Multiresponsive rolling circle amplification for DNA logic gates mediated by endonuclease

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 15, 2014, Pages 7813-7818

  Xu, Weidong ^a   Deng, Ruijie ^a   Wang, Lida ^a   Li, Jinghong ^a  

^a TSINGHUA UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; FUNCTIONAL POLYMERS; LOGIC GATES; PROBES;

ENDONUCLEASE ACTIVITIES; ISOTHERMAL AMPLIFICATIONS; MULTI-RESPONSIVE; MULTICHANNEL DETECTION; MULTIRESPONSIVENESS; ROLLING CIRCLE AMPLIFICATIONS; SINGLE-STRANDED DNA MOLECULES; TANDEM REPEATS;

BIOMOLECULES;

EID: 84905695340     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac501726s     Document Type: Article

References (55)

1. Fire, A.; Xu, S. Q. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4641-4645
2. Liu, D. Y.; Daubendiek, S. L.; Zillman, M. A.; Ryan, K.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1587-1594
3. Zhao, W. A.; Ali, M. M.; Brook, M. A.; Li, Y. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 6330-6337
4. Ali, M. M.; Li, F.; Zhang, Z. Q.; Zhang, K. X.; Kang, D. K.; Ankrum, J. A.; Le, X. C.; Zhao, W. A. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 3324-3341
5. Hamblin, G. D.; Carneiro, K. M. M.; Fakhoury, J. F.; Bujold, K. E.; Sleiman, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2888-2891
6. Lau, K. L.; Hamblin, G. D.; Sleiman, H. F. Small 2014, 10, 660-666
7. Wong, N. Y.; Xing, H.; Tan, L. H.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2931-2934
8. Ma, Y. Z.; Zheng, H. N.; Wang, C. E.; Yan, Q.; Chao, J.; Fan, C. H.; Xiao, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 2959-2962
9. Zhu, G. Z.; Hu, R.; Zhao, Z. L.; Chen, Z.; Zhang, X. B.; Tan, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 16438-16445
10. Ouyang, X. Y.; Li, J.; Liu, H. J.; Zhao, B.; Yan, J.; Ma, Y. Z.; Xiao, S. J.; Song, S. P.; Huang, Q.; Chao, J.; Fan, C. H. Small 2013, 9, 3082-3087
11. Lee, J.; Peng, S. M.; Yang, D. Y.; Roh, Y. H.; Funabashi, H.; Park, N.; Rice, E. J.; Chen, L. W.; Long, R.; Wu, M. M.; Luo, D. Nat. Nanotechnol. 2012, 7, 816-820
12. Dahl, F.; Baner, J.; Gullberg, M.; Mendel-Hartvig, M.; Landegren, U.; Nilsson, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4548-4553
13. Li, N.; Jablonowski, C.; Jin, H. L.; Zhong, W. W. Anal. Chem. 2009, 81, 4906-4913
14. Chapin, S. C.; Doyle, P. S. Anal. Chem. 2011, 83, 7179-7185
15. Xu, W.; Xie, X. J.; Li, D. W.; Yang, Z. Q.; Li, T. H.; Liu, X. G. Small 2012, 8, 1846-1850
16. Li, Y.; Liang, L.; Zhang, C. Y. Anal. Chem. 2013, 85, 11174-11179
17. Deng, R. J.; Tang, L. H.; Tian, Q. Q.; Wang, Y.; Lin, L.; Li, J. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2014, 53, 2389-2393
18. Ke, R. Q.; Mignardi, M.; Pacureanu, A.; Svedlund, J.; Botling, J.; Wahlby, C.; Nilsson, M. Nat. Methods 2013, 10, 857-860
19. Gao, X. X.; Hannoush, R. N. Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 61-68
20. Schweitzer, B.; Roberts, S.; Grimwade, B.; Shao, W. P.; Wang, M. J.; Fu, Q.; Shu, Q. P.; Laroche, I.; Zhou, Z. M.; Tchernev, V. T.; Christiansen, J.; Velleca, M.; Kingsmore, S. F. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 359-365
21. Tang, L. H.; Liu, Y.; Ali, M. M.; Kang, D. K.; Zhao, W. A.; Li, J. H. Anal. Chem. 2012, 84, 4711-4717
22. Konry, T.; Smolina, I.; Yarmush, J. M.; Irimia, D.; Yarmush, M. L. Small 2011, 7, 395-400
23. Wang, L. D.; Tram, K.; Ali, M. M.; Salena, B. J.; Li, J. H.; Li, Y. F. Chem.-Eur. J. 2014, 20, 2420-2424
24. Hu, R.; Zhang, X. B.; Kong, R. M.; Zhao, X. H.; Jiang, J. H.; Tan, W. H. J. Mater. Chem. 2011, 21, 16323-16334
25. Cho, E. J.; Yang, L. T.; Levy, M.; Ellington, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2022-2023
26. Ding, C. F.; Liu, H. T.; Wang, N. N.; Wang, Z. F. Chem. Commun. 2012, 48, 5019-5021
