Connecting gene expression data from connectivity map and in silico target predictions for small molecule mechanism-of-action analysis

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 1, 2015, Pages 86-96

  Ravindranath, Aakash Chavan ^a   Perualila Tan, Nolen ^b   Kasim, Adetayo ^c   Drakakis, Georgios ^a   Liggi, Sonia ^a   Brewerton, Suzanne C ^d   Mason, Daniel ^a   Bodkin, Michael J ^d   Evans, David A ^d   Bhagwat, Aditya ^e   Talloen, Willem ^f   Göhlmann, Hinrich W H ^f   Shkedy, Ziv ^b   Bender, Andreas ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

^b HASSELT UNIVERSITY   (Belgium)

^c DURHAM UNIVERSITY   (United Kingdom)

^d ELI LILLY AND COMPANY   (United States)

^e Open Analytics 2600 ^*  (Belgium)

^f JANSSEN RESEARCH FOUNDATION   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIDIABETIC AGENT; ANTIINFLAMMATORY AGENT; ANTINEOPLASTIC AGENT; NEUROLEPTIC AGENT; TRANSCRIPTOME;

ALGORITHM; BIOLOGY; CLUSTER ANALYSIS; COMPUTER SIMULATION; DRUG DEVELOPMENT; DRUG EFFECTS; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC DATABASE; HUMAN; PROCEDURES; SIGNAL TRANSDUCTION; TUMOR CELL LINE;

ALGORITHMS; ANTI-INFLAMMATORY AGENTS; ANTINEOPLASTIC AGENTS; ANTIPSYCHOTIC AGENTS; CELL LINE, TUMOR; CLUSTER ANALYSIS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; COMPUTER SIMULATION; DATABASES, GENETIC; DRUG DISCOVERY; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; HYPOGLYCEMIC AGENTS; SIGNAL TRANSDUCTION; TRANSCRIPTOME;

EID: 84918779167     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00328d     Document Type: Article

References (70)

