Influence of spacer-receptor interactions on the stability of bivalent ligand-receptor complexes

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 8, 2012, Pages 2595-2604

  Numata, Jorge ^a   Juneja, Alok ^a,b   Diestler, Dennis J ^a,c   Knapp, Ernst Walter ^a  

^a FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^b KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^c UNIVERSITY OF NEBRASKA LINCOLN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EXPERIMENTS; LIGANDS; POLYETHYLENE GLYCOLS; SURFACES;

BIVALENT LIGANDS; COMPUTATIONAL STUDIES; ENHANCEMENT EFFECTS; KEY PARAMETERS; LIGAND-RECEPTOR COMPLEX; MOLECULAR MODELS; MONOMERIC LIGANDS; ORDERS OF MAGNITUDE; PROTEIN SURFACE; RELATIVE STABILITIES; SPACER MATERIALS;

COMPLEXATION;

EID: 84857763275     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211383s     Document Type: Article

References (57)

1. Huskens, J. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 537-543
2. Mammen, M.; Choi, S.-K.; Whitesides, G. M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 2754-2794
3. Kiessling, L. L.; Gestwicki, J. E.; Strong, L. E. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2348-2368
4. Collins, B. E.; Paulson, J. C. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 617-625
5. Joshi, A.; Vance, D.; Rai, P.; Thiyagarajan, A.; Kane, R. S. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 7738-7747
6. Rolland, O.; Turrin, C.-O.; Caminade, A.-M.; Majoral, J.-P. New J. Chem. 2009, 33, 1809-1824
7. Mulder, A.; Huskens, J.; Reinhoudt, D. N. Org. Biomol. Chem 2004, 2, 3409-3424
8. Badjić, J. D.; Nelson, A.; Cantrill, S. J.; Turnbull, W. B.; Stoddart, J. F. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 723-732
9. Schalley, C. A.; Lützen, A.; Albrecht, M. Chem. Eur. J. 2004, 5, 1072-1080
10. Baldini, L.; Casnati, A.; Sansone, F.; Ungaro, R. Chem. Soc. Rev. 2007, 36, 254-266
11. Martinez-Veracoechea, F. J.; Frenkel, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10963-10968
12. Diestler, D. J.; Knapp, E. W. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 178101
13. Diestler, D. J.; Knapp, E. W. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 5287-5304
14. Kramer, R. H.; Karpen, J. W. Nature 1998, 395, 710-713
15. Blaustein, R. O.; Cole, P. A.; Williams, C.; Miller, C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 309-311
16. Loidl, G.; Groll, M.; Musiol, H.-J.; Huber, R.; Moroder, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5418-5422
17. Kitov, P. I.; Sadowska, J. M.; Mulvey, G.; Armstrong, G. D.; Ling, H.; Pannu, N. S.; Read, R. J.; Bundle, D. R. Nature 1999, 403, 669-672
18. Fan, E.; Zhang, Z.; Minke, W. E.; Hou, Z.; Verlinde, C. L. M. J.; Hol, W. G. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2663-2664
19. Gargano, J. M.; Ngo, T.; Kim, J. Y.; Acheson, D. W. K.; Lees, W. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12909-12910
20. Zhang, Z.; Merritt, E. A.; Ahn, M.; Roach, C.; Hou, Z.; Verlinde, C. L. M. J.; Hol, W. G. J.; Fan, E. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12991-12998
21. Kitov, P. I.; Shimizu, H.; Homans, S. W.; Bundle, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3284-3294
22. Mulder, A.; Auletta, T.; Sartori, A.; Ciotto, S. D.; Casnati, A.; Ungaro, R.; Huskens, J.; Reinhoudt, D. N. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6627-6636
