Unusual post-translational protein modifications: The benefits of sophistication

RSC Advances

Volumn 4, Issue 64, 2014, Pages 33958-33974

  Ravikiran, Boddepalli ^a   Mahalakshmi, Radhakrishnan ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE EDUCATION AND RESEARCH BHOPAL   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHAINS; PROTEINS;

CATALYTIC CENTRE; CELLULAR ACTIVITIES; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROTEIN MODIFICATIONS; WORK FORCE;

BIOSYNTHESIS;

EID: 84906238003     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4ra04694c     Document Type: Review

References (92)

1. T. Gallagher D. A. Rozwarski S. R. Ernst M. L. Hackert J. Mol. Biol. 1993 230 516 528
2. A. B. Cubitt R. Heim S. R. Adams A. E. Boyd L. A. Gross R. Y. Tsien Trends Biochem. Sci. 1995 20 448 455
3. G. N. Phillips, Jr. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997 7 821 827
4. N. M. Okeley W. A. van der Donk Chem. Biol. 2000 7 R159 R171
5. J. P. Klinman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14766 14768
6. L. Xie W. A. van der Donk Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12863 12865
7. J. W. Whittaker Arch. Biochem. Biophys. 2005 433 227 239
8. X. B. Zhao J. Suarez A. Khajo S. W. Yu L. Metlitsky R. S. Magliozzo J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8268 8269
9. D. Rokhsana A. E. Howells D. M. Dooley R. K. Szilagyi Inorg. Chem. 2012 51 3513 3524
10. P. G. Arnison M. J. Bibb G. Bierbaum A. A. Bowers T. S. Bugni G. Bulaj J. A. Camarero D. J. Campopiano G. L. Challis J. Clardy P. D. Cotter D. J. Craik M. Dawson E. Dittmann S. Donadio P. C. Dorrestein K. D. Entian M. A. Fischbach J. S. Garavelli U. Goransson C. W. Gruber D. H. Haft T. K. Hemscheidt C. Hertweck C. Hill A. R. Horswill M. Jaspars W. L. Kelly J. P. Klinman O. P. Kuipers A. J. Link W. Liu M. A. Marahiel D. A. Mitchell G. N. Moll B. S. Moore R. Muller S. K. Nair I. F. Nes G. E. Norris B. M. Olivera H. Onaka M. L. Patchett J. Piel M. J. Reaney S. Rebuffat R. P. Ross H. G. Sahl E. W. Schmidt M. E. Selsted K. Severinov B. Shen K. Sivonen L. Smith T. Stein R. D. Sussmuth J. R. Tagg G. L. Tang A. W. Truman J. C. Vederas C. T. Walsh J. D. Walton S. C. Wenzel J. M. Willey W. A. van der Donk Nat. Prod. Rep. 2013 30 108 160
11. F. Jordan and M. S. Patel, Thiamine: Catalytic Mechanisms in Normal and Disease States (Oxidative Stress and Disease), CRC Press, 2003
12. N. Ito S. E. Phillips C. Stevens Z. B. Ogel M. J. McPherson J. N. Keen K. D. Yadav P. F. Knowles Nature 1991 350 87 90
13. S. J. Firbank M. S. Rogers C. M. Wilmot D. M. Dooley M. A. Halcrow P. F. Knowles M. J. McPherson S. E. Phillips Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 12932 12937
14. S. Yoshikawa K. Shinzawa-Itoh R. Nakashima R. Yaono E. Yamashita N. Inoue M. Yao M. J. Fei C. P. Libeu T. Mizushima H. Yamaguchi T. Tomizaki T. Tsukihara Science 1998 280 1723 1729
15. D. A. Pratt R. P. Pesavento W. A. van der Donk Org. Lett. 2005 7 2735 2738
16. C. Ostermeier A. Harrenga U. Ermler H. Michel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 10547 10553
17. G. Buse T. Soulimane M. Dewor H. E. Meyer M. Bluggel Protein Sci. 1999 8 985 990
18. M. A. Sharpe S. Ferguson-Miller J. Bioenerg. Biomembr. 2008 40 541 549
19. T. Klabunde C. Eicken J. C. Sacchettini B. Krebs Nat. Struct. Biol. 1998 5 1084 1090
20. E. I. Solomon U. M. Sundaram T. E. Machonkin Chem. Rev. 1996 96 2563 2606
21. C. Eicken B. Krebs J. C. Sacchettini Curr. Opin. Struct. Biol. 1999 9 677 683
22. T. Bertrand N. A. Eady J. N. Jones Jesmin J. M. Nagy B. Jamart-Gregoire E. L. Raven K. A. Brown J. Biol. Chem. 2004 279 38991 38999
