Protein lysine acetylation analysis: Current MS-based proteomic technologies

Analyst

Volumn 138, Issue 6, 2013, Pages 1628-1636

  Zhang, Kai ^a   Tian, Shanshan ^a   Fan, Enguo ^b  

^a NANKAI UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF FREIBURG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84874067738     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3an36837h     Document Type: Review

References (69)

1. S. Zhao W. Xu W. Jiang W. Yu Y. Lin T. Zhang J. Yao L. Zhou Y. Zeng H. Li Y. Li J. Shi W. An S. M. Hancock F. He L. Qin J. Chin P. Yang X. Chen Q. Lei Y. Xiong K. L. Guan Science 2010 327 1000 1004
2. Q. Wang Y. Zhang C. Yang H. Xiong Y. Lin J. Yao H. Li L. Xie W. Zhao Y. Yao Z. B. Ning R. Zeng Y. Xiong K. L. Guan S. Zhao G. P. Zhao Science 2010 327 1004 1007
3. K. E. Wellen G. Hatzivassiliou U. M. Sachdeva T. V. Bui J. R. Cross C. B. Thompson Science 2009 324 1076 1080
4. A. Ganesan L. Nolan S. J. Crabb G. Packham Curr. Cancer Drug Targets 2009 9 963 981
5. G. Li D. Reinberg Curr. Opin. Genet. Dev. 2011 21 175 186
6. S. N. Khan A. U. Khan Clin. Chim. Acta 2010 411 1401 1411
7. N. Sato A. Maitra N. Fukushima N. T. van Heek H. Matsubayashi C. A. Iacobuzio-Donahue C. Rosty M. Goggins Cancer Res. 2003 63 4158 4166
8. K. Balasubramanyam R. A. Varier M. Altaf V. Swaminathan N. B. Siddappa U. Ranga T. K. Kundu J. Biol. Chem. 2004 279 51163 51171
9. S. Aggarwal H. Ichikawa Y. Takada S. K. Sandur S. Shishodia B. B. Aggarwal Mol. Pharmacol. 2006 69 195 206
10. C. Choudhary C. Kumar F. Gnad M. L. Nielsen M. Rehman T. C. Walther J. V. Olsen M. Mann Science 2009 325 834 840
11. E. J. Sneekes J. Han M. Elliot J. Ausio R. Swart A. J. R. Heck C. Borchers J. Sep. Sci. 2009 32 2691 2698
12. J. Wysocka T. Swigut T. A. Milne Y. L. Dou X. Zhang A. L. Burlingame R. G. Roeder A. H. Brivanlou C. D. Allis Cell 2005 121 859 872
13. D. Shechter H. L. Dormann C. D. Allis S. B. Hake Nat. Protoc. 2007 2 1445 1457
14. C. von Holt W. F. Brandt H. J. Greyling G. G. Lindsey J. D. Retief J. D. Rodrigues S. Schwager B. T. Sewell Methods Enzymol. 1989 170 431 523
15. H. H. Lindner Electrophoresis 2008 29 2516 2532
16. B. A. Garcia J. Shabanowitz D. F. Hunt Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 66 73
17. G. H. Li Y. Mine M. T. Hincke Y. Nys J. Pept. Sci. 2007 13 368 378
18. M. J. Tan H. Luo S. Lee F. L. Jin J. S. Yang E. Montellier T. Buchou Z. Y. Cheng S. Rousseaux N. Rajagopal Z. K. Lu Z. Ye Q. Zhu J. Wysocka Y. Ye S. Khochbin B. Ren Y. M. Zhao Cell 2011 146 1015 1027
19. B. A. Garcia S. Mollah B. M. Ueberheide S. A. Busby T. L. Muratore J. Shabanowitz D. F. Hunt Nat. Protoc. 2007 2 933 938
20. P. J. Boersema S. Mohammed A. J. Heck Anal. Bioanal. Chem. 2008 391 151 159
21. B. A. Garcia J. J. Pesavento C. A. Mizzen N. L. Kelleher Nat. Methods 2007 4 487 489
22. S. D. Taverna B. M. Ueberheide Y. F. Liu A. J. Tackett R. L. Diaz J. Shabanowitz B. T. Chait D. F. Hunt C. D. Allis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2086 2091
23. N. Shao K. Zhang Y. Chen X. He Y. Zhang Chem. Commun. 2012 48 6684 6686
24. K. Zhang H. Tang L. Huang J. W. Blankenship P. R. Jones F. Xiang P. M. Yau A. L. Burlingame Anal. Biochem. 2002 306 259 269
25. C. Li Y. Yang J. Gu Y. Ma Y. Jin Cell Res. 2009 19 173 186
26. D. Bonenfant M. Coulot H. Towbin P. Schindler J. van Oostrum Mol. Cell. Proteomics 2006 5 541 552
27. C. L. Li J. M. Zhou G. L. Shi Y. Ma Y. Yang J. J. Gu H. Y. Yu S. B. Jin Z. Wei F. Chen Y. Jin Hum. Mol. Genet. 2009 18 4340 4349
28. M. T. Boyne, 2nd J. J. Pesavento C. A. Mizzen N. L. Kelleher J. Proteome Res. 2006 5 248 253
29. B. A. Parks L. Jiang P. M. Thomas C. D. Wenger M. J. Roth M. T. Boyne P. V. Burke K. E. Kwast N. L. Kelleher Anal. Chem. 2007 79 7984 7991
30. P. C. Davies Interface Focus 2012 2 42 48
31. J. F. Kellie J. C. Tran J. E. Lee D. R. Ahlf H. M. Thomas I. Ntai A. D. Catherman K. R. Durbin L. Zamdborg A. Vellaichamy P. M. Thomas N. L. Kelleher Mol. BioSyst. 2010 6 1532 1539