1. M. L. MacDonald J. Lamerdin S. Owens B. H. Keon G. K. Bilter Z. Shang Z. Huang H. Yu J. Dias T. Minami et al. Nat. Chem. Biol. 2006 2 329 337
2. S. Tian Y. Li D. Li X. Xu J. Wang Q. Zhang T. Hou J. Chem. Inf. Model. 2013 53 1787 1803
3. F. Iorio R. Tagliaferri D. di Bernardo J. Comput. Biol. 2009 16 241 251
4. Y. Feng T. J. Mitchison A. Bender D. W. Young J. A. Tallarico Nat. Rev. Drug Discovery 2009 8 567 578
5. D. W. Young A. Bender J. Hoyt E. McWhinnie G.-W. Chirn C. Y. Tao J. A. Tallarico M. Labow J. L. Jenkins T. J. Mitchison et al. Nat. Chem. Biol. 2007 4 59 68
6. M. Iskar M. Campillos M. Kuhn L. J. Jensen V. van Noort P. Bork PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000925
7. M. Maienschein-Cline J. Zhou K. P. White R. Sciammas A. R. Dinner Bioinformatics 2011 28 206 213
8. D. N. Arnosti M. M. Kulkarni J. Cell. Biochem. 2005 94 890 898
9. A. L. Tarca R. Romero S. Draghici Am. J. Obstet. Gynecol. 2006 195 373 388
10. D. Amaratunga, J. Cabrera and Z. Shkedy, Exploration and Analysis of DNA Microarray and Other High-Dimensional Data, Wiley, 2nd edn, 2014
11. P. Breyne R. Dreesen B. Cannoot D. Rombaut K. Vandepoele S. Rombauts R. Vanderhaeghen D. Inzé M. Zabeau Mol. Genet. Genomics 2003 269 173 179
12. T. D. Gallardo G. B. John L. Shirley C. M. Contreras E. A. Akbay J. M. Haynie S. E. Ward M. J. Shidler D. H. Castrillon Genetics 2007 177 179 194
13. X. Li S. Rao Y. Wang B. Gong Nucleic Acids Res. 2004 32 2685 2694
14. D. Nikolova H. Zembutsu T. Sechanov K. Vidinov L. Kee R. Ivanova E. Becheva M. Kocova D. Toncheva Y. Nakamura Oncol. Rep. 2008 20 105 121
15. M. Kapushesky T. Adamusiak T. Burdett A. Culhane A. Farne A. Filippov E. Holloway A. Klebanov N. Kryvych N. Kurbatova et al. Nucleic Acids Res. 2011 40 D1077 D1081
16. A. Brazma H. Parkinson U. Sarkans M. Shojatalab J. Vilo N. Abeygunawardena E. Holloway M. Kapushesky P. Kemmeren G. G. Lara A. Oezcimen P. Rocca-Serra S.-A. Sansone Nucleic Acids Res. 2003 31 68 71
17. J. Lamb E. D. Crawford D. Peck J. D. Modell I. C. Blat M. J. Wrobel J. Lerner J.-P. Brunet A. Subramanian K. N. Ross M. Reich H. Hieronymus G. Wei S. Armstrong S. J. Haggarty P. A. Clemons R. Wei S. A. Carr E. S. Lander T. R. Golub Science 2006 313 1929 1935
18. J. Lamb Nat. Rev. Cancer 2007 7 54 60
19. S. A. Khan A. Faisal J. P. Mpindi J. A. Parkkinen T. Kalliokoski A. Poso O. P. Kallioniemi K. Wennerberg K. Samuel BMC Bioinf. 2012 13 1471 2105
20. T. S. Gardner D. di Bernardo D. Lorenz J. J. Collins Science 2003 301 102 105
21. M. Kuhn C. von Mering M. Campillos L. J. Jensen P. Bork Nucleic Acids Res. 2008 36 D684 D688
22. M. Kuhn D. Szklarczyk A. Franceschini M. Campillos C. von Mering L. J. Jensen A. Beyer P. Bork Nucleic Acids Res. 2010 38 D552 D556
23. M. Iskar G. Zeller P. Blattmann M. Campillos M. Kuhn K. H. Kaminska H. Runz A.-C. Gavin R. Pepperkok V. van Noort P. Bork Mol. Syst. Biol. 2013 9 662
24. T. Klabunde Br. J. Pharmacol. 2007 152 5 7
25. A. Koutsoukas B. Simms J. Kirchmair P. J. Bond A. V. Whitmore S. Zimmer M. P. Young J. L. Jenkins M. Glick R. C. Glen A. Bender J. Proteomics 2011 74 2554 2574
26. A. Koutsoukas R. Lowe Y. Kalantarmotamedi H. Y. Mussa W. Klaffke J. B. O. Mitchell R. C. Glen A. Bender J. Chem. Inf. Model. 2013 53 1957 1966
27. B. Chen K. J. McConnell N. Wale D. J. Wild E. M. Gifford Bioinformatics 2011 27 3044 3049
28. F. Mohd Fauzi A. Koutsoukas R. Lowe K. Joshi T.-P. Fan R. C. Glen A. Bender J. Chem. Inf. Model. 2013 53 661 673
29. M. Takarabe M. Kotera Y. Nishimura S. Goto Y. Yamanishi Bioinformatics 2012 28 i611 i618
30. H. Ogata S. Goto K. Sato W. Fujibuchi H. Bono M. Kanehisa Nucleic Acids Res. 1999 27 29 34
31. L. du Plessis N. Skunca C. Dessimoz Briefings Bioinf. 2011 12 723 735
32. S. Hochreiter D.-A. Clevert K. Obermayer Bioinformatics 2006 22 943 949
33. W. Talloen D. Clevert S. Hochreiter D. Amaratunga L. Bijnens S. Kass H. Göhlmann Bioinformatics 2007 23 2897 2902
