Microspotting Streptavidin and Double-Stranded DNA Arrays on Gold for High-Throughput Studies of Protein-DNA Interactions by Surface Plasmon Resonance Microscopy

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 4, 2004, Pages 918-929

  Shumaker Parry, Jennifer S ^a,c   Zareie, M Hadi ^a,d   Aebersold, Ruedi ^b   Campbell, Charles T ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

^b INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

^c MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

^d UNIVERSITY OF TECHNOLOGY SYDNEY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLASS; GOLD; MICROSCOPIC EXAMINATION; PROTEINS; SURFACE PLASMON RESONANCE;

SURFACE PLASMON RESONANCE (SPR) MICROSCOPY;

DNA;

BIOTIN; DOUBLE STRANDED DNA; GLASS; GOLD; MACROGOL; STREPTAVIDIN; THIOL DERIVATIVE;

ADSORPTION; ARTICLE; BIOTINYLATION; CHEMICAL STRUCTURE; DNA MICROARRAY; PROTEIN BINDING; PROTEIN DNA INTERACTION; SURFACE PLASMON RESONANCE;

ADSORPTION; BIOTINYLATION; DNA; GOLD; MICROSCOPY; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROTEIN BINDING; STREPTAVIDIN; SURFACE PLASMON RESONANCE; SURFACE PROPERTIES;

EID: 1242293708     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034964v     Document Type: Article

References (60)

