Reverse Transcriptase in Action: FRET-Based Assay for Monitoring Flipping and Polymerase Activity in Real Time

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 15, 2015, Pages 7690-7697

  Sharma, K K ^a   Przybilla, F ^a   Restle, T ^b   Boudier, C ^a   Godet, J ^a   Mely Y ^a  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^b UNIVERSITY HOSPITAL SCHLESWIG HOLSTEIN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BALLOONS; BINDING ENERGY; BIOMOLECULES; DISEASES; DNA; ENERGY TRANSFER; ENZYMES; FLUORESCENCE; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACIDS; POLYMERS; RNA; VIRUSES;

HIGHLY ACTIVE ANTI-RETROVIRAL THERAPIES; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1; POLYMERASE ACTIVITIES; RESONANCE ENERGY TRANSFER; REVERSE TRANSCRIPTASES; REVERSE TRANSCRIPTION; SINGLE MOLECULE FLUORESCENCE; STEADY STATE FLUORESCENCES;

ASSAYS;

PROTEIN BINDING; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE;

BIOASSAY; ENZYME SPECIFICITY; ENZYMOLOGY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; METABOLISM; PROCEDURES;

BIOLOGICAL ASSAY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HIV-1; PROTEIN BINDING; RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 84938632335     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b01126     Document Type: Article

References (61)

