Excitation energies of retinal chromophores: Critical role of the structural model

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 31, 2012, Pages 11015-11020

  Valsson, Omar ^a   Angeli, Celestino ^b   Filippi, Claudia ^a  

^a UNIVERSITY OF TWENTE   (Netherlands)

^b UNIVERSITY OF FERRARA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RETINAL; SCHIFF BASE;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; GAS; MONTE CARLO METHOD;

GASES; MODELS, CHEMICAL; MONTE CARLO METHOD; RETINALDEHYDE; SCHIFF BASES;

EID: 84864251273     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp41387f     Document Type: Article

References (73)

1. T. Ebrey Y. Koutalos Prog. Retinal Eye Res. 2001 20 49 94
2. H. Houjou Y. Inoue M. Sakurai J. Am. Chem. Soc. 1998 120 4459 4470
3. G. G. Kochendoerfer S. W. Lin T. P. Sakmar R. A. Mathies Trends Biochem. Sci. 1999 24 300 305
4. J. Nathans Neuron 1999 24 299 312
5. S. Yokoyama Prog. Retinal Eye Res. 2000 19 385 419
6. S. T. Menon M. Han T. P. Sakmar Physiol. Rev. 2001 81 1659 1688
7. R. Stenkamp S. Filipek C. Driessen D. Teller K. Palczewski Biochim. Biophys. Acta 2002 1565 168 182
8. R. E. Stenkamp D. C. Teller K. Palczewski Arch. Pharm. Pharm. Med. Chem. 2005 338 209 216
9. G. Zgrablić K. Voïtchovsky M. Kindermann S. Haacke M. Chergui Biophys. J. 2005 88 2779 2788
10. K. Palczewski Annu. Rev. Biochem. 2006 75 743 767
11. B. Nickle P. R. Robinson Cell Mol. Life Sci. 2007 64 2917 2932
12. J. K. Bowmaker Vision Res. 2008 48 2022 2041
13. M. B. Nielsen Chem. Soc. Rev. 2009 38 913 924
14. G. Zgrablić S. Haacke M. Chergui J. Phys. Chem. B 2009 113 4384 4393
15. K. Tsutsui Y. Shichida Photochem. Photobiol. Sci. 2010 9 1426 1434
16. S. O. Smith Annu. Rev. Biophys. 2010 39 309 328
17. L. H. Andersen I. B. Nielsen M. B. Kristensen M. O. A. El Ghazaly S. Haacke M. B. Nielsen M. Å. Petersen J. Am. Chem. Soc. 2005 127 12347 12350
18. I. B. Nielsen L. Lammich L. H. Andersen Phys. Rev. Lett. 2006 96 018304
19. J. Rajput D. Rahbek L. Andersen A. Hirshfeld M. Sheves P. Altoè G. Orlandi M. Garavelli Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 1790 1793
20. A. Cembran R. Gonzalez-Luque P. Altoe M. Merchan F. Bernardi M. Olivucci M. Garavelli J. Phys. Chem. A 2005 109 6597 6605
21. S. Sekharan O. Weingart V. Buss Biophys. J. 2006 91 L07 L09
22. K. Bravaya A. Bochenkova A. Granovsky A. Nemukhin J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13035 13042
23. R. Send D. Sundholm Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 2862 2867
24. R. Send D. Sundholm J. Phys. Chem. A 2007 111 27 33
25. R. Send D. Sundholm J. Phys. Chem. A 2007 111 8766 8773
26. A. Altun S. Yokoyama K. Morokuma J. Phys. Chem. B 2008 112 16883 16890
27. R. R. Zaari S. Y. Wong Chem. Phys. Lett. 2009 469 224 228
28. R. Send V. R. I. Kaila D. Sundholm J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2473 2484
29. U. F. Röhrig L. Guidoni U. Rothlisberger ChemPhysChem 2005 6 1836 1847
30. M. Wanko M. Hoffmann P. Strodel A. Koslowski W. Thiel F. Neese T. Frauenheim M. Elstner J. Phys. Chem. B 2005 109 3606 3615
31. P. B. Coto A. Strambi N. Ferré M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17154 17159
32. M. Hoffmann M. Wanko P. Strodel P. H. König T. Frauenheim K. Schulten W. Thiel E. Tajkhorshid M. Elstner J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10808 10818
33. K. Fujimoto J.-Y. Hasegawa H. Nakatsuji Chem. Phys. Lett. 2008 462 318 320
34. G. Tomasello G. Olaso-González P. Altoeà M. Stenta L. Serrano-Andreás M. Merchaán G. Orlandi A. Bottoni M. Garavelli J. Am. Chem. Soc. 2009 131 5172 5186
