Systematic analysis of human lysine acetylation proteins and accurate prediction of human lysine acetylation through bi-relative adapted binomial score Bayes feature representation

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 2964-2973

  Shao, Jianlin ^a,b   Xu, Dong ^c   Hu, Landian ^a   Kwan, Yiu Wa ^b   Wang, Yifei ^d   Kong, Xiangyin ^a   Ngai, Sai Ming ^b  

^a Shanghai Jiao Tong University Affiliated Sixth People s Hospital   (China)

^b CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^c SHANGHAI NORMAL UNIVERSITY   (China)

^d SHANGHAI UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LYSINE; PROTEIN;

ACETYLATION; ARTICLE; BAYES THEOREM; HUMAN; INTERNET; METABOLISM; PROTEIN PROCESSING;

ACETYLATION; BAYES THEOREM; HUMANS; INTERNET; LYSINE; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEINS;

EID: 84867347249     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25251a     Document Type: Article

References (76)

1. T. Kouzarides EMBO J. 2000 19 1176 1179
2. X. J. Yang Nucleic Acids Res. 2004 32 959 976
3. M. A. Glozak E. Seto J. Biol. Chem. 2009 284 11446 11453
4. K. E. Wellen G. Hatzivassiliou U. M. Sachdeva T. V. Bui J. R. Cross C. B. Thompson Science 2009 324 1076 1080
5. W. Dang K. K. Steffen R. Perry J. A. Dorsey F. B. Johnson A. Shilatifard M. Kaeberlein B. K. Kennedy S. L. Berger Nature 2009 459 802 807
6. T. Dietschy I. Shevelev J. Pena-Diaz D. Huhn S. Kuenzle R. Mak M. F. Miah D. Hess M. Fey M. O. Hottiger P. Janscak I. Stagljar J. Cell Sci. 2009 122 1258 1267
7. J. Tavernier L. Icardi V. Gesellchen R. Mori S. Lievens S. Eyckerman J. Bultynck M. Boutros K. De Bosscher Cytokine 2011 56 105 105
8. Y. Kawai L. Garduno M. Theodore J. Q. Yang I. J. Arinze J. Biol. Chem. 2011 286 7629 7640
9. K. H. Kim D. R. An J. Song J. Y. Yoon H. S. Kim H. J. Yoon H. N. Im J. Kim D. J. Kim S. J. Lee K. H. Kim H. M. Lee H. J. Kim E. K. Jo J. Y. Lee S. W. Suh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 7729 7734
10. S. J. Kim S. B. Widenmaier W. S. Choi C. Nian Z. Ao G. Warnock C. H. S. McIntosh Cell Death Differ. 2012 19 333 344
11. N. Kikuno H. Shiina S. Urakami K. Kawamoto H. Hirata Y. Tanaka S. Majid M. Igawa R. Dahiya Int. J. Cancer 2008 123 552 560
12. X. J. Yang E. Seto Oncogene 2007 26 5310 5318
13. H. Geng C. T. Harvey J. Pittsenbarger Q. Liu T. M. Beer C. H. Xue D. Z. Qian J. Biol. Chem. 2011 286 38095 38102
14. H. Jeong F. Then T. J. Melia, Jr. J. R. Mazzulli L. Cui J. N. Savas C. Voisine P. Paganetti N. Tanese A. C. Hart A. Yamamoto D. Krainc Cell 2009 137 60 72
15. J. P. Dompierre J. D. Godin B. C. Charrin F. P. Cordelieres S. J. King S. Humbert F. Saudou J. Neurosci. 2007 27 3571 3583
16. M. H. Ko L. Puglielli J. Biol. Chem. 2009 284 2482 2492
17. M. C. Jonas C. Costantini L. Puglielli EMBO Rep. 2008 9 916 922
