Probing the binding mechanism of novel dual NF-κB/AP-1 inhibitors by 3D-QSAR, docking and molecular dynamics simulations

RSC Advances

Volumn 5, Issue 99, 2015, Pages 81523-81532

  Ma, Shaojie ^a,d   Tan, Shepei ^a   Fang, Danqing ^b   Zhang, Rong ^a   Zhou, Shengfu ^a   Wu, Wenjuan ^a   Zheng, Kangcheng ^c  

^a GUANGDONG PHARMACEUTICAL UNIVERSITY   (China)

^b GUANGZHOU MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^c SUN YAT SEN UNIVERSITY   (China)

^d NANJING MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING SITES; BINS; BIOINFORMATICS; COMPUTATIONAL CHEMISTRY; DISEASES; FREE ENERGY; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS;

BINDING FREE ENERGY; COMPARATIVE MOLECULAR FIELD ANALYSIS; COMPUTATIONAL PROTOCOLS; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; RHEUMATOID ARTHRITIS; THREE DIMENSIONAL QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATIONSHIP (3D QSAR); TRANSPLANT REJECTION;

BINDING ENERGY;

EID: 84942515601     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5ra10831d     Document Type: Article

References (43)

1. H. Kleinert T. Wallerath G. Fritz I. Ihrig-Biedert F. Rodriguez-Pascual D. A. Geller U. Forstermann Br. J. Pharmacol. 1998 125 193 201
2. P. Delerive K. de Bosscher S. Besnard W. V. Berghe J. M. Peters F. J. Gonzalez J.-C. Fruchart A. Tedgui G. Haegeman B. Staels J. Biol. Chem. 1999 274 32048 32054
3. A. J. Lewis A. M. Manning Curr. Opin. Chem. Biol. 1999 3 489 494
4. P. A. Baeuerle D. Baltimore Cell 1996 87 13 20
5. H. Liu P. Sidiropoulos G. Song L. J. Pagliari M. J. Birrer B. Stein J. Anrather R. M. Pope J. Immunol. 2000 164 4277 4285
6. J. S. Wolf Z. Chen G. Dong J. B. Sunwoo C. C. Bancroft D. E. Capo N. T. Yeh N. Mukaida C. van Waes Clin. Cancer Res. 2001 7 1812 1820
7. M. R. Young H. S. Yang N. H. Colburn Trends Mol. Med. 2003 9 36 41
8. J. K. Kundu Y. J. Surh Mutat. Res. 2004 555 65 80
9. K. Tsuchida H. Chaki T. Takakura H. Kotsubo T. Tanaka Y. Aikawa S. Shiozawa S. Hirono J. Med. Chem. 2006 49 80 91
10. G. Freire C. Ocampo N. Ilbawi A. J. Griffin M. Gupta J. Mol. Cell. Cardiol. 2007 43 465 478
11. M. S. Palanki P. E. Erdman A. M. Manning A. Ow L. J. Ransone C. Spooner C. Suto M. Suto Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000 10 1645 1648
12. M. S. Palanki P. E. Erdman L. M. Gayo-Fung G. I. Shevlin R. W. Sullivan M. E. Goldman L. J. Ransone B. L. Bennett A. M. Manning M. J. Suto J. Med. Chem. 2000 43 3995 4004
13. M. S. Palanki P. E. Erdman M. Ren M. Suto B. L. Bennett A. Manning L. Ransone C. Spooner S. Desai A. Ow Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003 13 4077 4080
14. J. M. Doshi D. Tian C. Xing J. Med. Chem. 2006 49 7731 7739
15. S. C. Afford J. Ahmed-choudhury S. Randhawa C. Russell J. Youster H. A. Crosby A. Eliopoulos S. G. Hubscher L. S. Young D. H. Adams FASEB J. 2001 15 2345 2354