27. Zhao, W. A.; Cui, C. H.; Bose, S.; Guo, D. G.; Shen, C.; Wong, W. P.; Halvorsen, K.; Farokhzad, O. C.; Teo, G. S. L.; Phillips, J. A.; Dorfman, D. M.; Karnik, R.; Karp, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 19626-19631
28. Ali, M. M.; Li, Y. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 3512-3515
29. Bi, S.; Ji, B.; Zhang, Z. P.; Zhu, J. J. Chem. Sci. 2013, 4, 1858-1863
30. Newman, M.; Strzelecka, T.; Dorner, L. F.; Schildkraut, I.; Aggarwal, A. K. Nature 1994, 368, 660-664
31. Redondo, P.; Prieto, J.; Munoz, I. G.; Alibes, A.; Stricher, F.; Serrano, L.; Cabaniols, J. P.; Daboussi, F.; Arnould, S.; Perez, C.; Duchateau, P.; Paques, F.; Blanco, F. J.; Montoya, G. Nature 2008, 456, 107-111
32. Houtsmuller, A. B.; Rademakers, S.; Nigg, A. L.; Hoogstraten, D.; Hoeijmakers, J. H. J.; Vermeulen, W. Science 1999, 284, 958-961
33. Neubauer, C.; Gao, Y. G.; Andersen, K. R.; Dunham, C. M.; Kelley, A. C.; Hentschel, J.; Gerdes, K.; Ramakrishnan, V.; Brodersen, D. E. Cell 2009, 139, 1084-1095
34. McDermott-Roe, C.; Ye, J. M.; Ahmed, R.; Sun, X. M.; Serafin, A.; Ware, J.; Bottolo, L.; Muckett, P.; Canas, X.; Zhang, J. S.; Rowe, G. C.; Buchan, R.; Lu, H.; Braithwaite, A.; Mancini, M.; Hauton, D.; Marti, R.; Garcia-Arumi, E.; Hubner, N.; Jacob, H.; Serikawa, T.; Zidek, V.; Papousek, F.; Kolar, F.; Cardona, M.; Ruiz-Meana, M.; Garcia-Dorado, D.; Comella, J. X.; Felkin, L. E.; Barton, P. J. R.; Arany, Z.; Pravenec, M.; Petretto, E.; Sanchis, D.; Cook, S. A. Nature 2011, 478, 114-118
35. Weizmann, Y.; Elnathan, R.; Lioubashevski, O.; Willner, I. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12666-12672
36. Ferrin, L. J.; Cameriniotero, R. D. Nat. Genet. 1994, 6, 379-383
37. Li, B.; Zhang, Y.; Yan, S. H.; Lu, J. H.; Ye, M.; Li, M. Q.; Hu, J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 6668-6669
38. Yusa, K. Nat. Protoc. 2013, 8, 2061-2078
39. Boothroyd, C. E.; Dreesen, O.; Leonova, T.; Ly, K. I.; Figueiredo, L. M.; Cross, G. A. M.; Papavasiliou, F. N. Nature 2009, 459, 278-281
40. Windbichler, N.; Menichelli, M.; Papathanos, P. A.; Thyme, S. B.; Li, H.; Ulge, U. Y.; Hovde, B. T.; Baker, D.; Monnat, R. J.; Burt, A.; Crisanti, A. Nature 2011, 473, 212-215
41. Rasko, T.; Der, A.; Klement, E.; Slaska-Kiss, K.; Posfai, E.; Medzihradszky, K. F.; Marshak, D. R.; Roberts, R. J.; Kiss, A. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 7155-7166
42. Ma, D. L.; He, H. Z.; Chan, D. S. H.; Leung, C. H. Chem. Sci. 2013, 4, 3366-3380
43. Elbaz, J.; Wang, F. A.; Remacle, F.; Willner, I. Nano Lett. 2012, 12, 6049-6054
44. Zhu, J. B.; Zhang, L. B.; Li, T.; Dong, S. J.; Wang, E. K. Adv. Mater. 2013, 25, 2440-2444
45. Stojanovic, M. N.; Stefanovic, D. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1069-1074
46. Zhang, D. Y.; Seelig, G. Nat. Chem. 2011, 3, 103-113
47. Qian, L.; Winfree, E. Science 2011, 332, 1196-1201
48. Reif, J. H. Science 2011, 332, 1156-1157
49. Elbaz, J.; Lioubashevski, O.; Wang, F. A.; Remacle, F.; Levine, R. D.; Willner, I. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 417-422
50. Pei, R. J.; Matamoros, E.; Liu, M. H.; Stefanovic, D.; Stojanovic, M. N. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 773-777
51. Zhu, J. B.; Zhang, L. B.; Zhou, Z. X.; Dong, S. J.; Wang, E. K. Anal. Chem. 2014, 86, 312-316
52. Ran, T.; Kaplan, S.; Shapiro, E. Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 642-648
53. Zhao, H.; Neamati, N.; Sunder, S.; Hong, H. X.; Wang, S. M.; Milne, G. W. A.; Pommier, Y.; Burke, T. R. J. Med. Chem. 1997, 40, 937-941
54. Madlener, S.; Strobel, T.; Vose, S.; Saydam, O.; Price, B. D.; Demple, B.; Saydam, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 17844-17849
55. Biggins, J. B.; Prudent, J. R.; Marshall, D. J.; Ruppen, M.; Thorson, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13537-13542