1. Sarafianos, S. G.; Das, K.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 716-30 10.1016/j.sbi.2004.10.013
2. Sarafianos, S. G.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2004, 36, 1706-15 10.1016/j.biocel.2004.02.027
3. Jacobo-Molina, A.; Ding, J.; Nanni, R. G.; Clark, A. D., Jr.; Lu, X.; Tantillo, C.; Williams, R. L.; Kamer, G.; Ferris, A. L.; Clark, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 6320-4 10.1073/pnas.90.13.6320
4. Kohlstaedt, L. A.; Wang, J.; Friedman, J. M.; Rice, P. A.; Steitz, T. A. Science 1992, 256, 1783-90 10.1126/science.1377403
5. Le Grice, S. F. J. Biol. Chem. 2012, 287, 40850-7 10.1074/jbc.R112.389056
6. Dash, C.; Rausch, J. W.; Le Grice, S. F. Nucleic. Acids. Res. 2004, 32, 1539-47 10.1093/nar/gkh307
7. Lapkouski, M.; Tian, L.; Miller, J. T.; Le Grice, S. F.; Yang, W. Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 230-6 10.1038/nsmb.2485
8. Rausch, J. W.; Le Grice, S. F. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2004, 36, 1752-66 10.1016/j.biocel.2004.02.016
9. Antoun, M. D.; Rios, Y. R.; Mendoza, N. T.; Proctor, G. P. R. Health. Sci. J. 1994, 13, 17-8
10. Hizi, A.; Tal, R.; Shaharabany, M.; Currens, M. J.; Boyd, M. R.; Hughes, S. H.; McMahon, J. B. Antimicrob. Agents Chemother. 1993, 37, 1037-42 10.1128/AAC.37.5.1037
11. Kanyara, J. N.; Njagi, E. N. Phytother. Res. 2005, 19, 287-90 10.1002/ptr.1536
12. Krebs, J. F.; Kore, A. R. Bioconjugate Chem. 2008, 19, 185-91 10.1021/bc700284y
13. Odawara, F.; Abe, H.; Kohno, T.; Nagai-Fujii, Y.; Arai, K.; Imamura, S.; Misaki, H.; Azuma, H.; Ikebuchi, K.; Ikeda, H.; Mohan, S.; Sano, K. J. Virol. Methods 2002, 106, 115-24 10.1016/S0166-0934(02)00142-8
14. Porstmann, T.; Meissner, K.; Glaser, R.; Dopel, S. H.; Sydow, G. J. Virol. Methods 1991, 31, 181-8 10.1016/0166-0934(91)90156-T
15. Suzuki, K.; Craddock, B. P.; Kano, T.; Steigbigel, R. T. J. Virol. Methods 1993, 41, 21-8 10.1016/0166-0934(93)90159-O
16. Suzuki, K.; Craddock, B. P.; Kano, T.; Steigbigel, R. T. Anal. Biochem. 1993, 210, 277-81 10.1006/abio.1993.1196
17. Suzuki, K.; Craddock, B. P.; Okamoto, N.; Kano, T.; Steigbigel, R. T. J. Virol. Methods 1993, 44, 189-98 10.1016/0166-0934(93)90054-U
18. Suzuki, K.; Craddock, B. P.; Okamoto, N.; Kano, T.; Steigbigel, R. T. Biotechnol. Appl. Biochem. 1993, 18, 37-44 10.1111/j.1470-8744.1993.tb00254.x
19. Urabe, T.; Sano, K.; Tanno, M.; Mizoguchi, J.; Otani, M.; Lee, M. H.; Takasaki, T.; Kusakabe, H.; Imagawa, D. T.; Nakai, M. J. Virol. Methods 1992, 40, 145-54 10.1016/0166-0934(92)90063-J
20. Andreeva, O. I.; Golubeva, A. S.; Kochetkov, S. N.; Van Aerschot, A.; Herdewijn, P.; Efimtseva, E. V.; Ermolinsky, B. S.; Mikhailov, S. N. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2002, 12, 681-4 10.1016/S0960-894X(01)00836-8
21. Chang, A.; Ostrove, J. M.; Bird, R. E. J. Virol. Methods 1997, 65, 45-54 10.1016/S0166-0934(96)02168-4
22. Lovatt, A.; Black, J.; Galbraith, D.; Doherty, I.; Moran, M. W.; Shepherd, A. J.; Griffen, A.; Bailey, A.; Wilson, N.; Smith, K. T. J. Virol. Methods 1999, 82, 185-200 10.1016/S0166-0934(99)00111-1
23. Silver, J.; Maudru, T.; Fujita, K.; Repaske, R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 3593-4 10.1093/nar/21.15.3593
24. Vassiliou, W.; Epp, J. B.; Wang, B. B.; Del Vecchio, A. M.; Widlanski, T.; Kao, C. C. Virology 2000, 274, 429-37 10.1006/viro.2000.0492
25. Baillon, J. G.; Nashed, N. T.; Sayer, J. M.; Jerina, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88, 1014-8 10.1073/pnas.88.3.1014
26. Seville, M.; West, A. B.; Cull, M. G.; McHenry, C. S. Biotechniques 1996, 21, 664 666, 668, 670, 672
27. Gorshkova, II; Rausch, J. W.; Le Grice, S. F.; Crouch, R. J. Anal. Biochem. 2001, 291, 198-206 10.1006/abio.2001.5053
28. Gotte, M.; Rausch, J. W.; Marchand, B.; Sarafianos, S.; Le Grice, S. F. Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2010, 1804, 1202-12 10.1016/j.bbapap.2009.07.020
29. Abbondanzieri, E. A.; Bokinsky, G.; Rausch, J. W.; Zhang, J. X.; Le Grice, S. F.; Zhuang, X. Nature 2008, 453, 184-9 10.1038/nature06941
30. Liu, S.; Abbondanzieri, E. A.; Rausch, J. W.; Le Grice, S. F.; Zhuang, X. Science 2008, 322, 1092-7 10.1126/science.1163108
31. Muller, B.; Restle, T.; Weiss, S.; Gautel, M.; Sczakiel, G.; Goody, R. S. J. Biol. Chem. 1989, 264, 13975-8
32. Kensch, O.; Restle, T.; Wohrl, B. M.; Goody, R. S.; Steinhoff, H. J. J. Mol. Biol. 2000, 301, 1029-39 10.1006/jmbi.2000.3998