1. Young, R. A. Cell 2000, 102, 9-15.
2. Epstein, C. B.; Butow, R. A. Curr. Opin. Biotechol. 2000, 11, 36-41.
3. Rhodes, D. R.; Chinnaiyan, A. M. J. Invest. Surg. 2002, 15, 275-279.
4. Tefferi, A.; Bolander, M. E.; Ansell, S. M.; Wieben, E. D.; Spelsberg, T. C. Mayo Clin. Proc. 2002, 77, 927-940.
5. Haupl, T.; Burmester, G. R.; Stuhlmuller, B. Z. Rhuematologie 2002, 61, 364-404.
6. Faber, B. C. G.; Heeneman, S.; Daemen, M. J. A. P.; Cleutjens, K. B. Curr. Opin. Lipid. 2002, 13, 545-552.
7. Lal, S. P.; Chrisopherson, R. I.; dos Remedios, C. G. Drug Discovery Today 2002, 7, S143-S149.
8. Courtneidge, S. A.; Plowman, G. D. Curr. Opin. Biotechnol. 1998, 9, 632-636.
9. Braxton, S.; Bedilion, T. Curr. Opin. Biotechnol. 1998, 9, 643-649.
10. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101-2105.
11. MacBeath, G.; Schrieber, S. L. Science 2000, 289, 1760-1763.
12. Heller, M. J. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2002, 4, 129-153.
13. Rowe, C. A.; Tender, L. M.; Feldstein, F. J.; Golden, J. P.; Scruggs S. B.; MacCraith, B. D.; Cras, J. J.; Ligler, F. S. Anal. Chem. 1999, 71, 3846-3852.
14. Cho, E. J.; Tao, Z.; Tehan, E. C.; Bright, F. V. Anal. Chem. 2002, 74, 1462-1466.
15. Lavigne, J. J.; Savoy, S.; Clevenger, M. B.; Ritchie, J. E.; McDoniel, B.; Yoo, S.-J.; Anslyn, E. V.; McDevitt, J. T.; Shear, J. B.; Neikirk, D. J. Am. Chem. Soc. 120, 6429-6430.
16. Christodoulides, N.; Tran, M.; Floriano, P. N.; Rodriguez, M.; Goodey, A. Anal. Chem. 2002, 74, 3030-3036.
17. Michael, K. L.; Taylor, L. C.; Schultz, S. L.; Walt, D. R. Anal. Chem. 1998, 70, 1242-1248.
18. Rothenhausler, B.; Knoll, W. Nature 1988, 332, 615-617.
19. Zizlsperger, M.; Knoll, W. Prog. Colloid Polym. Sci. 1998, 109, 244-253.
20. Aust, E. F.; Sawodny, M.; Ito, S.; Knoll, W. Scanning 1994, 16, 353-361.
21. Knoll, W. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 569-638.
22. Berger, C. E. H.; Beumer, T. A. M.; Kooyman, R. P. H.; Greve, J. Anal. Chem. 1998, 70, 703-706.
23. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948-4956.
24. Lyon, L. A.; Holliway, W. D.; Natan, M. J. Rev. Sci. Instrum. 1999, 70, 2076-2081.
25. Li, M.; Lee, H. J.; Condon, A. E.; Corn, R. M. Langmuir 2002, 18, 805-812.
26. Guedon, P.; Livache, T.; Martin, F.; Lesbre, F.; Roget, A.; Bidan, G.; Levy, Y. Anal. Chem. 2000, 72, 6003-6009.
27. Jordan, C. E.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1997, 69, 1449-1456.
28. Nelson, B. P.; Frutos, A. G.; Brockman, J. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 1999, 71, 3928-3934.
29. Nelson, B. P.; Grimsrud, T. E.; Liles, M. R.; Goodman, R. M.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2001, 73, 1-7.
30. Frutos, A. G.; Brockman, J. M.; Corn, R. M. Langmuir 2000, 16, 2192-2197.
31. Brockman, J. M.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8044-8051.
32. Shumaker-Parry, J. S.; Nelson, K. E.; Aebersold, R.; Campbell, C. T. In preparation.
33. Shumaker-Parry, J. S.; Campbell, C. T. Anal. Chem. 2004, 76, 907-917.
34. Jung, L. S.; Campbell, C. T.; Chinowsky, T. M.; Mar, M. N.; Yee, S. S. Langmuir 1998, 14, 5636-5648.
35. Guille, M. J.; Kneale, G. G. Mol. Biotechol. 1997, 8, 35-52.
36. Brockman, J. M.; Nelson, B. P.; Corn, R. M. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000. 51, 41-63.
37. Smith, E. A.; Erickson, M. G.; Ulijasz, A. T.; Weisblum, B.; Corn, R. M. Langmuir 2002, 17, 1486-1492.
38. O'Brien, J. C.; Stickney, J.T.; Porter, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5004-5005.
39. O'Brien, J. C.; Stickney, J. T.; Porter, M. D. Langmuir 2000, 16, 9559-9567.
40. Stranick, S. J.; Parikh, A. N.; Tao, Y. T.; Allara, D. L.; Weiss, P. S. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7636-7646.
41. Shumaker-Parry, J. S.; Campbell, C. T.; Sturmo, G. D.; Silbaq, F. S.; Aebersold, R. H. Proc. SPIE-Scanning and Force Microscopies for Biomedical Applications II; San Jose, CA, 2000; pp 158-166.
42. Bambdad, C. Biophys. J. 1998, 75, 1997-2003.
43. Jung, L. S.; Nelson, K. F.; Campbell, C. T.; Stayton, P. S.; Yee, S. S.; Perez-Luna, V.; Lopez, G. P. Sens. Actuators, B 1999, 54, 137-144.
44. Prime, K. L.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 10714-10721.
45. Pale-Grosdemange, C.; Simon, E. S.; Prime, K. L.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 12-20.
46. Nelson, K. E.; Gamble, L.; Jung, L. S.; Boeckl, M. S.; Naeemi, E.; Golledge, S. L.; Sasaki, T.; Castner, D. G.; Campbell, C. T.; Stayton, P. S. Langmuir 2001, 17, 2807-2816.
47. Darst, S. A.; Ahlers, M.; Meller, P. H.; Kubalek, E. W.; Blankenburg, R. ; Ribi, H. O.; Ringsdorf, H.; Kornberg, R. D. Biophys. J. 1991, 59, 387-396.
48. Shumaker-Parry, J. S.; Aebersold, R.; Campbell, C. T. Submitted to Anal. Chem.
49. Schwartz, D. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 107-137.
50. Riepl, M.; Enander, K.; Liedberg, B.; Schäferling, M.; Kruschina, M.; Ortiago, F. Langmuir 2002, 18, 7016-7023.
51. Jung, L. S.; Nelson, K. E.; Stayton, P. S.; Campbell, C. T. Langmuir 2000, 16, 9421-9432.
52. TeleChem International, www.arrayit.com.
53. Harrington, R. E. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 6957-6964.
54. Wu, P. G.; Fujimoto, B. S.; Song, L.; Schurr, J. M. Biophys. Chem. 1991, 41, 217-236.
55. Darnell, J. E.; Lodish, H.; Baltimore, D. Molecular Cell Biology; Scientific American Books: New York, 1990.
56. Leslie, T. E.; Lilley, T. H. Biopolymers 1985, 24, 695-710.
57. Sjölander, S.; Urbaniczky, C. Anal. Chem. 1991, 63, 2338-2345.
58. Delrow, J. W.; Gebe. J. A.; Schurr, J. M. Biopolymers 1997, 42, 455-470.
59. Jung, L. S.; Shumaker-Parry, J. S.; Campbell, C. T.; Yee, S. S.; Gelb, M. H. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4177-4184.
60. Xia, N.; Shumaker-Parry, J. S.; Zareie, M. H.; Campbell, C. T.; Castner, D. G. Submitted to Langmuir.