Sensitivity of local hydration behaviour and conformational preferences of peptides to choice of water model

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 21, 2014, Pages 10199-10213

  Nayar, Divya ^a   Chakravarty, Charusita ^a  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY DELHI   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; WATER;

CHEMISTRY; PROTEIN CONFORMATION; TEMPERATURE; THEORETICAL MODEL;

MODELS, THEORETICAL; PEPTIDES; PROTEIN CONFORMATION; TEMPERATURE; WATER;

EID: 84899878896     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp55147d     Document Type: Article

References (88)

1. D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, W. H. Freeman and Company, New York, 2008
2. C. Branden and J. Tooze, Introduction to Protein Structure, Garland Science, Taylor and Francis Group, New York, 2009
3. Hydration Processes in Biology, ed., M.-C. Bellissent-Funel, IOS Press, Amsterdam, The Netherlands, 1999
4. B. Bagchi Chem. Rev. 2005 105 3197 3219
5. N. Nandi K. Bhattacharyya B. Bagchi Chem. Rev. 2000 100 2013 2046
6. E. Mamontov X.-q. Chu Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 11573 11588
7. F. Mallamace C. Corsaro D. Mallamace P. Baglioni H. E. Stanley S.-H. Chen J. Phys. Chem. B 2011 115 14280 14294
8. D. Chandler Nature 2005 437 640 647
9. D. Ben-Amotz R. Underwood Acc. Chem. Res. 2008 41 957 967
10. D. Paschek J. Chem. Phys. 2004 120 6674 6690
11. K. A. Dill T. M. Truskett V. Vlachy B. Hribar-Lee Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005 34 173 199
12. R. Lynden-Bell N. Giovambattista P. G. Debenedetti T. Head-Gordon P. J. Rossky Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 2748 2757
13. B. Hess N. F. A. van der Vegt J. Phys. Chem. B 2006 110 17616 17626
14. B. S. Jabes D. Nayar D. Dhabal V. Molinero C. Chakravarty J. Phys.: Condens. Matter 2012 24 284116
15. A. D. MacKerell Jr. D. Bashford M. Bellott R. L. Dunbrack Jr. J. D. Evanseck M. J. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph-McCarthy L. Kuchnir K. Kuczera F. T. K. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. T. Nguyen B. Prodhom W. E. Reiher B. Roux M. Schlenkrich J. C. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
16. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
17. W. R. P. Scott P. H. Hnenberger I. G. Tironi A. E. Mark S. R. Billeter J. Fennen A. E. Torda T. Huber P. Kruger W. F. van Gunsteren J. Phys. Chem. A 1999 103 3596 3607
18. A. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, Addison Wesley Longman Limited, China, 1998
19. C. Vega J. L. F. Abascal M. M. Conde J. L. Aragones Faraday Discuss. 2009 141 251 276
20. C. Vega J. L. F. Abascal J. Chem. Phys. 2005 123 144504
21. M. Agarwal M. P. Alam C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2011 115 6935 6945
22. D. Nayar C. Chakravarty Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 14162 14177
23. M. Agarwal M. Singh R. Sharma M. P. Alam C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2010 114 6995 7001
24. D. R. Nutt J. C. Smith J. Chem. Theory Comput. 2007 3 1550 1560
25. D. C. Glass M. Krishnan D. R. Nutt J. C. Smith J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1390 1400
26. D. Nayar M. Agarwal C. Chakravarty J. Chem. Theory Comput. 2011 7 3354 3367
27. P. Florová P. Sklenovský P. BanአM. Otyepka J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3569 3579
28. R. B. Best J. Mittal Proteins 2011 79 1318 1328
29. R. B. Best J. Mittal J. Phys. Chem. B 2010 114 14916 14923
30. R. B. Best J. Mittal Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 11087 11092
31. D. Paschek R. Day A. E. García Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 19840 19847
32. P. S. Nerenberg T. Head-Gordon J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1220 1230
33. P. S. Nerenberg J. Brian S. Clare A. Tripathy T. Head-Gordon J. Chem. Theory Comput. 2012 116 4524 4534
34. K. A. Beauchamp Y.-S. Lin R. Das V. S. Pande J. Chem. Theory Comput. 2012 8 1409 1414
35. M. Agarwal H. R. Kushwaha C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2010 114 651 659
36. V. Muñoz P. A. Thompson J. Hofrichter W. A. Eaton Nature 1997 390 196 199
