Stacking in RNA: NMR of four tetramers benchmark molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 6, 2015, Pages 2729-2742

  Condon, David E ^a   Kennedy, Scott D ^b   Mort, Brendan C ^a   Kierzek, Ryszard ^c   Yildirim, Ilyas ^a,d   Turner, Douglas H ^a  

^a UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

^b UNIVERSITY OF ROCHESTER MEDICAL CENTER   (United States)

^c INSTITUTE OF BIOORGANIC CHEMISTRY   (Poland)

^d NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84931265187     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct501025q     Document Type: Article

References (138)

1. Chow, L. T.; Gelinas, R. E.; Broker, T. R.; Roberts, R. J. Cell 1977, 12, 1-8
2. Berget, S. M.; Moore, C.; Sharp, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 3171-3175
3. Kruger, K.; Grabowski, P. J.; Zaug, A. J.; Sands, J.; Gottschling, D. E.; Cech, T. R. Cell 1982, 31, 147-157
4. Guerrier-Takada, C.; Gardiner, K.; Marsh, T.; Pace, N.; Altman, S. Cell 1983, 35, 849-857
5. Fire, A.; Xu, S.; Montgomery, M. K.; Kostas, S. A.; Driver, S. E.; Mello, C. C. Nature 1998, 391, 806-811
6. RNA Worlds: From Life's Origins to Diversity in Gene Regulation; Atkins, J. F.; Gesteland, R. F.; Cech, T. R., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: 2011.
7. Good, P.; Krikos, A.; Li, S.; Bertrand, E.; Lee, N.; Giver, L.; Ellington, A.; Zaia, J.; Rossi, J.; Engelke, D. Gene Ther. 1997, 4, 45-54
8. Van Nuffel, A.; Corthals, J.; Neyns, B.; Heirman, C.; Thielemans, K.; Bonehill, A. Methods in Molecular Biology Molecular Biology; In RNA Therapeutics; Sioud, M., Ed.; Humana Press: New York, NY, 2010; Vol. 629, pp 403-450.
9. Kole, R.; Krainer, A. R.; Altman, S. Nat. Rev. Drug Discovery 2012, 11, 125-140
10. Barry, G. Mol. Psychiatry 2014, 19, 410-416
11. Broderick, J.; Zamore, P. Mol. Cell 2014, 54, 711-713
12. Chen, A. A.; García, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 16820-16825
13. Kührová, P.; Banáš, P.; Best, R. B.; Šponer, J.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2115-2125
14. Carvalho, A. T. P.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1177-1188
15. Yildirim, I.; Park, H.; Disney, M. D.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 3528-3538
16. Zhang, X.; Walker, R. C.; Phizicky, E. M.; Mathews, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3473-3483
17. Juneja, A.; Villa, A.; Nilsson, L. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3532-3540
18. Rastädter, D.; Biswas, M.; Burghardt, I. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 8478-8488
19. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249
20. Karplus, M.; McCammon, A. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2002, 9, 646-652
21. Šponer, J.; Banáš, P.; Jurečka, P.; Zgarbová, M.; Kührová, P.; Havrila, M.; Krepl, M.; Stadlbauer, P.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1771-1782
22. Mustoe, A. M.; Al-Hashimi, H. M.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 2615-2627
23. Harvey, S.; Prabhakaran, M.; Mao, B.; McCammon, J. Science 1984, 223, 1189-1191
24. Hermann, T.; Auffinger, P.; Westhof, E. Eur. Biophys. J. 1998, 27, 153-165
25. Srinivasan, J.; Miller, J.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 671-682
26. Schneider, C.; Sühnel, J. Biopolymers 1999, 50, 287-302
27. Sibille, N.; Pardi, A.; Simorre, J.-P.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12135-12146
28. Réblová, K.; Špačková, N.; Štefl, R.; Csaszar, K.; Koča, J.; Leontis, N. B.; Šponer, J. Biophys. J. 2003, 84, 3564-3582
29. Krasovska, M. V.; Sefcikova, J.; Réblová, K.; Schneider, B.; Walter, N. G.; Šponer, J. Biophys. J. 2006, 91, 626-638
30. Ding, F.; Sharma, S.; Chalasani, P.; Demidov, V. V.; Broude, N. E.; Dokholyan, N. V. RNA 2008, 14, 1164-1173
31. Réblová, K.; Rázga, F.; Li, W.; Gao, H.; Frank, J.; Šponer, J. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 1325-1340
32. Beššeová, I.; Réblová, K.; Leontis, N. B.; Šponer, J. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 6247-6264
33. Shen, L.; Johnson, T. L.; Clugston, S.; Huang, H.; Butenhof, K. J.; Stanton, R. V. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 1957-1965
