Energies and pressures in viruses: Contribution of nonspecific electrostatic interactions

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 11, 2012, Pages 3746-3765

  Šiber, Antonio ^a,b   Božič, Anže Lošdorfer ^c   Podgornik, Rudolf ^b,c,d  

^a INSTITUTE OF PHYSICS   (Croatia)

^b UNIVERSITY OF LJUBLJANA   (Slovenia)

^c JO EF STEFAN INSTITUTE   (Slovenia)

^d UNIVERSITY OF MASSACHUSETTS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

VIRUS DNA; VIRUS RNA;

ARTICLE; BACTERIOPHAGE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; OSMOTIC PRESSURE; RNA VIRUS; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS; VIRUS CAPSID;

BACTERIOPHAGES; CAPSID; DNA, VIRAL; MODELS, MOLECULAR; OSMOTIC PRESSURE; RNA VIRUSES; RNA, VIRAL; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

EID: 84857573939     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22756d     Document Type: Article

References (241)

1. R. J. Parsons M. Breitbart M. W. Lomas C. A. Carlson ISME J. 2011 10.1038/ismej.2011.101
2. E. C. Holmes, The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, Oxford, 1st edn, 2009
3. D. H. Duckworth P. A. Gulig BioDrugs 2002 16 57 62
4. J. M. Inal Arch. Immunol. Ther. Exp. 2003 51 237 244
5. R. Podgornik, D. Harries, J. DeRouchey, H. H. Strey and V. A. Parsegian, in Gene Therapy: Therapeutic Mechanisms and Strategies, ed., N. Smyth Templeton, Marcel Dekker, New York, 3rd edn, 2008, pp. 443-484
6. T. S. Baker N. H. Olson S. D. Fuller Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999 63 862 922
7. C. Xiao Y. G. Kuznetsov S. Sun S. L. Hafenstein V. A. Kostyuchenko P. R. Chipman M. Suzan-Monti D. Raoult A. McPherson M. G. Rossmann PLoS Biol. 2011 7 0958 0966
8. V. S. Reddy P. Natarajan B. Okerberg K. Li K. V. Damodaran R. T. Morton C. L. Brooks III J. E. Johnson J. Virol. 2001 75 11943 11947
9. E. C. Pollard, The Physics of Viruses, Academic Press, New York, 1st edn, 1953
10. Emerging Topics in Physical Virology, ed., P. G. Stockley, and, R. Twarock, Imperial College Press, London, 1st edn, 2010
11. W. H. Roos R. Bruinsma G. J. L. Wuite Nat. Phys. 2010 6 733 743
12. A. Zlotnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15549 15550
13. J. Cello A. Paul E. Wimmer Science 2002 297 1016 1018
14. A. J. Cann, Principles of Molecular Virology, Elsevier, London, 4th edn, 2005
15. A. Evilevitch and M. Castelnovo, Physics of Viral Infectivity: Matching Genome Length with Capsid Size, in Emerging Topics in Physical Virology, Imperial College Press, London, 1st edn, 2010
16. S. Tzlil M. Deserno W. M. Gelbart A. Ben-Shaul Biophys. J. 2004 86 2037 2048
17. M. Deserno T. Bickel Europhys. Lett. 2003 62 767 773
18. L. Yang H. Liang T. E. Angelini J. Butler R. Coridan J. X. Tang G. C. L. Wong Nat. Mater. 2004 3 615 619
19. A. Arkhipov P. L. Freddolino K. Schulten Structure 2006 14 1767 1777
20. R. Zandi P. van der Schoot D. Reguera W. Kegel H. Reiss Biophys. J. 2006 90 1939 1948
21. N. F. Steinmetz Nanomedicine: Nanotechnol. Biol. Med. 2010 6 634 641
22. N. F. Steinmetz V. Hong E. D. Spoerke P. Lu K. Breitenkamp M. G. Finn M. Manchester J. Am. Chem. Soc 2009 131 17093 17095
23. B. Millman T. Irving B. Nickel M. Loosley-Millman Biophys. J. 1984 45 551 556
24. J. Bernal I. Fankuchen J. Gen. Physiol. 1941 25 111 165
