-
1
-
-
22744455135
-
-
10.1371/journal.pbio.0030213
-
D. W. Staple and S. E. Butcher, PLoS Biol. 3, e213 (2005). 10.1371/journal.pbio.0030213
-
(2005)
PLoS Biol.
, vol.3
, pp. 213
-
-
Staple, D.W.1
Butcher, S.E.2
-
3
-
-
0037168615
-
-
10.1073/pnas.262663599
-
L. R. Comolli, I. Smirnov, L. Xu, E. H. Blackburn, and T. L. James, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 16998 (2002). 10.1073/pnas.262663599
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 16998
-
-
Comolli, L.R.1
Smirnov, I.2
Xu, L.3
Blackburn, E.H.4
James, T.L.5
-
4
-
-
0037457985
-
-
10.1073/pnas.242720799
-
C. A. Theimer, L. D. Finger, L. Trantirek, and J. Feigon, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100, 449 (2003). 10.1073/pnas.242720799
-
(2003)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.100
, pp. 449
-
-
Theimer, C.A.1
Finger, L.D.2
Trantirek, L.3
Feigon, J.4
-
11
-
-
0033549817
-
-
10.1002/(SICI)1521-3773(19990816)38:16 <2326::AID-ANIE2326 3.0.CO;2-3
-
R. T. Batey, R. P. Rambo, and J. A. Doudna, Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 38, 2326 (1999). 10.1002/(SICI)1521-3773(19990816)38:16<2326::AID-ANIE2326 3.0.CO;2-3
-
(1999)
Angew. Chem., Int. Ed. Engl.
, vol.38
, pp. 2326
-
-
Batey, R.T.1
Rambo, R.P.2
Doudna, J.A.3
-
14
-
-
0037316485
-
-
10.1261/rna.2132503
-
E. P. Plant, K. L. Jacobs, J. W. Harger, A. Meskauskas, J. L. Jacobs, J. L. Baxter, A. N. Petrov, and J. D. Dinman, RNA 9, 168 (2003). 10.1261/rna.2132503
-
(2003)
RNA
, vol.9
, pp. 168
-
-
Plant, E.P.1
Jacobs, K.L.2
Harger, J.W.3
Meskauskas, A.4
Jacobs, J.L.5
Baxter, J.L.6
Petrov, A.N.7
Dinman, J.D.8
-
16
-
-
0033452721
-
-
10.1073/pnas.96.25.14234
-
Y. G. Kim, L. Su, S. Maas, A. ONeill, and A. Rich, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96, 14234 (1999). 10.1073/pnas.96.25.14234
-
(1999)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.96
, pp. 14234
-
-
Kim, Y.G.1
Su, L.2
Maas, S.3
Oneill, A.4
Rich, A.5
-
18
-
-
0030452773
-
-
10.1016/S1074-5521(96)90166-0
-
V. Lehnert, L. Jaeger, F. Michel, and E. Westhof, Chem. Biol. 3, 993 (1996). 10.1016/S1074-5521(96)90166-0
-
(1996)
Chem. Biol.
, vol.3
, pp. 993
-
-
Lehnert, V.1
Jaeger, L.2
Michel, F.3
Westhof, E.4
-
19
-
-
0034698298
-
-
10.1126/science.289.5478.448
-
E. A. Schultes and D. P. Bartel, Science 289, 448 (2000). 10.1126/science.289.5478.448
-
(2000)
Science
, vol.289
, pp. 448
-
-
Schultes, E.A.1
Bartel, D.P.2
-
22
-
-
0032549780
-
-
10.1126/science.279.5358.1940
-
B. Sclavi, M. Sullivan, M. R. Chance, M. Brenowitz, and S. A. Woodson, Science 279, 1940 (1998). 10.1126/science.279.5358.1940
-
(1998)
Science
, vol.279
, pp. 1940
-
-
Sclavi, B.1
Sullivan, M.2
Chance, M.R.3
Brenowitz, M.4
Woodson, S.A.5
-
23
-
-
0032549735
-
-
10.1126/science.279.5358.1943
-
D. K. Treiber, M. S. Rook, P. P. Zarrinkar, and J. R. Williamson, Science 279, 1943 (1998). 10.1126/science.279.5358.1943
-
(1998)
Science
, vol.279
, pp. 1943
-
-
Treiber, D.K.1
Rook, M.S.2
Zarrinkar, P.P.3
Williamson, J.R.4
-
24
-
-
0033544723
-
-
10.1006/jmbi.1999.3298
-
J. Pan and S. A. Woodson, J. Mol. Biol. 294, 955 (1999). 10.1006/jmbi.1999.3298
-
(1999)
J. Mol. Biol.
, vol.294
, pp. 955
-
-
Pan, J.1
Woodson, S.A.2
-
25
-
-
0034100560
-
-
10.1038/75132
-
R. Russell, I. S. Millett, S. Doniach, and D. Herschlag, Nat. Struct. Biol. 7, 367 (2000). 10.1038/75132
-
(2000)
Nat. Struct. Biol.
