Explicit water models affect the specific solvation and dynamics of unfolded peptides while the conformational behavior and flexibility of folded peptides remain intact

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 11, 2010, Pages 3569-3579

  Florová, Petra ^a   Sklenovský, Petr ^a   Banáš, Pavel ^a   Otyepka, Michal ^a  

^a PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78149463926     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1003687     Document Type: Article

References (79)

1. Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584
2. Ponder, J. W.; Case, D. A. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 27
3. van der Kamp, M. W.; Shaw, K. E.; Woods, C. J.; Mulholland, A. J. J. R. Soc. Interface 2008, 5 (3) S173
4. van Gunsteren, W. F.; Bakowies, D.; Baron, R.; Chandrasekhar, I.; Christen, M.; Daura, X.; Gee, P.; Geerke, D. P.; Glattli, A.; Hunenberger, P. H.; Kastenholz, M. A.; Oostenbrink, C.; Schenk, M.; Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F.; Yu, H. B. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4064
5. Sponer, J.; Spackova, N. Methods 2007, 43, 278
6. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1
7. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668
8. Berendsen, H. J. C.; Vanderspoel, D.; Vandrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43
9. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
10. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474
11. Guvench, O.; MacKerell, A. D., Jr. Methods Mol. Biol. 2008, 443, 63
12. Ditzler, M. A.; Otyepka, M.; Sponer, J.; Walter, N. G. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 40
13. Perez, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 2379
14. Lavery, R.; Zakrzewska, K.; Beveridge, D.; Bishop, T. C.; Case, D. A.; Cheatham, T., III; Dixit, S.; Jayaram, B.; Lankas, F.; Laughton, C.; Maddocks, J. H.; Michon, A.; Osman, R.; Orozco, M.; Perez, A.; Singh, T.; Spackova, N.; Sponer, J. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 299
15. MacKerell, A. D.; Nilsson, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 194
16. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049
17. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357
18. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
19. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999
20. Best, R. B.; Buchete, N. V.; Hummer, G. Biophys. J. 2008, 95, 4494
21. Best, R. B.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9004
22. Chandler, D. Nature 2005, 437, 640
23. Roca, M.; Messer, B.; Warshel, A. FEBS Lett. 2007, 581, 2065
24. Warshel, A.; Sharma, P. K.; Kato, M.; Parson, W. W. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1647
25. Leach, A. R. Molecular Modelling: Principles and Applications, 2 nd ed.; Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 2001; p 768.
26. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100, 4187
27. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219
28. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910
29. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 363
30. Kusalik, P. G.; Svishchev, I. M. Science 1994, 265, 1219
31. Vega, C.; Abascal, J. L. F. J. Chem. Phys. 2005, 123, 144504
32. Vega, C.; Sanz, E.; Abascal, J. L. F. J. Chem. Phys. 2005, 122, 114507
33. Baez, L. A.; Clancy, P. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9837
34. Vega, C.; McBride, C.; Sanz, E.; Abascal, J. L. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1450
35. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954
36. Zielkiewicz, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 104501
37. Hess, B.; van der Vegt, N. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 17616
38. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
39. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269
40. Nutt, D. R.; Smith, J. C. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1550
41. Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 1
42. Wong, V.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6013
43. Glass, D. C.; Krishnan, M.; Nutt, D. R.; Smith, J. C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1390
44. Price, D. J.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10096
45. Vymetal, J.; Vondrasek, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5632
46. Sun, Y. X.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1164
47. Shirts, M. R.; Pitera, J. W.; Swope, W. C.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5740
48. Honda, S.; Yamasaki, K.; Sawada, Y.; Morii, H. Structure 2004, 12, 1507
49. Scholtz, J. M.; Barrick, D.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 185
50. Ghosh, K.; Dill, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2306
51. Bartova, I.; Koca, J.; Otyepka, M. J. Mol. Model. 2008, 14, 761
52. Wilson, E. B. J. Am. Stat. Assoc. 1927, 22, 209
53. Sklenovsky, P.; Banas, P.; Otyepka, M. J. Mol. Model. 2008, 14, 747
54. Skopalik, J.; Anzenbacher, P.; Otyepka, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8165
55. Sklenovsky, P.; Otyepka, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 2010, 27, 521
56. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
57. Day, R.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13445
58. Scott, K. A.; Alonso, D. O. V.; Pan, Y. P.; Daggett, V. Biochemistry 2006, 45, 4153
59. Shao, J. Y.; Tanner, S. W.; Thompson, N.; Cheatham, T. E. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2312
60. Schlick, T. Molecular Modeling and Simulation: An Interdisciplinary Guide; Springer Science + Business Media LLC: New York, 2002; Vol. 21.
61. Kriz, Z.; Otyepka, M.; Bartova, I.; Koca, J. Proteins 2004, 55, 258
62. Ho, B. K.; Brasseur, R. BMC Struct. Biol. 2005, 5, 14
63. Priya, M. H.; Shah, J. K.; Asthagiri, D.; Paulaitis, M. E. Biophys. J. 2008, 95, 2219
64. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782
65. Ghosh, T.; Garde, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 85, 3187
66. Dvorakova-Hola, K.; Matuskova, A.; Kubala, M.; Otyepka, M.; Kucera, T.; Vecer, J.; Herman, P.; Parkhomenko, N.; Kutejova, E.; Janata, J. J. Mol. Biol. 2010, 396, 1197
67. Bartova, I.; Otyepka, M.; Kriz, Z.; Koca, J. Protein Sci. 2005, 14, 445
68. Bartova, I.; Otyepka, M.; Kriz, Z.; Koca, J. Protein Sci. 2004, 13, 1449
69. Wong, L.; Jennings, P. A.; Adams, J. A. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 304
70. Narayanan, A.; Jacobson, M. P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 156
71. Prudent, R.; Sautel, C. F.; Cochet, C. BBA-Proteins Proteomics 2010, 1804, 493
72. Otyepka, M.; Bartova, I.; Kriz, Z.; Koca, J. J. Biol. Chem. 2006, 281, 7271
73. de Beer, S. B.; Vermeulen, N. P.; Oostenbrink, C. Curr. Top. Med. Chem. 2010, 10, 55
74. Yan, A.; Grant, G. H.; Richards, W. G. J. R. Soc. Interface 2008, 5 (3) S199
75. Zhang, B.; Tan, V. B.; Lim, K. M.; Tay, T. E. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1877
76. Hasted, J. B. Liquid Water: Dielectric Properties. Water: A Comprehensive Treatise; Plenum Press: New York, 1972; Vol. 1.
77. Gubskaya, A. V.; Kusalik, P. G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5290
78. Fernandez, D. P.; Mulev, Y.; Goodwin, A. R. H.; Sengers, J. M. H. L. J. Phys. Chem. Ref. Data 1995, 24, 33
79. Jancso, G.; van Hook, W. A. Chem. Rev. 1974, 74, 689