23. Y. Zhang B. Heym B. Allen D. Young S. Cole Nature 1992 358 591 593
24. R. A. Ghiladi G. M. Knudsen K. F. Medzihradszky P. R. Ortiz de Montellano J. Biol. Chem. 2005 280 22651 22663
25. B. Bhaskar C. E. Immoos H. Shimizu F. Sulc P. J. Farmer T. L. Poulos J. Mol. Biol. 2003 328 157 166
26. E. J. Gilbert J. D. Chisholm D. L. Van Vranken J. Org. Chem. 1999 64 5670 5676
27. P. C. Loewen J. Switala I. von Ossowski A. Hillar A. Christie B. Tattrie P. Nicholls Biochemistry 1993 32 10159 10164
28. W. Meilk-Adamyan J. Bravo X. Carpena J. Switala M. Mate I. Fita P. C. Loewen Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 44 270 281
29. J. Bravo I. Fita J. C. Ferrer W. Ens A. Hillar J. Switala P. C. Loewen Protein Sci. 1997 6 1016 1023
30. J. Bravo N. Verdaguer J. Tormo C. Betzel J. Switala P. C. Loewen I. Fita Structure 1995 3 491 502
31. A. Diaz E. Horjales E. Rudino-Pinera R. Arreola W. Hansberg J. Mol. Biol. 2004 342 971 985
32. G. S. Jacob W. H. Orme-Johnson Biochemistry 1979 18 2967 2975
33. G. S. Jacob W. H. Orme-Johnson Biochemistry 1979 18 2975 2980
34. C. R. Simmons Q. Liu Q. Huang Q. Hao T. P. Begley P. A. Karplus M. H. Stipanuk J. Biol. Chem. 2006 281 18723 18733
35. J. E. Dominy, Jr. J. Hwang M. H. Stipanuk Am. J. Physiol.: Endocrinol. Metab. 2007 293 E62 E69
36. J. E. Dominy J. Hwang S. Guo L. L. Hirschberger S. Zhang M. H. Stipanuk J. Biol. Chem. 2008 283 12188 12201
37. M. H. Stipanuk I. Ueki J. E. Dominy, Jr. C. R. Simmons L. L. Hirschberger Amino Acids 2009 37 55 63
38. V. L. Davidson Mol. BioSyst. 2011 7 29 37
39. J. P. Klinman F. Bonnot Chem. Rev. 2014 114 4343 4365
40. J. A. Bollinger D. E. Brown D. M. Dooley Biochemistry 2005 44 11708 11714
41. H. M. Kagan W. Li J. Cell. Biochem. 2003 88 660 672
42. Q. Xiao G. Ge Cancer Microenviron. 2012 5 261 273
43. J. Wu C. Cai D. N. A. Tong H. C. Hou Genet. Test. Mol. Biomarkers 2012 16 915 919
44. S. A. Salisbury H. S. Forrest W. B. Cruse O. Kennard Nature 1979 280 843 844
45. W. S. Mcintire D. E. Wemmer A. Chistoserdov M. E. Lidstrom Science 1991 252 817 824
46. A. R. Pearson T. De la Mora-Rey M. E. Graichen Y. T. Wang L. H. Jones S. Marimanikkupam S. A. Agger P. A. Grimsrud V. L. Davidson C. M. Wilmot Biochemistry 2004 43 5494 5502
47. L. M. R. Jensen R. Sanishvili V. L. Davidson C. M. Wilmot Science 2010 327 1392 1394
48. L. Chen M. Doi R. C. Durley A. Y. Chistoserdov M. E. Lidstrom V. L. Davidson F. S. Mathews J. Mol. Biol. 1998 276 131 149
49. V. L. Davidson A. Liu Biochim. Biophys. Acta 2012 1824 1299 1305
50. Z. Zhu V. L. Davidson Biochemistry 1999 38 4862 4867
51. S. Datta Y. Mori K. Takagi K. Kawaguchi Z. W. Chen T. Okajima S. Kuroda T. Ikeda K. Kano K. Tanizawa F. S. Mathews Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14268 14273
52. S. Datta T. Ikeda K. Kano F. S. Mathews Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003 59 1551 1556
53. K. Ono T. Okajima M. Tani S. Kuroda D. Sun V. L. Davidson K. Tanizawa J. Biol. Chem. 2006 281 13672 13684
54. A. Satoh O. Adachi K. Tanizawa K. Hirotsu Biochim. Biophys. Acta 2003 1647 272 277
55. K. Takagi K. Yamamoto K. Kano T. Ikeda Eur. J. Biochem. 2001 268 470 476
56. A. Oubrie H. J. Rozeboom K. H. Kalk A. J. Olsthoorn J. A. Duine B. W. Dijkstra EMBO J. 1999 18 5187 5194
57. C. Anthony Antioxid. Redox Signaling 2001 3 757 774
58. J. Park J. E. Churchich BioFactors 1992 3 257 260
59. C. Anthony Biochem. J. 1996 320 Pt 3 697 711
60. M. D. Elias M. Tanaka H. Izu K. Matsushita O. Adachi M. Yamada J. Biol. Chem. 2000 275 7321 7326