34. Allnér, O.; Nilsson, L.; Villa, A. RNA 2013, 19, 916-926
35. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784
36. Jones, J. E. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1924, 106, 463-477
37. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
38. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
39. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
40. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Swails, J.; Götz, A. W.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wolf, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Cai, Q.; Ye, X.; Wang, J.; Hsieh, M.-J.; Cui, D. R.; Roe, D. R.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Salomon-Ferrer, R.; Sagui, C.; Babin, V.; T, L.; Gusarov, S.; Kovalenko, A.; Kollman, P. A. AMBER 12; University of California: San Francisco, 2012.
41. Pérez, A.; Marchán, I.; Svozil, D.; Šponer, J.; Cheatham, T. E., III; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829
42. Yildirim, I.; Stern, H. A.; Kennedy, S. D.; Tubbs, J. D.; Turner, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1520-1531
43. Zgarbová, M.; Otyepka, M.; Šponer, J.; Mládek, A.; Banáš, P.; Cheatham, T. E.; Jurečka, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2886-2902
44. Yildirim, I.; Kennedy, S. D.; Stern, H. A.; Hart, J. M.; Kierzek, R.; Turner, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 172-181
45. Morgado, C. A.; Jurečka, P.; Svozil, D.; Hobza, P.; Šponer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3522-3534
46. Brown, R. F.; Andrews, C. T.; Elcock, A. H. J. Chem. Theory Comput. 2015, 10.1021/ct501170h
47. Yildirim, I.; Stern, H. A.; Tubbs, J. D.; Kennedy, S. D.; Turner, D. H. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 9261-9270
48. Henriksen, N. M.; Roe, D. R.; Cheatham, T. E. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 4014-4027
49. Bergonzo, C.; Henriksen, N. M.; Roe, D. R.; Swails, J. M.; Roitberg, A. E.; Cheatham, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 492-499
50. Wickstrom, L.; Okur, A.; Simmerling, C. Biophys. J. 2009, 97, 853-856
51. Beauchamp, K. A.; Lin, Y.-S.; Das, R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1409-1414
52. Kierzek, E.; Christensen, S. M.; Eickbush, T. H.; Kierzek, R.; Turner, D. H.; Moss, W. N. J. Mol. Biol. 2009, 390, 428-442
53. Dewey, T. G.; Turner, D. H. Biochemistry 1979, 18, 5757-5762
54. Richards, E. G.; Flessel, C. P.; Fresco, J. R. Biopolymers 1963, 1, 431-446
55. Inners, L.; Felsenfeld, G. J. Mol. Biol. 1970, 50, 373-389
56. Chen, H.; Meisburger, S. P.; Pabit, S. A.; Sutton, J. L.; Webb, W. W.; Pollack, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 799-804
57. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737-738
58. Moore, P. B. Annu. Rev. Biochem. 1999, 68, 287-300
59. Krasilnikov, A. S.; Yang, X.; Pan, T.; Mondragon, A. Nature 2003, 421, 760-764
60. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920
61. Wimberly, B. T.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; Vonrhein, C.; Hartsch, T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 327-339
62. Kennedy, S. D.; Kierzek, R.; Turner, D. H. Biochemistry 2012, 51, 9257-9259
63. Morgado, C. A.; Jurečka, P.; Svozil, D.; Hobza, P.; Šponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1524-1544
64. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: 1984.
65. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205-8212
66. Hanwell, M.; Curtis, D.; Lonie, D.; Vandermeersch, T.; Zurek, E.; Hutchison, G. J. Cheminform. 2012, 4, 17
67. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631
68. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 0618-0622
69. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257-2261
70. Réblová, K.; Fadrná, E.; Sarzynska, J.; Kulinski, T.; Kulhánek, P.; Ennifar, E.; Koča, J.; Šponer, J. Biophys. J. 2007, 93, 3932-3949
71. Lang, P. T.; Brozell, S. R.; Mukherjee, S.; Pettersen, E. F.; Meng, E. C.; Thomas, V.; Rizzo, R. C.; Case, D. A.; James, T. L.; Kuntz, I. D. RNA 2009, 15, 1219-1230
