Chemogenomics with Peptide Secondary Structure Mimetics

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 6, Issue 7, 2003, Pages 611-621

  Eguchi, Masakatsu ^a,b   McMillan, Michael ^a   Nguyen, Cu ^a   Teo, Jia Ling ^b   Chi, Emil Y ^b   Henderson Jr , William R ^b   Kahn, Michael ^a,b  

^a PACIFIC NORTHWEST RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ENZYME INHIBITOR; IMMUNOGLOBULIN ENHANCER BINDING PROTEIN; INTERLEUKIN 2 RECEPTOR; INTERLEUKIN 2 RECEPTOR ALPHA; MOL 294; OXIDOREDUCTASE; PNRI 299; THIOREDOXIN; TRANSCRIPTION FACTOR AP 1; UNCLASSIFIED DRUG;

ANIMAL EXPERIMENT; ANIMAL MODEL; ANIMAL TISSUE; ASTHMA; CHEMICAL GENETICS; CONTROLLED STUDY; CYTOKINE PRODUCTION; DRUG EFFECT; DRUG MECHANISM; DRUG STRUCTURE; DRUG TARGETING; ENZYME SUBSTRATE; HUMAN; HUMAN CELL; NONHUMAN; OXIDATION REDUCTION REACTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; REGULATORY MECHANISM; REVIEW; RODENT; SOLID; T LYMPHOCYTE; VALIDATION PROCESS;

ANIMALIA; HUMAN T-LYMPHOTROPIC VIRUS 1; MURINAE; RODENTIA;

EID: 0348142123     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620703771981197     Document Type: Review

References (90)

1. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D. ; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S. ; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P. ; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C. Science 2001, 291, 1304-51.
2. Botstein, D.; Risch, N. Nat. Genet. 2003, 33 Suppl., 228-37.
3. Bochner, B. R. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 309-14.
4. Marte, B. Nature 2003, 422, 191.
5. McManus, M. T.; Sharp, P. A. Nat. Rev. Genet. 2002, 3, 737-47.
6. Tiscornia, G.; Singer, O.; Ikawa, M.; Verma, I. M. Proc. Natl. Acad Sci. USA 2003, 100, 1844-8.
7. Caron, P. R.; Mullican, M. D.; Mashal, R. D.; Wilson, K. P.; Su, M. S.; Murcko, M. A. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 464-70.
8. Somers, W.; Ultsch, M.; De Vos, A. M.; Kossiakoff, A. A. Nature 1994, 372, 478-81.
9. Muller, C. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 26-32.
10. Rose, G. D.; Gierasch, L. M.; Smith, J. A. Adv. Protein Chem. 1985, 37, 1-109.
11. Bode, W.; Huber, R. Eur. J. Biochem. 1992, 204, 433-51.
12. Wu, T. P.; Yee, V.; Tulinsky, A.; Chrusciel, R. A.; Nakanishi, H.; Shen, R.; Priebe, C.; Kahn, M. Protein Eng. 1993, 6, 471-8.
13. Lowe, E. D.; Noble, M. E.; Skamnaki, V. T.; Oikonomakos, N. G.; Owen, D. J.; Johnson, L. N. EMBO J. 1997, 16, 6646-58.
14. Hubbard, S. R. EMBO J. 1997, 16, 5572-81.
15. Pascal, S. M.; Singer, A. U.; Gish, G.; Yamazaki, T.; Shoelson, S. E.; Pawson, T.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J. D. Cell 1994, 77, 461-72.
16. Brown, J. H.; Jardetzky, T. S.; Gorga, J. C.; Stern, L. J.; Urban, R. G. ; Strominger, J. L.; Wiley, D. C. Nature 1993, 364, 33-9.
17. Hruby, V. J.; Al-Obeidi, F.; Kazmierski, W. Biochem. J. 1990, 268, 249-62.
18. Wiley, R. A.; Rich, D. H. Med. Res. Rev. 1993, 13, 327-84.
19. Nakanishi, H.; Ramurthy, S.; Raktabutr, A.; Shen, R.; Kahn, M. Gene 1993, 137, 51-6.
20. Giannis, A.; Kolter, T. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1993, 32, 1244-67.
21. Fairlie, D. P.; West, M. L.; Wong, A. K. Curr. Med. Chem. 1998, 5, 29-62.
22. Abe, Y.; Kayakiri, H.; Satoh, S.; Inoue, T.; Sawada, Y.; Imai, K.; Inamura, N.; Asano, M.; Hatori, C.; Katayama, A.; Oku, T.; Tanaka, H. J. Med. Chem. 1998, 41, 564-78.
23. Davie, E. W.; Fujikawa, K. Annu. Rev. Biochem. 1975, 44, 799-829.
24. Kimball, S. D. Blood Coagul. Fibrinolysis 1995, 6, 511-9.
25. Kathiresan, S.; Shiomura, J.; Jang, I. K. J. Thromb. Thrombolysis 2002, 13, 41-7.
26. Bode, W.; Mayr, I.; Baumann, U.; Huber, R.; Stone, S. R.; Hofsteenge, J. EMBO J. 1989, 8, 3467-75.
27. Ogbu, C. O.; Qabar, M. N.; Boatman, P. D.; Urban, J.; Meara, J. P.; Ferguson, M. D.; Tulinsky, J.; Lum, C.; Babu, S.; Balskovich, M. A.; Nakanishi, H.; Ruan, F.; Cao, B.; Minarik, R.; Little, T.; Nelson, S.; Nguyen, M.; Gall, A.; Kahn, M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998, 8, 2321.
28. Blaskovich, M. A.; Kahn, M. J. Org. Chem. 1989, 63, 1119-25.
29. Boatman, P. D.; Urban, J.; Nguyen, M.; Qabar, M.; Kahn, M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003, 13, 1445-9.
30. Mathew, J.; Farber, K.; Nakanishi, H.; Qabar, M. Tetrahedron Lett. 2003, 44, 583-6.