18. X. Cong J. M. Held F. DeGiacomo A. Bonner J. M. Chen B. Schilling G. A. Czerwieniec B. W. Gibson L. M. Ellerby Mol. Cell. Proteomics 2011 10
19. M. J. Mihm D. M. Amann B. L. Schanbacher R. A. Altschuld J. A. Bauer K. R. Hoyt Neurobiol. Dis. 2007 25 297 308
20. K. C. Chen Y. C. Liao I. C. Hsieh Y. S. Wang C. Y. Hu S. H. F. Juo J. Mol. Cell. Cardiol. 2012 52 587 595
21. A. Iyer D. P. Fairlie L. Brown Immunol. Cell Biol. 2012 90 39 46
22. L. Wang Y. Du M. Lu T. Li Nucleic Acids Res. 2012 40 W376 W379
23. S. C. Kim R. Sprung Y. Chen Y. Xu H. Ball J. Pei T. Cheng Y. Kho H. Xiao L. Xiao N. V. Grishin M. White X. J. Yang Y. Zhao Mol. Cell 2006 23 607 618
24. J. Zhang R. Sprung J. Pei X. Tan S. Kim H. Zhu C. F. Liu N. V. Grishin Y. Zhao Mol. Cell. Proteomics 2009 8 215 225
25. Y. Sun Y. Xu K. Roy B. D. Price Mol. Cell. Biol. 2007 27 8502 8509
26. Y. Yamaguchi M. Kurokawa Y. Imai K. Izutsu T. Asai M. Ichikawa G. Yamamoto E. Nitta T. Yamagata K. Sasaki K. Mitani S. Ogawa S. Chiba H. Hirai J. Biol. Chem. 2004 279 15630 15638
27. W. Yu Y. Lin J. Yao W. Huang Q. Lei Y. Xiong S. Zhao K. L. Guan J. Biol. Chem. 2009 284 13669 13675
28. Z. Sun Y. E. Chin D. D. Zhang Mol. Cell. Biol. 2009 29 2658 2672
29. C. Das M. S. Lucia K. C. Hansen J. K. Tyler Nature 2009 459 113 117
30. C. Atsriku D. J. Britton J. M. Held B. Schilling G. K. Scott B. W. Gibson C. C. Benz M. A. Baldwin Mol. Cell. Proteomics 2009 8 467 480
31. C. Buerki K. M. Rothgiesser T. Valovka H. R. Owen H. Rehrauer M. Fey W. S. Lane M. O. Hottiger Nucleic Acids Res. 2008 36 1665 1680
32. M. J. Tan H. Luo S. Lee F. L. Jin J. S. Yang E. Montellier T. Buchou Z. Y. Cheng S. Rousseaux N. Rajagopal Z. K. Lu Z. Ye Q. Zhu J. Wysocka Y. Ye S. Khochbin B. Ren Y. M. Zhao Cell 2011 146 1015 1027
33. C. E. Berndsen J. M. Denu Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 682 689
34. T. Li Y. Du L. Wang L. Huang W. Li M. Lu X. Zhang W. G. Zhu Mol. Cell. Proteomics 2012 11 M111.11080
35. S. Li H. Li M. Li Y. Shyr L. Xie Y. Li Protein Pept. Lett. 2009 16 977 983
36. F. Gnad S. Ren C. Choudhary J. Cox M. Mann Bioinformatics 2010 26 1666 1668
37. T. Y. Lee J. B. Hsu F. M. Lin W. C. Chang P. C. Hsu H. D. Huang J. Comput. Chem. 2010 31 2759 2771
38. Y. Xu X. B. Wang J. Ding L. Y. Wu N. Y. Deng J. Theor. Biol. 2010 264 130 135
39. S. P. Shi J. D. Qiu X. Y. Sun S. B. Suo S. Y. Huang R. P. Liang Mol. BioSyst. 2012 8 1520 1527
40. A. Basu K. L. Rose J. Zhang R. C. Beavis B. Ueberheide B. A. Garcia B. Chait Y. Zhao D. F. Hunt E. Segal C. D. Allis S. B. Hake Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 13785 13790
41. D. Schwartz M. F. Chou G. M. Church Mol. Cell. Proteomics 2009 8 365 379
42. K. C. Chou J. Theor. Biol. 2011 273 236 247
43. R. Marmorstein Cell. Mol. Life Sci. 2001 58 693 703
44. K. C. Chou H. B. Shen PLoS One 2010 5 e11335
45. K. C. Chou Z. C. Wu X. Xiao Mol. BioSyst. 2012 8 629 641