25. G. Oster J. Gen. Physiol. 1950 33 445 473
26. E. J. W. Verwey and J. T. G. Overbeek, Theory of the stability of lyophobic colloids, Elsevier, Amsterdam, 1st edn, 1948
27. V. Parsegian, PhD thesis, Harvard, 1965
28. R. Konecny J. Trylska F. Tama D. Zhang N. A. Baker I. Charles L. Brooks J. A. McCammon Biopolymers 2006 82 106 120
29. P. A. Shields S. R. Farrah Appl. Environ. Microbiol. 1983 45 526 531
30. X. Qiu D. Rau V. Parsegian L. Fang C. Knobler W. Gelbart Phys. Rev. Lett. 2011 106 028102
31. T. Jiang Z.-G. Wang J. Wu Biophys. J. 2009 96 3065 3073
32. D. F. Evans and H. Wennerstrm, The colloidal domain: where physics, chemistry, biology, and technology meet (Advances in Interfacial Engineering), Wiley-VCH, New York, 1st edn, 1999
33. D. Marenduzzo C. Micheletti J. Mol. Biol. 2003 330 485 492
34. I. Ali D. Marenduzzo J. M. Yeomans Phys. Rev. Lett. 2006 96 208102
35. D. Marenduzzo E. Orlandini A. Stasiak D. W. Sumners L. Tubiana C. Micheletti Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 22269 22274
36. W. M. Gelbart C. M. Knobler Phys. Today 2008 61 42 54
37. A. Šiber, 2007, arXiv:0711.3527
38. A. V. Dobrynin M. Rubinstein Prog. Polym. Sci. 2005 30 1049 1118
39. R. R. Netz D. Andelman Phys. Rep. 2003 380 1 95
40. A. Naji, M. Kandu, R. R. Netz and R. Podgornik, Understanding Soft Condensed Matter via Modeling and Computation, ed., W.-B. Hu, and, A.-C. Shi, Series in Soft Condensed Matter Edited by David Andelman and Günter Reiter, World Scientific, Singapore, 2010
41. H. Boroudjerdi Y. W. Kim A. Naji R. R. Netza X. Schlagberger A. Serr Phys. Rep. 2005 416 129 199
42. D. Andelman, Handbook of Biological Physics: Structure and Dynamics of Membranes, ed., R. Lipowsky, and, E. Sackmann, Elsevier Science B.V., Amsterdam, 1995, vol. 1B
43. C. Holm, P. Kekicheff and E. Rudolf Podgornik, Electrostatic Effects in Soft Matter and Biophysics, Kluwer, Dordrecht, 1st edn, 2001
44. W. C. Poon and D. Andelman, Soft Condensed Matter Physics in Molecular and Cell Biology, Taylor & Francis, New York, 1st edn, 2006
45. R. Messina J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 113102
46. D. Ben-Yaakov D. Andelman R. Podgornik J. Chem. Phys. 2011 134 0747051
47. D. Ben-Yaakov D. Andelman R. Podgornik D. Harries Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2011 16 542 550
48. F. M. Hughson Curr. Biol. 1997 7 R565 R569
49. F. H. Crick J. D. Watson Nature 1956 177 473 475
50. R. Zandi D. Reguera R. F. Bruinsma W. M. Gelbart J. Rudnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15556 15560
51. P. Ceres A. Zlotnick Biochemistry 2002 41 11525 11531
52. J. Lidmar L. Mirny D. R. Nelson Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 68 051910
53. A. Šiber Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 061915
54. A. Luque R. Zandi D. Reguera Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 5323 5328
55. A. Fokine P. Chipman P. Leiman V. Mesyanzhinov V. Rao M. Rossmann Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6003 6008
56. A. Levandovsky R. Zandi Phys. Rev. Lett. 2009 102 198102
57. J. Benjamin B. K. Ganser-Pornillos W. F. Tivol W. I. Sundquist G. J. Jensen J. Mol. Biol. 2005 346 577 588
58. V. L. Lorman S. B. Rochal Phys. Rev. Lett. 2007 98 185502
59. V. L. Lorman S. B. Rochal Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2008 77 224109
