DNA y structure: A versatile, multidimensional single molecule assay

Nano Letters

Volumn 14, Issue 11, 2014, Pages 6475-6480

  Inman, James T ^a,b   Smith, Benjamin Y ^a,b   Hall, Michael A ^a,b   Forties, Robert A ^a,b   Jin, Jing ^a,b   Sethna, James P ^a   Wang, Michelle D ^a,b  

^a Cornell University   (United States)

^b Department of Obstetrics Gynecology   (United States)

Author keywords

DNA torque; DNA Y structure; force spectroscopy; Optical tweezers; single molecule; unzipping DNA

Indexed keywords

MOLECULES; OPTICAL TWEEZERS; PROTEINS;

DEVELOPMENT AND UTILIZATIONS; DNA-BINDING PROTEIN; FORCE SPECTROSCOPY; REAL TIME TRACKING; SINGLE MOLECULE; SINGLE-MOLECULE ASSAYS; SINGLE-MOLECULE TECHNIQUE; Y-STRUCTURES;

DNA;

DNA;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; FLUORESCENCE; MECHANICS; OPTICAL TWEEZERS;

DNA; FLUORESCENCE; MECHANICAL PROCESSES; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OPTICAL TWEEZERS;

EID: 84910001921     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl503009d     Document Type: Article

References (43)

