Screening chemical microarrays: Methods and applications

Molecular BioSystems

Volumn 2, Issue 5, 2006, Pages 259-270

  Kumaresan, Pappanaicken R ^a   Lam, Kit S ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBOHYDRATE; CELL SURFACE RECEPTOR; PEPTIDE;

ANIMAL; COMBINATORIAL CHEMISTRY; DIAGNOSTIC PROCEDURE; DRUG DESIGN; HUMAN; IMMUNOLOGICAL PROCEDURES; METHODOLOGY; MICROARRAY ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; REVIEW; SIGNAL TRANSDUCTION; SYNTHESIS; TISSUE MICROARRAY;

ANIMALS; CARBOHYDRATES; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; DRUG DESIGN; HUMANS; IMMUNOLOGIC TESTS; MICROARRAY ANALYSIS; MOLECULAR DIAGNOSTIC TECHNIQUES; PEPTIDES; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEOMICS; RECEPTORS, CELL SURFACE; SIGNAL TRANSDUCTION; TISSUE ARRAY ANALYSIS;

EID: 33745677688     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b602004f     Document Type: Review

References (141)

1. S. P. Fodor J. L. Read M. C. Pirrung L. Stryer A. T. Lu D. Solas Science 1991 251 767
2. M. Schena D. Shalon R. Heller A. Chai P. O. Brown R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 10614
3. A. C. Pease D. Solas E. J. Sullivan M. T. Cronin C. P. Holmes S. P. Fodor Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 5022
4. S. Singh-Gasson R. D. Green Y. Yue C. Nelson F. Blattner M. R. Sussman F. Cerrina Nat. Biotechnol. 1999 17 974
5. K. Komolpis O. Srivannavit E. Gulari Biotechnol. Prog. 2002 18 641
6. X. Gao P. Yu E. LeProust L. Sonigo P. Pellois H. Zhang J. Am. Chem. Soc. 1998 120 12698
7. X. Gao X. Zhou E. Gulari Proteomics 2003 3 2135
8. R. Frank Tetrahedron 1992 48 9217
9. R. Frank J. Immunol. Methods 2002 267 13
10. K. S. Lam M. Renil Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 353
11. W. H. Robinson C. DiGennaro W. Hueber B. B. Haab M. Kamachi E. J. Dean S. Fournel D. Fong M. C. Genovese H. E. de Vegvar K. Skriner D. L. Hirschberg R. I. Morris S. Muller G. J. Pruijn W. J. van Venrooij J. S. Smolen P. O. Brown L. Steinman P. J. Utz Nat. Med. 2002 8 295
12. H. E. Blackwell L. Perez R. A. Stavenger J. A. Tallarico E. Cope Eatough M. A. Foley S. L. Schreiber Chem. Biol. 2001 8 1167
13. P. A. Clemons A. N. Koehler B. K. Wagner T. G. Sprigings D. R. Spring R. W. King S. L. Schreiber M. A. Foley Chem. Biol. 2001 8 1183
14. K.C. Nicolaou X. Xiao Z. Parandoosh A. Senyei M. P. Nova Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1995 34 2289
15. A.W. Czarnik Curr. Opin. Chem. Biol. 1997 1 60
16. J. Marik, Q. Xu, X. Wang, L. Peng and K. S. Lam, Peptides; Peptide Revolution: Genomics, Proteomics and Therapeutics, Proceedings of the Eighteenth American Peptide Symposium, Boston, 2004, p. 849
17. K. S. Lam M. Lebl V. Krchnak Chem. Rev. 1997 97 411
18. K. S. Lam S. E. Salmon E. M. Hersh V. J. Hruby W. M. Kazmierski R. J. Knapp Nature 1991 354 82
