Conserve water: A method for the analysis of solvent in molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 11, Issue 3, 2015, Pages 1094-1101

  Harrigan, Matthew P ^a   Shukla, Diwakar ^a   Pande, Vijay S ^a,b  

^a STANFORD UNIVERSITY   (United States)

^b Stanford University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

SOLVENT; WATER;

CHEMISTRY; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS;

KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; SOLVENTS; WATER;

EID: 84924365540     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct5010017     Document Type: Article

References (53)

1. Grant, B. J.; Gorfe, A. A.; McCammon, J. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 142-147
2. Taylor, S. S.; Kornev, A. P. Trends Biochem. Sci. 2011, 36, 65-77
3. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964-972
4. Friedrichs, M. S.; Eastman, P.; Vaidyanathan, V.; Houston, M.; Legrand, S.; Beberg, A. L.; Ensign, D. L.; Bruns, C. M.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 864-872
5. Eastman, P.; Friedrichs, M. S.; Chodera, J. D.; Radmer, R. J.; Bruns, C. M.; Ku, J. P.; Beauchamp, K. A.; Lane, T. J.; Wang, L.-P.; Shukla, D.; Tye, T.; Houston, M.; Stich, T.; Klein, C.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 461-469
6. Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossváry, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. ACM 2008, 51, 91-97
7. Shirts, M.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903-1904
8. Buch, I.; Harvey, M. J.; Giorgino, T.; Anderson, D. P.; De Fabritiis, G. J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 397-403
9. Kohlhoff, K. J.; Shukla, D.; Lawrenz, M.; Bowman, G. R.; Konerding, D. E.; Belov, D.; Altman, R. B.; Pande, V. S. Nat. Chem. 2014, 6, 15-21
10. Wang, L.-P.; Head-Gordon, T.; Ponder, J. W.; Ren, P.; Chodera, J. D.; Eastman, P. K.; Martinez, T. J.; Pande, V. S. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 9956-9972
11. Dickson, C. J.; Madej, B. D.; Skjevik, Å. A.; Betz, R. M.; Teigen, K.; Gould, I. R.; Walker, R. C. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 865-879
12. Lane, T. J.; Shukla, D.; Beauchamp, K. A.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2013, 23, 58-65
13. Schwantes, C. R.; McGibbon, R. T.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2014, 141, 090901
14. Bowman, G. R.; Pande, V. S.; Noé, F. In An Introduction to Markov State Models and Their Application to Long Timescale Molecular Simulation; Bowman, G. R.; Pande, V. S.; Noé, F., Eds.; Springer: Dordrecht, the Netherlands, 2014; Vol. 797.
15. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105
16. Pande, V. S.; Beauchamp, K.; Bowman, G. R. Methods 2010, 52, 99-105
17. Jayachandran, G.; Vishal, V.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164902-164902-12
18. Lane, T. J.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 18413-18419
19. Voelz, V. A.; Jäger, M.; Yao, S.; Chen, Y.; Zhu, L.; Waldauer, S. A.; Bowman, G. R.; Friedrichs, M.; Bakajin, O.; Lapidus, L. J.; Weiss, S.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 12565-12577
20. Baiz, C. R.; Lin, Y.-S.; Peng, C. S.; Beauchamp, K. A.; Voelz, V. A.; Pande, V. S.; Tokmakoff, A. Biophys. J. 2014, 106, 1359-1370
21. Shukla, D.; Meng, Y.; Roux, B.; Pande, V. S. Nat. Commun. 2014, 5, DOI: 10.1038/ncomms4397.
22. Sadiq, S. K.; Noé, F.; Fabritiis, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 20449-20454
23. Buch, I.; Giorgino, T.; Fabritiis, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10184-10189
24. Perkett, M. R.; Hagan, M. F. J. Chem. Phys. 2014, 140, 214101
25. Lapidus, L. J.; Acharya, S.; Schwantes, C. R.; Wu, L.; Shukla, D.; King, M.; DeCamp, S. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2014, 107, 947-955
26. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517-520
27. Chandler, D. Nature 2002, 417, 491-491
28. Sorin, E. J.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6316-6317
29. Young, T.; Abel, R.; Kim, B.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 808-813
30. Faure, é; Thompson, C.; Blunck, R. J. Biol. Chem. 2014, 289, 16452-16461
31. Sun, T.; Lin, F.-H.; Campbell, R. L.; Allingham, J. S.; Davies, P. L. Science 2014, 343, 795-798
32. Krone, M. G.; Hua, L.; Soto, P.; Zhou, R.; Berne, B. J.; Shea, J.-E. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11066-11072
33. Wei, G.; Shea, J.-E. Biophys. J. 2006, 91, 1638-1647
34. Fabritiis, G. D.; Geroult, S.; Coveney, P. V.; Waksman, G. Proteins 2008, 72, 1290-1297
35. Rao, F.; Garrett-Roe, S.; Hamm, P. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15598-15604
36. Zhou, R.; Huang, X.; Margulis, C. J.; Berne, B. J. Science 2004, 305, 1605-1609
37. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
38. Gu, C.; Chang, H.-W.; Maibaum, L.; Pande, V. S.; Carlsson, G. E.; Guibas, L. J. BMC Bioinf. 2013, 14, S8
39. Sculley, D. Web-scale K-means Clustering. Proceedings from the 19th International Conference on World Wide Web, Raleigh, NC, April 26-30, 2010; ACM: New York, 2010; pp 1177-1178.
40. Chodera, J. D.; Noé, F. Curr. Opin. Struct. Biol. 2014, 25, 135-144
41. Schwantes, C. R.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2000-2009
42. Pérez-Hernández, G.; Paul, F.; Giorgino, T.; Fabritiis, G. D.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2013, 139, 015102
43. McGibbon, R. T.; Pande, V. S. arXiv:1407.8083 [q.bio.BM].
44. Noé, F.; Nüske, F. Multiscale Model. Simul. 2013, 11, 635-655
45. Nüske, F.; Keller, B. G.; Pérez-Hernández, G.; Mey, A. S. J. S.; Noé, F. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1739-1752
46. Zhou, T.; Caflisch, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2930-2937
47. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
48. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
49. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins: Struct., Funct., and Bioinf. 2010, 78, 1950-1958
50. Izrailev, S.; Stepaniants, S.; Isralewitz, B.; Kosztin, D.; Lu, H.; Molnar, F.; Wriggers, W.; Schulten, K. Computational molecular dynamics: challenges, methods, ideas; Springer: Berlin, 1999;, pp 39-65.
51. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
52. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
53. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089