Mixed 14/16 helices in the gas phase: Conformation-specific spectroscopy of Z-(Gly)n,n = 1,3,5

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 41, 2012, Pages 17186-17201

  Dean, Jacob C ^a   Buchanan, Evan G ^a   Zwier, Timothy S ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL ENERGIES; CRYSTALLINE FORM; DOUBLE RESONANCE; EXPERIMENTAL SPECTRA; GASPHASE; GLYCINE RESIDUES; H-BONDED RINGS; H-BONDS; INFRARED SPECTRUM; ION-DIP INFRARED SPECTROSCOPY; N-TERMINALS; NEAREST-NEIGHBORS; POLYGLYCINE; STRAND CONFORMATION; SUPERSONIC EXPANSIONS; TWO PHOTON IONIZATION;

AMINO ACIDS; CHROMOPHORES; INFRARED SPECTROSCOPY; MOLECULES;

CONFORMATIONS;

GLYCINE;

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHROMATOPHORE; CONFORMATION; HYDROGEN BOND; IONIZATION; RESONANT ION DIP INFRARED SPECTROSCOPY; RESONANT TWO PHOTON IONIZATION SPECTROSCOPY; SPECTROSCOPY;

GASES; GLYCINE; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; PEPTIDES; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 84867488930     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja306652c     Document Type: Article

References (74)