35. H. C. Watanabe Y. Mori T. Tada S. Yokoyama T. Yamato Biophysics 2010 6 67 78
36. R. Rajamani Y.-L. Lin J. Gao J. Comput. Chem. 2011 32 854 865
37. S. Sekharan K. Morokuma J. Am. Chem. Soc. 2011 133 19052 19055
38. J. S. Frähmcke M. Wanko M. Elstner J. Phys. Chem. B 2012 116 3313 3321
39. V. R. I. Kaila R. Send D. Sundholm J. Phys. Chem. B 2012 116 2249 2258
40. D. Roca-Sanjuán F. Aquilante R. Lindh WIREs Comput. Mol. Sci. 2012 2 585 603
41. M. Garavelli P. Celani F. Bernardi M. A. Robb M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 1997 119 6891 6901
42. R. González-Luque M. Garavelli F. Bernardi M. Merchán M. A. Robb M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 9379 9384
43. T. Andruniów N. Ferré M. Olivucci Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17908 17913
44. A. Cembran R. González-Luque L. Serrano-Andrés M. Merchán M. Garavelli Theor. Chem. Acc. 2007 118 173 183
45. I. Schapiro M. N. Ryazantsev L. M. Frutos N. Ferré R. Lindh M. Olivucci J. Am. Chem. Soc. 2011 133 3354 3364
46. K. Andersson P.-A. Malmqvist B. O. Roos A. J. Sadlej K. Wolinski J. Phys. Chem. 1990 94 5483 5488
47. G. Ghigo B. O. Roos P.-Å. Malmqvist Chem. Phys. Lett. 2004 396 142 149
48. O. Valsson C. Filippi J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1275 1292
49. O. Valsson C. Filippi J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 908 912
50. K. Chingin R. M. Balabin V. Frankevich K. Barylyuk R. Nieckarz P. Sagulenko R. Zenobi Int. J. Mass Spectrom. 2011 306 241 245
51. M. W. Forbes A. M. Nagy R. A. Jockusch Int. J. Mass Spectrom. 2011 308 155 166
52. C. Angeli R. Cimiraglia S. Evangelisti T. Leininger J.-P. Malrieu J. Chem. Phys. 2001 114 10252 10264
53. C. Angeli R. Cimiraglia J.-P. Malrieu Chem. Phys. Lett. 2001 350 297 305
54. C. Angeli R. Cimiraglia J.-P. Malrieu J. Chem. Phys. 2002 117 9138 9153
55. C. Angeli M. Pastore R. Cimiraglia Theor. Chem. Acc. 2007 117 743 754
56. P. Widmark P. Malmqvist B. O. Roos Theor. Chem. Acc. 1990 77 291 306
57. F. Aquilante L. De Vico N. Ferré G. Ghigo P.-A. Malmqvist P. Neogrády T. B. Pedersen M. Pitoňák M. Reiher B. O. Roos L. Serrano-Andrés M. Urban V. Veryazov R. Lindh J. Comput. Chem. 2010 31 224 247
58. F. Neese, ORCA - an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.8., Max-Planck-Insitut für Bioanorganische Chemie, Mülheim an der Ruhr, 2011
59. F. Neese WIREs Comput. Mol. Sci. 2012 2 73 78
60. F. Neese D. G. Liakos S. Ye JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2011 16 821 829
61. F. Neese F. Wennmohs A. Hansen U. Becker Chem. Phys. 2009 356 98 109
62. K. Eichkorn O. Treutler H. Öhm M. Häser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 283 289
63. T. H. Dunning Jr J. Chem. Phys. 1989 90 1007 1023
64. F. Weigend A. Köhn C. Hättig J. Chem. Phys. 2002 116 3175
65. R. Send O. Valsson C. Filippi J. Chem. Theory Comput. 2011 7 444 455
66. K. G. Dyall J. Chem. Phys. 1995 102 4909 4918
67. C. Angeli R. Cimiraglia J.-P. Malrieu Chem. Phys. Lett. 2000 317 472 480
68. N. Forsberg P.-Å. Malmqvist Chem. Phys. Lett. 1997 274 196 204
69. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101
70. Y. Zhao D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2008 120 215 241
71. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2006 110 13126 13130
72. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09 Revision A.02, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2009
73. C. Angeli M. Pastore J. Chem. Phys. 2011 134 184302