fast, W. P. Villa, W. P. Hu, Y. P. Liu, G. C. Lynch, K. A. Nguyen, C. F. Jackels, M. Z. Gu, I. Rossi, E. L. Coitino, S. Clayton, V. S. Melissas, R. Steckler, B. C. Garrett, A. D. Isaacson and D. G. Truhlar, POLYRATE, University of Minnesota, Minneapolis, 8.5 edn., 2000
37. C. Alhambra, J. C. Corchado, M. L. Sanchez, W. P. Villa, J. Gao and D. G. Truhlar, CHARMMRATE, University of Minnesota, Minneapolis, 1.0 edn., 2001
38. P. K. Agarwal S. R. Billeter S. Hammes-Schiffer J. Phys. Chem. B 2002 106 3283 3293
39. P. K. Agarwal S. R. Billeter P. T. Rajagopalan S. J. Benkovic S. Hammes-Schiffer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 2794 2799
40. K. F. Wong J. B. Watney S. Hammes-Schiffer J. Phys. Chem. B 2004 108 12231 12241
41. S. P. Webb S. Hammes-Schiffer J. Chem. Phys. 2000 113 5214 5227
42. J. B. Watney S. Hammes-Schiffer J. Phys. Chem. B 2006 110 10130 10138
43. J. Z. Pu S. H. Ma J. L. Gao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. B 2005 109 8551 8556
44. J. Pang J. Pu J. Gao D. G. Truhlar R. K. Allemann J. Am. Chem. Soc. 2006 128 8015 8023
45. M. Garcia-Viloca D. G. Truhlar J. Gao Biochemistry 2003 42 13558 13575
46. M. Garcia-Viloca J. Gao M. Karplus D. G. Truhlar Science 2004 303 186 195
47. A. Warshel Z. T. Chu W. W. Parson Science 1989 246 112 116
48. R. B. Sessions P. Dauberosguthorpe D. J. Osguthorpe J. Mol. Biol. 1989 210 617 633
49. M. R. Sawaya J. Kraut Biochemistry 1997 36 586 603
50. C. J. Falzone P. E. Wright S. J. Benkovic Biochemistry 1994 33 439 442
51. M. J. Osborne J. Schnell S. J. Benkovic H. J. Dyson P. E. Wright Biochemistry 2001 40 9846 9859
52. J. R. Schnell H. J. Dyson P. E. Wright Biochemistry 2004 43 374 383
53. R. S. Swanwick G. Maglia L. H. Tey R. K. Allemann Biochem. J. 2006 394 259 265
54. T. Dams G. Auerbach G. Bader U. Jacob T. Ploom R. Huber R. Jaenicke J. Mol. Biol. 2000 297 659 672
55. M. H. M. Olsson P. E. M. Siegbahn A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2820 2828
56. E. Hatcher A. V. Soudackov S. Hammes-Schiffer J. Am. Chem. Soc. 2004 126 5763 5775
57. A. Warshel, M. H. M. Olsson and J. Villa-Freixa, in Isotope effects in chemistry and biology, ed., A. Kohen, and, H. H. Limbach,, CRC Press, Boca Raton, FL, 2006, pp. 621-644