Ultrasensitive multiplexed microRNA quantification on encoded gel microparticles using rolling circle amplification

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 18, 2011, Pages 7179-7185

  Chapin, Stephen C ^a   Doyle, Patrick S ^a  

^a Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SAMPLES; BIOMOLECULE ANALYSIS; DEGREE OF SENSITIVITY; FLUORESCENT REPORTER; GEL PARTICLES; HUMAN SERUM; LOW LEVEL; MICRO-PARTICLES; MICRORNAS; MULTIPLE TARGETS; NON-INVASIVE DIAGNOSTICS; RNA EXTRACTION; ROLLING CIRCLE AMPLIFICATIONS; SINGLE-MOLECULE; ULTRASENSITIVE;

GELS; MULTIPLEXING; RNA;

AMPLIFICATION;

DNA DIRECTED DNA POLYMERASE; FLUORESCENT DYE; MICRORNA;

ARTICLE; BLOOD; CHEMISTRY; DNA PROBE; HUMAN; HYDROGEL; METABOLISM; METHODOLOGY; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION;

DNA PROBES; DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE; FLUORESCENT DYES; HUMANS; HYDROGELS; MICRORNAS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES;

EID: 80052819876     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201618k     Document Type: Article

References (45)

1. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebert, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A. Nature 2005, 435, 834-838
2. Jiang, Q.; Wang, Y.; Hao, Y.; Juan, L.; Teng, M.; Zhang, X.; Li, M.; Wang, G.; Liu, Y. Nucleic Acids Res. 2008, 37, D98-D104
3. Esquela-Kerscher, A.; Slack, F. J. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 259-269
4. Volinia, S.; Calin, G. A.; Liu, C. G.; Ambs, S.; Cimmino, A.; Petrocca, F.; Visone, R.; Iorio, M.; Roldo, C.; Ferracin, M.; Prueitt, R. L.; Yanaihara, N.; Lanza, G.; Scarpa, A.; Vecchione, A.; Negrini, M.; Harris, C. C.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 2257-2261
5. Baker, M. Nat. Methods 2010, 7, 687-692
6. Wang, H.; Ach, R. A.; Curry, B. RNA 2007, 13, 151-159
7. Husale, S.; Persson, H. H. J.; Sahin, O. Nature 2009, 462, 1075-1078
8. Creighton, C. J.; Reid, J. G.; Gunaratne, P. H. Briefings Bioinf. 2009, 10, 490-497
9. Chen, C.; Ridzon, D. A.; Broomer, A. J.; Zhou, Z.; Lee, D. H.; Nguyen, J. T.; Barbisin, M.; Xu, N. L.; Mahuvakar, V. R.; Andersen, M. R.; Lao, K. Q.; Livak, K. J.; Guegler, K. J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179
10. Zhou, Y.; Huang, Q.; Gao, J.; Lu, J.; Shen, X.; Fan, C. Nucleic Acids Res. 2010, 38, e156
11. Chapin, S. C.; Appleyard, D. C.; Pregibon, D. C.; Doyle, P. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 2289-2293
12. Birtwell, S.; Morgan, H. Integr. Biol. 2009, 1, 345-362
13. Chen, J.; Lozrach, J.; Garcia, E. W.; Barnes, B.; Luo, S.; Mikoulitch, I.; Zhou, L.; Schroth, G.; Fan, J. B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e87
14. Mitchell, P. S.; Parkin, R. K.; Kroh, E. M.; Fritz, B. R.; Wyman, S. K.; Pogosova-Agadjanyan, E. L.; Peterson, A.; Noteboom, J.; O'Briant, K. C.; Allen, A.; Lin, D. W.; Urban, N.; Drescher, C. W.; Knudsen, B. S.; Stirewalt, D. L.; Gentleman, R.; Vessella, R. L.; Nelson, P. S.; Martin, D. B.; Tewari, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 10513-10518
15. Arroyo, J. D.; Chevillet, J. R.; Kroh, E. M.; Ruf, I. K.; Pritchard, C. C.; Gibson, D. F.; Mitchell, P. S.; Bennett, C. F.; Pogosova-Agadjanyan, E. L.; Stirewalt, D. L.; Tait, J. F.; Tewari, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 5003-5008
16. Lodes, M. J.; Caraballo, M.; Suciu, D.; Munro, S.; Kumar, A.; Anderson, B. PLoS ONE 2009, 4, e6229
17. Brase, J. C.; Wuttig, D.; Kuner, R.; Sültmann, H. Mol. Cancer 2010, 9, 306-314
