SFG analysis of surface bound proteins: A route towards structure determination

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 30, 2013, Pages 12516-12524

  Weidner, Tobias ^a,c   Castner, David G ^a,b  

^a University of Washington   (United States)

^b University of Washington   (United States)

^c MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE; POLYSTYRENE DERIVATIVE; PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; SURFACE PROPERTY; X RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY;

ISOTOPE LABELING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES; POLYSTYRENES; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, SECONDARY ION; SURFACE PROPERTIES; X-RAY ABSORPTION SPECTROSCOPY;

EID: 84881128013     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp50880c     Document Type: Article

References (103)

1. D. G. Castner B. D. Ratner Surf. Sci. 2002 500 28 60
2. W. Norde, T. A. Horbett and J. L. Brash, in Proteins at Interfaces III State of the Art, American Chemical Society, 2012, vol. 1120, pp. 1-34
3. F. Nudelman N. A. J. M. Sommerdijk Angew. Chem., Int. Ed. 2012 51 6582 6596
4. L. C. Palmer C. J. Newcomb S. R. Kaltz E. D. Spoerke S. I. Stupp Chem. Rev. 2008 108 4754 4783
5. S. Weiner L. Addadi Annu. Rev. Mater. Res. 2011 41 21 40
6. M. Hildebrand Chem. Rev. 2008 108 4855 4874
7. N. Kröger R. Deutzmann M. Sumper Science 1999 286 1129 1132
8. B. Wang P. Liu R. Tang BioEssays 2010 32 698 708
9. S. Kim C. B. Park Adv. Funct. Mater. 2013 23 10 25
10. J. Mahamid L. Addadi S. Weiner Cells Tissues Organs 2011 194 92 97
11. M. Sarikaya C. Tamerler A. K. Y. Jen K. Schulten F. Baneyx Nat. Mater. 2003 2 577 585
12. C. Minelli J. X. Liew M. Muthu H. Andresen Soft Matter 2013 9 5119
13. B. D. Ratner Macromol. Symp. 1997 130 327 335
14. D. S. H. Chu J. G. Schellinger J. Shi A. J. Convertine P. S. Stayton S. H. Pun Acc. Chem. Res. 2012 45 1089 1099
15. Z. Cheng A. Al Zaki J. Z. Hui V. R. Muzykantov A. Tsourkas Science 2012 338 903 910
16. J. Nicolas S. Mura D. Brambilla N. Mackiewicz P. Couvreur Chem. Soc. Rev. 2013 42 1147 1235
17. B. Rupp, Biomolecular Crystallography: Principles, Practice and Application to Structural Biology, Garland Science, New York, 2009
18. J. Cavanagh, W. J. Fairbrother, A. G. Palmer III, M. Rance and N. J. Skelton, Protein NMR spectroscopy: principles and practice, 2nd edn, Academic Press, Boston, 2007
19. J. E. Baio, T. Weidner and D. G. Castner, in Proteins at Interfaces III State of the Art, American Chemical Society, 2012, vol. 1120, pp. 761-779
20. D. R. Baer M. H. Engelhard J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2010 178 415 432
21. C. T. Campbell G. Kim Biomaterials 2007 28 2380 2392
22. F. Cheng L. J. Gamble D. G. Castner Anal. Chem. 2008 80 2564 2573
23. Y. F. Dufrene T. G. Marchal P. G. Rouxhet Appl. Surf. Sci. 1999 144-145 638 643
24. F. Hook B. Kasemo T. Nylander C. Fant K. Sott H. Elwing Anal. Chem. 2001 73 5796 5804
25. S. Ray A. G. Shard Anal. Chem. 2011 83 8659 8666
26. E. Servoli D. Maniglio M. R. Aguilar A. Motta J. S. Roman L. A. Belfiore C. Migliaresi Macromol. Biosci. 2008 8 1126 1134
27. J. E. Baio T. Weidner L. Baugh L. J. Gamble P. S. Stayton D. G. Castner Langmuir 2012 28 2107 2112
28. Infrared Analysis of peptides and Proteins, ed., B. R. Singh, American Chemical Society, Washington D.C., 2000
29. L. Baugh T. Weidner J. E. Baio P. C. T. Nguyen L. J. Gamble P. S. Slayton D. G. Castner Langmuir 2010 26 16434 16441
30. Y. P. Kim M. Y. Hong J. Kim E. Oh H. K. Shon D. W. Moon H. S. Kim T. G. Lee Anal. Chem. 2007 79 1377 1385