19. S. E. Salmon R. H. Liu-Stevens Y. Zhao M. Lebl V. Krchnak K. Wertman N. Sepetov K. S. Lam Mol. Divers. 1996 2 57
20. C. K. Jayawickreme H. Sauls N. Bolio J. Ruan M. Moyer W. Burkhart B. Marron T. Rimele J. Shaffer J. Pharmacol. Toxicol. Methods 1999 42 189
21. H. Wenschuh R. Volkmer-Engert M. Schmidt M. Schulz J. Schneider-Mergener U. Reineke Biopolymers 2000 55 188
22. S. Matysiak F. Reuthner J. D. Hoheisel Biotechniques 2001 31 896
23. T. Ast N. Heine L. Germeroth J. Schneider-Mergener H. Wenschuh Tetrahedron Lett. 1999 40 4317
24. N. Heine T. Ast J. Schneider-Mergener U. Reineke L. Germeroth H. Wenschuh Tetrahedron 2003 59 9919
25. D. Scharn H. Wenschuh U. Reineke J. Schneider-Mergener L. Germeroth J. Comb. Chem. 2000 2 361
26. C. Ortiz Mellet J. M. Garcia Fernandez ChemBioChem 2002 3 819
27. M. Uttamchandani D. P. Walsh S. Q. Yao Y. T. Chang Curr. Opin. Chem. Biol. 2005 9 4
28. A. Ulman J. F. Kang Y. Shnidman S. Liao R. Jordan G. Y. Choi J. Zaccaro A. S. Myerson M. Rafailovich J. Sokolov C. Fleischer J. Biotechnol. 2000 74 175
29. M. L. Lesaicherre M. Uttamchandani G. Y. Chen S. Q. Yao Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002 12 2079
30. O. H. Aina T. C. Sroka M. L. Chen K. S. Lam Biopolymers 2002 66 184
31. Q. Xu S. Miyamoto K. S. Lam Mol. Divers. 2004 8 301
32. D. Wang Proteomics 2003 3 2167
33. B. T. Houseman M. Mrksich Chem. Biol. 2002 9 443
34. S. Fukui T. Feizi C. Galustian A. M. Lawson W. Chai Nat. Biotechnol. 2002 20 1011
35. M. C. Bryan O. Plettenburg P. Sears D. Rabuka S. Wacowich-Sgarbi C. H. Wong Chem. Biol. 2002 9 713
36. S. Park I. Shin Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2002 41 3180
37. R. A. Laursen Eur. J. Biochem. 1971 20 89
38. B. T. Chait R. Wang R. C. Beavis S. B. Kent Science 1993 262 89
39. D. T. McLachlin B. T. Chait Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 591
40. R. S. Youngquist G. R. Fuentes M. P. Lacey T. Keough Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994 8 77
41. R. L. Affleck Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 257
42. C. Barnes S. Balasubramanian Curr. Opin. Chem. Biol. 2000 4 346
43. A. Furka F. Sebestyen M. Asgedom G. Dibo Int. J. Pept. Protein Res. 1991 37 487
44. R. A. Houghten C. Pinilla S. E. Blondelle J. R. Appel C. T. Dooley J. H. Cuervo Nature 1991 354 84
45. K. S. Lam Z. G. Zhao Hematol. Oncol. Clinical N A 1997 11 1007
46. R. Liu J. Marik K. S. Lam J. Am. Chem. Soc. 2002 124 7678
47. X. Wang L. Peng R. Liu S. S. Gill K. S. Lam J. Comb. Chem. 2005 7 197
48. X. Wang L. Peng R. Liu B. Xu K. S. Lam J. Pept. Res. 2005 65 130
49. A. Song J. Zhang C. B. Lebrilla K. S. Lam J. Am. Chem. Soc. 2003 125 6180
50. C. L. Chen P. Strop M. Lebl K. S. Lam Methods Enzymol. 1996 267 211
51. J. R. Falsey M. Renil S. Park S. Li K. S. Lam Bioconjugate Chem. 2001 12 346
52. C. E. Jordan R. M. Corn Anal. Chem. 1997 69 1449
53. F. F. Bier F. W. Scheller Biosens. Bioelectron. 1996 11 669