16. L. P. Cheng X. Y. Huang Z. Wang Z. P. Kai F. H. Wu Monatsh. Chem. 2014 145 1213 1225
17. M. Dong Y. Ren RSC Adv. 2015 5 13754 13761
18. N. Strynadka M. Eisenstein E. Katchalski-Katzir B. Shoichet I. Kuntz R. Abagyan M. Totrov J. Janin J. Cherfils F. Zimmerman Nat. Struct. Mol. Biol. 1996 3 233 239
19. S. K. Singh V. Saibaba K. S. Rao P. G. Reddy P. R. Daga S. A. Rajjak P. Misra Y. K. Rao Eur. J. Med. Chem. 2005 40 977 990
20. X. Y. Lu Y. D. Chen Q. D. You Chem. Biol. Drug Des. 2010 75 195 203
21. C. Selvam S. M. Jachak R. Thilagavathi A. K. Chakraborti Bioorg. Med. Chem. Lett. 2005 15 1793 1797
22. H. L. Qin Z. P. Shang I. Jantan O. U. Tan M. A. Hussain M. Sher S. N. A. Bukhari RSC Adv. 2015 5 46330 46338
23. M. Zhou H. Luo R. Li Z. Ding RSC Adv. 2013 3 22532 22543
24. R. Zhou B. J. Berne R. Germain Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14931 14936
25. Y. Tan Y. Chen Q. You H. Sun M. Li J. Mol. Model. 2012 18 1023 1036
26. S. Ma G. Zeng D. Fang J. Wang W. Wu W. Xie S. Tan K. Zheng Mol. BioSyst. 2015 11 394 406
27. Y. Shamsudin Khan H. Gutiérrez de Terán L. Boukharta J. Aqvist J. Chem. Inf. Model. 2014 54 1488 1499
28. R. D. Cramer D. E. Patterson J. D. Bunce J. Am. Chem. Soc. 1988 110 5959 5967
29. P. Gaillard P.-A. Carrupt B. Testa A. Boudon J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994 8 83 96
30. S. S. Kulkarni L. K. Gediya V. M. Kulkarni Bioorg. Med. Chem. 1999 7 1475 1485
31. V. Srivastava S. Gupta M. Siddiqi B. Mishra Eur. J. Med. Chem. 2010 45 1560 1571
32. M. Rybka A. G. Mercader E. A. Castro Chemom. Intell. Lab. Syst. 2014 132 18 29
33. M. Baroni G. Costantino G. Cruciani D. Riganelli R. Valigi S. Clementi Quant. Struct.-Act. Relat. 1993 12 9 20
34. D. A. Case, T. Darden, T. E. Cheatham III, C. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, K. M. Merz, D. A. Pearlman and M. Crowley, Amber 9, University of California, San Francisco, 2006
35. P. DobeŠ J. Fanfrlík J. Řezáč M. Otyepka P. Hobza J. Comput.-Aided Mol. Des. 2011 25 223 235
36. R. Salomon-Ferrer D. A. Case R. C. Walker Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2013 3 198 210
37. O. Bertran B. Zhang A. D. Schlüter A. Halperin M. Kröger C. Alemán RSC Adv. 2013 3 126 140
38. T. I. Cheatham J. Miller T. Fox T. Darden P. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 4193 4194
39. P. F. Batcho D. A. Case T. Schlick J. Chem. Phys. 2001 115 4003 4018
40. P. A. Kollman I. Massova C. Reyes B. Kuhn S. Huo L. Chong M. Lee T. Lee Y. Duan W. Wang Acc. Chem. Res. 2000 33 889 897
41. N. N. Mhlongo M. E. Soliman RSC Adv. 2015 5 10849 10861
42. J. M. Hayes V. T. Skamnaki G. Archontis C. Lamprakis J. Sarrou N. Bischler A. L. Skaltsounis S. E. Zographos N. G. Oikonomakos Proteins 2011 79 703 719
43. D. R. Roe A. Okur L. Wickstrom V. Hornak C. Simmerling J. Phys. Chem. B 2007 111 1846 1857