1. Cui, Y.; Bustamante, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97 (1) 127-32
2. Bennink, M. L.; Leuba, S. H.; Leno, G. H.; Zlatanova, J.; de Grooth, B. G.; Greve, J. Nat. Struct. Biol. 2001, 8 (7) 606-10
3. Brower-Toland, B. D.; Smith, C. L.; Yeh, R. C.; Lis, J. T.; Peterson, C. L.; Wang, M. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99 (4) 1960-5
4. Gemmen, G. J.; Sim, R.; Haushalter, K. A.; Ke, P. C.; Kadonaga, J. T.; Smith, D. E. J. Mol. Biol. 2005, 351 (1) 89-99
5. Brower-Toland, B.; Wacker, D. A.; Fulbright, R. M.; Lis, J. T.; Kraus, W. L.; Wang, M. D. J. Mol. Biol. 2005, 346 (1) 135-46
6. Mihardja, S.; Spakowitz, A. J.; Zhang, Y.; Bustamante, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103 (43) 15871-6
7. van Mameren, J.; Modesti, M.; Kanaar, R.; Wyman, C.; Peterman, E. J.; Wuite, G. J. Nature 2009, 457 (7230) 745-8
8. Forget, A. L.; Kowalczykowski, S. C. Nature 2012, 482 (7385) 423-7
9. Yin, H.; Wang, M. D.; Svoboda, K.; Landick, R.; Block, S. M.; Gelles, J. Science 1995, 270 (5242) 1653-7
10. Wang, M. D.; Schnitzer, M. J.; Yin, H.; Landick, R.; Gelles, J.; Block, S. M. Science 1998, 282 (5390) 902-7
11. Wuite, G. J.; Smith, S. B.; Young, M.; Keller, D.; Bustamante, C. Nature 2000, 404 (6773) 103-6
12. Smith, D. E.; Tans, S. J.; Smith, S. B.; Grimes, S.; Anderson, D. L.; Bustamante, C. Nature 2001, 413 (6857) 748-52
13. Adelman, K.; Yuzenkova, J.; La Porta, A.; Zenkin, N.; Lee, J.; Lis, J. T.; Borukhov, S.; Wang, M. D.; Severinov, K. Mol. Cell 2004, 14 (6) 753-62
14. Dame, R. T.; Noom, M. C.; Wuite, G. J. Nature 2006, 444 (7117) 387-90
15. Noom, M. C.; van den Broek, B.; van Mameren, J.; Wuite, G. J. Nat. Methods 2007, 4 (12) 1031-6
16. Koch, S. J.; Shundrovsky, A.; Jantzen, B. C.; Wang, M. D. Biophys. J. 2002, 83 (2) 1098-105
17. Koch, S. J.; Wang, M. D. Phys. Rev. Lett. 2003, 91 (2) 028103
18. Hall, M. A.; Shundrovsky, A.; Bai, L.; Fulbright, R. M.; Lis, J. T.; Wang, M. D. Nat. Struct Mol. Biol. 2009, 16 (2) 124-9
19. Jin, J.; Bai, L.; Johnson, D. S.; Fulbright, R. M.; Kireeva, M. L.; Kashlev, M.; Wang, M. D. Nat. Struct Mol. Biol. 2010, 17 (6) 745-52
20. Dumont, S.; Cheng, W.; Serebrov, V.; Beran, R. K.; Tinoco, I., Jr.; Pyle, A. M.; Bustamante, C. Nature 2006, 439 (7072) 105-8
21. Johnson, D. S.; Bai, L.; Smith, B. Y.; Patel, S. S.; Wang, M. D. Cell 2007, 129 (7) 1299-309
22. Sun, B.; Johnson, D. S.; Patel, G.; Smith, B. Y.; Pandey, M.; Patel, S. S.; Wang, M. D. Nature 2011, 478 (7367) 132-5
23. Ma, J.; Bai, L.; Wang, M. D. Science 2013, 340 (6140) 1580-3
24. Sheinin, M. Y.; Li, M.; Soltani, M.; Luger, K.; Wang, M. D. Nat. Commun. 2013, 4, 2579
25. Ishijima, A.; Kojima, H.; Funatsu, T.; Tokunaga, M.; Higuchi, H.; Tanaka, H.; Yanagida, T. Cell 1998, 92 (2) 161-71
26. Lang, M. J.; Fordyce, P. M.; Block, S. M. J. Biol. 2003, 2 (1) 6
27. Dijk, M. A.; Kapitein, L. C.; Mameren, J.; Schmidt, C. F.; Peterman, E. J. J. Phys. Chem. B 2004, 108 (20) 6479-84
28. Brau, R. R.; Tarsa, P. B.; Ferrer, J. M.; Lee, P.; Lang, M. J. Biophys. J. 2006, 91 (3) 1069-77
29. Galletto, R.; Amitani, I.; Baskin, R. J.; Kowalczykowski, S. C. Nature 2006, 443 (7113) 875-8
30. Hohng, S.; Zhou, R.; Nahas, M. K.; Yu, J.; Schulten, K.; Lilley, D. M.; Ha, T. Science 2007, 318 (5848) 279-83
31. Comstock, M. J.; Ha, T.; Chemla, Y. R. Nat. Methods 2011, 8 (4) 335-40
32. Heller, I.; Sitters, G.; Broekmans, O. D.; Farge, G.; Menges, C.; Wende, W.; Hell, S. W.; Peterman, E. J.; Wuite, G. J. Nat. Methods 2013, 10 (9) 910-6
33. Bockelmann, U.; EssevazRoulet, B.; Heslot, F. Phys. Rev. Lett. 1997, 79 (22) 4489-4492
34. Bockelmann, U.; Essevaz-Roulet, B.; Heslot, F. Phys. Rev. E 1998, 58 (2) 2386-2394
35. Huguet, J. M.; Bizarro, C. V.; Forns, N.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; Ritort, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107 (35) 15431-6
36. Marko, J. F.; Siggia, E. D. Macromolecules 1995, 28 (26) 8759-8770
37. Smith, S. B.; Cui, Y.; Bustamante, C. Science 1996, 271 (5250) 795-9
38. Wang, M. D.; Yin, H.; Landick, R.; Gelles, J.; Block, S. M. Biophys. J. 1997, 72 (3) 1335-46
39. Koster, D. A.; Crut, A.; Shuman, S.; Bjornsti, M. A.; Dekker, N. H. Cell 2010, 142 (4) 519-30
40. Forth, S.; Sheinin, M. Y.; Inman, J.; Wang, M. D. Annu. Rev. Biophys. 2013, 42, 583-604
41. Marko, J. F. Phys. Rev. E: Stat. Nonlinear Soft Matter Phys. 2007, 76 (2 Pt 1) 021926
42. Lee, D. N.; Landick, R. J. Mol. Biol. 1992, 228 (3) 759-77
43. Zaychikov, E.; Denissova, L.; Heumann, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92 (5) 1739-43