31. Palczewski, K.; Kumasaka, T.; Hori, T.; Behnke, C. A.; Motoshima, H.; Fox, B. A.; Le Trong, I.; Teller, D. C.; Okada, T.; Stenkamp, R. E.; Yamamoto, M.; Miyano, M. Science 2000, 289, 739-45.
32. Baldwin, J. M. EMBO J. 1993, 12, 1693-703.
33. George, S. R.; O'Dowd, B. F.; Lee, S. P. Nat. Rev. Drug Discov. 2002, 1, 808-20.
34. Goldstein, A.; Naidu, A. Mol. Pharmacol. 1989, 36, 265-72.
35. Dhawan, B. N.; Cesselin, F.; Raghubir, R.; Reisine, T.; Bradley, P. B.; Portoghese, P. S.; Hamon, M. Pharmacol. Rev. 1996, 48, 567-92.
36. Minami, M.; Satoh, M. Neurosci. Res. 1995, 23, 121-45.
37. Wang, J. B.; Johnson, P. S.; Persico, A. M.; Hawkins, A. L.; Griffin, C. A.; Uhl, G. R. FEBS Lett. 1994, 338, 217-22.
38. Knapp, R. J.; Malatynska, E.; Fang, L.; Li, X.; Babin, E.; Nguyen, M.; Santoro, G.; Varga, E. V.; Hruby, V. J.; Roeske, W. R.; et al. Life Sci. 1994, 54, L463-9.
39. Mansson, E.; Bare, L.; Yang, D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 202, 1431-7.
40. Wolozin, B. L.; Pasternak, G. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1981, 78, 6181-5.
41. Xu, H.; Partilla, J. S.; de Costa, B. R.; Rice, K. C.; Rothman, R. B. Peptides 1993, 14, 893-907.
42. Zukin, R. S.; Eghbali, M.; Olive, D.; Unterwald, E. M.; Tempel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1988, 85, 4061-5.
43. Pasternak, G. W. Life Sci. 2001, 68, 2213-9.
44. Hassan, M.; Goodman, M. Biochemistry 1986, 25, 7596-606.
45. Pettitt, B. M.; Matsunaga, T.; al-Obeidi, F.; Gehrig, C.; Hruby, V. J.; Karplus, M. Biophys. J. 1991, 60, 1540-4.
46. Smith, D.; Griffin, J. F. Science 1978, 199, 1214-6.
47. Roques, B. P.; Garbay-Jaureguiberry, C.; Oberlin, R.; Anteunis, M.; Lala, A. K. Nature 1976, 262, 778-9.
48. Eguchi, M.; Lee, M. S.; Nakanishi, H.; Stasiak, M.; Lovell, S.; Kahn, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 12204-5.
49. Wilmot, C. M.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 203, 221-32.
50. Hughes, J.; Smith, T. W.; Kosterlitz, H. W.; Fothergill, L. A.; Morgan, B. A.; Morris, H. R. Nature 1975, 258, 577-80.
51. Mansour, A.; Khachaturian, H.; Lewis, M. E.; Akil, H.; Watson, S. J. Trends Neurosci. 1988, 11, 308-14.
52. Eguchi, M.; Lee, M. S.; Stasiak, M.; Kahn, M. Tetrahedron Lett. 2001, 42, 1237-9.
53. Eguchi, M.; Shen, R. Y.; Shea, J. P.; Lee, M. S.; Kahn, M. J. Med. Chem. 2002, 45, 1395-8.
54. Podlogar, B. L.; Paterlini, M. G.; Ferguson, D. M.; Leo, G. C.; Demeter, D. A.; Brown, F. K.; Reitz, A. B. FEBS Lett. 1998, 439, 13-20.
55. Karin, M.; Lin, A. Nat. Immunol. 2002, 3, 221-7.
56. Shaulian, E.; Karin, M. Nat. Cell Biol. 2002, 4, E131-6.
57. Yoshioka, K.; Deng, T.; Cavigelli, M.; Karin, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 4972-6.
58. Sen, C. K.; Packer, L. FASEB J. 1996, 10, 709-20.
59. Zingarelli, B.; Sheehan, M.; Wong, H. R. Crit. Care Med. 2003, 31, S105-11.
60. Herndon, T. M.; Juang, Y. T.; Solomou, E. E.; Rothwell, S. W.; Gourley, M. F.; Tsokos, G. C. Clin. Immunol. 2002, 103, 145-53.
61. Misra-Press, A.; McMillan, M.; Cudaback, E.; Qabar, M.; Ruan, F.; Nguyen, M.; Vaisar, T.; Nakanishi, H.; Kahn, M. Curr. Med. Chem. Anti-Inflammatory and Anti-Allergy Agents 2002, 1, 29-39.
62. Danishefsky, S.; Kitahara, T. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 7807-8.
