Are waters around RNA more than just a solvent? - An insight from molecular dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 1, 2014, Pages 401-411

  Kührová, Petra ^a   Otyepka, Michal ^a,b   Šponer, Jiří ^b,c   Banáš, Pavel ^a,b  

^a PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (Czech Republic)

^c CENTRAL EUROPEAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84892572123     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400663s     Document Type: Article

References (80)

1. Ball, P. Chem. Rev. 2008, 108, 74-108
2. Denisov, V. P.; Carlstrom, G.; Venu, K.; Halle, B. J. Mol. Biol. 1997, 268, 118-136
3. Phan, A. T.; Leroy, J. L.; Gueron, M. J. Mol. Biol. 1999, 286, 505-519
4. Pal, S.; Maiti, P. K.; Bagchi, B.; Hynes, J. T. J. Phys.Chem. B 2006, 110, 26396-26402
5. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1999, 77, 1769-1781
6. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1113-1131
7. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 2001, 305, 1057-1072
8. Reblova, K.; Spackova, N.; Stefl, R.; Csaszar, K.; Koca, J.; Leontis, N. B.; Sponer, J. Biophys. J. 2003, 84, 3564-3582
9. Westhof, E. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 125-44
10. Woese, C. R.; Winker, S.; Gutell, R. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990, 87, 8467-8471
11. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 693-707
12. Sundaralingam, M.; Pan, B. C. Biophys. Chem. 2002, 95, 273-282
13. Kirillova, S.; Carugo, O. BMC Struct. Biol. 2011, 11, 41
14. Adamiak, D. A.; Milecki, J.; Adamiak, R. W.; Rypniewski, W. New J. Chem. 2010, 34, 903-909
15. Egli, M.; Portmann, S.; Usman, N. Biochemistry 1996, 35, 8489-8494
16. Leitner, D. M.; Gruebele, M.; Havenith, M. HFSP J. 2008, 2, 314-323
17. Auffinger, P.; Hashem, Y. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 325-333
18. Auffinger, P.; Westhof, E. Biopolymers 2001, 56, 266-274
19. Krasovska, M. V.; Sefcikova, J.; Reblova, K.; Schneider, B.; Walter, N. G.; Sponer, J. Biophys. J. 2006, 91, 626-638
20. Yonetani, Y.; Kono, H. Biophys Chem. 2012, 160, 54-61
21. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2516-2524
22. Paschek, D.; Day, R.; Garcia, A. E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 19840-19847
23. Roy, S.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 2958-2968
24. Bhattacharjee, N.; Biswas, P. Biophys Chem. 2011, 158, 73-80
25. Reblova, K.; Spackova, N.; Koca, J.; Leontis, N. B.; Sponer, J. Biophys. J. 2004, 87, 3397-3412
26. Kriz, Z.; Otyepka, M.; Bartova, I.; Koca, J. Proteins 2004, 55, 258-274
27. Huggins, D. J. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1383-1392
28. Huggins, D. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 15106-15117
29. Fadda, E.; Woods, R. J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3391-3398
30. Egli, M.; Tereshko, V.; Teplova, M.; Minasov, G.; Joachimiak, A.; Sanishvili, R.; Weeks, C. M.; Miller, R.; Maier, M. A.; An, H. Y.; Cook, P. D.; Manoharan, M. Biopolymers 1998, 48, 234-252
31. Ditzler, M. A.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Walter, N. G. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 40-47
32. Sponer, J.; Mladek, A.; Sponer, J. E.; Svozil, D.; Zgarbova, M.; Banas, P.; Jurecka, P.; Otyepka, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 15257-15277
33. Zgarbova, M.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Mladek, A.; Banas, P.; Cheatham, T. E.; Jurecka, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2886-2902
34. Krepl, M.; Zgarbova, M.; Stadlbauer, P.; Otyepka, M.; Banas, P.; Koca, J.; Cheatham, T. E.; Jurecka, P.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2506-2520
35. Zgarbova, M.; Luque, F. J.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Otyepka, M.; Jurecka, P. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2339-2354
36. Besseova, I.; Banas, P.; Kuhrova, P.; Kosinova, P.; Otyepka, M.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 9899-9916
37. Sklenovsky, P.; Florova, P.; Banas, P.; Reblova, K.; Lankas, F.; Otyepka, M.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2963-2980
38. Besseova, I.; Otyepka, M.; Reblova, K.; Sponer, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10701-10711
39. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219-260
40. Finney, J. L. J. Mol. Liq. 2001, 90, 303-312
41. Banas, P.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Phys.Chem. B 2010, 114, 8701-8712
42. Rick, S. W. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2276-2283
43. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 108, 10220-10230
44. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910-8922
45. Glattli, A.; Daura, X.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9811-9828
46. Burnham, C. J.; Xantheas, S. S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1479-1492
47. Yu, H. B.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9549-9564
48. Olano, L. R.; Rick, S. W. J. Comput. Chem. 2005, 26, 699-707
49. Saint-Martin, H.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11133-11143
50. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
51. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 363-366
52. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271
53. Florova, P.; Sklenovsky, P.; Banas, P.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3569-3579
54. Nutt, D. R.; Smith, J. C. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1550-1560
55. Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 122 144107
56. Glass, D. C.; Krishnan, M.; Nutt, D. R.; Smith, J. C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1390-1400
57. Wong, V.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6013-6024
58. Nerenberg, P. S.; Head-Gordon, T. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1220-1230
59. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41
60. Banas, P.; Hollas, D.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Orozco, M.; Cheatham, T. E.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3836-3849
61. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309-2309
62. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829
63. Abascal, J. L. F.; Vega, C. J. Chem. Phys. 2005, 123 234505
64. Joung, I. S.; Cheatham, T. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9020-9041
65. Allner, O.; Nilsson, L.; Villa, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 1493-1502
66. Banas, P.; Sklenovsky, P.; Wedekind, J. E.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 12721-12734
67. Mlynsky, V.; Banas, P.; Hollas, D.; Reblova, K.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6642-6652
68. Klosterman, P. S.; Shah, S. A.; Steitz, T. A. Biochemistry 1999, 38, 14784-14792
69. Lu, X. J.; Olson, W. K. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108-5121
70. Banas, P.; Mladek, A.; Otyepka, M.; Zgarbova, M.; Jurecka, P.; Svozil, D.; Lankas, F.; Sponer, J. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2448-2460
71. Spasic, A.; Serafini, J.; Mathews, D. H. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2497-2505
72. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1997, 274, 54-63
73. Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3497-3531
74. Nozinovic, S.; Furtig, B.; Jonker, H. R. A.; Richter, C.; Schwalbe, H. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 683-694
75. Li, W. F.; Nordenskiold, L.; Mu, Y. G. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 14713-14720
76. Bleuzen, A.; Pittet, P. A.; Helm, L.; Merbach, A. E. Magn. Reson. Chem. 1997, 35, 765-773
77. Banas, P.; Jurecka, P.; Walter, N. G.; Sponer, J.; Otyepka, M. Methods 2009, 49, 202-216
78. Sponer, J.; Kypr, J. J. Mol. Biol. 1991, 221, 761-764
79. Calladine, C. R. J. Mol. Biol. 1982, 161, 343-352
80. Dickerson, R. E. Biophys. J. 1983, 41, A210-A210