1. Lovell, S. C.; Davis, I. W.; Adrendall, W. B.; de Bakker, P. I. W.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins 2003, 50, 437-450
2. Ho, B. K.; Brasseur, R. BMC Struct. Biol. 2005, 5
3. Read, R. J.; Adams, P. D.; Arendall, W. B.; Brunger, A. T.; Emsley, P.; Joosten, R. P.; Kleywegt, G. J.; Krissinel, E. B.; Lutteke, T.; Otwinowski, Z.; Perrakis, A.; Richardson, J. S.; Sheffler, W. H.; Smith, J. L.; Tickle, I. J.; Vriend, G.; Zwart, P. H. Structure 2011, 19, 1395-1412
4. Bamford, C. H.; Brown, L.; Cant, E. M.; Elliott, A.; Hanby, W. E.; Malcolm, B. R. Nature 1955, 176, 396-397
5. Bykov, S.; Asher, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6636-6641
6. Bykov, S. V.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 269-271
7. Ohnishi, S.; Kamikubo, H.; Onitsuka, M.; Kataoka, M.; Shortle, D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16338-16344
8. Lorusso, M.; Pepe, A.; Ibris, N.; Bochicchio, B. Soft Matter 2011, 7, 6327-6336
9. Lesarri, A.; Cocinero, E. J.; Lopez, J. C.; Alonso, J. L. ChemPhysChem 2005, 6, 1559-1566
10. Kamrath, M. Z.; Garand, E.; Jordan, P. A.; Leavitt, C. M.; Wolk, A. B.; Van Stipdonk, M. J.; Miller, S. J.; Johnson, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6440-6448
11. Leavitt, C. M.; Wolk, A. B.; Kamrath, M. Z.; Garand, E.; Van Stipdonk, M. J.; Johnson, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1941-1952
12. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591-1597
13. Wu, R. H.; McMahon, T. B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8767-8775
14. Wieczorek, R.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14065-14071
15. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 1594-1597
16. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. Biopolymers 2005, 80, 675-687
17. Chaudhuri, P.; Canuto, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2008, 849, 25-32
18. Ferrari, A. M.; Civalleri, B.; Dovesi, R. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1777-1784
19. Atwood, R. E.; Urban, J. J. J. Phys. Chem. A 2012, 116, 1396-1408
20. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. Helv. Chim. Acta 2003, 86, 2573-2588
21. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. Biopolymers 2006, 84, 408-413
22. Baldauf, C.; Gunther, R.; Hofmann, H. J. J. Org. Chem. 2006, 71, 1200-1208
23. Kulp, J. L.; Clark, T. D. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 11867-11877
24. Itoh, S. G.; Okumura, H. J. Phys. Soc. Jpn. 2011, 80, 094801
25. Chin, W.; Compagnon, I.; Dognon, J. P.; Canuel, C.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1388-1389
26. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033-1048
27. Compagnon, I.; Oomens, J.; Bakker, J.; Meijer, G.; von Helden, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 13-15
28. Compagnon, I.; Oomens, J.; Meijer, G.; von Helden, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3592-3597
29. Gerhards, M.; Unterberg, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1760-1765
30. Brenner, V.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 7347-7354
31. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dognon, J. P.; Dimicoli, L.; Tardivel, B.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11900-11901
32. Fricke, H.; Gerlach, A.; Gerhards, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1660-1662
33. Gerhards, M.; Unterberg, C.; Gerlach, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5563-5565
34. Plowright, R. J.; Gloaguen, E.; Mons, M. ChemPhysChem 2011, 12, 1889-1899
35. Baquero, E. E.; James, W. H.; Choi, S. H.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4784-4794
36. Baquero, E. E.; James, W. H.; Choi, S. H.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4795-4807
37. James, W. H.; Baquero, E. E.; Choi, S. H.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 1581-1591
38. James, W. H.; Baquero, E. E.; Shubert, V. A.; Choi, S. H.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6574-6590
39. Buchanan, E. G.; James, W. H.; Gutberlet, A.; Dean, J. C.; Guo, L.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. Faraday Discuss. 2011, 150, 209-226
40. James, W. H.; Buchanan, E. G.; Guo, L.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11960-11970
41. James, W. H.; Buchanan, E. G.; Muller, C. W.; Dean, J. C.; Kosenkov, D.; Slipchenko, L. V.; Guo, L.; Reidenbach, A. G.; Gellman, S. H.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 13783-13798
42. Abo-Riziq, A.; Bushnell, J. E.; Crews, B.; Callahan, M.; Grace, L.; De Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2006, 431, 227-230
43. de Vries, M. S.; Hobza, P. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 585-612
44. Lubman, L. L. a. D. M. Appl. Spectrosc. 1988, 42, 411-417
45. Meijer, G.; de Vries, M. S.; Hunziker, H. E.; Wendt, H. R. Appl. Phys. B 1990, 51, 395-403
46. Page, R. H.; Shen, Y. R.; Lee, Y. T. J. Chem. Phys. 1988, 88, 4621-4636
47. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8827-8839
48. Weiner, P. K.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1981, 2, 287-303
49. Mohamadi, F.; Richards, N. G. J.; Guida, W. C.; Liskamp, R.; Lipton, M.; Caufield, C.; Chang, G.; Hendrickson, T.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1990, 11, 440-467
50. Frisch, M. J.; Gaussian 09, revision B.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
51. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 289-300
52. Dean, J. C.; Buchanan, E. G.; James, W. H.; Gutberlet, A.; Biswas, B.; Ramachandran, P. V.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 8464-8478
53. Stearns, J. A.; Guidi, M.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154322
54. Buchanan, E. G.; James, W. H., III; Choi, S. H.; Guo, L.; Gellman, S. H.; Müller, C. W.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2012, 137, 094301
55. Torii, H. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 112-116
56. Rizzo, T. R.; Stearns, J. A.; Boyarkin, O. V. Int. Rev. Phys. Chem. 2009, 28, 481-515
57. Stearns, J. A.; Seaiby, C.; Boyarkin, O. V.; Rizzo, T. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 125-132
58. Southern, C. A.; Levy, D. H.; Stearns, J. A.; Florio, G. M.; Longarte, A.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4599-4609
59. Gloaguen, E.; de Courcy, B.; Piquemal, J. P.; Pilme, J.; Parisel, O.; Pollet, R.; Biswal, H. S.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Broquier, M.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11860-11863
60. Shubert, V. A.; Baquero, E. E.; Clarkson, J. R.; James, W. H.; Turk, J. A.; Hare, A. A.; Worrel, K.; Lipton, M. A.; Schofield, D. P.; Jordan, K. D.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2007, 127, 234315
61. Becker, O. M.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1495-1517
62. Wales, D. J. Energy Landscapes; Cambridge University Press: Cambridge, 2003.
63. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181-364
64. Sharma, G. V. M; Reddy, K. R.; Krishna, P. R.; Sankar, A. R.; Narsimulu, K.; Kumar, S. K.; Jayaprakash, P.; Jagannadh, B.; Kunwar, A. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13670-13671
65. Vasudev, P. G.; Chatterjee, S.; Shamala, N.; Balaram, P. Chem. Rev. 2011, 111, 657-687
66. Oakley, M. T.; Wales, D. J.; Johnston, R. L. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11525-11529
67. Ham, S.; Cha, S.; Choi, J. H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1451-1461
68. Torii, H.; Tasumi, M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3379-3387
69. Falvo, C.; Zhuang, W.; Kim, Y. S.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 3322-3330
70. Gorbunov, R. D.; Kosov, D. S.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224904
71. Jansen, T. L.; Dijkstra, A. G.; Watson, T. M.; Hirst, J. D.; Knoester, J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 044312
72. Maekawa, H.; Ge, N. H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1434-1446
73. Watson, T. M.; Hirst, J. D. Mol. Phys. 2005, 103, 1531-1546
74. Nagornova, N. S.; Rizzo, T. R.; Boyarkin, O. V. Science 2012, 336, 320-323