Analysis of different fragmentation strategies on a variety of large peptides: Implementation of a low level of theory in fragment-based methods can be a crucial factor

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 5, 2015, Pages 2012-2023

  Saha, Arjun ^a   Raghavachari, Krishnan ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GEL; PEPTIDE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GEL; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

GELS; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 84929379743     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct501045s     Document Type: Article

References (61)

1. Humbel, S.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1959
2. Morokuma, K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1419
3. Karadakov, P. B.; Morokuma, K. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 589
4. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357
5. Gordon, M. S.; Fedorov, D. G.; Pruitt, S. R.; Slipchenko, L. V. Chem. Rev. 2012, 112, 632
6. Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 701
7. Pruitt, S. R.; Bertoni, C.; Brorsen, K. R.; Gordon, M. S. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2786
8. Fedorov, D. G.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 2014, 597, 99
9. Ishida, T.; Fedorov, D. G.; Kitaura, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1457
10. Gadre, S. R.; Shirsat, R. N.; Limaye, A. C. J. Phys. Chem. 1994, 98, 9165
11. Rahalkar, A. P.; Ganesh, V.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 234101
12. Kavathekar, R.; Khire, S.; Ganesh, V.; Rahalkar, A. P.; Gadre, S. R. J. Comput. Chem. 2009, 30, 11
13. Sahu, N.; Gadre, S. R. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2739
14. Rusinska-Roszak, D.; Sowinski, G. J. Chem. Inf. Model. 2014, 1963
15. Yeole, S. D.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2011, 134 084111
16. Rahalkar, A. P.; Katouda, M.; Gadre, S. R.; Nagase, S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 2405
17. Ganesh, V.; Dongare, R. K.; Balanarayan, P.; Gadre, S. R. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104109
18. Hua, W. J.; Fang, T.; Li, W.; Yu, J. G.; Li, S. H. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10864
19. Li, W.; Li, S.; Jiang, Y. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2193
20. Li, S.; Li, W.; Ma, J. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2712
21. Wang, K.; Li, W.; Li, S. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1546
22. Hua, S.; Li, W.; Li, S. ChemPhysChem 2013, 14, 108
23. Hua, S.; Hua, W.; Li, S. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8126
24. Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599
25. He, X.; Zhu, T.; Wang, X.; Liu, J.; Zhang, J. Z. H. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2748
26. Gao, A. M.; Zhang, D. W.; Zhang, J. Z. H.; Zhang, Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 293
27. He, X.; Zhang, J. H. Z. J. Chem. Phys. 2005, 122 031103
28. Chen, X. H.; Zhang, D. W.; Zhang, J. H. Z. J. Chem. Phys. 2004, 120, 839
29. Xiao, H.; Zhang, Z. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 184703
30. Collins, M. A.; Cvitkovic, M. W.; Bettens, P. A. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 2776
31. Collins, M. A.; Deev, V. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 104104
32. Collins, M. A. J. Chem. Phys. 2007, 127 024104
33. Collins, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7744
34. Le, H.; Tan, H.; Ouyang, J.; Bettens, P. A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 469
35. Frankcombe, T. J.; Collins, M. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 8379
36. Tan, H. J.; Bettens, R. P. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 7541
37. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808
38. Huang, L.; Massa, L.; Karle, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 12690
39. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1342
40. Dahlke, E. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 46
41. Dahlke, E. E.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 33
42. Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1573
43. Isegawa, M.; Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1381
44. Rezac, J.; Salahub, D. R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 91
45. Wen, S.; Nanda, K.; Huang, Y.; Beran, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 7578
46. Nanda, K.; Beran, G. J. O. J. Chem. Phys. 2012, 137, 174106
47. Beran, G. J. O.; Nanda, K. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 3480
48. Hopkins, B. W.; Tschumper, G. S. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1563
49. Hopkins, B. W.; Tschumper, G. S. Chem. Phys. Lett. 2005, 407, 362
50. Tschumper, G. S. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 185
51. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1336
52. Mayhall, N. J.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2669
53. Saha, A.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 58
54. Richard, M. R.; Herbert, J. M. J. Chem. Phys. 2012, 137 064113
55. Ramabhadran, R. O.; Raghavachari, K. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2094
56. Ramabhadran, R. O.; Raghavachari, K. Acc. Chem. Res. 2014, 47, 3596
57. Bettens, R. P. A.; Lee, A. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8777
58. Robert, W.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14198
59. Le, H.; Lee, M. A.; Bettens, P. A. R J. Phys. Chem. A 2008, 113, 10527
60. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. G.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, M. J.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, Ö.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision D.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
61. Isegawa, M.; Wang, B.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1381