Molecular dynamics simulations of proteins: Can the explicit water model be varied?

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 4, 2007, Pages 1550-1560

  Nutt, David R ^a   Smith, Jeremy C ^a,b  

^a UNIVERSITY OF HEIDELBERG   (Germany)

^b OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36048956049     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700053u     Document Type: Article

References (62)

1. Teeter, M. M. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1991, 20, 577-600.
2. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
3. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
4. Hermans, J.; Berendsen, H. J. C.; van Gunsteren, W. F.; Postma, J. P. M. Biopolymers 1984, 23, 1513-1518.
5. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
6. Millot, C.; Stone, A. J. Mol. Phys. 1992, 77, 439-462.
7. Millot, C.; Soetens, J.-C.; Martins Costa, M. T. C.; Hodges, M. P.; Stone, A. J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 754-770.
8. Nutt, D. R.; Stone, A. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 800-807.
9. Hodges, M. P.; Stone, A. J.; Xantheas, S. S. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9163-9168.
10. Engkvist, O.; Stone, A. J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 12089-12096.
11. Sadtchenko, V.; Ewing, G. E.; Nutt, D. R.; Stone, A. J. Langmuir 2002, 18, 4632-4636.
12. Nutt, D. R.; Stone, A. J. Langmuir 2004, 20, 8715-8720.
13. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
14. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910-8922.
15. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; von Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel: Dordrecht, Holland, 1981.
16. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271.
17. Stillinger, F. H.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1974, 60, 1545.
18. Guillot, B. J. MoL Liq. 2002, 101, 219-260.
19. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
20. Schaefer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1578-1599.
21. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348-1356.
22. Koppole, S.; Smith, J. C.; Fischer, S. J. Mol. Biol. 2006, 361, 604-616.
23. Reiher, W. E. Thesis, Harvard University, 1985.
24. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem Phys. 1996, 105, 1902-1921.
25. MacKerell, A. D., Jr. et al. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
26. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954-9960.
27. Oostenbrink, C.; Villa, A.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1656-1676.
28. Geerke, D. P.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 7, 671-678.
29. Price, D. J.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2002, 23, 1045-1057.
30. Shirts, M. R.; Pitera, J. W.; Swope, W. C.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5740-5761.
31. Kim, B.; Young, T.; Harder, E.; Friesner, R. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16529-16538.
32. Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 2005, 134508.
33. Hess, B.; van der Vegt, N. F. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17616-17626.
34. Vega, C.; Sanz, E.; Abascal, J. L. F. J. Chem. Phys. 2005, 122, 114507.
35. Clough, S. A.; Beers, Y.; Klein, G. P.; Rothman, L. S. J. Chem. Phys. 1973, 59, 2254-2259.
36. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678.
37. Abascal, J. L. F.; Sanz, E.; García Fernández, R.; Vega, C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 234511.
38. Paricaud, P.; Předota, M.; Chialvo, A. A.; Cummings, P. T. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244511.
39. Amos, R. D. CADPAC: The Cambridge Analytic Derivatives Package, Issue 6; Technical Report; University of Cambridge: 1995. A suite of quantum chemistry programs developed by R. D. Amos with contributions from I. L. Alberts, J. S. Andrews, S. M. Colwell, N. C. Handy, D. Jayatilaka, P. J. Knowles, R. Kobayashi, K. E. Laidig, G. Laming, A. M. Lee, P. E. Maslen, C. W. Murray, J. E. Rice, E. D. Simandiras, A. J. Stone, M. D. Su, and D. J. Tozer.
40. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp. Phys. 1977, 23, 327-341.
41. Wan, S.; State, R. H.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9539-9548.
42. Brooks, C. L., III; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6312-6325.
43. Price, D. J.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1529-1541.
44. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420-1426.
45. Straatsma, T. P.; Berendsen, H. J. C J. Chem. Phys. 1988, 89, 5876-5886.
46. Jelsch, C.; Teeter, M. M.; Lamzin, V.; Pichon-Pesme, V.; H. B. R. Lecomte, C. Proc. Natl. Acad. Sci. 2000, 97, 3171-3176.
47. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1-11.
48. MacKerrell, A. D. Jr.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 10559-10560.
49. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273-7287.
50. Baudry, J.; Smith, J. C. J. Mol. Struct. (Theochem) 1994, 308, 103-113.
51. Han, W.-G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942-3949.
52. Buck, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11000-11015.
53. Mennucci, B.; Martínez, J. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9818-9829.
54. Kitano, M.; Fukuyama, T.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1973, 46, 384-387.
55. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066-16081.
56. Kastenholz, M. A.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 224501.
57. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666.
58. McLain, S. E.; Soper, A. K.; Watts, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21251-21258.
59. Fellers, R. S.; Leforestier, C.; Braly, L. B.; Brown, M. G.; Saykally, R. J. Science 1999, 284, 945-948.
60. Wolfenden, R. Biochemistry 1978, 17, 201-204.
61. Wilhelm, E.; Battino, R.; Wilcock, R. J. Chem. Rev. 1977, 77, 219-262.
62. Wauchope, R. D.; Haque, R. Can. J. Chem. 1972, 50, 133.