Proteomics and Disease - The Challenges for Technology and Discovery

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 2, 2004, Pages 167-178

  Marko Varga, György ^a   Fehniger, Thomas E ^a  

^a ASTRAZENECA R AND D   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE;

MEDICAL RESEARCH; PHENOTYPE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEOMICS; REVIEW; TECHNOLOGY; TREATMENT PLANNING;

BIOLOGICAL MARKERS; BIOTECHNOLOGY; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; GENOMICS; HUMANS; MOLECULAR BIOLOGY; NEOPLASMS; PHENOTYPE; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 5644255361     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049958+     Document Type: Review

References (93)

1. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics. 2003, 2(1), 50.
2. Kettman, J. R.; Coleclough, C.; Frey, J. R.; Lefkovits, I. Proteomics 2002, 2(6), 624-631.
3. Cipra, B. Science 2003, 299, 651.
4. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 2, 198-207.
5. Phizicky, E.; Bastiaens, P. I.; Zhu, H.; Snyde, M.; Fields, S. Nature 2003, 422, 208-215.
6. Kenyon, G. L.; DeMarini, D. M.; Fuchs, E. et al. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 763-780.
7. The Nobel Foundation http://www.nobel.se/chemistry/laureates/2002/index.html.
8. Fenn, J.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
9. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261.
10. Gavin, A.-C.; Bosche, M.; Krause, R. et al. Nature 2002, 415, 141-147.
11. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A. et al. Nature 2002, 415, 180-183.
12. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Boume P. E. The Protein Data Bank. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
13. Edwards, A. M.; Arrowsmith, C. H.; Christendat, D.; Dharamsi, A.; Friesen, J. D.; Greenblatt, J. F.; Vedadi, M. Nat. Struct. Biol. 2000, 7 Suppl., 970-972.
14. Figeys, D. Anal. Chem. 2002, 74, 413A-419A.
15. Anderson, L.; Seilhamer, J. Electrophoresis 1997, 18, 533-537.
16. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Electrophoresis 1998, 19, 1853-1861.
17. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. 1999, 19, 1720-1730.
18. Miklos, G. L. G.; Maleszka, R. Proteomics 2001, 1, 169-178.
19. Anderson, L.; Anderson, J. Proteomics 2000, 1, 1-13.
20. Bratt, C.; Lindberg, C.; Lindberg, C.; Marko-Varga, G. J. Chromatogr. A 2001, 909, 279-288.
21. Fey, S. J.; Larsen, P. M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 26-33.
22. Malmstrom, J.; Bratt, C.; Lindberg, H.; Lindberg, C.; Burns, J.; Fey, S. ; Mose Larsen, P.; Wieslander, E.; Särnstrand, B.; Marko-Varga, G. Mol. Cell. Proteomics, submitted, 2003.
23. Veenstra, T. D. Adv. Protein Chem. 2003, 65, 161-194.
24. Malmstrom, L.; Malmstrom, J.; Marko-Varga, G.; Westergren-Thorsson, G. J. Proteome Res. 2002, 1, 135-138.
25. Unger, K. K.; Racaityte, K.; Wagner, K., T.; Edholm, L.-E.; Marko-Varga, G.; Bischoff, R.; Miliotis, J. High Res. Chromatogr. 2000, 23, 259-265.
26. Machtejevas, E.; John, H.; Wagner, K.; Ständker, L.; Marko-Varga, G.; Forssmann, W. G.; Bischoff, R.; Unger, K. K., J. Chromatogr. B 2003, submitted.
27. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem, 2001, 70, 437-473.