72. Mlýnský, V.; Banáš, P.; Hollas, D.; Réblová, K.; Walter, N. G.; Šponer, J.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6642-6652
73. Réblová, K.; Střelcová, Z.; Kulhánek, P.; Beššeová, I.; Mathews, D. H.; van Nostrand, K.; Yildirim, I.; Turner, D. H.; Šponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 910-929
74. Wang, Y.; Shen, J. K.; Schroeder, S. J. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 1007-1010
75. Spasic, A.; Serafini, J.; Mathews, D. H. J. Chem. Theory Comput 2012, 8, 2497-2505
76. Borkar, A. N.; Simone, A. D.; Montalvao, R. W.; Vendruscolo, M. J. Chem. Phys. 2013, 138, 215103
77. Meyer, S.; Jost, D.; Theodorakopoulos, N.; Peyrard, M.; Lavery, R.; Everaers, R. Biophys. J. 2013, 105, 1904-1914
78. Wilson, T.; Costa, P. J.; Félix, V.; Williamson, M. P.; Thomas, J. A. J. Med. Chem. 2013, 56, 8674-8683
79. Maláč, K.; Barvík, I. J. Mol. Graphics Modell. 2013, 44, 81-90
80. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Koch, H.; Olsen, J.; Wilson, A. K. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 243-252
81. Halkier, A.; Helgaker, T.; Jorgensen, P.; Klopper, W.; Olsen, J. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 437-446
82. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799-805
83. Banáš, P.; Hollas, D.; Zgarbová, M.; Jurečka, P.; Orozco, M.; Cheatham, T. E.; Šponer, J.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3836-3849
84. Wüthrich, K. J. Biol. Chem. 1990, 265, 22059-22062
85. Summers, M. F.; Marzilli, L. G.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4285-4294
86. Bax, A.; Ikura, M.; Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Tschudin, R. J. Magn. Reson. 1990, 86, 304-318
87. Fonville, J. M.; Swart, M.; Vokáčová, Z.; Sychrovsk'y, V.; Šponer, J. E.; Šponer, J.; Hilbers, C. W.; Bickelhaupt, F. M.; Wijmenga, S. S. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 12372-12387
88. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293
89. Kneller, D. G.; Kuntz, I. D. J. Cell. Biochem. 1993, 254-254
90. Tubbs, J. D.; Condon, D. E.; Kennedy, S. D.; Hauser, M.; Bevilacqua, P. C.; Turner, D. H. Biochemistry 2013, 52, 996-1010
91. Condon, D. E.; Yildirim, I.; Kennedy, S. D.; Mort, B. C.; Kierzek, R.; Turner, D. H. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 1216-1228
92. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 2333-2344
93. Jenkins, A. D. Pure Appl. Chem. 1981, 53, 733-752
94. Moss, G. P. Pure Appl. Chem. 1996, 68, 2193-2222
95. Richardson, J. S.; Schneider, B.; Murray, L. W.; Kapral, G. J.; Immormino, R. M.; Headd, J. J.; Richardson, D. C.; Ham, D.; Hershkovits, E.; Williams, L. D.; Keating, K. S.; Pyle, A. M.; Micallef, D.; Westbrook, J.; Berman, H. M. RNA 2008, 14, 465-481
96. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.3r1; Schrödinger: New York, NY, 2010.
97. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; 2006.
98. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
99. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; Wiley-Interscience: New York, NY, 1986.
100. Obika, S.; Nanbu, D.; Hari, Y.; ichiro Morio, K.; In, Y.; Ishida, T.; Imanishi, T. Tetrahedron Lett. 1997, 38, 8735-8738
101. Marino, J. P.; Schwalbe, H.; Griesinger, C. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 614-623
102. Haasnoot, C.; de Leeuw, F.; Altona, C. Tetrahedron 1980, 36, 2783-2792
103. Wijmenga, S. S.; van Buuren, B. N. Prog. Nucl. Magn. Res. Spectrosc. 1998, 32, 287-387
104. Nozinovic, S.; Fürtig, B.; Jonker, H. R. A.; Richter, C.; Schwalbe, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 683-694
105. Richter, C.; Griesinger, C.; Felli, I.; Cole, P.; Varani, G.; Schwalbe, H. J. Biomol. NMR 1999, 15, 241-250
106. Davies, D. B. Prog. Nucl. Magn. Res. Spectrosc. 1978, 12, 135-225
107. Hruska, F. E. In Conformations of Biological Molecules and Polymers; Bergmann, E. D.; Pullman, B., Eds.; Academic Press: New York, NY, 1973; p 345.
108. Lankhorst, P. P.; Haasnoot, C. A.; Erkelens, C.; Altona, C. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1, 1387-1405