, vol.7
, pp. 367
-
-
Russell, R.1
Millett, I.S.2
Doniach, S.3
Herschlag, D.4
-
26
-
-
9344232753
-
-
10.1261/rna.7140504
-
P. L. Adams, M. R. Stahley, M. L. Gill, A. B. Kosek, J. Wang, and S. A. Strobel, RNA 10, 1867 (2004). 10.1261/rna.7140504
-
(2004)
RNA
, vol.10
, pp. 1867
-
-
Adams, P.L.1
Stahley, M.R.2
Gill, M.L.3
Kosek, A.B.4
Wang, J.5
Strobel, S.A.6
-
27
-
-
0029071510
-
-
10.1146/annurev.bi.64.070195.001355
-
M. M. Lai, Annu. Rev. Biochem. 64, 259 (1995). 10.1146/annurev.bi.64. 070195.001355
-
(1995)
Annu. Rev. Biochem.
, vol.64
, pp. 259
-
-
Lai, M.M.1
-
28
-
-
0028446537
-
-
10.1016/S0960-9822(00)00109-3
-
N. K. Tanner, S. Schaff, G. Thill, E. Petit-Koskas, A. M. Crain-Denoyelle, and E. Westhof, Curr. Biol. 4, 488 (1994). 10.1016/S0960- 9822(00)00109-3
-
(1994)
Curr. Biol.
, vol.4
, pp. 488
-
-
Tanner, N.K.1
Schaff, S.2
Thill, G.3
Petit-Koskas, E.4
Crain-Denoyelle, A.M.5
Westhof, E.6
-
30
-
-
0025264854
-
-
10.1002/bi360290621
-
J. S. McCaskill, Biopolymers 29, 1105 (1990). 10.1002/bip.360290621
-
(1990)
Biopolymers
, vol.29
, pp. 1105
-
-
McCaskill, J.S.1
-
32
-
-
33344474707
-
-
10.1261/rna.2274106
-
Y. Ding, RNA 12, 323 (2006). 10.1261/rna.2274106
-
(2006)
RNA
, vol.12
, pp. 323
-
-
Ding, Y.1
-
33
-
-
0033524952
-
-
10.1006/jmbi.1998.2436
-
E. Rivas and S. R. Eddy, J. Mol. Biol. 285, 2053 (1999). 10.1006/jmbi.1998.2436
-
(1999)
J. Mol. Biol.
, vol.285
, pp. 2053
-
-
Rivas, E.1
Eddy, S.R.2
-
37
-
-
25844447772
-
-
10.1261/rna.7284905
-
J. Ren, B. Rastegari, A. Condon, and H. H. Hoos, RNA 11, 1494 (2005). 10.1261/rna.7284905
-
(2005)
RNA
, vol.11
, pp. 1494
-
-
Ren, J.1
Rastegari, B.2
Condon, A.3
Hoos, H.H.4
-
41
-
-
41649104561
-
-
10.1261/rna.968808
-
J. Sperschneider and A. Datta, RNA 14, 630 (2008). 10.1261/rna.968808
-
(2008)
RNA
, vol.14
, pp. 630
-
-
Sperschneider, J.1
Datta, A.2
-
43
-
-
51749093577
-
-
10.1093/bioinformatics/btn327
-
X. Chen, S. M. He, D. Bu, F. Zhang, Z. Wang, R. Chen, and W. Gao, Bioinformatics 24, 1994 (2008). 10.1093/bioinformatics/btn327
-
(2008)
Bioinformatics
, vol.24
, pp. 1994
-
-
Chen, X.1
He, S.M.2
Bu, D.3
Zhang, F.4
Wang, Z.5
Chen, R.6
Gao, W.7
-
44
-
-
0020417286
-
-
10.1016/0092-8674(82)90414-7
-
K. Kruger, P. J. Grabowski, A. J. Zaug, J. Sands, D. E. Gottschling, and T. R. Cech, Cell 31, 147 (1982). 10.1016/0092-8674(82)90414-7
-
(1982)
Cell
, vol.31
, pp. 147
-
-
Kruger, K.1
Grabowski, P.J.2
Zaug, A.J.3
Sands, J.4
Gottschling, D.E.5
Cech, T.R.6
-
45
-
-
0027488624
-
-
10.1126/science.7690155
-
D. P. Bartel and J. W. Szostak, Science 261, 1411 (1993). 10.1126/science.7690155
-
(1993)
Science
, vol.261
, pp. 1411
-
-
Bartel, D.P.1
Szostak, J.W.2
-
46
-
-
0024443885
-
-
10.1016/0378-1119(89)90033-4
-
G. F. Joyce, Gene 82, 83 (1989). 10.1016/0378-1119(89)90033-4
-
(1989)
Gene
, vol.82
, pp. 83
-
-
Joyce, G.F.1
-
48
-
-
70350107532
-
-
10.1261/rna.1638609
-
L. Zhang, P. Bao, M. J. Leibowitz, and Y. Zhang, RNA 15, 1986 (2009). 10.1261/rna.1638609
-
(2009)
RNA
, vol.15
, pp. 1986
-
-
Zhang, L.1
Bao, P.2
Leibowitz, M.J.3
Zhang, Y.4
-
49
-
-
0025691660
-
-
10.1016/0955-0674(90)90162-8
-
D. E. Draper, Curr. Opin. Cell. Biol. 2, 1099 (1990). 10.1016/0955-0674(90)90162-8
-
(1990)
Curr. Opin. Cell. Biol.
