Genomics and taxonomy in diagnostics for food security: Soft-rotting enterobacterial plant pathogens

Analytical Methods

Volumn 8, Issue 1, 2016, Pages 12-24

  Pritchard, Leighton ^a   Glover, Rachel H ^b   Humphris, Sonia ^a   Elphinstone, John G ^b   Toth, Ian K ^a  

^a SCOTTISH CROP RESEARCH INSTITUTE   (United Kingdom)

^b FOOD AND ENVIRONMENT RESEARCH AGENCY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLASSIFICATION (OF INFORMATION); DIAGNOSIS; FOOD SUPPLY; GENE TRANSFER; GENES; LAWS AND LEGISLATION; SURFACE WATERS; TAXONOMIES;

CLASSIFICATION METHODS; DETECTION AND DIAGNOSIS; DETECTION AND IDENTIFICATIONS; DIAGNOSTIC TESTING; ENTEROBACTERIACEAE; HORIZONTAL GENE TRANSFER; PATHOGENIC ISOLATES; WHOLE GENOME SEQUENCING;

FOOD MICROBIOLOGY;

EID: 84952836694     PISSN: 17599660     EISSN: 17599679     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ay02550h     Document Type: Review

References (66)

1. J. Mansfield S. Genin S. Magori V. Citovsky M. Sriariyanum P. Ronald M. Dow V. Verdier S. V. Beer M. A. Machado I. Toth G. Salmond G. D. Foster Mol. Plant Pathol. 2012 13 614 629
2. P. R. Davidsson T. Kariola O. Niemi E. T. Palva Front. Plant Sci. 2013 4 191
3. N. Hugouvieux-Cotte-Pattat G. Condemine V. E. Shevchik Environ. Microbiol. Rep. 2014 6 427 440
4. H. Liu S. J. Coulthurst L. Pritchard P. E. Hedley M. Ravensdale S. Humphris T. Burr G. Takle M. B. Brurberg P. R. Birch G. P. Salmond I. K. Toth PLoS Pathog. 2008 4 e1000093
5. I. K. Toth L. Pritchard P. R. Birch Annu. Rev. Phytopathol. 2006 44 305 336
6. I. K. Toth J. M. van der Wolf G. Saddler E. Lojkowska V. Hélias M. Pirhonen L. Tsror Lahkim J. G. Elphinstone Plant Pathol. 2011 60 385 399
7. R. Czajkowski M. Perombelon S. Jafra E. Lojkowska M. Potrykus J. van der Wolf W. Sledz Ann. Appl. Biol. 2015 166 18 38
8. B. Ma M. E. Hibbing H. S. Kim R. M. Reedy I. Yedidia J. Breuer J. Breuer J. D. Glasner N. T. Perna A. Kelman A. O. Charkowski Phytopathology 2007 97 1150 1163
9. J. R. Lamichhane C. Bartoli Plant Pathol. 2015 64 757 766
10. P. Panda M. A. W. J. Fiers K. Armstrong A. R. Pitman New Dis. Rep. 2012 26 15
11. A. R. Pitman P. J. Wright M. D. Galbraith S. A. Harrow Australas. Plant Pathol. 2008 37 559
12. S. Baghaee-Ravari H. Rahimian M. Shams-Bakhsh E. Lopez-Solanilla M. Antúnez-Lamas P. Rodríguez-Palenzuela Eur. J. Plant Pathol. 2010 129 413 425
13. L. N. Moleleki E. M. Onkendi A. Mongae G. C. Kubheka Eur. J. Plant Pathol. 2012 135 279 288
14. M. L. Pasanen J. Brader G. Palva E. T. Ahola V. van der Wolf J. Hannukkala A. M. Pirhonen Ann. Appl. Biol. 2013 163 403 419
15. D. H. Lee J. B. Kim J. A. Lim S. W. Han S. Heu Plant Pathol. J. 2014 30 117 124
16. N. Parkinson L. Pritchard R. Bryant I. Toth J. Elphinstone Eur. J. Plant Pathol. 2014 141 63 70
17. A. O. Charkowski, J. Lind and I. Rubio-Salazar, in Genomics of Plant-Associated Bacteria, ed., D. C. Gross, A. Lichens-Park, and, C. Kole, Springer, Berlin, 2014, pp. 37-58
18. A. Lupo K. M. Papp-Wallace P. Sendi R. A. Bonomo A. Endimiani Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2013 77 179 194
19. H. Rohde J. Qin Y. Cui D. Li N. J. Loman M. Hentschke W. Chen F. Pu Y. Peng J. Li F. Xi S. Li Y. Li Z. Zhang X. Yang M. Zhao P. Wang Y. Guan Z. Cen X. Zhao M. Christner R. Kobbe S. Loos J. Oh L. Yang A. Danchin G. F. Gao Y. Song Y. Li H. Yang J. Wang J. Xu M. J. Pallen J. Wang M. Aepfelbacher R. Yang N. Engl. J. Med. 2011 365 718 724