109. Mooren, M. M.; Wijmenga, S. S.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Hilbers, C. W. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2658-2666
110. Fletcher, R. W.; Fletcher, S. W. Clinical Epidemiology: The Essentials, 4 th ed.; Lippincott Williams & Wilkins: Baltimore, MD, 2005; p 45.
111. Burkard, M. E.; Kierzek, R.; Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 290, 967-982
112. Leonard, G. A.; Mcauleyhecht, K. E.; Ebel, S.; Lough, D. M.; Brown, T.; Hunter, W. N. Structure 1994, 2, 483-494
113. Schneider, B.; Moravek, Z.; Berman, H. M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 1666-1677
114. Weiser, J.; Shenkin, P. S.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 217-230
115. Kührová, P.; Otyepka, M.; Šponer, J.; Banšá, P. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 401-411
116. Zirbel, C. L.; Šponer, J. E.; Šponer, J.; Stombaugh, J.; Leontis, N. B. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 4898-4918
117. Zgarbová, M.; Jurečka, P.; Banáš, P.; Otyepka, M.; Šponer, J. E.; Leontis, N. B.; Zirbel, C. L.; Šponer, J. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11277-11292
118. Šponer, J.; Mládek, A.; Šponer, J. E.; Svozil, D.; Zgarbová, M.; Banáš, P.; Jurečka, P.; Otyepka, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 15257-15277
119. Ulyanov, N. B.; James, T. L. New J. Chem. 2010, 34, 910-917
120. Huang, M.; Giese, T. J.; Lee, T.-S.; York, D. M. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1538-1545
121. Sundaralingam, M. Biopolymers 1969, 7, 821-860
122. Arnott, S.; Hukins, D. W. L. Nature 1969, 224, 886-888
123. Low, J. N.; Tollin, P.; Wilson, H. R. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 5599-5604
124. Sokoloski, J. E.; Godfrey, S. A.; Dombrowski, S. E.; Bevilacqua, P. C. RNA 2011, 17, 1775-1787
125. Warf, M. B.; Nakamori, M.; Matthys, C. M.; Thornton, C. A.; Berglund, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 18551-18556
126. Kumar, A.; Park, H.; Fang, P.; Parkesh, R.; Guo, M.; Nettles, K. W.; Disney, M. D. Biochemistry 2011, 50, 9928-9935
127. Parkesh, R.; Childs-Disney, J. L.; Nakamori, M.; Kumar, A.; Wang, E.; Wang, T.; Hoskins, J.; Tran, T.; Housman, D.; Thornton, C. A.; Disney, M. D. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4731-4742
128. Childs-Disney, J. L.; Stepniak-Konieczna, E.; Tran, T.; Yildirim, I.; Park, H.; Chen, C. Z.; Hoskins, J.; Southall, N.; Marugan, J. J.; Patnaik, S.; Zheng, W.; Austin, C. P.; Schatz, G. C.; Sobczak, K.; Thornton, C. A.; Disney, M. D. Nat. Commun. 2013, 4, 2044
129. Mathews, D. H.; Disney, M. D.; Childs, J. L.; Schroeder, S. J.; Zuker, M.; Turner, D. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7287-7292
130. Mathews, D. H.; Moss, W. N.; Turner, D. H. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2010, 2, a003665
131. Lucks, J. B.; Mortimer, S. A.; Trapnell, C.; Luo, S.; Aviran, S.; Schroth, G. P.; Pachter, L.; Doudna, J. A.; Arkin, A. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11063-11068
132. Hajdin, C. E.; Bellaousov, S.; Huggins, W.; Leonard, C. W.; Mathews, D. H.; Weeks, K. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 5498-5503
133. Bellaousov, S.; Reuter, J. S.; Seetin, M. G.; Mathews, D. H. Nucleic Acids Res. 2013, 41, W471-W474
134. Ding, Y.; Tang, Y.; Kwok, C. K.; Zhang, Y.; Bevilacqua, P. C.; Assmann, S. M. Nature 2014, 505, 696-700
135. Cruz, J. A.; Blanchet, M.-F.; Boniecki, M.; Bujnicki, J. M.; Chen, S.-J.; Cao, S.; Das, R.; Ding, F.; Dokholyan, N. V.; Flores, S. C.; Huang, L.; Lavender, C. A.; Lisi, V.; Major, F.; Mikolajczak, K.; Patel, D. J.; Philips, A.; Puton, T.; Santalucia, J.; Sijenyi, F.; Hermann, T.; Rother, K.; Rother, M.; Serganov, A.; Skorupski, M.; Soltysinski, T.; Sripakdeevong, P.; Tuszynska, I.; Weeks, K. M.; Waldsich, C.; Wildauer, M.; Leontis, N. B.; Westhof, E. RNA 2012, 18, 610-625
136. Ditzler, M. A.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Walter, N. G. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 40-47
137. Manning, G. S. Q. Rev. Biophys. 1978, 11, 179-246
138. Manning, G. S. Physica A 1996, 231, 236-253