46. Z. C. Wu X. Xiao K. C. Chou Mol. BioSyst. 2011 7 3287 3297
47. K. C. Chou H. B. Shen Nat. Sci. 2010 2 1090 1103
48. J. Shao D. Xu S. N. Tsai Y. Wang S. M. Ngai PLoS One 2009 4 e4920
49. L. J. Wee E. P. Er L. F. Ng J. C. Tong BMC Genomics 2011 12 Suppl 3 S11
50. C. Jia T. Liu A. K. Chang Y. Zhai Biochimie 2011 93 778 782
51. J. Song H. Tan H. Shen K. Mahmood S. E. Boyd G. I. Webb T. Akutsu J. C. Whisstock Bioinformatics 2010 26 752 760
52. L. J. Wee D. Simarmata Y. W. Kam L. F. Ng J. C. Tong BMC Genomics 2010 11 Suppl 4 S21
53. Y. Wang Q. Zhang M. A. Sun D. Guo Bioinformatics 2011 27 777 784
54. M. Hayat A. Khan Anal. Biochem. 2012 424 35 44
55. X. Xiao P. Wang K. C. Chou Mol. BioSyst. 2011 7 911 919
56. S. S. Sahu G. Panda Comput. Biol. Chem. 2010 34 320 327
57. H. Mohabatkar Protein Pept. Lett. 2010 17 1207 1214
58. G. L. Fan Q. Z. Li J. Theor. Biol. 2012 304 88 95
59. M. Esmaeili H. Mohabatkar S. Mohsenzadeh J. Theor. Biol. 2010 263 203 209
60. K. C. Chou Proteins: Struct., Funct., Genet. 2001 43 246 255
61. C. Chen Z. B. Shen X. Y. Zou Protein Pept. Lett. 2012 19 422 429
62. C. Chang and C. Lin, LIBSVM: a library for support vector machines. Software available at http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm
63. D. Tabas-Madrid R. Nogales-Cadenas A. Pascual-Montano Nucleic Acids Res. 2012 40 W478 W483
64. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B 1995 57 289 300
65. D. Schwartz S. P. Gygi Nat. Biotechnol. 2005 23 1391 1398
66. M. Kanehisa M. Araki S. Goto M. Hattori M. Hirakawa M. Itoh T. Katayama S. Kawashima S. Okuda T. Tokimatsu Y. Yamanishi Nucleic Acids Res. 2008 36 D480 D484
67. X. Liu L. Wang K. Zhao P. R. Thompson Y. Hwang R. Marmorstein P. A. Cole Nature 2008 451 846 850
68. A. N. Poux R. Marmorstein Biochemistry 2003 42 14366 14374
69. Z. Nagy L. Tora Oncogene 2007 26 5341 5357
70. H. M. Chan N. B. La Thangue J. Cell. Sci. 2001 114 2363 2373
71. M. L. Azoitei B. E. Correia Y. E. Ban C. Carrico O. Kalyuzhniy L. Chen A. Schroeter P. S. Huang J. S. McLellan P. D. Kwong D. Baker R. K. Strong W. R. Schief Science 2011 334 373 376
72. L. Wang E. A. Althoff J. Bolduc L. Jiang J. Moody J. K. Lassila L. Giger D. Hilvert B. Stoddard D. Baker J. Mol. Biol. 2012 415 615 625
73. J. C. Culhane L. M. Szewczuk X. Liu G. Da R. Marmorstein P. A. Cole J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4536 4537
74. A. J. Adamczyk J. Cao S. C. Kamerlin A. Warshel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 14115 14120
75. P. Cheung K. G. Tanner W. L. Cheung P. Sassone-Corsi J. M. Denu C. D. Allis Mol. Cell 2000 5 905 915
76. R. Linding L. J. Jensen G. J. Ostheimer M. A. van Vugt C. Jorgensen I. M. Miron F. Diella K. Colwill L. Taylor K. Elder P. Metalnikov V. Nguyen A. Pasculescu J. Jin J. G. Park L. D. Samson J. R. Woodgett R. B. Russell P. Bork M. B. Yaffe T. Pawson Cell 2007 129 1415 1426