28. Link, A. J.; Eng, J.; Schietz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garwik, B. M.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
29. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
30. Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Jensen, P. K. Electrophoresis 2001, 9, 1652-1668.
31. Wu, S.-L.; Choudhary, G.; Ramström, M.; Bergquist, J.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 383-393.
32. Malmström, J.; Larsen, K.; Malmström, L.; Tufvesson, E.; Parker, K.; Marchese, J.; Williamsson, B.; Patterson, D.; Martin, S.; Westergren-Thorson, G.; Juhasz, P.; Marko-Varga, G. J. Proteome Res., in press.
33. Bodnar, W. M.; Blackburn, R. K.; Krise, J. M.; Moseley, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14(9), 971-979.
34. McDonald, W. H.; Yates, J. R. 3rd. Curr. Opin. Mol. Ther. 2003, 5(3), 302-309.
35. McDonald, W. H.; Yates, J. R. 3rd Dis. Markers 2002, 18(2), 99-105.
36. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
37. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotech. 2002, 20, 512-515.
38. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Mass Spectrometry in Proteomics. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
39. Giaever, G.; Chu, A. M.; Ni, L. et. al. Nature 2002, 418(6896), 387-391.
40. Ghaemmaghami, S.; Huh, W. K.; Bower, K.; Howson, R. W.; Belle, A.; Dephoure, N.; O'Shea, E. K.; Weissman, J. S. Nature. 2003 Oct 16; 425(6959): 737-41.
41. Huh, W. K.; Falvo, J. V.; Gerke, L. C.; Carroll, A. S.; Howson, R. W.; Weissman, J. S.; O'Shea, E. K. Nature 2003, 425(6959), 686-691.
42. Flory, M. R.; Griffin, T. J.; Martin, D.; Aebersold, R. Trends Biotechnol. 2002, 12 Suppl., S23-29.
43. Hanash, S. H.; Bobek, M. P.; Rickman, D. S.; Williams, T.; Rouillard, J. M.; Kuick, R. Puravs. Proteomics 2002, 2, 69-75.
44. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17(10), 994-999.
45. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20(5), 512-515.
46. Goshe, M. B.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14(1), 101-109.
47. Kalghatgi, K.; Horvath, C. S. J. Chromatogr. 1987, 398, 335.
48. Molnar, I.; Horvath, Cs. J. Chromatogr. 1977, 143, 39-48.
49. Ma, S.; Kalman, F.; Kalman, A.; Thunecke, F.; Horvath, C. J. Chromatogr A. 1995, 711, 67-82.
50. Laurell, T.; Marko-Varga, G. Proteomics 2002, 2, 345-351.
51. Marko-Varga, G.; Nilsson, J.; Laurell, T. Electrophoresis 2003, 24, 3521-3532.
52. Walcher, W.; Franze, T.; Weller, M. G.; Pöschl, U.; Huber, C. G.; J. Proteome. Res. 2003, in pres.
53. Vollmer, M.; Nägele, E.; Hörth, P. J. Biomol. Technol. 2003, 14, 128-132.
54. Rocklin, R. D.; Ramsey, R. S.; Ramsey, J. M. Anal. Chem. 2000, 72, 5244-5249.
55. Michels, D. A.; Hu, S.; Schoenherr, R. M.; Eggertson, M. J.; Dovichi, N. J. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 69-74.
56. Tabuchi, T.; Yasuhiro, K.; Nakamura, K.; Baba, Y.; J. Proteomics Res. 2003, 2, 431-435.
57. Templin, M. F.; Stoll, D.; Schwenk, J. M.; Pötz, O.; Kramer, S.; Joos, T. O. Proteomics 2003, 3, 2155-2166.
58. Seong, S.-Y.; Choi, C.-Y. Proteomics 2003, 3, 2176-2189.
59. Wulfkuhle, J. D.; Aquino, J. A.; Calvert, V. S.; Fishman, D. A.; Coukos, G.; Liotta, L. A.; Petricoin III, E. F. Proteomics 2003, 3, 2085-2090.
60. Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 40-45.
61. Robinson, W. H.; DiGennaro, C.; Hueber, W. et al. Nat. Med. 2002, 8, 295-301.
62. Rees, J. Science 2002, 296, 698-700.
63. Thomas, L. New Engl. J. Med. 1971, 284(19), 1082-1083.
64. Reboul, J.; Vaglio, P.; Rual, J. F. et. al. Nat. Genet. 2003, 34(1), 35-41.
65. Mawuenyega, K. G.; Kaji, H.; Yamuchi, Y.; Shinkawa, T.; Saito, H.; Taoka, M.; Takahashi, N.; Isobe, T. J. Proteome Res. 2003, 2(1), 23-35.
66. Uetz, P. et al. Nature 2000, 403, 623-627.
67. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D. et al. Nature 2002, 419(6906), 520-526.
68. Giot, L.; Bader, J. S.; Brouwer, C. et al. Science 2003, 302(5651), 1727-1736.
69. Li, S.; Armstrong, C. M.; Bertin, N. et al. Science 2004, 303(5657), 540-543.
70. Camon, E.; Magrane, M.; Barrell, D.; Binns, D.; Fleischmann, W.; Kersey, P.; Mulder, N.; Oinn, T.; Maslen, J.; Cox, A.; Apweiler, R. Genome Res. 2003, 13(4), 662-672.
71. Pawson, T.; Nas, P. Science 2003, 300, 445-452.
72. Pandey, A.; Podtelejnikov, A. V.; Blagoev, B. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97(1), 179-184.
73. Pandey, A.; Andersen, J. S.; Mann, M. Sci. STKE. 2000, 37, PL1.
74. Zhoud, Z.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P.; Reed, R. Nature 2002, 419(6903), 182-185.
75. Jorissen, R. N.; Walker, F.; Pouliot, N.; Garrett, T. P.; Ward, C. W.; Burgess, A. W. Exp. Cell. Res. 2003, 284(1), 31-53.
76. Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Ong, S. E.; Nielsen, M.; Foster, L. J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2003, 21(3), 315-318.
77. Espina, V.; Dettloff, K. A.; Cowherd, S.; Petricoin, E. F. 3rd; Liotta, L. A. Expert Opin. Biol. Ther. 2004, 1, 83-93.
78. Bonner, R. F.; Emmert-Buck, M.; Cole, K.; Pohida, T.; Chuaqui, R.; Goldstein, S.; Liotta, L. A. Science 1997, 21, 1482-1483.
79. Michener, C. M.; Ardekani, A. M.; Petricoin, E. F., 3rd; Liotta, L. A.; Kohn, E. C. Cancer Detect Prev. 2002, 26(4), 249-255.
80. Fend, F.; Raffeld, M. J. Clin. Pathol. 2000, 53(9), 666-672.
81. Petricoin, E.; Hackett, J.; Lesko, L.; Puri, R. K.; Gutman, S.; Chumakov, K.; Woodcock, J.; Feigal, D. W.; Zoon, K. C.; Sistare, F. D. Nat. Gen. 2002, 32, 474-479.
82. Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Prieto, D. A.; Tirumalal, R.; Veenstra, T. D. Anal. Chem. 2003, 149A-155A.
83. Frank, R.; Hargreaves, R. Nat. Rev. Drug Discov. 2003, 7, 566-580.
84. Savage, D. R. Nat. Rev. Drug. Discuss. 2003, 2, 937-939.
85. Lesko, L. J.; Salerno, R. A.; Spear, B. B. J. Clin. Pharmacol. 2003, 43(4), 342-358.
86. Service, R. F. Science 2003, 302(5649), 1316-1318.
87. Edelman, G. M.; Gally, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98(24), 13 763-13 768.
88. th ATS Meeting; Seattle, Washington, USA, 2003, P. A741.
89. Zhang, H.; Li X-J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
90. Vazquez, A.; Flammini, A.; Maritan, A.; Vespignani, A. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 697-702.
91. Patterson, S. D. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 221-222.
92. Jensen, L. J.; Gupta, R.; Staerfeldt H-H.; Brunak, S. Bioinformatics 2003, 19, 635-642.
93. Jerne, N. K. Australas Ann. Med. 1969, 18(4), 345-348.