20. A. R. Deans S. E. Lewis E. Huala S. S. Anzaldo M. Ashburner J. P. Balhoff D. C. Blackburn J. A. Blake J. G. Burleigh B. Chanet L. D. Cooper M. Courtot S. Csosz H. Cui W. Dahdul S. Das T. A. Dececchi A. Dettai R. Diogo R. E. Druzinsky M. Dumontier N. M. Franz F. Friedrich G. V. Gkoutos M. Haendel L. J. Harmon T. F. Hayamizu Y. He H. M. Hines N. Ibrahim L. M. Jackson P. Jaiswal C. James-Zorn S. Kohler G. Lecointre H. Lapp C. J. Lawrence N. Le Novere J. G. Lundberg J. Macklin A. R. Mast P. E. Midford I. Miko C. J. Mungall A. Oellrich D. Osumi-Sutherland H. Parkinson M. J. Ramirez S. Richter P. N. Robinson A. Ruttenberg K. S. Schulz E. Segerdell K. C. Seltmann M. J. Sharkey A. D. Smith B. Smith C. D. Specht R. B. Squires R. W. Thacker A. Thessen J. Fernandez-Triana M. Vihinen P. D. Vize L. Vogt C. E. Wall R. L. Walls M. Westerfeld R. A. Wharton C. S. Wirkner J. B. Woolley M. J. Yoder A. M. Zorn P. Mabee PLoS Biol. 2015 13 e1002033
21. V. Kunin L. Goldovsky N. Darzentas C. A. Ouzounis Genome Res. 2005 15 954 959
22. M. J. Pallen B. W. Wren Nature 2007 449 835 842
23. P. Puigbo Y. I. Wolf E. V. Koonin Genome Biol. Evol. 2010 2 745 756
24. A. C. Martiny K. Treseder G. Pusch ISME J. 2013 7 830 838
25. R. J. Siezen J. R. Bayjanov G. E. Felis M. R. van der Sijde M. Starrenburg D. Molenaar M. Wels S. A. van Hijum J. E. van Hylckama Vlieg Microb. Biotechnol. 2011 4 383 402
26. C. I. Kado Mol. Plant Pathol. 2009 10 143 150
27. H. C. Lovell J. W. Mansfield S. A. Godfrey R. W. Jackson J. T. Hancock D. L. Arnold Curr. Biol. 2009 19 1586 1590
28. M. W. Silby C. Winstanley S. A. Godfrey S. B. Levy R. W. Jackson FEMS Microbiol. Rev. 2011 35 652 680
29. J. Nykyri O. Niemi P. Koskinen J. Nokso-Koivisto M. Pasanen M. Broberg I. Plyusnin P. Toronen L. Holm M. Pirhonen E. T. Palva PLoS Pathog. 2012 8 e1003013
30. M. Potrykus W. Sledz M. Golanowska M. Slawiak A. Binek A. Motyka S. Zoledowska R. Czajkowski E. Lojkowska Ann. Appl. Biol. 2014 165 474 487
31. L. Pritchard S. Humphris G. S. Saddler N. M. Parkinson V. Bertrand J. G. Elphinstone I. K. Toth Plant Pathol. 2013 62 587 596
32. H. Uematsu Y. Inoue Y. Ohto J. Gen. Plant Pathol. 2015 81 173 179
33. D. Fréchon P. Exbrayat V. Helias L. J. Hyman B. Jouan P. Llop M. M. Lopez N. Payet M. C. M. Perombélon I. K. Toth J. R. C. M. van Beckhoven J. M. van der Wolf Y. Bertheau Potato Res. 1998 41 163 173
34. A. Nassar A. Darrasse M. Lemattre A. Kotoujansky C. Dervin R. Vedel Y. Bertheau Appl. Environ. Microbiol. 1996 62 2228 2235
35. V. Duarte S. H. De Boer L. J. Ward A. M. R. Oliveira J. Appl. Microbiol. 2004 96 535 545
36. L. Pritchard N. J. Holden M. Bielaszewska H. Karch I. K. Toth PLoS One 2012 7 e34498
37. K. P. Williams J. J. Gillespie B. W. Sobral E. K. Nordberg E. E. Snyder J. M. Shallom A. W. Dickerman J. Bacteriol. 2010 192 2305 2314
38. J. M. van der Wolf E. H. Nijhuis M. J. Kowalewska G. S. Saddler N. Parkinson J. G. Elphinstone L. Pritchard I. K. Toth E. Lojkowska M. Potrykus M. Waleron P. de Vos I. Cleenwerck M. Pirhonen L. Garlant V. Helias J. F. Pothier V. Pfluger B. Duffy L. Tsror S. Manulis Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2014 64 768 774
39. L. Gardan C. Gouy R. Christen R. Samson Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003 53 381 391
