NRPSs and amide ligases producing homopoly(amino acid)s and homooligo(amino acid)s

Natural Product Reports

Volumn 30, Issue 8, 2013, Pages 1087-1097

  Hamano, Yoshimitsu ^a   Arai, Toshinobu ^b   Ashiuchi, Makoto ^c   Kino, Kuniki ^b  

^a FUKUI PREFECTURAL UNIVERSITY   (Japan)

^b WASEDA UNIVERSITY   (Japan)

^c KOCHI UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACYLTRANSFERASE; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; AMINO ACID; BACTERIAL PROTEIN; BETA-LYSINE; ESCHERICHIA COLI PROTEIN; LIGASE; LYSINE; NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE; PEPTIDE SYNTHASE; POLY(GAMMA-GLUTAMIC ACID); POLYGLUTAMIC ACID; POLYLYSINE; RIML PROTEIN, E COLI; BETA LYSIN; DRUG DERIVATIVE; POLY(GAMMA GLUTAMIC ACID);

ACETYLTRANSFERASES; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; AMINO ACIDS; BACTERIAL PROTEINS; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; LIGASES; LYSINE; PEPTIDE SYNTHASES; POLYGLUTAMIC ACID; POLYLYSINE;

CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; REVIEW;

EID: 84893162705     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3np70025a     Document Type: Review

References (87)