34. G. V. Paolini R. H. B. Shapland W. P. van Hoorn J. S. Mason A. L. Hopkins Nat. Biotechnol. 2006 24 805 815
35. P. Willett J. Barnard G. Downs J. Chem. Inf. Model. 1998 38 983 996
36. R. A. Fisher J. Roy. Statist. Soc. 1922 85 87 94
37. G. K. Smyth J. Michaud H. S. Scott Bioinformatics 2005 21 2067 2075
38. G. K. Smyth Stat. Appl. Genet. Mol. Biol. 2004 3 397 420
39. Y. Benjamini Y. Hochberg J. Roy. Statist. Soc. Ser. B 1995 57 289 300
40. S. Liggi G. Drakakis A. E. Hendry K. M. Hanson S. C. Brewerton G. N. Wheeler M. J. Bodkin D. A. Evans A. Bender Mol. Inf. 2013 32 1009 1024
41. S. Liggi G. Drakakis A. Koutsoukas I. CortesCiriano P. MartnezAlonso T. E. Malliavin A. Velazquez-Campoy S. C. Brewerton M. J. Bodkin D. A. Evans R. C. Glen J. A. Carrodeguas A. Bender Future Med. Chem. 2013 10.1186/1758-2946-5-S1-P15
42. N. Raghavan D. Amaratunga J. Cabrera A. Nie J. Qin M. McMillian J. Comput. Biol. 2006 13 798 809
43. N. Raghavan A. De Bondt W. Talloen D. Moechars H. W. H. Göhlmann D. Amaratunga Bioinformatics 2007 23 3032 3038
44. D. Lin, Z. Shkedy, D. Yekutieli, D. Amaratunga and L. Bijnens, Modeling Dose-response Microarray Data in Early Drug Development Experiments Using R, Order Restricted Analysis of Microarray Data, Springer, 2012
45. H. Göhlmann and W. Talloen, Gene Expression Studies Using Affymetrix Microarrays, Chapman and Hall/CRC, 2009, pp. 1314-1315
46. S. Modi A. Stopeck H. Linden D. Solit S. Chandarlapaty N. Rosen G. D'Andrea M. Dickler M. E. Moynahan S. Sugarman W. Ma S. Patil L. Norton A. L. Hannah C. Hudis Clin. Cancer Res. 2011 17 5132 5139
47. T. Taldone A. Gozman R. Maharaj G. Chiosis Curr. Opin. Pharmacol. 2008 8 370 374
48. B. Chen W. H. Piel L. Gui E. Bruford A. Monteiro Genomics 2005 86 627 637
49. E. L. Davenport H. E. Moore A. S. Dunlop S. Y. Sharp P. Workman G. J. Morgan F. E. Davies Blood 2007 110 2641 2649
50. M. L. Albert Nat. Rev. Immunol. 2004 4 223 231
51. P. Khatri M. Sirota A. J. Butte PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002375
52. J. Brown Y. Okuno Chem. Biol. 2012 19 23 28
53. T. Lynch A. Price Am. Fam. Physician 2007 76 391 396
54. D. W. Nebert D. W. Russell Lancet 2002 360 1155 1162
55. J. B. Schenkman J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 1992 43 1023 1030
56. P. Dorado R. Berecz E. Peas-Lled M. Cceres A. Llerena Curr. Drug Targets 2006 7 1671 1680
57. M. H. Polymeropoulos L. Licamele S. Volpi K. Mack S. N. Mitkus E. D. Carstea L. Getoor A. Thompson C. Lavedan Schizophr. Res. 2009 108 134 142
58. B. Umukoro Afr. J. Med. Med. Sci. 2010 39 61 66
59. G. Palit A. Kalsotra R. Kumar C. Nath M. P. Dubey Eur. J. Pharmacol. 2001 421 139 144
60. A. Crameri E. Biondi K. Kuehnle D. Lütjohann K. M. Thelen S. Perga C. G. Dotti R. M. Nitsch M. H. Mohajeri M. D. Ledesma EMBO J. 2006 25 432 443
61. A. Wechsler A. Brafman A. Faerman I. Björkhem E. Feinstein Science 2003 302 2087
62. J. D. Horton J. L. Goldstein M. S. Brown J. Clin. Invest. 2002 109 1125 1131
63. N. Mahindroo C. F. Huang Y. H. Peng C. C. Wang C. C. Liao T. W. Lien S. K. Chittimalla W. J. Huang C. H. Chai E. Prakash C. P. Chen T. A. Hsu C. H. Peng I. L. Lu L. H. Lee Y. W. Chang W. C. Chen Y. C. Chou C. T. Chen C. M. V. Goparaju Y. S. Chen S. J. Lan M. C. Yu X. Chen Y. S. Chao S. Y. Wu H. P. Hsieh J. Med. Chem. 2005 48 8194 8208
64. L. G. D. Fryer A. Parbu-Patel D. Carling J. Biol. Chem. 2002 277 25226 25232
65. B. M. Spiegelman Diabetes 1998 47 507 514
66. I. Szatmari A. Pap R. Ruhl J.-X. Ma P. A. Illarionov G. S. Besra E. Rajnavolgyi B. Dezso L. Nagy J. Exp. Med. 2006 203 2351 2362
67. M. Pal M. J. Tan R.-L. Huang Y. Y. Goh X. L. Wang M. B. Y. Tang N. S. Tan PLoS One 2011 6 e25377
68. H. Elrod S. Sun PPAR Res. 2008 704165 10.1155/2008/704165
69. J. Hert M. J. Keiser J. J. Irwin T. I. Oprea B. K. Shoichet J. Chem. Inf. Model. 2008 48 755 765
70. Y. C. Martin J. L. Kofron L. M. Traphagen J. Med. Chem. 2002 45 4350 4358