A catalytic role for methionine revealed by a combination of computation and experiments on phosphite dehydrogenase

Chemical Science

Volumn 5, Issue 6, 2014, Pages 2191-2199

  Ranaghan, Kara E ^a   Hung, John E ^b   Bartlett, Gail J ^a   Mooibroek, Tiddo J ^a   Harvey, Jeremy N ^a   Woolfson, Derek N ^a   Van Der Donk, Wilfred A ^b   Mulholland, Adrian J ^a  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CALCULATIONS; ENZYMES; EXPERIMENTS; METAL IONS; MOLECULAR MODELING; PROTEINS; SELENIUM COMPOUNDS;

CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASES; CATALYTIC EFFECTS; HYDRIDE TRANSFERS; PHOSPHITE DEHYDROGENASE; PROTEIN DATA BANK; PROTEIN STRUCTURES; QUANTUM MECHANICS/MOLECULAR MECHANICS; REACTION MECHANISM;

CATALYSIS;

EID: 84900343554     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3sc53009d     Document Type: Article

References (54)

1. A. M. G. Costas A. K. White W. W. Metcalf J. Biol. Chem. 2001 276 17429 17436
2. J. M. Vrtis A. K. White W. W. Metcalf W. A. van der Donk Angew. Chem., Int. Ed. 2002 41 3257 3259
3. T. W. Johannes R. D. Woodyer H. M. Zhao Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 5728 5734
4. R. Woodyer H. M. Zhao W. A. van der Donk FEBS J. 2005 272 3816 3827
5. R. Woodyer W. A. van der Donk H. M. Zhao Biochemistry 2003 42 11604 11614
6. J. M. Vrtis A. K. White W. W. Metcalf W. A. van der Donk J. Am. Chem. Soc. 2001 123 2672 2673
7. R. Woodyer J. L. Wheatley H. A. Relyea S. Rimkus et al. Biochemistry 2005 44 4765 4774
8. J. E. Hung E. J. Fogle H. D. Christman T. W. Johannes et al. Biochemistry 2012 51 4254 4262
9. E. J. Fogle W. A. van der Donk Biochemistry 2007 46 13101 13108
10. H. A. Relyea J. M. Vrtis R. Woodyer S. A. Rimkus et al. Biochemistry 2005 44 6640 6649
11. Y. Zou H. Zhang J. S. Brunzelle T. W. Johannes et al. Biochemistry 2012 4263 4270
12. C. T. Porter G. J. Bartlett J. M. Thornton Nucleic Acids Res. 2004 32 D129 D133
13. P. Zhou F. Tian F. Lv Z. Shang Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 76 151 163
14. D. Pal P. Chakrabarti J. Biomol. Struct. Dyn. 2001 19 115 128
15. J. Reedijk J. Inorg. Biochem. 2012 115 182 185
16. G. L. Holliday C. Andreini J. D. Fischer S. A. Rahman et al. Nucleic Acids Res. 2012 40 D783 D789
17. G. L. Holliday J. B. O. Mitchell J. M. Thornton J. Mol. Biol. 2009 390 560 577
18. R. Lonsdale K. E. Ranaghan A. J. Mulholland Chem. Commun. 2010 46 2354 2372
19. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198 1229
20. S. C. L. Kamerlin A. Warshel Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 1339 1375
21. K. Meier A. Choutko J. Dolenc A. P. Eichenberger et al. Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 2820 2834
22. L. Masgrau A. Roujeinikova L. O. Johannissen P. Hothi et al. Science 2006 312 237 241
23. L. Y. P. Luk J. J. Ruiz-Pernia W. M. Dawson M. Roca et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 16344 16349
24. D. H. Min H. R. Josephine H. Z. Li C. Lakner et al. PLoS Biol. 2008 6 1802 1810
25. P. Thaplyal A. Ganguly B. L. Golden S. Hammes-Schiffer et al. Biochemistry 2013 52 6499 6514
26. D. B. Cowie G. N. Cohen Biochim. Biophys. Acta 1957 26 252 261
27. R. Munier G. N. Cohen Biochim. Biophys. Acta 1959 31 378 391
28. S. H. Gellman Biochemistry 1991 30 6633 6636
29. R. O. Roblin J. O. Lampen J. P. English Q. P. Cole et al. J. Am. Chem. Soc. 1945 67 290 294
30. J. Zurek A. L. Bowman W. A. Sokalski A. J. Mulholland Struct. Chem. 2004 15 405 414
31. G. J. Bartlett A. Choudhary R. T. Raines D. N. Woolfson Nat. Chem. Biol. 2010 6 615 620
32. C. Møller M. S. Plesset Phys. Rev. 1934 46 618 622
33. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria et al., Gaussian, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009
34. H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby et al., Molpro, 2006, http://www.molpro.net
35. S. Grimme J. Chem. Phys. 2003 118 9095
36. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
37. D. C. Bas D. M. Rogers J. H. Jensen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 73 765 783
38. A. Frontera P. Gamez M. Mascal T. J. Mooibroek et al. Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 9564
39. T. J. Mooibroek P. Gamez CrystEngComm 2012 14 1027 1030
40. T. J. Mooibroek P. Gamez CrystEngComm 2012 14 3902 3906
41. A. C. Legon Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 7736 7747
42. P. C. Cirino Y. Tang K. Takahashi D. A. Tirrell et al. Biotechnol. Bioeng. 2003 83 729 734
43. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States et al. J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
44. N. Foloppe A. D. MacKerell J. Comput. Chem. 2000 21 86 104
45. A. D. MacKerell D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack et al. J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
46. G. Vriend J. Mol. Graphics 1990 8 52 56
47. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey et al. J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
48. E. Neria S. Fischer M. Karplus J. Chem. Phys. 1996 105 1902 1921
49. L. Masgrau K. E. Ranaghan N. S. Scrutton A. J. Mulholland et al. J. Phys. Chem. B 2007 111 3032 3047
50. K. E. Ranaghan L. Masgrau N. S. Scrutton M. J. Sutcliffe et al. ChemPhysChem 2007 8 1816 1835
51. C. L. Brooks, III M. Karplus J. Chem. Phys. 1983 79 6312
52. R. H. Stote M. Karplus Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 23 12 31
53. N. Reuter A. Dejaegere B. Maigret M. Karplus J. Phys. Chem. A 2000 104 1720
54. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Phys. 1977 23 187 199