63. Nguyen, C.; Teo, J. L.; Matsuda, A.; Eguchi, M.; Chi, E. Y.; Henderson, W. R., Jr.; Kahn, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 1169-73.
64. Henderson, W. R., Jr.; Chi, E. Y.; Teo, J. L.; Nguyen, C.; Kahn, M. J. Immunol. 2002, 169, 5294-9.
65. Matthews, J. R.; Wakasugi, N.; Virelizier, J. L.; Yodoi, J.; Hay, R. T. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 3821-30.
66. Nakamura, H.; Nakamura, K.; Yodoi, J. Annu. Rev. Immunol. 1997, 15, 351-69.
67. Kurooka, H.; Kato, K.; Minoguchi, S.; Takahashi, Y.; Ikeda, J.; Habu, S. ; Osawa, N.; Buchberg, A. M.; Moriwaki, K.; Shisa, H.; Honjo, T. Genomics 1997, 39, 331-9.
68. Miranda-Vizuete, A.; Gustafsson, J. A.; Spyrou, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 243, 284-8.
69. Xanthoudakis, S.; Curran, T. EMBO J. 1992, 11, 653-65.
70. Hirota, K.; Matsui, M.; Iwata, S.; Nishiyama, A.; Mori, K.; Yodoi, J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94, 3633-8.
71. Qin, J.; Clore, G. M.; Kennedy, W. P.; Kuszewski, J.; Gronenborn, A. M. Structure 1996, 4, 613-20.
72. Qin, J.; Clore, G. M.; Kennedy, W. M.; Huth, J. R.; Gronenborn, A. M. Structure 1995, 3, 289-97.
73. Muller, C. W.; Rey, F. A.; Sodeoka, M.; Verdine, G. L.; Harrison, S. C. Nature 1995, 373, 311-7.
74. Ghosh, G.; van Duyne, G.; Ghosh, S.; Sigler, P. B. Nature 1995, 373, 303-10.
75. Rosania, G. R.; Chang, Y. T.; Perez, O.; Sutherlin, D.; Dong, H.; Lockhart, D. J.; Schultz, P. G. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 304-8.
76. Abate, C.; Patel, L.; Rauscher, F. J. 3rd.; Curran, T. Science 1990, 249, 1157-61.
77. Xanthoudakis, S.; Miao, G.; Wang, F.; Pan, Y. C.; Curran, T. EMBO J. 1992, 11, 3323-35.
78. Yan, M.; Xu, W.; Lu, L.; Sun, L.; Liu, X.; Zheng, Z. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 278, 462-9.
79. Xu, Y. J.; Kim, E. Y.; Demple, B. J. Biol. Chem. 1998, 273, 28837-44.
80. Xanthoudakis, S.; Miao, G. G.; Curran, T. Proc. Natl. Acad Sci. USA 1994, 91, 23-7.
81. Walker, L. J.; Robson, C. N.; Black, E.; Gillespie, D.; Hickson, I. D. Mol. Cell Biol. 1993, 13, 5370-6.
82. Gorman, M. A.; Morera, S.; Rothwell, D. G.; de La Fortelle, E.; Mol, C. D.; Tainer, J. A.; Hickson, I. D.; Freemont, P. S. EMBO J. 1997, 16, 6548-58.
83. Oh, S. W.; Pae, C. I.; Lee, D. K.; Jones, F.; Chiang, G. K.; Kim, H. O.; Moon, S. H.; Cao, B.; Ogbu, C.; Jeong, K. W.; Kozu, G.; Nakanishi, H.; Kahn, M. ; Chi, E. Y.; Henderson, W. R., Jr. J. Immunol. 2002, 168, 1992-2000.
84. Rooney, J. W.; Sun, Y. L.; Glimcher, L. H.; Hoey, T. Mol. Cell Biol. 1995, 15, 6299-310.
85. Burke, T. F.; Casolaro, V.; Georas, S. N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 270, 1016-23.
86. Loots, G. G.; Locksley, R. M.; Blankespoor, C. M.; Wang, Z. E.; Miller, W.; Rubin, E. M.; Frazer, K. A. Science 2000, 288, 136-40.
87. Mori, A.; Kaminuma, O.; Mikami, T.; Inoue, S.; Okumura, Y.; Akiyama, K.; Okudaira, H. J. Allergy Clin. Immunol. 1999, 103, S429-36.
88. Macian, F.; Garcia-Rodriguez, C.; Rao, A. EMBO J. 2000, 19, 4783-95.
89. Fallon, P. G.; Jolin, H. E.; Smith, P.; Emson, C. L.; Townsend, M. J.; Fallon, R.; McKenzie, A. N. Immunity 2002, 17, 7-17.
90. Flaherty, D. M.; Monick, M. M.; Carter, A. B.; Peterson, M. W.; Hunninghake, G. W. Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2001, 25, 254-9.