54. F. Morhard J. Pipper R. Dahint M. Grunze Sens. Actuators 2000 B70 232
55. A. Brecht G. Gauglitz Biosens. Bioelectron. 1995 10 923
56. S. E. Salmon K. S. Lam M. Lebl A. Kandola P. S. Khattri S. Wade M. Patek P. Kocis V. Krchnak D. Thorpe S. Felder Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 11708
57. S. N. Bailey D. M. Sabatini B. R. Stockwell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16144
58. Y. Kawahashi N. Doi H. Takashima C. Tsuda Y. Oishi R. Oyama M. Yonezawa E. Miyamoto-Sato H. Yanagawa Proteomics 2003 3 1236
59. T. Kukar S. Eckenrode Y. Gu W. Lian M. Megginson J. X. She D. Wu Anal. Biochem. 2002 306 50
60. K. Martin T. H. Steinberg L. A. Cooley K. R. Gee J. M. Beechem W. F. Patton Proteomics 2003 3 1244
61. C. M. Salisbury D. J. Maly J. Ellman J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14868
62. Q. Zhu M. Uttamchandani D. Li M. L. Lesaicherre S. Q. Yao Org. Lett. 2003 5 1257
63. M. Meldal I. Svendsen K. Breddam F. I. Auzanneau Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 3314
64. A. Roda P. Pasini M. Guardigli M. Baraldini M. Musiani M. Mirasoli Fresenius' J. Anal. Chem. 2000 366 752
65. H. Zhu M. Bilgin M. Snyder Annu. Rev. Biochem. 2003 72 783
66. H. Zhu J. F. Klemic S. Chang P. Bertone A. Casamayor K. G. Klemic D. Smith M. Gerstein M. A. Reed M. Snyder Nat. Genet. 2000 26 283
67. R. Q. Liang C. Y. Tan K. C. Ruan J. Immunol. Methods 2004 285 157
68. N. A. Rakow K. S. Suslick Nature 2000 406 710
69. D. A. Knecht R. L. Dimond Anal. Biochem. 1984 136 180
70. B. Lin J. Qiu J. Gerstenmeier P. Li H. Pien J. Pepper B. Cunningham Biosens. Bioelectron. 2002 17 827
71. M. A. Cooper Anal. Bioanal. Chem. 2003 377 834
72. D. Vetter J. Cell Biochem. Suppl. 2002 39 79
73. C. E. Forde S. L. McCutchen-Maloney Mass Spectrom. Rev. 2002 21 419
74. L. T. Mazzola S. P. Fodor Biophys. J. 1995 68 1653
75. P. R. Morrill R. B. Millington C. R. Lowe J. Chromatogr. B Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2003 793 229
76. J. S. Shumaker-Parry M. H. Zareie R. Aebersold C. T. Campbell Anal. Chem. 2004 76 918
77. G. J. Wegner H. J. Lee G. Marriott R. M. Corn Anal. Chem. 2003 75 4740
78. G. J. Wegner A. W. Wark H. J. Lee E. Codner T. Saeki S. Fang R. M. Corn Anal. Chem. 2004 76 5677
79. M. Zizlsperger W. Knoll Prog. Colloid Polym. Sci. 1998 109 244
80. K. E. Sapsford Z. Liron Y. S. Shubin F. S. Ligler Anal. Chem. 2001 73 5518
81. J. P. Landry X. D. Zhu J. P. Gregg Opt. Lett. 2004 29 581
82. J. P. Landry, X. D. Zhu, J. P. Gregg and X. W. Guo, Microarrays and combinatorial techniques: design, fabrication, and analysis II, in Proceedings of the Society of Photo-Optical Instrumentation Engineers, ed., D.V. Nicolau, and, R. Raghavachari,, vol. 5358, SPIE, Bellingham, WA, 2004, pp. 121-128
83. J. P. Landry J. P. Gregg X. W. Guo X. D. Zhu Mater. Res. Soc. Symp. Proc. 2003 773 1