1. P. G. Arnison M. J. Bibb G. Bierbaum A. A. Bowers T. S. Bugni G. Bulaj J. A. Camarero D. J. Campopiano G. L. Challis J. Clardy P. D. Cotter D. J. Craik M. Dawson E. Dittmann S. Donadio P. C. Dorrestein K. D. Entian M. A. Fischbach J. S. Garavelli U. Goransson C. W. Gruber D. H. Haft T. K. Hemscheidt C. Hertweck C. Hill A. R. Horswill M. Jaspars W. L. Kelly J. P. Klinman O. P. Kuipers A. J. Link W. Liu M. A. Marahiel D. A. Mitchell G. N. Moll B. S. Moore R. Muller S. K. Nair I. F. Nes G. E. Norris B. M. Olivera H. Onaka M. L. Patchett J. Piel M. J. Reaney S. Rebuffat R. P. Ross H. G. Sahl E. W. Schmidt M. E. Selsted K. Severinov B. Shen K. Sivonen L. Smith T. Stein R. D. Sussmuth J. R. Tagg G. L. Tang A. W. Truman J. C. Vederas C. T. Walsh J. D. Walton S. C. Wenzel J. M. Willey W. A. van der Donk Nat. Prod. Rep. 2013 30 108 160
2. M. A. Marahiel T. Stachelhaus H. D. Mootz Chem. Rev. 1997 97 2651 2674
3. H. D. Mootz D. Schwarzer M. A. Marahiel ChemBioChem 2002 3 490 504
4. D. Schwarzer R. Finking M. A. Marahiel Nat. Prod. Rep. 2003 20 275 287
5. S. Shima H. Sakai Agric. Biol. Chem. 1977 41 1807 1809
6. S. Shima H. Sakai Agric. Biol. Chem. 1981 45 2497 2502
7. S. Shima H. Sakai Agric. Biol. Chem. 1981 45 2503 2508
8. M. Takehara and H. Hirohara, in Amino-acid homopolymers occurring in nature, ed. Y. Hamano, Microbiology Monographs, Springer, Heidelberg, 2010, vol. 15, pp. 1-22
9. K. Yamanaka C. Maruyama H. Takagi Y. Hamano Nat. Chem. Biol. 2008 4 766 772
10. S. A. Waksman J. Bacteriol. 1943 46 299 310
11. Z. Ji M. Wang J. Zhang S. Wei W. Wu J. Antibiot. 2007 60 739 744
12. C. Maruyama J. Toyoda Y. Kato M. Izumikawa M. Takagi K. Shin-ya H. Katano T. Utagawa Y. Hamano Nat. Chem. Biol. 2012 8 791 797
13. M. Bovarnick J. Biol. Chem. 1942 145 415 424
14. M. Ashiuchi, in Amino-acid homopolymers occurring in nature, ed. Y. Hamano, Microbiology Monographs, Springer, Heidelberg, 2010, vol. 15, pp. 77-93
15. S. Shima H. Matsuoka T. Iwamoto H. Sakai J. Antibiot. 1984 37 1449 1455
16. S. Shima Y. Fukuhara H. Sakai Agric. Biol. Chem. 1982 46 1917 1919
17. T. Kawai T. Kubota J. Hiraki Y. Izumi Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003 311 635 640
18. M. Kito R. Takimoto T. Yoshida T. Nagasawa Arch. Microbiol. 2002 178 325 330
19. Y. Hamano T. Yoshida M. Kito S. Nakamori T. Nagasawa H. Takagi Appl. Microbiol. Biotechnol. 2006 72 173 181
20. G. L. Challis J. Ravel C. A. Townsend Chem. Biol. 2000 7 211 224
21. T. Hirokawa S. Boon-Chieng S. Mitaku Bioinformatics 1998 14 378 379
22. V. Bergendahl U. Linne M. A. Marahiel Eur. J. Biochem. 2002 269 620 629
23. T. A. Keating C. G. Marshall C. T. Walsh A. E. Keating Nat. Struct. Biol. 2002 9 522 526
24. K. Yamanaka N. Kito A. Kita Y. Imokawa C. Maruyama T. Utagawa Y. Hamano J. Biosci. Bioeng. 2011 111 646 649
25. N. Kito C. Maruyama K. Yamanaka Y. Imokawa T. Utagawa Y. Hamano J. Biosci. Bioeng. 2013 115 523 526
26. K. Yamanaka N. Kito Y. Imokawa C. Maruyama T. Utagawa Y. Hamano Appl. Environ. Microbiol. 2010 76 5669 5675
27. A. L. Goldstein J. H. McCusker Yeast 1999 15 1541 1553
28. P. Hentges B. Van Driessche L. Tafforeau J. Vandenhaute A. M. Carr Yeast 2005 22 1013 1019
29. J. Shen W. Guo J. R. Kohler Infect. Immun. 2005 73 1239 1242
30. A. Idnurm J. L. Reedy J. C. Nussbaum J. Heitman Eukaryotic Cell 2004 3 420 429
31. P. B. Joshi J. R. Webb J. E. Davies W. R. McMaster Gene 1995 156 145 149
32. T. Takemoto Y. Inamori Y. Kato M. Kubo K. Morimoto K. Morisaka M. Sakai Y. Sawada H. Taniyama Chem. Pharm. Bull. 1980 28 2884 2891
33. D. A. Chamberlain R. I. S. Brettell D. I. Last B. Witrzens D. McElroy R. Dolferus E. S. Dennis Aust. J. Plant Physiol. 1994 21 95 112
34. H. Hoffmann A. Hartl H. Bocker H. J. Kuhnel G. Hesse J. Flemming Arch. Exp. Veterinaermed. 1986 40 699 709
35. H. Hoffmann E. Kirchner H. Knappe H. G. Hillesheim A. Hartl D. Hubler K. H. Chemnitius E. Morgenstern R. Grupe Arch. Exp. Veterinaermed. 1986 40 710 720
36. A. Hartl J. Guttner U. Stockel H. Hoffmann Arch. Exp. Veterinaermed. 1986 40 727 735
37. Y. Hamano N. Matsuura M. Kitamura H. Takagi J. Biol. Chem. 2006 281 16842 16848
38. C. Maruyama Y. Hamano Biosci., Biotechnol., Biochem. 2009 73 2494 2500
39. M. A. Fernandez-Moreno C. Vallin F. Malpartida J. Bacteriol. 1997 179 6929 6936
40. N. Grammel K. Pankevych J. Demydchuk K. Lambrecht H. P. Saluz H. Krugel Eur. J. Biochem. 2002 269 347 357