18. Asaga, S.; Kuo, C.; Nguyen, T.; Terpenning, M.; Giuliano, A. E.; Hoon, D. S. B. Clin. Chem. (Washington, DC, U.S.) 2011, 57, 84-91
19. Fang, S.; Lee, H. J.; Wark, A. W.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14044-14046
20. Jonstrup, S. P.; Koch, J.; Kjems, J. RNA 2006, 12, 1747-1752
21. Li, N.; Jablonowski, C.; Jin, H.; Zhong, W. Anal. Chem. 2009, 81, 4906-4913
22. Yao, B.; Li, J.; Huang, H.; Sun, C.; Wang, Z.; Fan, Y.; Chang, Q.; Li, S.; Xi, J. RNA 2009, 15, 1787-1794
23. Pregibon, D. C.; Doyle, P. S. Anal. Chem. 2009, 81, 4873-4881
24. Dendukuri, D.; Gu, S. S.; Pregibon, D. C.; Hatton, T. A.; Doyle, P. S. Lab Chip 2007, 7, 818-828
25. Pregibon, D. C.; Toner, M.; Doyle, P. S. Science 2007, 315, 1393-1396
26. Shingara, J.; Keiger, K.; Shelton, J.; Laosinchai-Wolf, W.; Powers, P.; Conrad, R.; Brown, D.; Labourier, E. RNA 2005, 11, 1461-1470
27. Brazas, R. M.; Enos, J. M.; Duzeski, J. L.; Schifreen, R. S.; Watt, M. V. J. Mol. Diagn. 2006, 8, 671
28. Blanco, L.; Bernad, A.; Lázaro, J. M.; Martín, G.; Garmendia, C.; Salas, M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8935-8940
29. Appleyard, D. C.; Chapin, S. C.; Doyle, P. S. Anal. Chem. 2011, 83, 193-199
30. Schopf, E.; Chen, Y. Anal. Biochem. 2010, 397, 115-117
31. Kohro-Kawata, J.; Wener, M. H.; Mannik, M. J. Rheumatol. 2002, 29, 84-89
32. Fire, A.; Xu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 4641-4645
33. Liu, D.; Daubendiek, S. L.; Zillman, M. A.; Ryan, K.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1587-1594
34. Zhao, W.; Ali, M. M.; Brook, M. A.; Li, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 6330-6337
35. Nallur, G.; Luo, C.; Fang, L.; Cooley, S.; Dave, V.; Lambert, J.; Kukanskis, K.; Kingsmore, S.; Lasken, R.; Schweitzer, B. Nucleic Acids. Res. 2001, 29, e118
36. Kashkin, K. N.; Strizhkov, B. N.; Gryadunov, D. A.; Surzhikov, S. A.; Grechishnikova, I. V.; Kreindlin, E. Y.; Chupeeva, V. V.; Evseev, K. B.; Turygin, A. Y.; Mirzabekov, A. D. Mol. Biol. (Moscow, Russ. Fed., Engl. Ed.) 2005, 39, 30-39
37. Peck, D.; Crawford, E. D.; Ross, K. N.; Stegmaier, K.; Golub, T. R.; Lamb, J. Genome Biol. 2006, 7, R61
38. Levicky, R.; Horgan, A. Trends Biotechnol. 2005, 23, 143-149
39. Fotin, A. V.; Drobyshev, A. L.; Proudnikov, D. Y.; Perov, A. N.; Mirzabekov, A. D. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1515-1521
40. Sorokin, N. V.; Chechetkin, V. R.; Pan'kov, S. V.; Somova, O. G.; Livshits, M. A.; Donnikov, M. Y.; Turygin, A. Y.; Barsky, V. E.; Zasedatelev, A. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2006, 24, 57-66
41. Yan, J.; Song, S.; Li, B.; Zhang, Q.; Huang, Q.; Zhang, H.; Fan, C. Small 2010, 6, 2520-2525
42. Lizardi, P. M.; Huang, X.; Zhu, Z.; Bray-Ward, P.; Thomas, D. C.; Ward, D. C. Nat. Genet. 1998, 19, 225-232
43. Jarvius, J.; Melin, J.; Goransson, J.; Stenberg, J.; Fredriksson, S.; Gonzalez-Rey, C.; Bertilsson, S.; Nilsson, M. Nat. Methods 2006, 3, 725-727
44. Rissin, D. M.; Kan, C. W.; Campbell, T. G.; Howes, S. C.; Fournier, D. R.; Song, L.; Piech, T.; Patel, P. P.; Chang, L.; Rivnak, A. J.; Ferrell, E. P.; Randall, J. D.; Provuncher, G. K.; Walt, D. R.; Duffy, D. C. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 595-599
45. Rissin, D. M.; Fournier, D. R.; Piech, T.; Kan, C. W.; Campbell, T. G.; Song, L.; Chang, L.; Rivnak, A. J.; Patel, P. P.; Provuncher, G. K.; Ferrell, E. P.; Howes, S. C.; Pink, B. A.; Minnehan, K. A.; Wilson, D. H.; Duffy, D. C. Anal. Chem. 2011, 83, 2279-2285