84. S. R. Weinberger T. S. Morris M. Pawlak Pharmacogenomics 2000 1 395
85. D. Figeys L. D. McBroom M. F. Moran Methods 2001 24 230
86. G. Marko-Varga T. E. Fehniger J. Proteome Res. 2004 3 167
87. E. Scrivener R. Barry A. Platt R. Calvert G. Masih P. Hextall M. Soloviev J. Terrett Proteomics 2003 3 122
88. V. W. Jones J. R. Kenseth M. D. Porter C. L. Mosher E. Henderson Anal. Chem. 1998 70 1233
89. J. R. Epstein D. R. Walt Chem. Soc. Rev. 2003 32 203
90. K. L. Michael L. C. Taylor S. L. Schultz D. R. Walt Anal. Chem. 1998 70 1242
91. J. M. Yeakley J. B. Fan D. Doucet L. Luo E. Wickham Z. Ye M. S. Chee X. D. Fu Nat. Biotechnol. 2002 20 353
92. K. L. Michael L. C. Taylor D. R. Walt Anal. Chem. 1999 71 2766
93. J. A. Ferguson F. J. Steemers D. R. Walt Anal. Chem. 2000 72 5618
94. E. W. Adams J. Ueberfeld D. M. Ratner B. R. O'Keefe D. R. Walt P. H. Seeberger Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2003 42 5317
95. B. T. Cunningham P. Li S. Schulz B. Lin C. Baird J. Gerstenmaier C. Genick F. Wang E. Fine L. Laing J. Biomol. Screen. 2004 9 481
96. H. Kido A. Maquieira B. D. Hammock Anal. Chim. Acta 2000 411 1
97. J. J. La Clair M. D. Burkart Org. Biomol. Chem. 2003 1 3244
98. V. Mirsky Macromol. Rapid Commun. 2004 25 253
99. S. Szunerits J. M. Tam L. Thouin C. Amatore D. R. Walt Anal. Chem. 2003 75 4382
100. J. W. Jacobs S. P. Fodor Trends Biotechnol. 1994 12 19
101. Z. X. Wang R. A. Laursen Peptide Res. 1992 5 275
102. U. Reineke C. Ivascu M. Schlief C. Landgraf S. Gericke G. Zahn H. Herzel R. Volkmer-Engert J. Schneider-Mergener J. Immunol. Methods 2002 267 37
103. U. Reineke R. Volkmer-Engert J. Schneider-Mergener Curr. Opin. Biotechnol. 2001 12 59
104. J. P. Pellois X. Zhou O. Srivannavit T. Zhou E. Gulari X. Gao Nat. Biotechnol. 2002 20 922
105. M. Rodriguez S. S. Li J. W. Harper Z. Songyang J. Biol. Chem. 2004 279 8802
106. D. Barnes-Seeman S. B. Park A. N. Koehler S. L. Schreiber Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2003 42 2376
107. M. Reuter J. Schneider-Mergener D. Kupper A. Meisel P. Mackeldanz D. H. Kruger C. Schroeder J. Biol. Chem. 1999 274 5213
108. C. Galustian R. A. Childs M. Stoll H. Ishida M. Kiso T. Feizi Immunology 2002 105 350
109. O. Blixt S. Head T. Mondala C. Scanlan M. E. Huflejt R. Alvarez M. C. Bryan F. Fazio D. Calarese J. Stevens N. Razi D. J. Stevens J. J. Skehel I. van Die D. R. Burton I. A. Wilson R. Cummings N. Bovin C. H. Wong J. C. Paulson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17033
110. B. S. Bochner R. A. Alvarez P. Mehta N. V. Bovin O. Blixt J. R. White R. L. Schnaar J. Biol. Chem. 2005 280 4307
111. C. Galustian C. G. Park W. Chai M. Kiso S. A. Bruening Y. S. Kang R. M. Steinman T. Feizi Int. Immunol. 2004 16 853
112. U. B. Nielsen M. H. Cardone A. J. Sinskey G. MacBeath P. K. Sorger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 9330