23. Trevitt, C. R.; Craven, C. J.; Milanesi, L.; Syson, K.; Mattinen, M.-L.; Perkins, J.; Annila, A.; Hunter, C. A.; Waltho, J. P. Chem. Biol. 2005, 12, 89-97
24. Farrera, J.-A.; Hidalgo-Fernández, P.; Hannink, J. M.; Huskens, J.; Rowan, A. E.; Sommerdijk, N. A. J. M.; Nolte, R. J. M. Org. Biomol. Chem. 2005, 3, 2393-2395
25. Krishnamurthy, V. M.; Semetey, V.; Bracher, P. J.; Shen, N.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1312-1320
26. Shewmake, T. A.; Solis, F. J.; Gillies, R. J.; Caplan, M. R. Biomacromolecules 2008, 9, 3057-3064
27. Kane, R. S. Langmuir 2010, 26, 8636-8640
28. Huskens, J.; Mulder, A.; Auletta, T.; Nijhuis, C. A.; Ludden, M. J. W.; Reinhoudt, D. N. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6784-6797
29. Zhou, H.-X. Biophys. J. 2006, 91, 3170-3181
30. Wang, S.; Dormidontova, E. E. Biomacromolecules 2010, 11, 1785-1795
31. Sheth, S.; Leckband, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8399-8404
32. Israelachvili, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8378-8379
33. Vivarès, D.; Belloni, L.; Tardieu, A.; Bonneté, F. Eur. Phys. J. E 2002, 9, 15-25
34. Sheth, S.; Efremova, N.; Leckband, D. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7652-7662
35. Leckband, D.; Israelachvili, J. Q. Rev. Biophys. 2001, 34, 105-267
36. Zhou, H.-X.; Rivas, G.; Minton, A. P. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 375-397
37. Dhakshnamoorthy, B.; Raychaudhury, S.; Blachowicz, L.; Roux, B. J. Mol. Biol. 2010, 396, 293-300
38. Hill, A. V. J. Physiol. 1910, 40, iv-vii
39. Lee, B.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1971, 55, 379-400
40. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709-713
41. Shrake, A.; Rupley, J. A. J. Mol. Biol. 1973, 79, 351-364
42. Dacheng, W.; Kang, J. Sci. China, Ser. B 1996, 39, 608-617
43. Chandler, D. Nature 2005, 437, 640-647
44. Ashbaugh, H. S.; Kaler, E. W.; Paulaitis, M. E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9243-9244
45. Wagoner, J. A.; Baker, N. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 8331-8336
46. Hermann, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 4144-4145
47. Sharp, K. A.; Nicholls, A.; Fine, R. F.; Honig, B. Science 1991, 252, 106-109
48. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
49. Yaffe, M. B. FEBS Lett. 2002, 513, 53-57
50. Liu, D.; Bienkowska, J.; Petosa, C.; Collier, R. J.; Fu, H.; Liddington, R. Nature 2002, 376, 191-194
51. Xiao, B.; Smerdon, S. J.; Jones, D. H.; Dodson, G. G.; Soneji, Y.; Aitken, A.; Gamblin, S. J. Nature 2002, 376, 188-191
52. Zhao, J.; Du, Y.; Horton, J. R.; Upadhyay, A. K.; Lou, B.; Bai, Y.; Zhang, X.; Du, L.; Li, M.; Wang, B.; Zhanga, L.; Barbieri, J. T.; Khuri, F. R.; Cheng, X.; Fu, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 16212-16216
53. Yaffe, M. B.; Rittinger, K.; Volinia, S.; Caron, P. R.; Aitken, A.; Leffers, H.; Gamblin, S. J.; Smerdon, S. J.; Cantley, L. C. Cell 1997, 91, 961-971
54. Mack, E. T.; Snyder, P. W.; Perez-Castillejos, R.; Bilgiçer, B.; Moustakas, D. T.; Butte, M. J.; Whitesides, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 333-345
55. LaFratea, A. L.; Carlsona, K. E.; Katzenellenbogen, J. A. Bioorg. Med. Chem. 2009, 17, 3528-3535
56. Abendroth, F.; Bujotzek, A.; Shan, M.; Haag, R.; Weber, M.; Seitz, O. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 8592-8596
57. Shiau, A. K.; Barstad, D.; Loria, P. M.; Cheng, L.; Kushner, P. J.; Agard, D. A.; Greene, G. L. Cell 1998, 95, 927-937