32. S. Matallana-Surget B. Leroy R. Wattiez Expert Rev. Proteomics 2010 7 5 7
33. H. C. Eberl M. Mann M. Vermeulen ChemBioChem 2011 12 224 234
34. B. A. Garcia N. Siuti C. E. Thomas C. A. Mizzen N. L. Kelleher Int. J. Mass Spectrom. 2007 259 184 196
35. G. Lubec L. Afjehi-Sadat Chem. Rev. 2007 107 3568 3584
36. S. A. Ouvry-Patat M. P. Torres H. H. Quek C. A. Gelfand P. O'Mullan M. Nissum G. K. Schroeder J. Han M. Elliott D. Dryhurst J. Ausio R. Wolfenden C. H. Borchers Proteomics 2008 8 2798 2808
37. C. E. Eyers, C. Lawless, D. C. Wedge, K. W. Lau, S. J. Gaskell and S. J. Hubbard, Mol. Cell. Proteomics, 2011, 10, M110.003384
38. S. M. Eliuk D. Maltby B. Panning A. L. Burlingame Mol. Cell. Proteomics 2010 9 824 837
39. W. Cui H. W. Rohrs M. L. Gross Analyst 2011 136 3854 3864
40. J. S. Yan Zhen Mol. Plant Breed. 2011 9 1713 1719
41. B. M. Zee N. L. Young B. A. Garcia Curr. Chem. Genomics 2011 5 106 114
42. N. L. Young P. A. DiMaggio M. D. Plazas-Mayorca R. C. Baliban C. A. Floudas B. A. Garcia Mol. Cell. Proteomics 2009 8 2266 2284
43. D. Phanstiel J. Brumbaugh W. T. Berggren K. Conard X. Feng M. E. Levenstein G. C. McAlister J. A. Thomson J. J. Coon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4093 4098
44. K. Hakansson H. J. Cooper M. R. Emmett C. E. Costello A. G. Marshall C. L. Nilsson Anal. Chem. 2001 73 4530 4536
45. R. A. Zubarev N. L. Kelleher F. W. McLafferty J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3265 3266
46. R. A. Zubarev D. M. Horn E. K. Fridriksson N. L. Kelleher N. A. Kruger M. A. Lewis B. K. Carpenter F. W. McLafferty Anal. Chem. 2000 72 563 573
47. J. J. Coon B. Ueberheide J. E. P. Syka D. D. Dryhurst J. Ausio J. Shabanowitz D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9463 9468
48. S. J. Pitteri P. A. Chrisman J. M. Hogan S. A. McLuckey Anal. Chem. 2005 77 1831 1839
49. N. J. Hauser H. Han S. A. McLuckey F. Basile J. Proteome Res. 2008 7 1867 1872
50. E. S. Witze W. M. Old K. A. Resing N. G. Ahn Nat. Methods 2007 4 798 806
51. A. Stensballe O. N. Jensen J. V. Olsen K. F. Haselmann R. A. Zubarev Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000 14 1793 1800
52. J. E. Syka J. J. Coon M. J. Schroeder J. Shabanowitz D. F. Hunt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 9528 9533
53. S. C. Kim R. Sprung Y. Chen Y. Xu H. Ball J. Pei T. Cheng Y. Kho H. Xiao L. Xiao N. V. Grishin M. White X. J. Yang Y. Zhao Mol. Cell 2006 23 607 618
54. Y. M. Zhao O. N. Jensen Proteomics 2009 9 4632 4641
55. Y. Chen W. H. Zhao J. S. Yang Z. Y. Cheng H. Luo Z. K. Lu M. J. Tan W. Gu Y. M. Zhao Mol. Cell. Proteomics 2012 11 1048 1062
56. J. M. Zhang R. Sprung J. M. Pei X. H. Tan S. Kim H. Zhu C. F. Liu N. V. Grishin Y. M. Zhao Mol. Cell. Proteomics 2009 8 215 225
57. K. L. Guan W. Yu Y. Lin Y. Xiong S. Zhao Nat. Protoc. 2010 5 1583 1595
58. P. G. Shaw R. Chaerkady Z. Zhang N. E. Davidson A. Pandey Anal. Chem. 2011 83 3623 3626
59. Y. Y. Wang J. Yao P. Y. Yang C. H. Deng H. Z. Fan Chin. J. Chem. 2012 30 2549 2555
60. N. Mischerikow A. J. Heck Proteomics 2011 11 571 589
61. J. J. Thelen J. A. Miernyk Biochem. J. 2012 444 169 181
62. D. N. Perkins D. J. C. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
63. J. Cox M. Mann Nat. Biotechnol. 2008 26 1367 1372
64. J. Cox I. Matic M. Hilger N. Nagaraj M. Selbach J. V. Olsen M. Mann Nat. Protoc. 2009 4 698 705
65. I. Finkemeier M. Laxa L. Miguet A. J. Howden L. J. Sweetlove Plant Physiol. 2011 155 1779 1790
66. V. Jeffers W. J. Sullivan Eukaryotic Cell 2012 11 735 742
67. A. Lundby K. Lage B. T. Weinert D. B. Bekker-Jensen A. Secher T. Skovgaard C. D. Kelstrup A. Dmytriyev C. Choudhary C. Lundby J. V. Olsen Cell Rep. 2012 2 419 431
68. T. Li, Y. Du, L. Wang, L. Huang, W. Li, M. Lu, X. Zhang and W. G. Zhu, Mol. Cell. Proteomics, 2012, 11, M111.011080
69. J. Shao D. Xu L. Hu Y. W. Kwan Y. Wang X. Kong S. M. Ngai Mol. BioSyst. 2012 8 2964 2973