113. S. H. Diks K. Kok T. O'Toole D. W. Hommes P. van Dijken J. Joore M. P. Peppelenbosch J. Biol. Chem. 2004 279 49206
114. F. G. Kuruvilla A. F. Shamji S. M. Sternson P. J. Hergenrother S. L. Schreiber Nature 2002 416 653
115. A. N. Koehler A. F. Shamji S. L. Schreiber J. Am. Chem. Soc. 2003 125 8420
116. K. S. Lam R. Liu S. Miyamoto A. L. Lehman J. M. Tuscano Acc. Chem. Res. 2003 36 370
117. B. T. Houseman J. H. Huh S. J. Kron M. Mrksich Nat. Biotechnol. 2002 20 270
118. N. Winssinger S. Ficarro P. G. Schultz J. L. Harris Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 11139
119. C. B. Park D. S. Clark Biotechnol. Bioeng. 2002 78 229
120. G. A. Korbel G. Lalic M. D. Shair J. Am. Chem. Soc. 2001 123 361
121. D. S. Wilson S. Nock Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2003 42 494
122. C. A. Borrebaeck Immunol. Today 2000 21 379
123. A. Sreekumar A. M. Chinnaiyan Curr. Opin. Mol. Ther. 2002 4 587
124. E. F. Petricoin A. M. Ardekani B. A. Hitt P. J. Levine V. A. Fusaro S. M. Steinberg G. B. Mills C. Simone D. A. Fishman E. C. Kohn L. A. Liotta Lancet 2002 359 572
125. S. Fournel S. Muller Curr. Protein. Pept. Sci. 2003 4 261
126. R. Hiller S. Laffer C. Harwanegg M. Huber W. M. Schmidt A. Twardosz B. Barletta W. M. Becker K. Blaser H. Breiteneder M. Chapman R. Crameri M. Duchene F. Ferreira H. Fiebig K. Hoffmann-Sommergruber T. P. King T. Kleber-Janke V. P. Kurup S. B. Lehrer J. Lidholm U. Muller C. Pini G. Reese O. Scheiner A. Scheynius H. D. Shen S. Spitzauer R. Suck I. Swoboda W. Thomas R. Tinghino M. Van Hage-Hamsten T. Virtanen D. Kraft M. W. Muller R. Valenta FASEB J. 2002 16 414
127. P. M. Rudd M. R. Wormald R. A. Dwek Trends Biotechnol. 2004 22 524
128. P. R. Crocker T. Feizi Curr. Opin. Struct. Biol. 1996 6 679
129. A. Helenius M. Aebi Annu. Rev. Biochem. 2004 73 1019
130. D. Wang S. Liu B. J. Trummer C. Deng A. Wang Nat. Biotechnol. 2002 20 275
131. M. Schwarz L. Spector A. Gargir A. Shtevi M. Gortler R. T. Altstock A. A. Dukler N. Dotan Glycobiology 2003 13 749
132. T. Feizi F. Fazio W. Chai C. H. Wong Curr. Opin. Struct. Biol. 2003 13 637
133. M. E. Pennington K. S. Lam A. E. Cress Mol. Divers. 1996 2 19
134. L. Nimrichter A. Gargir M. Gortler R. T. Altstock A. Shtevi O. Weisshaus E. Fire N. Dotan R. L. Schnaar Glycobiology 2004 14 197
135. J. Schlessinger Nat. Biotechnol. 2002 20 232
136. H. M. Osborn P. G. Evans N. Gemmell S. D. Osborne J. Pharm. Pharmacol. 2004 56 691
137. R. Kato M. Kunimatsu S. Fujimoto T. Kobayashi H. Honda Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004 315 22
138. M. C. Bryan L. V. Lee C. H. Wong Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004 14 3185
139. M. D. Disney P. H. Seeberger Chem. Biol. 2004 11 1701
140. C. K. Jayawickreme G. F. Graminski J. M. Quillan M. R. Lerner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 1614
141. D. S. Wilson S. Nock Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 81