Benchmarking the approximate second-order coupled-cluster method on biochromophores

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 8, 2011, Pages 2473-2484

  Send, Robert ^a   Kaila, Ville R I ^b,c,d   Sundholm, Dage ^c  

^a KARLSRUHE INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Germany)

^b NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

^c UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^d UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80051615426     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200215d     Document Type: Article

References (71)

1. Hellweg, A.; Grün, S. A.; Hättig, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 4119
2. Lehtonen, O.; Sundholm, D.; Vänskä, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 4535
3. Send, R.; Sundholm, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2862
4. Lehtonen, O.; Sundholm, D. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144314
5. Lehtonen, O.; Sundholm, D.; Send, R.; Johansson, M. P. J. Chem. Phys. 2009, 131, 024301
6. Kállay, M.; Gauss, J. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6841
7. Furche, F.;; Rappoport, D. In Computational Photochemistry, Computational and Theoretical Chemistry; Olivucci, M., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 2005; Ch. III, Vol. 16, pp 93-128.
8. Rappoport, D.;; Furche, F. In Time-Dependent Density Functional Theory; Marques, M. A. L.; Ullrich, C. A.; Nogueira, F.; Rubio, A.; Burke, K.; Gross, E. K. U., Eds.; Springer-Verlag: New York, 2006; no. 706 in Lecture Notes in Physics, pp 337-354.
9. Castro, A.; Marques, M. A. L.; Varsano, D.; Sottile, F.; Rubio, A. C. R. Phys. 2009, 10, 469
10. Silva-Junior, M. R.; Schreiber, M.; Sauer, S. P. A.; Thiel, W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 104103
11. Caricato, M.; Trucks, G. W.; Frisch, M. J.; Wiberg, K. B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 370
12. Fabian, J. Dyes Pigm. 2010, 84, 36
13. Send, R.; Valsson, O.; Filippi, C. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 444
14. Send, R.; Kaila, V. R. I.; Sundholm, D. J. Chem. Phys. 2011, 134, 214114
15. Kaila, V. R. I.; Send, R.;; Sundholm, D., submitted.
16. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 27
17. Send, R.; Sundholm, D. J. Mol. Model. 2008, 14, 717
18. Valsson, O.; Filippi, C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1275
19. Filippi, C.; Zaccheddu, M.; Buda, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2074
20. Nielsen, I. B.; Boyé-Péronne, S.; El Ghazaly, M. O. A.; Kristensen, M. B.; Nielsen, S. B.; Andersen, L. H. Biophys. J. 2005, 89, 2597
21. de Groot, M.; Buma, W. J.; Gromov, E. V.; Burghardt, I.; Köppel, H.; Cederbaum, L. S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204303
22. Nielsen, I. B.; Lammich, L.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 018304
23. Jankowiak, H. C.; Stuber, J. L.; Berger, R. J. Chem. Phys. 2007, 127, 234101
24. Lammich, L.; Petersen, M. A.; Nielsen, M. B.; Andersen, L. H. Biophys. J. 2007, 92, 201
25. Rocha-Rinza, T.; Christiansen, O.; Rajput, J.; Gopalan, A.; Rahbek, D. B.; Andersen, L. H.; Bochenkova, A. V.; Granovsky, A. A.; Bravaya, K. B.; Nemukhin, A. V.; Christiansen, K. L.; Nielsen, M. B. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 9442
26. Rajput, J.; Rahbek, D.; Andersen, L.; Hirshfeld, A.; Sheves, M.; Altoé, P.; Orlandi, G.; Garavelli, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 1790
27. Ma, Y.; Rohlfing, M.; Molteni, C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 257
28. Onida, G.; Reining, L.; Rubio, A. Rev. Mod. Phys. 2002, 74, 601
29. Jacquemin, D.; Wathelet, V.; Perpète, E. A.; Adamo, C. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2420
30. Epifanovsky, E.; Polyakov, I.; Grigorenko, B.; Nemukhin, A.; Krylov, A. I. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1895
31. Grimme, S.; Izgorodina, E. I. Chem. Phys. 2004, 305, 223
32. Rappoport, D.; Furche, F. J. Chem. Phys. 2005, 122, 064105
33. Schäfer, A.; Horn, H.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2571
34. Weigend, F.; Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12753
35. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
36. Rappoport, D.; Furche, F. J. Chem. Phys. 2010, 133, 134105
37. Weigend, F.; Häser, M. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 331
38. Weigend, F.; Häser, M.; Patzelt, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1998, 294, 143
39. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297
40. Christiansen, O.; Koch, H.; Jorgensen, P. Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 409
41. Hättig, C.; Weigend, F. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5154
42. Köhn, A.; Hättig, C. J. Chem. Phys. 2003, 119, 5021
43. Hättig, C. Adv. Quantum Chem. 2005, 50, 37
44. Bauernschmitt, R.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 454
45. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2002, 117, 7433
46. Furche, F.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12772
47. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
48. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
49. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.;; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165. Current version, see: http://www.turbomole. com.
50. Hellingwerf, K. J.; Hendriks, J.; Gensch, T. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 1082
51. Borgstahl, G. E. O.; Williams, D. R.; Getzoff, E. D. Biochemistry 1995, 34, 6278
52. Tsien, R. Y. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509
53. Wald, G. Nature 1968, 219, 800
54. Wald, G. Science 1968, 162, 230
55. Casida, M. E.; Jamorski, C.; Casida, K. C.; Salahub, D. R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 4439
56. Zuev, D.; Bravaya, K. B.; Crawford, T. D.; Lindh, R.; Krylov, A. I. J. Chem. Phys. 2011, 134, 034310
57. Creemers, T. M. H.; Lock, A. J.; Subramaniam, V.; Jovin, T. M.; Völker, S. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 557
58. Dong, J.; Solntsev, K. M.; Tolbert, L. M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12038
59. Ghigo, G.; Roos, B. O.; Malmqvist, P. Å. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 142
60. Coto, P. B.; Roca-Sanjuán, D.; Serrano-Andrés, L.; Martín-Pendás, A.; Martí, S.; Andrés, J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3032
61. Cembran, A.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Garavelli, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6255
62. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8766
63. Sekharan, S.; Weingart, O.; Buss, V. Biophys. J. 2006, 91, L07
64. Köppel, H.; Domcke, W.; Cederbaun, L. S. Adv. Chem. Phys. 1984, 57, 59
65. Stanton, J. F. J. Chem. Phys. 2007, 126, 134309
66. Genick, U. K.; Soltis, S. M.; Kuhn, P.; Canestrelli, I. L.; Getzoff, E. D. Nature 1998, 392, 206
67. Send, R.; Sundholm, D.; Johansson, M. P.; Pawłowski, F. J. Chem. Theory Comput 2009, 5, 2401
68. Smolarek, S.; Vdovin, A.; Perrier, D. L.; Smit, J. P.; Drabbels, M.; Buma, W. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6315
69. de Groot, M.; Gromov, E. V.; Köppel, H.; Buma, W. J. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4427
70. Nielsen, S. B.; Lapierre, A.; Andersen, J. U.; Pedersen, U. V.; Tomita, S.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 228102
71. Forbes, M. W.; Jockusch, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17038