, vol.2
, pp. 1099
-
-
Draper, D.E.1
-
50
-
-
0025878210
-
-
10.1093/nar/19.9.2489
-
A. P. Gultyaev, Nucleic Acids Res. 19, 2489 (1991). 10.1093/nar/19.9.2489
-
(1991)
Nucleic Acids Res.
, vol.19
, pp. 2489
-
-
Gultyaev, A.P.1
-
51
-
-
0036297661
-
-
10.1006/jmbi.2002.5447
-
E. J. Sorin, M. A. Engelhardt, D. Herschlag, and V. S. Pande, J. Mol. Biol. 317, 493 (2002). 10.1006/jmbi.2002.5447
-
(2002)
J. Mol. Biol.
, vol.317
, pp. 493
-
-
Sorin, E.J.1
Engelhardt, M.A.2
Herschlag, D.3
Pande, V.S.4
-
54
-
-
23444456517
-
-
10.1016/j.jmb.2005.06.016
-
M. V. Krasovska, J. Sefcikova, N. Spackova, J. Sponer, and N. G. Walter, J. Mol. Biol. 351, 731 (2005). 10.1016/j.jmb.2005.06.016
-
(2005)
J. Mol. Biol.
, vol.351
, pp. 731
-
-
Krasovska, M.V.1
Sefcikova, J.2
Spackova, N.3
Sponer, J.4
Walter, N.G.5
-
57
-
-
33745726561
-
-
10.1142/S0219720006001904
-
L. V. Danilova, D. D. Pervouchine, A. V. Favorov, and A. A. Mironov, J. Bioinform. Comput. Biol. 4, 589 (2006). 10.1142/S0219720006001904
-
(2006)
J. Bioinform. Comput. Biol.
, vol.4
, pp. 589
-
-
Danilova, L.V.1
Pervouchine, D.D.2
Favorov, A.V.3
Mironov, A.A.4
-
58
-
-
0034021259
-
-
10.1017/S1355838200992161
-
C. Flamm, W. Fontana, I. L. Hofacker, and P. Schuster, RNA 6, 325 (2000). 10.1017/S1355838200992161
-
(2000)
RNA
, vol.6
, pp. 325
-
-
Flamm, C.1
Fontana, W.2
Hofacker, I.L.3
Schuster, P.4
-
63
-
-
48449084225
-
-
10.1016/j.jmb.2008.02.007
-
X. Tang, S. Thomas, L. Tapia, D. P. Giedroc, and N. M. Amato, J. Mol. Biol. 381, 1055 (2008). 10.1016/j.jmb.2008.02.007
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.381
, pp. 1055
-
-
Tang, X.1
Thomas, S.2
Tapia, L.3
Giedroc, D.P.4
Amato, N.M.5
-
64
-
-
43049086258
-
-
10.1016/j.jmb.2008.02.064
-
M. Geis, C. Flamm, M. T. Wolfinger, A. Tanzer, I. L. Hofacker, M. Middendorf, C. Mandl, P. F. Stadler, and C. Thurner, J. Mol. Biol. 379, 160 (2008). 10.1016/j.jmb.2008.02.064
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.379
, pp. 160
-
-
Geis, M.1
Flamm, C.2
Wolfinger, M.T.3
Tanzer, A.4
Hofacker, I.L.5
Middendorf, M.6
Mandl, C.7
Stadler, P.F.8
Thurner, C.9
-
65
-
-
77953637928
-
-
10.1261/rna.2093310
-
I. L. Hofacker, C. Flamm, C. Heine, M. T. Wolfinger, G. Scheuermann, and P. F. Stadler, RNA 16, 1308 (2010). 10.1261/rna.2093310
-
(2010)
RNA
, vol.16
, pp. 1308
-
-
Hofacker, I.L.1
Flamm, C.2
Heine, C.3
Wolfinger, M.T.4
Scheuermann, G.5
Stadler, P.F.6
-
69
-
-
33646191609
-
-
10.1529/biophysj.105.062935
-
W. Zhang and S. J. Chen, Biophys. J. 90, 765 (2006). 10.1529/biophysj. 105.062935
-
(2006)
Biophys. J.