40. R. Samson J. B. Legendre R. Christen M. Fischer-Le Saux W. Achouak L. Gardan Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005 55 1415 1427
41. D. I. Broadhurst D. B. Kell Metabolomics 2006 2 171 196
42. J. Goris K. T. Konstantinidis J. A. Klappenbach T. Coenye P. Vandamme J. M. Tiedje Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007 57 81 91
43. M. Richter R. Rossello-Mora Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 19126 19131
44. N. J. Varghese S. Mukherjee N. Ivanova K. T. Konstantinidis K. Mavrommatis N. C. Kyrpides A. Pati Nucleic Acids Res. 2015 43 6761 6771
45. L. Pritchard S. Humphris S. Baeyen M. Maes J. VanVaerenbergh J. Elphinstone G. Saddler I. Toth Genome Announc. 2013 1 e00087-12
46. L. Pritchard S. Humphris G. S. Saddler J. G. Elphinstone M. Pirhonen I. K. Toth Genome Announc. 2013 1 e00978-13
47. G. Marrero K. L. Schneider D. M. Jenkins A. M. Alvarez Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2013 63 3524 3539
48. J. Zhou Y. Cheng M. Lv L. Liao Y. Chen Y. Gu S. Liu Z. Jiang Y. Xiong L. Zhang BMC Genomics 2015 16 571
49. M. G. Langille J. Zaneveld J. G. Caporaso D. McDonald D. Knights J. A. Reyes J. C. Clemente D. E. Burkepile R. L. Vega Thurber R. Knight R. G. Beiko C. Huttenhower Nat. Biotechnol. 2013 31 814 821
50. S. Bentley Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 258 259
51. H. Tettelin D. Riley C. Cattuto D. Medini Curr. Opin. Microbiol. 2008 11 472 477
52. S. Khayi Y. Raoul des Essarts A. Quetu-Laurent M. Moumni V. Helias D. Faure Genetica 2015 143 241 252
53. T. Lefebure P. D. Bitar H. Suzuki M. J. Stanhope Genome Biol. Evol. 2010 2 646 655
54. D. J. Baumler R. G. Peplinski J. L. Reed J. D. Glasner N. T. Perna BMC Syst. Biol. 2011 5 182
55. D. A. Rasko M. J. Rosovitz G. S. Myers E. F. Mongodin W. F. Fricke P. Gajer J. Crabtree M. Sebaihia N. R. Thomson R. Chaudhuri I. R. Henderson V. Sperandio J. Ravel J. Bacteriol. 2008 190 6881 6893
56. C. Wang Z. L. Deng Z. M. Xie X. Y. Chu J. W. Chang D. X. Kong B. J. Li H. Y. Zhang L. L. Chen FEBS Lett. 2015 589 285 294
57. J. R. Bayjanov M. J. Starrenburg M. R. van der Sijde R. J. Siezen S. A. van Hijum BMC Microbiol. 2013 13 68
58. D. Bryant V. Moulton Mol. Biol. Evol. 2004 21 255 265
59. T. Pearson P. Giffard S. Beckstrom-Sternberg R. Auerbach H. Hornstra A. Tuanyok E. P. Price M. B. Glass B. Leadem J. S. Beckstrom-Sternberg G. J. Allan J. T. Foster D. M. Wagner R. T. Okinaka S. H. Sim O. Pearson Z. Wu J. Chang R. Kaul A. R. Hoffmaster T. S. Brettin R. A. Robison M. Mayo J. E. Gee P. Tan B. J. Currie P. Keim BMC Biol. 2009 7 78
60. K. Schliep P. Lopez F. J. Lapointe E. Bapteste Mol. Biol. Evol. 2011 28 1393 1405
61. K. Huang A. Brady A. Mahurkar O. White D. Gevers C. Huttenhower N. Segata Nucleic Acids Res. 2014 42 D617 D624
62. S. Marcus H. Lee M. C. Schatz Bioinformatics 2014 30 3476 3483
63. Y. Zhao J. Wu J. Yang S. Sun J. Xiao J. Yu Bioinformatics 2012 28 416 418
64. J. Quick N. Cumley C. M. Wearn M. Niebel C. Constantinidou C. M. Thomas M. J. Pallen N. S. Moiemen A. Bamford B. Oppenheim N. J. Loman BMJ Open 2014 4 e006278
65. N. J. Loman, J. Quick and J. T. Simpson, bioRxiv, 2015, 10.1101/015552
66. D. J. Turner, X. Dai, S. Mayes and S. Juul, Complete assembly of novel environmental bacterial genomes by MinIONTM sequencing, 2015