Stairway to the conical intersection: A computational study of the retinal isomerization

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 36, 2007, Pages 8766-8773

  Send, Robert ^a   Sundholm, Dage ^b  

^a UNIVERSITY OF KARLSRUHE   (Germany)

^b UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALKALINITY; COMPUTATIONAL COMPLEXITY; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ISOMERIZATION; POTENTIAL ENERGY SURFACES; PROTONATION;

ISOMERIZATION CENTER; PROTONATED SCHIFF BASE; RETINAL ISOMERIZATION; TIME-DEPENDENT PERTURBATION THEORY APPROACH (TDDFT);

MOLECULAR INTERACTIONS;

EID: 34848898125     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp073908l     Document Type: Article

References (52)

1. Kandori, H.; Furutani, Y.; Nishimura, S.; Shichida, Y.; Chosrowjan, H.; Shibata, Y.; Mataga, N. Chem. Phys. Lett. 2001, 334, 271-276.
2. Kandori, H.; Shichida, Y.; Yoshizawa, T. Biochemistry (Moscow) 2001, 66, 1197-1209.
3. Kukura, P.; McCamant, D. W.; Yoon, S.; Wandschneider, D. B.; Mathies, R. A. Science 2005, 570, 1006-1009.
4. McCamant, D. W.; Kukura, P.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10449-10457.
5. Kukura, P.; Yoon, S.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2006, 78, 5952-5959.
6. Atkinson, G. H.; Ujj, L.; Zhou, Y. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 4130-4139.
7. Terentis, A. C.; Ujj, L.; Abramczyk, H.; Atkinson, G. H. Chem. Phys. 2005, 313, 51-62.
8. Akiyama, R.; Kakitani, T.; Imamoto, Y.; Shichida, Y.; Hatano, Y. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7147-7153.
9. Akiyama, R.; Yoshimori, A.; Kakitani, T.; Imamoto, Y.; Shichida, Y.; Hatano, Y. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 412-417.
10. Kakitani, T.; Akiyama, R.; Hatano, Y.; Imamoto, Y.; Shichida, Y.; Verdegem, P.; Lugtenburg, J. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 1334-1339.
11. Abramczyk, H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11120-11132.
12. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 11, 27-33.
13. Send, R.; Sundholm, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2862-2867.
14. Cembran, A.; González-Luque, R.; Altoè, P.; Merchán, M.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Garavelli, M. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6597-6605.
15. Aquino, A. J. A.; Barbatti, M.; Lischka, H. Chem. Phys. Chem. 2006, 7, 2089-2096.
16. Warshel, A. Science 1976, 260, 679-683.
17. Liu, R. S. H.; Asato, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 259-263.
18. Liu, R. S. H.; Hammond, G. S. Chem. Eur. J. 2001, 7, 4536-4544.
19. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
20. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
21. Bauemschmitt, R.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 454-464.
22. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7433-7447.
23. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12772-12773.
24. Schäfer, A.; Huber, C.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5829-5835.
25. Weigend, F.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143-152.
26. Weigend, F.; Häser, M. Theoret. Chem. Acc. 1997, 97, 331-340.
27. Weigend, F.; Kòhn, A.; Hättig, C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3175-3183.
28. Weigend, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1057-1065.
29. Christiansen, O.; Koch, H.; Jørgensen, P. Chem. Phys. Lett. 1995, 245, 409-418.
30. Hättig, C.; Weigend, F. J. Chem. Phys. 2000, 115, 5154-5161.
31. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169. For the current version, see: http://www.tur-bomole.de.
32. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. Chem. Rev. 2005, 105, 4009-4037.
33. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A. N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J. Mol. Biol. 2004, 342, 571-583.
34. Gascón, J. A.; Batista, V. S. Biophys. J. 2004, 87, 2931-2941.
35. Gascón, J. A.; Sproviero, E. M.; Batista, V. S. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 184-193.
36. Schenkl, S.; van Mourik, F.; Friedman, N.; Sheves, M.; Schlesinger, R.; Haacke, S.; Chergui, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4101-4106.
37. Hasson, K. C.; Gai, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15124-15129.
38. Du, M.; Fleming, G. R. Biophys. Chem. 1993, 48, 101-111.
39. Haran, G.; Wynne, K.; Xie, A. H.; He, Q.; Chance, M.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 389-395.
40. Gai, F.; Hasson, K. C.; Cooper McDonald, J.; Anfinrud, P. A. Science 1998, 279, 1886-1891.
41. (41 ) Nakamichi, H.; Okada, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4270-4273.
42. Nielsen, I. B.; Lammich, L.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 018304.
43. Lehtonen, O.; Sundholm, D. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144314.
44. Wanko, M.; Garavelli, M.; Bernardi, F.; Miehaus, T. A.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1674-1692.
45. Andersson, K.; Malmqvist, P. Å.; Roos, B. O. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1218-1226.
46. Ferré, N.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6868-6869.
47. Andruniów, T.; Ferré, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17908-17913.
48. Cembran, A.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Garavelli, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005, 102, 6255-6260.
49. Sekharan, S.; Weingart, O.; Buss, V. Biophys. J. 2006, 91, L07-09L.
50. Schreiber, M.; Sugihara, M.; Okada, T.; Buss, V. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 4274-4277.
51. Coto, P. B.; Strambi, A.; Ferre, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006, 103, 17154-17159.
52. Kobayashi, T.; Saito, T.; Ohtani, H. Nature 2001, 414, 531-534.