, vol.90
, pp. 765
-
-
Zhang, W.1
Chen, S.J.2
-
70
-
-
33646200032
-
-
10.1529/biophysj.105.062950
-
W. Zhang and S. J. Chen, Biophys. J. 90, 778 (2006). 10.1529/biophysj. 105.062950
-
(2006)
Biophys. J.
, vol.90
, pp. 778
-
-
Zhang, W.1
Chen, S.J.2
-
71
-
-
84871193016
-
-
10.1063/1.4769821
-
J. Chen and W. B. Zhang, J. Chem. Phys. 137, 225102 (2012). 10.1063/1.4769821
-
(2012)
J. Chem. Phys.
, vol.137
, pp. 225102
-
-
Chen, J.1
Zhang, W.B.2
-
72
-
-
0032552882
-
-
10.1021/bi9809425
-
T. Xia, J. Santalucia Jr., M. E. Burkard, R. Kierzek, S. J. Schroeder, X. Jiao, C. Cox, and D. H. Turner, Biochemistry 37, 14719 (1998). 10.1021/bi9809425
-
(1998)
Biochemistry
, vol.37
, pp. 14719
-
-
Xia, T.1
Santalucia Jr., J.2
Burkard, M.E.3
Kierzek, R.4
Schroeder, S.J.5
Jiao, X.6
Cox, C.7
Turner, D.H.8
-
73
-
-
0033591465
-
-
10.1006/jmbi.1999.2700
-
D. H. Mathews, J. Sabina, M. Zuker, and D. H. Turner, J. Mol. Biol. 288, 911 (1999). 10.1006/jmbi.1999.2700
-
(1999)
J. Mol. Biol.
, vol.288
, pp. 911
-
-
Mathews, D.H.1
Sabina, J.2
Zuker, M.3
Turner, D.H.4
-
74
-
-
0031406029
-
-
10.1021/bi971362v
-
T. C. Gluick, N. M. Wills, R. F. Gesteland, and D. E. Draper, Biochemistry 36, 16173 (1997). 10.1021/bi971362v
-
(1997)
Biochemistry
, vol.36
, pp. 16173
-
-
Gluick, T.C.1
Wills, N.M.2
Gesteland, R.F.3
Draper, D.E.4
-
79
-
-
0034743153
-
-
10.1146/annurev.physchem.52.1.751
-
D. Thirumalai, N. Lee, S. A. Woodson, and D. Klimov, Annu. Rev. Phys. Chem. 52, 751 (2001). 10.1146/annurev.physchem.52.1.751
-
(2001)
Annu. Rev. Phys. Chem.
, vol.52
, pp. 751
-
-
Thirumalai, D.1
Lee, N.2
Woodson, S.A.3
Klimov, D.4
-
82
-
-
1242274330
-
-
10.1261/rna.5205404
-
D. E. Draper, RNA 10, 335 (2004). 10.1261/rna.5205404
-
(2004)
RNA
, vol.10
, pp. 335
-
-
Draper, D.E.1
-
85
-
-
77956567931
-
-
10.1016/j.bpj.2010.06.029
-
Z. J. Tan and S. J. Chen, Biophys. J. 99, 1565 (2010). 10.1016/j.bpj.2010.06.029
-
(2010)
Biophys. J.
, vol.99
, pp. 1565
-
-
Tan, Z.J.1
Chen, S.J.2
-
86
-
-
80052495984
-
-
10.1016/j.bpj.2011.05.050
-
Z. J. Tan and S. J. Chen, Biophys. J. 101, 176 (2011). 10.1016/j.bpj.2011.05.050
-
(2011)
Biophys. J.
, vol.101
, pp. 176
-
-
Tan, Z.J.1
Chen, S.J.2
|