41. M. Ashiuchi H. Misono Biopolymers 2003 7 123 173
42. F. A. Troy J. Biol. Chem. 1973 248 316 324
43. F. A. Troy J. Biol. Chem. 1973 248 305 315
44. J. M. Gardner F. A. Troy J. Biol. Chem. 1979 254 6262 6269
45. B. Veith C. Herzberg S. Steckel J. Feesche K. H. Maurer P. Ehrenreich S. Baumer A. Henne H. Liesegang R. Merkl A. Ehrenreich G. Gottschalk J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2004 7 204 211
46. S. S. Eveland D. L. Pompliano M. S. Anderson Biochemistry 1997 36 6223 6229
47. M. Y. Galperin E. V. Koonin Protein Sci. 1997 6 2639 2643
48. M. Ashiuchi T. Yamamoto T. Kamei Life (Basel, Switzerland) 2013 3 181 188
49. M. Ashiuchi T. Kamei H. Misono J. Mol. Catal. B: Enzym. 2003 23 101 106
50. M. Ashiuchi K. Shimanouchi H. Nakamura T. Kamei K. Soda C. Park M. H. Sung H. Misono Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 4249 4255
51. M. Ashiuchi C. Nawa T. Kamei J. J. Song S. P. Hong M. H. Sung K. Soda H. Misono Eur. J. Biochem. 2001 268 5321 5328
52. Y. Urushibata S. Tokuyama Y. Tahara J. Bacteriol. 2002 184 337 343
53. T. Candela A. Fouet Mol. Microbiol. 2005 57 717 726
54. M. Ashiuchi K. Soda H. Misono Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999 263 6 12
55. Y. Tarui H. Iida E. Ono W. Miki E. Hirasawa K. Fujita T. Tanaka M. Taniguchi J. Biosci. Bioeng. 2005 100 443 448
56. T. Candela A. Fouet Mol. Microbiol. 2006 60 1091 1098
57. K. Shimizu H. Nakamura M. Ashiuchi Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 2378 2379
58. S. Kocianova C. Vuong Y. Yao J. M. Voyich E. R. Fischer F. R. DeLeo M. Otto J. Clin. Invest. 2005 115 688 694
59. Y. Q. Zhang S. X. Ren H. L. Li Y. X. Wang G. Fu J. Yang Z. Q. Qin Y. G. Miao W. Y. Wang R. S. Chen Y. Shen Z. Chen Z. H. Yuan G. P. Zhao D. Qu A. Danchin Y. M. Wen Mol. Microbiol. 2003 49 1577 1593
60. T. Candela M. Moya M. Haustant A. Fouet Can. J. Microbiol. 2009 55 627 632
61. T. Candela M. Mock A. Fouet J. Bacteriol. 2005 187 7765 7772
62. J. W. Tomsho R. G. Moran J. K. Coward Biochemistry 2008 47 9040 9050
63. M. W. Vetting S. d. C. LP M. Yu S. S. Hegde S. Magnet S. L. Roderick J. S. Blanchard Arch. Biochem. Biophys. 2005 433 212 226
64. L. Min Z. Jin L. Caldovic H. Morizono N. M. Allewell M. Tuchman D. Shi J. Biol. Chem. 2009 284 4873 4880
65. P. Nordlund H. Eklund Curr. Opin. Struct. Biol. 1995 5 758 766
66. F. Rusnak P. Mertz Physiol. Rev. 2000 80 1483 1521
67. V. Kapatral I. Anderson N. Ivanova G. Reznik T. Los A. Lykidis A. Bhattacharyya A. Bartman W. Gardner G. Grechkin L. Zhu O. Vasieva L. Chu Y. Kogan O. Chaga E. Goltsman A. Bernal N. Larsen M. D'Souza T. Walunas G. Pusch R. Haselkorn M. Fonstein N. Kyrpides R. Overbeek J. Bacteriol. 2002 184 2005 2018
68. M. Ashiuchi H. Nakamura M. Yamamoto H. Misono J. Biosci. Bioeng. 2006 102 60 65
69. D. Yamashiro M. Yoshioka M. Ashiuchi Biotechnol. Bioeng. 2011 108 226 230
70. D. Yamashiro Y. Minouchi M. Ashiuchi Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 2796 2798
71. C. Fan P. C. Moews Y. Shi C. T. Walsh J. R. Knox Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 1172 1176
72. A. G. Murzin Curr. Opin. Struct. Biol. 1996 6 386 394
73. K. Tabata H. Ikeda S. Hashimoto J. Bacteriol. 2005 187 5195 5202
74. T. Inaoka K. Takahashi M. Ohnishi-Kameyama M. Yoshida K. Ochi J. Biol. Chem. 2003 278 2169 2176
75. K. Kino Y. Nakazawa M. Yagasaki Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 371 536 540
76. K. Kino A. Noguchi Y. Nakazawa M. Yagasaki J. Biosci. Bioeng. 2008 106 313 315
77. K. Kino A. Noguchi T. Arai M. Yagasaki J. Biosci. Bioeng. 2010 110 39 41
78. T. Arai K. Kino Biosci., Biotechnol., Biochem. 2008 72 3048 3050
79. A. Senoo K. Tabata Y. Yonetani M. Yagasaki Biosci., Biotechnol., Biochem. 2010 74 415 418
80. K. Kino Y. Kotanaka T. Arai M. Yagasaki Biosci., Biotechnol., Biochem. 2009 73 901 907
81. C. Rapp G. Jung M. Kugler W. Loeffler Liebigs Ann. Chem. 1988 655 661
82. K. Kino T. Arai D. Tateiwa Biosci., Biotechnol., Biochem. 2010 74 129 134
83. S. A. Borisova B. T. Circello J. K. Zhang W. A. van der Donk W. W. Metcalf Chem. Biol. 2010 17 28 37
84. T. Arai K. Kino Biosci., Biotechnol., Biochem. 2010 74 1572 1577
85. W. K. Kang T. Icho S. Isono M. Kitakawa K. Isono MGG, Mol. Gen. Genet. 1989 217 281 288
86. M. Kaczanowska M. Rydén-Aulin Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007 71 477 494
87. K. Kino T. Arai Y. Arimura Appl. Environ. Microbiol. 2011 77 2019 2025