33. Rothwell, P. J.; Berger, S.; Kensch, O.; Felekyan, S.; Antonik, M.; Wohrl, B. M.; Restle, T.; Goody, R. S.; Seidel, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 1655-60 10.1073/pnas.0434003100
34. Rausch, J. W.; Grice, M. K.; Henrietta, M.; Nymark, M.; Miller, J. T.; Le Grice, S. F. J. Biol. Chem. 2000, 275, 13879-87 10.1074/jbc.275.18.13879
35. Rausch, J. W.; Sathyanarayana, B. K.; Bona, M. K.; Le Grice, S. F. J. Biol. Chem. 2000, 275, 16015-22 10.1074/jbc.M909808199
36. Schatz, O.; Cromme, F. V.; Gruninger-Leitch, F.; Le Grice, S. F. FEBS Lett. 1989, 257, 311-4 10.1016/0014-5793(89)81559-5
37. Charneau, P.; Alizon, M.; Clavel, F. J. Virol. 1992, 66, 2814-20
38. Coffin, J. M.; Hughes, S. H.; Varmus, H. E. The Interactions of Retroviruses and their Hosts. In Retroviruses; Coffin, J. M.; Hughes, S. H.; Varmus, H. E., Eds.; Cold Spring Harbor: NY, 1997.
39. Behnke, B. J.; Barstow, T. J.; Kindig, C. A.; McDonough, P.; Musch, T. I.; Poole, D. C. Respir. Physiol. Neurobiol. 2002, 133, 229-39 10.1016/S1569-9048(02)00183-0
40. Billups, D.; Liu, Y. B.; Birnstiel, S.; Slater, N. T. J. Neurophysiol. 2002, 87, 1948-59 10.1152/jn.00599.2001
41. Porcelli, S.; Marzorati, M.; Lanfranconi, F.; Vago, P.; Pisot, R.; Grassi, B. J. Appl. Physiol. 2010, 109, 101-11 10.1152/japplphysiol.00782.2009
42. Kati, W. M.; Johnson, K. A.; Jerva, L. F.; Anderson, K. S. J. Biol. Chem. 1992, 267, 25988-97
43. Sarafianos, S. G.; Pandey, V. N.; Kaushik, N.; Modak, M. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 19729-35 10.1074/jbc.270.34.19729
44. Sarafianos, S. G.; Pandey, V. N.; Kaushik, N.; Modak, M. J. Biochemistry 1995, 34, 7207-16 10.1021/bi00021a036
45. Das, K.; Bauman, J. D.; Clark, A. D., Jr.; Frenkel, Y. V.; Lewi, P. J.; Shatkin, A. J.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 1466-71 10.1073/pnas.0711209105
46. Das, K.; Clark, A. D., Jr.; Lewi, P. J.; Heeres, J.; De Jonge, M. R.; Koymans, L. M.; Vinkers, H. M.; Daeyaert, F.; Ludovici, D. W.; Kukla, M. J.; De Corte, B.; Kavash, R. W.; Ho, C. Y.; Ye, H.; Lichtenstein, M. A.; Andries, K.; Pauwels, R.; De Bethune, M. P.; Boyer, P. L.; Clark, P.; Hughes, S. H.; Janssen, P. A.; Arnold, E. J. Med. Chem. 2004, 47, 2550-60 10.1021/jm030558s
47. Ren, J.; Esnouf, R.; Hopkins, A.; Ross, C.; Jones, Y.; Stammers, D.; Stuart, D. Structure 1995, 3, 915-26 10.1016/S0969-2126(01)00226-X
48. Smerdon, S. J.; Jager, J.; Wang, J.; Kohlstaedt, L. A.; Chirino, A. J.; Friedman, J. M.; Rice, P. A.; Steitz, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 3911-5 10.1073/pnas.91.9.3911
49. Wright, K. Nature 1986, 323, 283 10.1038/323283a0
50. Das, K.; Martinez, S. E.; Bauman, J. D.; Arnold, E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 253-9 10.1038/nsmb.2223
51. Schauer, G. D.; Huber, K. D.; Leuba, S. H.; Sluis-Cremer, N. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 11687-96 10.1093/nar/gku819
52. Johnson, B. C.; Pauly, G. T.; Rai, G.; Patel, D.; Bauman, J. D.; Baker, H. L.; Das, K.; Schneider, J. P.; Maloney, D. J.; Arnold, E.; Thomas, C. J.; Hughes, S. H. Retrovirology 2012, 9, 99 10.1186/1742-4690-9-99
53. Bec, G.; Meyer, B.; Gerard, M. A.; Steger, J.; Fauster, K.; Wolff, P.; Burnouf, D.; Micura, R.; Dumas, P.; Ennifar, E. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 9743-52 10.1021/ja4018418
54. Krebs, R.; Immendorfer, U.; Thrall, S. H.; Wohrl, B. M.; Goody, R. S. Biochemistry 1997, 36, 10292-300 10.1021/bi970512z
55. Mitsuya, H.; Weinhold, K. J.; Furman, P. A.; St Clair, M. H.; Lehrman, S. N.; Gallo, R. C.; Bolognesi, D.; Barry, D. W.; Broder, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985, 82, 7096-100 10.1073/pnas.82.20.7096
56. Mitsuya, H.; Yarchoan, R.; Broder, S. Science 1990, 249, 1533-44 10.1126/science.1699273
57. Yarchoan, R.; Klecker, R. W.; Weinhold, K. J.; Markham, P. D.; Lyerly, H. K.; Durack, D. T.; Gelmann, E.; Lehrman, S. N.; Blum, R. M.; Barry, D. W. Lancet 1986, 327, 575-80 10.1016/S0140-6736(86)92808-4
58. Martin, L. Benchmark Dose Software (BMDS) Version 2.1 User's Manual Version 2.0; United States Environmental Protection Agency, Office of Environmental Information: Washington, DC, 2009.
59. Richman, D.; Rosenthal, A. S.; Skoog, M.; Eckner, R. J.; Chou, T. C.; Sabo, J. P.; Merluzzi, V. J. Antimicrob. Agents Chemother. 1991, 35, 305-8 10.1128/AAC.35.2.305
60. Caliendo, A. M.; Savara, A.; An, D.; DeVore, K.; Kaplan, J. C.; D'Aquila, R. T. J. Virol. 1996, 70, 2146-53
61. Zhang, J.- H.; Chung, T. D.; Oldenburg, K. R. J. Biomol. Screening 1999, 4, 67-73 10.1177/108705719900400206