31. C. L. Lawson M. L. Baker C. Best C. X. Bi M. Dougherty P. W. Feng G. Van Ginkel B. Devkota I. Lagerstedt S. J. Ludtke R. H. Newman T. J. Oldfield I. Rees G. Sahni R. Sala S. Velankar J. Warren J. D. Westbrook K. Henrick G. J. Kleywegt H. M. Berman W. Chiu Nucleic Acids Res. 2011 39 D456 D464
32. R. Michel D. G. Castner Surf. Interface Anal. 2006 38 1386 1392
33. S. Muramoto D. J. Graham M. S. Wagner T. G. Lee D. W. Moon D. G. Castner J. Phys. Chem. C 2011 115 24247 24255
34. T. Weidner M. Dubey N. F. Breen J. Ash J. E. Baio C. Jaye D. A. Fischer G. P. Drobny D. G. Castner J. Am. Chem. Soc. 2012 134 8750 8753
35. Y. R. Shen Annu. Rev. Phys. Chem. 1989 40 327 351
36. Y. R. Shen, The Principles of Nonlinear Optics, 1st edn, John Wiley & Sons, New York, 1984
37. R. W. Boyd, Nonlinear Optics, 1st edn, Academic Press, London, 1992
38. J. Wang S. M. Buck Z. Chen Analyst 2003 128 773 778
39. Z. Chen R. Ward Y. Tian F. Malizia D. H. Gracias Y. R. Shen G. A. Somorjai J. Biomed. Mater. Res. 2002 62 254 264
40. M. L. Clarke J. Wang Z. Chen J. Phys. Chem. B 2005 109 22027 22035
41. J. Wang X. Y. Chen M. L. Clarke Z. Chen J. Phys. Chem. B 2006 110 5017 5024
42. J. Wang M. L. Clarke X. Chen M. A. Even W. C. Johnson Z. Chen Surf. Sci. 2005 587 1 11
43. Z. Chen Y. R. Shen G. A. Somorjai Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 437 465
44. X. Y. Chen Z. Chen Biochim. Biophys. Acta 2006 1758 1257 1273
45. X. Y. Chen M. L. Clarke J. Wang Z. Chen Int. J. Mod. Phys. B 2005 19 691 713
46. W. F. DeGrado J. D. Lear J. Am. Chem. Soc. 1985 107 7684 7689
47. W. F. Degrado Z. R. Wasserman J. D. Lear Science 1989 243 622 628
48. T. Weidner N. T. Samuel K. McCrea L. J. Gamble R. S. Ward D. G. Castner Biointerphases 2010 5 9 16
49. N. T. Samuel, PhD Thesis, University of Washington, 2005
50. O. Mermut D. C. Phillips R. L. York K. R. McCrea R. S. Ward G. A. Somorjai J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3598 3607
51. T. Weidner N. F. Breen G. P. Drobny D. G. Castner J. Phys. Chem. B 2009 113 15423 15426
52. V. Ostroverkhov G. A. Waychunas Y. R. Shen Phys. Rev. Lett. 2005 94 046102
53. R. N. Ward P. B. Davies C. D. Bain J. Phys. Chem. 1993 97 7141 7143
54. N. F. Breen T. Weidner K. Li D. G. Castner G. P. Drobny J. Am. Chem. Soc. 2009 131 14148 14149
55. T. Weidner J. S. Apte L. J. Gamble D. G. Castner Langmuir 2010 26 3433 3440
56. M. J. Stein T. Weidner K. McCrea D. G. Castner B. D. Ratner J. Phys. Chem. B 2009 113 11550 11556
57. S. Y. Jung S. M. Lim F. Albertorio G. Kim M. C. Gurau R. D. Yang M. A. Holden P. S. Cremer J. Am. Chem. Soc. 2003 125 12782 12786
58. J. E. Baio T. Weidner N. T. Samuel K. R. McCrea L. Baugh P. S. Stayton D. G. Castner J. Vac. Sci. Technol., B 2010 28 C5D1 C5D8
59. N. T. Samuel K. R. McCrea L. J. Gamble R. S. Ward D. G. Castner Abs. Pap. Am. Chem. Soc. 2005 229 U671
60. T. Weidner N. F. Breen K. Li G. P. Drobny D. G. Castner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 13288 13293
61. X. Chen J. Wang A. P. Boughton C. B. Kristalyn Z. Chen J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1420 1427
62. S. Schuy E. Schäfer N. C. Yoder K. Kumar R. Vogel A. Janshoff J. Struct. Biol. 2009 168 125 136
63. L. Fu J. Liu E. C. Y. Yan J. Am. Chem. Soc. 2011 133 8094 8097
64. J. Wang X. Y. Chen M. L. Clarke Z. Chen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 4978 4983
65. J. Wang S.-H. Lee Z. Chen J. Phys. Chem. B 2008 112 2281 2290
66. J. Wang S. M. Buck Z. Chen J. Phys. Chem. B 2002 106 11666 11672
67. L. Dreesen Y. Sartenaer C. Humbert A. A. Mani J. J. Lemaire C. MÈthivier C. M. Pradier P. A. Thiry A. Peremans Thin Solid Films 2004 464-465 373 378