37. N. T. Southall K. A. Dill A. D. J. Haymet J. Phys. Chem. B 2002 106 521 533
38. G. Hummer S. Garde A. E. García A. Pohorille L. R. Pratt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 8951 8955
39. A. L. Ferguson N. Giovambattista P. J. Rossky A. Z. Panagiotopoulos P. G. Debenedetti J. Chem. Phys. 2012 137 144501
40. A. Godec J. C. Smith F. Merzel Phys. Rev. Lett. 2011 107 267801
41. J. L. F. Abascal C. Vega J. Chem. Phys. 2005 123 234505
42. P. Mark L. Nilsson J. Phys. Chem. A 2001 105 9954 9960
43. J. L. F. Abascal C. Vega Phys. Rev. Lett. 2007 98 237801
44. D. Du Y. Zhu C.-Y. Huang F. Gai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 105 15915 15920
45. V. S. Pande D. S. Rokhsar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9062 9067
46. A. R. Dinner T. Lazaridis M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 9068 9073
47. P. G. Bolhuis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12129 12134
48. S. V. Krivov M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14766 14770
49. R. Zhou B. J. Berne R. Germain Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14931 14936
50. V. Muñoz E. R. Henry J. Hofrichter W. A. Eaton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 5872 5879
51. S. Matysiak P. G. Debenedetti P. J. Rossky J. Phys. Chem. B 2011 115 14859 14865
52. S. Jang E. Kim Y. Pak Proteins 2007 66 53 60
53. D. Paschek A. E. García Phys. Rev. Lett. 2004 93 238105
54. D. Roccatano A. Amadei A. Di Nola H. J. Berendsen Protein Sci. 1999 8 2130 2143
55. A. E. García K. Y. Sanbonmatsu Proteins 2001 42 345 354
56. J. Tsai M. Levitt Biophys. Chem. 2002 101-102 187 201
57. R. B. Best N. V. Buchete G. Hummer Biophys. J. 2008 95 L07 L09
58. R. F. Tilton M. Lane W. Haven J. C. Dewan G. A. Petsko Biochemistry 1992 31 2469 2481
59. D. Vitkup D. Ringe G. A. Petsko M. Karplus Nature 2000 7 34 38
60. P. Kumar Z. Yan L. Xu M. G. Mazza S. V. Buldyrev S. Chen S. Sastry H. E. Stanley Phys. Rev. Lett. 2006 97 177802
61. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
62. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkhorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kal K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
63. V. N. Maiorov G. M. Crippen J. Mol. Biol. 1994 235 625 634
64. W. Kabsch Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. 1978 34 827 828
65. A. Shrake J. A. Rupley J. Mol. Biol. 1973 79 351 371
66. J. Schlitter Chem. Phys. Lett. 1993 215 617 621
67. I. Andricioaei M. Karplus J. Chem. Phys. 2001 115 6289 6292
68. H. Schaefer A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 2000 113 7809 7817
69. S. Bandyopadhyay S. Chakraborty B. Bagchi J. Chem. Phys. 2006 125 084912
70. J. R. Errington P. G. Debenedetti Nature 2001 409 318 321
71. P.-L. Chau A. J. Hardwick Mol. Phys. 1998 93 511 518
72. N. Bhattacharjee P. Biswas Biophys. Chem. 2011 158 73 80
73. N. Bhattacharjee P. Biswas J. Phys. Chem. B 2011 115 12257 12265
74. M. Jana S. Bandyopadhyay Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 6628 6638
75. M. Jana S. Bandyopadhyay J. Phys. Chem. B 2013 117 9280 9287
76. K. Chakraborty S. Mantha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2013 139 075103
77. S. K. Sinha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2011 134 115101
78. S. A. Deshmukh G. Kamath G. A. Baker A. V. Sumant S. K. R. S. Sankaranarayanan Surf. Sci. 2013 609 129 139
79. S. K. Sinha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2011 135 245104
80. S. L. Lee P. G. Debenedetti J. R. Errington J. Chem. Phys. 2005 122 204511
81. S. Melchionna G. Briganti P. Londei P. Cammarano Phys. Rev. Lett. 2004 92 158101
82. A. Mudi R. Ramaswamy C. Chakravarty Chem. Phys. Lett. 2003 376 683 689
83. A. Mudi C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2006 110 8422 8431
84. A. Mudi C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2004 108 19607 19613
85. A. Mudi C. Chakravarty J. Phys. Chem. B 2006 110 4502
86. M. Sasai I. Ohmine R. Ramaswamy J. Chem. Phys. 1992 96 3045 3053
87. J.-W. Handgraaf F. Zerbetto Proteins 2006 64 711 718
88. P. H. Nguyen G. Stock E. Mittag C.-K. Hu M. S. Li Proteins 2005 61 795 808