61. K. He H. Nukada T. Urakami M. P. Murphy Biochem. Pharmacol. 2003 65 67 74
62. T. E. Stites A. E. Mitchell R. B. Rucker J. Nutr. 2000 130 719 727
63. S. Puehringer M. Metlitzky R. Schwarzenbacher BMC Biochem. 2008 9 8
64. T. F. Schwede J. Retey G. E. Schulz Biochemistry 1999 38 5355 5361
65. M. Baedeker G. E. Schulz Structure 2002 10 61 67
66. H. Ritter G. E. Schulz Plant Cell 2004 16 3426 3436
67. G. V. Louie M. E. Bowman M. C. Moffitt T. J. Baiga B. S. Moore J. P. Noel Chem. Biol. 2006 13 1327 1338
68. S. Bale S. E. Ealick Amino Acids 2011 38 451 460
69. A. D. Pannifer A. J. Flint N. K. Tonks D. Barford J. Biol. Chem. 1998 273 10454 10462
70. A. Salmeen J. N. Andersen M. P. Myers T. C. Meng J. A. Hinks N. K. Tonks D. Barford Nature 2003 423 769 773
71. R. L. van Montfort M. Congreve D. Tisi R. Carr H. Jhoti Nature 2003 423 773 777
72. F. Yang L. G. Moss G. N. Phillips, Jr. Nat. Biotechnol. 1996 14 1246 1251
73. M. Ormo A. B. Cubitt K. Kallio L. A. Gross R. Y. Tsien S. J. Remington Science 1996 273 1392 1395
74. D. C. Prasher V. K. Eckenrode W. W. Ward F. G. Prendergast M. J. Cormier Gene 1992 111 229 233
75. O. Shimomura F. H. Johnson Y. Saiga J. Cell. Comp. Physiol. 1962 59 223 239
76. K. Brejc T. K. Sixma P. A. Kitts S. R. Kain R. Y. Tsien M. Ormo S. J. Remington Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 2306 2311
77. D. P. Barondeau C. D. Putnam C. J. Kassmann J. A. Tainer E. D. Getzoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12111 12116
78. S. A. McMahon M. A. Walsh R. T. Ching L. G. Carter M. Dorward K. A. Johnson H. Liu M. Oke C. Bloch, Jr. M. W. Kennedy A. A. Latiff A. Cooper G. L. Taylor M. F. White J. H. Naismith Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2006 62 1124 1126
79. M. Oke R. T. Ching L. G. Carter K. A. Johnson H. Liu S. A. McMahon M. F. White C. Bloch, Jr. C. H. Botting M. A. Walsh A. A. Latiff M. W. Kennedy A. Cooper J. H. Naismith Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2008 47 7853 7856
80. R. M. Vanacore D. B. Friedman A. J. Ham M. Sundaramoorthy B. G. Hudson J. Biol. Chem. 2005 280 29300 29310
81. R. Vanacore A. J. Ham M. Voehler C. R. Sanders T. P. Conrads T. D. Veenstra K. B. Sharpless P. E. Dawson B. G. Hudson Science 2009 325 1230 1234
82. M. E. Than S. Henrich R. Huber A. Ries K. Mann K. Kuhn R. Timpl G. P. Bourenkov H. D. Bartunik W. Bode Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 6607 6612
83. R. M. Vanacore S. Shanmugasundararaj D. B. Friedman O. Bondar B. G. Hudson M. Sundaramoorthy J. Biol. Chem. 2004 279 44723 44730
84. M. Sundaramoorthy M. Meiyappan P. Todd B. G. Hudson J. Biol. Chem. 2002 277 31142 31153
85. R. M. Vanacore A. J. Ham J. P. Cartailler M. Sundaramoorthy P. Todd V. Pedchenko Y. Sado D. B. Borza B. G. Hudson J. Biol. Chem. 2008 283 22737 22748
86. M. Milani P. Y. Savard H. Ouellet P. Ascenzi M. Guertin M. Bolognesi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5766 5771
87. A. Guder I. Wiedemann H. G. Sahl Biopolymers 2000 55 62 73
88. K. Kawulka T. Sprules R. T. McKay P. Mercier C. M. Diaper P. Zuber J. C. Vederas J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4726 4727
89. G. Zanotti L. Falcigno M. Saviano G. D'Auria B. M. Bruno T. Campanile L. Paolillo Chemistry 2001 7 1479 1485
90. Y. A. Labas N. G. Gurskaya Y. G. Yanushevich A. F. Fradkov K. A. Lukyanov S. A. Lukyanov M. V. Matz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 4256 4261
91. E. D. Horowitz M. G. Finn A. Asokan ACS Chem. Biol. 2012 7 1059 1066
92. J. H. Matthews T. D. Dinh P. Tivitmahaisoon J. W. Ziller D. L. Van Vranken Chem. Biol. 2001 8 1071 1079