68. X. Y. Chen A. P. Boughton J. J. G. Tesmer Z. Chen J. Am. Chem. Soc. 2007 129 12658 12659
69. P. Yang A. Ramamoorthy Z. Chen Langmuir 2011 27 7760 7767
70. S. Ye K. T. Nguyen S. V. Le Clair Z. Chen J. Struct. Biol. 2009 168 61 77
71. S. J. Ye K. T. Nguyen Z. Chen J. Phys. Chem. B 2010 114 3334 3340
72. D. Xiao L. Fu J. Liu V. S. Batista E. C. Y. Yan J. Mol. Biol. 2012 421 537 547
73. X. Chen H. Tang M. A. Even J. Wang G. N. Tew Z. Chen J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2711 2714
74. K. T. Nguyen J. T. King Z. Chen J. Phys. Chem. B 2010 114 8291 8300
75. K. T. Nguyen S. V. Le Clair S. J. Ye Z. Chen J. Phys. Chem. B 2009 113 12169 12180
76. A. P. Boughton P. Yang V. M. Tesmer B. Ding J. J. G. Tesmer Z. Chen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 E667 E673
77. S. V. Le Clair K. Nguyen Z. Chen J. Adhes. 2009 85 484 511
78. X. Han L. Soblosky M. Slutsky C. M. Mello Z. Chen Langmuir 2011 27 7042 7051
79. X. Zhuang P. B. Miranda D. Kim Y. R. Shen Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1999 59 12632 12640
80. S. Kataoka P. S. Cremer J. Am. Chem. Soc. 2006 128 5516 5522
81. J. Stöhr, NEXAFS Spectroscopy, Springer-Verlag, Berlin, 1992
82. J. S. Apte G. Collier R. A. Latour L. J. Gamble D. G. Castner Langmuir 2009 26 3423 3432
83. M. S. Wagner D. J. Graham B. D. Ratner D. G. Castner Surf. Sci. 2004 570 78 97
84. M. S. Wagner D. G. Castner Appl. Surf. Sci. 2004 231-232 366 376
85. J. C. Vickerman, A. A. Brown and N. M. Reed, Secondary ion mass spectrometry: principles and applications, Clarendon Press, Oxford University Press, Oxford, New York, 1989
86. A. M. Belu D. J. Graham D. G. Castner Biomaterials 2003 24 3635 3653
87. B. J. Garrison Z. Postawa Mass Spectrom. Rev. 2008 27 289 315
88. D. S. Mantus B. D. Ratner B. A. Carlson J. F. Moulder Anal. Chem. 1993 65 1431 1438
89. J. B. Lhoest E. Detrait P. van den Bosch de Aguilar P. Bertrand J. Biomed. Mater. Res., Part A 1998 41 95 103
90. R. Michel S. Pasche M. Textor D. G. Castner Langmuir 2005 21 12327 12332
91. N. Xia D. G. Castner J. Biomed. Mater. Res., Part A 2003 67A 179 190
92. N. Xia C. J. May S. L. McArthur D. G. Castner Langmuir 2002 18 4090 4097
93. H. Wang D. G. Castner B. D. Ratner S. Y. Jiang Langmuir 2004 20 1877 1887
94. C. D. Tidwell D. G. Castner S. L. Golledge B. D. Ratner K. Meyer B. Hagenhoff A. Benninghoven Surf. Interface Anal. 2001 31 724 733
95. J. B. Lhoest M. S. Wagner C. D. Tidwell D. G. Castner J. Biomed. Mater. Res. 2001 57 432 440
96. T. Schwede A. Sali B. Honig M. Levitt H. M. Berman D. Jones S. E. Brenner S. K. Burley R. Das N. V. Dokholyan R. L. Dunbrack K. Fidelis A. Fiser A. Godzik Y. J. Huang C. Humblet M. P. Jacobson A. Joachimiak S. R. Krystek T. Kortemme A. Kryshtafovych G. T. Montelione J. Moult D. Murray R. Sanchez T. R. Sosnick D. M. Standley T. Stouch S. Vajda M. Vasquez J. D. Westbrook I. A. Wilson Structure 2009 17 151 159
97. D. E. Kim D. Chivian D. Baker Nucleic Acids Res. 2004 32 W526 W531
98. C. F. Hryc D.-H. Chen W. Chiu Curr. Opin. Virol. 2011 1 110 117
99. T. Yahav T. Maimon E. Grossman I. Dahan O. Medalia Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 670 677
100. G. Collier N. A. Vellore J. A. Yancey S. J. Stuart R. A. Latour Biointerphases 2012 7 24
101. D. L. Masica J. T. Ash M. Ndao G. P. Drobny J. J. Gray Structure 2010 18 1678 1687
102. M. Deighan J. Pfaendtner Langmuir 10.1021/la4010664
103. S. J. Roeters C. N. van Dijk A. T. Knoop H. G. Backus R. K. Campen M. Bonn S. Woutersen J. Phys. Chem. A 10.1021/jp401159r