Improvements in Markov State Model construction reveal many non-native interactions in the folding of NTL9

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 4, 2013, Pages 2000-2009

  Schwantes, Christian R ^a   Pande, Vijay S ^a,b  

^a STANFORD UNIVERSITY   (United States)

^b Stanford University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84876005630     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300878a     Document Type: Article

References (56)

1. Ensign, D. L.; Kasson, P. M.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2007, 374, 806-816
2. Lane, T. J.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 133, 18413-18419
3. Bowman, G. R.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 133, 664-667
4. Lin, Y.-S.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Pande, V. S. Biophys. J. 2012, 102, 315-324
5. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184-10189
6. Shirts, M.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903-1904
7. Shaw, D. E. Commun. ACM 2008, 51, 91-97
8. Clementi, C.; Jennings, P. A.; Onuchic, J. N. J. Mol. Biol. 2001, 311, 879-890
9. Clementi, C.; Plotkin, S. S. Protein Sci. 2004, 13, 1750-1766
10. Hills, R. D., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 2008, 382, 485-495
11. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 14766-14770
12. Muff, S.; Caflisch, A. Proteins 2008, 70, 1185-1195
13. Jolliffe, I. T. Principal Component Analysis; Springer: New York, 2002; pp 1-9.
14. Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425
15. Hummer, G.; García, A. E.; Garde, S. Proteins 2001, 42, 77-84
16. Mu, Y.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Proteins 2005, 58, 45-52
17. Tenenbaum, J. B.; de Silva, V.; Langford, J. C. Science 2000, 290, 2319-2323
18. Das, P.; Moll, M.; Stamati, H.; Kavraki, L. E.; Clementi, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 9885-9890
19. Coifman, R. R.; Lafon, S. Appl. Comput. Harmonic Anal. 2006, 21, 5-30
20. Ceriotti, M.; Tribello, G. A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 13023-13028
21. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6571-6581
22. Noé, F.; Horenko, I.; Schütte, C.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155102
23. Noé, F.; Fischer, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 154-162
24. Pande, V. S.; Beauchamp, K.; Bowman, G. R. Methods (San Diego, Calif.) 2010, 52, 99-105
25. Schütte, C.; Noé, F.; Lu, J.; Sarich, M.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2011, 134, 204105
26. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Senne, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105
27. Beauchamp, K. A.; Bowman, G. R.; Lane, T. J.; Maibaum, L.; Haque, I. S.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 7, 3412-3419
28. Gonzalez, T. F. Theor. Comput. Sci. 1985, 38, 293-306
29. Beauchamp, K. A.; McGibbon, R.; Lin, Y.-S.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 17807-17813
30. Ward, J. H., Jr. J. Am. Stat. Assoc. 1963, 58, 236-244
31. Müllner, D. (2011, arxiv: 1109.2378.
32. Zhou, T.; Caflisch, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 2930-2937
33. Kellogg, E. H.-M.; Lange, O.; Baker, D. J. Phys. Chem. B 2012, 11405-11413
34. Riccardi, L.; Nguyen, P. H.; Stock, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16660-16668
35. Molgedey, L.; Schuster, H. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 3634-3637
36. Blaschke, T.; Berkes, P.; Wiskott, L. Neural. Comput. 2006, 18, 2495-2508
37. Naritomi, Y.; Fuchigami, S. J. Chem. Phys. 2011, 134, 065101
38. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Science 2011, 334, 517-520
39. Altis, A.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2007, 126, 244111
40. Scalco, R.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. B 2011, 115, 6358-6365
41. Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Boxer, G.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124101
42. Senne, M.; Trendelkamp-Schroer, B.; Mey, A. S.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2223-2238
43. Sarich, M.; Noé, F.; Schütte, C. Multiscale Model. Simul. 2012, 8, 1154-1177
44. Djurdjevac, N.; Sarich, M.; Schütte, C. Multiscale Model. Simul. 2012, 10, 61-81
45. Lin, Y.-S.; R., B. C.; Kyle, B.; Voelz, V. A.; Tokmakoff, A.; Pande, V. S. Submitted 2012.
46. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619-1620
47. Clementi, C.; Nymeyer, H.; Onuchic, J. N. J. Mol. Biol. 2000, 298, 937-953
48. García, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 13898-13903
49. Lammert, H.; Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N. Proteins 2012, 80, 362-373
50. Bowman, G. R.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 10890-10895
51. Voelz, V. A.; Jäger, M.; Yao, S.; Chen, Y.; Zhu, L.; Waldauer, S. A.; Bowman, G. R.; Friedrichs, M.; Bakajin, O.; Lapidus, L. J.; Weiss, S.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 12565-12577
52. Deuflhard, P.; Weber, M. Linear Algebra Appl. 2005, 398, 161-184
53. Metzner, P.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E. Multiscale Model. Simul. 2009, 7, 1192-1219
54. Berezhkovskii, A.; Hummer, G.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 205102
55. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19011-19016
56. Voelz, V. A.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1526-1528