Understanding the key factors that control the rate of β-hairpin folding

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 45, 2004, Pages 15915-15920

  Du, Deguo ^a   Zhu, Yongjin ^a   Huang, Cheng Yen ^a   Gai, Feng ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TRYPTOPHAN;

ARTICLE; CIRCULAR DICHROISM; ENTROPY; HYDROPHOBICITY; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FOLDING; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STABILITY; THERMOSTABILITY;

AMINO ACID SEQUENCE; CIRCULAR DICHROISM; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; SPECTROSCOPY, FOURIER TRANSFORM INFRARED; THERMODYNAMICS; TRYPTOPHAN;

EID: 8644237364     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0405904101     Document Type: Article

References (47)

1. Ferguson, N. & Fersht, A. R. (2003) Curr. Opin. Struct. Biol. 13, 75-81.
2. Freund, S. M., Wong, K. B. & Fersht, A. R. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 10600-10603.
3. McCallister, E. L., Aim, E. & Baker, D. (2000) Nat. Struct. Biol. 1, 669-673.
4. Walkenhorst, W. F., Edwards, J. A., Markley, J. L. & Roder, H. (2002) Protein Sci. 11, 82-91.
5. Muñoz, V., Thompson, P. A., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (1997) Nature 390, 196-199.
6. Maness, S. J., Franzen, S., Gibbs, A. C., Causgrove, T. P. & Dyer, R. B. (2003) Biophys. J. 84, 3874-3882.
7. Xu, Y., Oyola, R. & Gai, F. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 15388-15394.
8. Chen, R. P., Huang, J. J., Chen, H.-L., Jan, H., Velusamy, M., Lee, C.-T., Fann, W., Larsen, R. W. & Chan, S. I. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 7305-7310.
9. Dyer, R. B., Maness, S. J., Peterson, E. S., Franzen, S., Fesinmeyer, R. M. & Anderson, N. H. (2004) Biochemistry 43, 11560-11566.
10. Muñoz, V., Henry, E. R., Hofrichter, J. & Eaton, W. A. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5872-5879.
11. Pande, V. S. & Rokhsar, D. S. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9062-9067.
12. Dinner, A. R., Lazaridis, T. & Karplus, M. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 9068-9073.
13. Roccatano, D., Amadei, A., Di Nola, A. & Berendsen, H. J. (1999) Protein Sci. 10, 2130-2143.
14. Klimov, D. K. & Thirumalai, D. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 2544-2549.
15. Garcia, A. E. & Sanbonmatsu, K. Y. (2001) Proteins 42, 345-354.
16. Zhou, R., Berne, B. J. & Germain, R. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14931-14936.
17. Klimov, D. K. & Thirumalai, D. (2002) J. Mol. Biol. 315, 721-737.
18. Zhou, Y. & Linhananta, A. (2002) Proteins 47, 154-162.
19. Ma, B. & Nussinov, R. (2003) Protein Sci. 12, 1882-1893.
20. Bolhuis, P. G. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 12129-12134.
21. Snow, C. D., Qiu, L., Du, D., Gai, F., Hagen, S. J. & Pande, V. S. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 4077-4082.
22. Cochran, A. G., Skelton, N. J. & Starovasnik, M. A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 5578-5583.
23. Blanco, F. J., Rivas, G. & Serrano, L. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 584-590.
24. Honda, S., Kobayashi, N. & Munekata, E. (2000) J. Mol. Biol. 295, 269-278.
25. Huang, C.-Y., Getahun, Z., Zhu, Y., Klemke, J. W., DeGrado, W. F. & Gai, F. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 2788-2793.
26. Huang, C.-Y., Klemke, J. W., Getahun, Z., DeGrado, W. F. & Gai, F. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 9235-9238.
27. Krimm, S. & Abe, Y. (1972) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 69, 2788-2792.
28. Moore, W. H. & Krimm, S. (1975) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72, 4933-4935.
29. Torii, H. & Tasumi, M. (1992) J. Chem. Phys. 96, 3379-3387.
30. Grishina, I. B. & Woody, R. W. (1994) Faraday Discuss. 99, 245-262.
31. Krimm, S. & Bandekar, J. (1986) Adv. Protein Chem. 38, 181-364.
32. Kauppinen, J. K., Moffatt, D. J., Mantsch, H. H. & Cameron, D. G. (1981) Appl. Spectrosc. 35, 271-276.
33. Wang, T., Xu, Y., Du, D. & Gai, F. (2004) Biopolymers 75, 163-172.
34. Yang, W. Y., Pitera, J. W., Swope, W. C. & Gruebele, M. (2004) J. Mol. Biol. 336, 241-251.
35. Timasheff, S. N., Susi, H. & Stevens, L. (1967) J. Biol. Chem. 242, 5467-5473.
36. Silva, R. A., Barber-Armstrong, W. & Decatur, S. M. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 13674-13675.
37. Blanco, F., Ramirez-Alvarado, M. & Serrano, L. (1998) Curr. Opin. Struct. Biol. 8, 107-111.
38. Gellman, S. H. (1998) Curr. Opin. Chem. Biol. 2, 717-725.
39. Kobayashi, N., Honda, S., Yoshii, H. & Munekata, E. (2000) Biochemistry 39, 6564-6571.
40. Tsai, J. & Levitt, M. (2002) Biophys. Chem. 101-102, 187-201.
41. Fesinmeyer, R. M., Hudson, F. M. & Andersen, N. H. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 7238-7243.
42. Gronenborn, A. M., Filpula, D. R., Essig, N. Z., Achari, A., Whitlow, M., Wingfield, P. T. & Clore, G. M. (1991) Science 253, 657-661.
43. Matouschek, A., Kellis, J. T., Serrano, L. & Fersht, A. R. (1989) Nature 340, 122-126.
44. de Alba, E., Jiménez, M. A. & Rico, M. (.1997) J. Am. Chem. Soc. 119, 175-183.
45. Rose, G. D., Gierasch, L. M. & Smith, J. A. (1985) Adv. Protein Chem. 37, 1-109.
46. Espinosa, J. F., Syud, F. A. & Gellman, S. H. (2002) Protein Sci. 11, 1492-1505.
47. Frank, M. K., Clore, G. M. & Gronenborn, A. M. (1995) Protein Sci. 4, 2605-2615.