60. H. Nguyen V. Reddy C. Brooks 3rd J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2606 2614
61. C.-K. Limn P. Roy J. Virol. 2003 77 11114 11124
62. A. L. Shaw S. K. Samal K. Subramanian B. V. Prasad Structure 1996 4 957 967
63. R. Mannige C. Brooks 3rd PLoS One 2010 3 e9423
64. A. L. Boi, A. Šiber and R. Podgornik, in preparation, 2011
65. C. J. Marzec L. A. Day Biophys. J 1993 65 2559 2577
66. V. A. Belyi M. Muthukumar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 17174 17178
67. M. Carrillo-Tripp C. Shepherd I. Borelli S. Venkataraman G. Lander P. Natarajan J. Johnson C. Brooks 3rd V. Reddy Nucleic Acids Res. 2009 37 D436 D442
68. J. Blinn ACM Trans. Graphics 1982 1 235 256
69. W. K. Kegel P. van der Schoot Biophys. J. 2004 86 3905 3913
70. W.-Y. Ching, Personal communication
71. F. Pichierri, 2011, arXiv:1107.5853v1
72. T. Dokland R. A. Bernal A. Burch S. Pletnev B. A. Fane M. G. Rossmann J. Mol. Biol. 1999 288 595 608
73. J. Bancroft Adv. Virus Res. 1970 16 99 134
74. M. F. Hagan D. Chandler Biophys. J. 2006 91 42 54
75. H. Fraenkel-Conrat R. Williams Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1955 41 690 698
76. R. F. Bruinsma W. M. Gelbart D. Reguera J. Rudnick R. Zandi Phys. Rev. Lett. 2003 90 248101
77. A. Šiber A. Majdandić Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2009 80 021910
78. V. Parsegian Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1973 2 221 255
79. D. Leckband J. Israelachvili Q. Rev. Biophys. 2001 34 105 267
80. M. Daune, Molecular Biophysics: Structures in motion, Oxford University Press, Oxford, 1st edn, 1999
81. J. Israelachvili, Intermolecular & Surface Forces, Academic Press, Amsterdam, 2nd edn, 1991
82. A. V. Finkelstein and O. B. Ptitsyn, Protein Physics, Academic Press, London, 1st edn, 2002
83. V. A. Bloomfield, D. M. Crothers, I. Tinoco, J. E. Hearst, D. E. Wemmer, P. A. Killman and D. H. Turner, Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions, University Science Books, Herndon, 1st edn, 2000
84. S. Karlin V. Brendel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 9396 9400
85. F. Oosawa, Polyelectrolytes, Marcel Dekker, Inc., New York, 1st edn, 1971
86. R. R. Novoa G. Calderita R. Arranz J. Fontana H. Granzow C. Risco Biol. Cell 2005 97 147 172
87. D. Ben-Yaakov D. Andelman Physica A 2010 389 2956 2961
88. S. Safran, Statistical Thermodynamics Of Surfaces, Interfaces, And Membranes, Cornell University Press, Westview Press, 1st edn, 2003
89. R. Kjellander R. Ramirez J. Phys.: Condens. Matter 2008 20 494209
90. N. V. Churaev, B. Derjaguin and V. Muller, Surface forces, Springer, Berlin, 1st edn, 1987
91. A. LoŠdorfer Boić A. Šiber R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2011 83 041916
92. G. Rose A. Geselowitz G. Lesser R. Lee M. Zehfus Science 1985 229 834 838
93. W. K. Kegel P. van der Schoot Biophys. J. 2006 91 1501 1512
94. A. Šiber R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 061906
95. K. W. Adolph P. J. G. Butler J. Mol. Biol. 1974 327 341
96. L. Lavelle M. Gingery M. Phillips W. M. Gelbart C. M. Knobler R. D. Cadena-Nava J. R. Vega-Acosta L. A. Pinedo-Torres J. Ruiz-Garcia J. Phys. Chem. B 2009 113 3813 3819
97. D. G. Isom C. A. Castaneda B. R. Cannon P. D. Velu E. B. García-Moreno Proc. Acad. Natl. Sci. U. S. A 2010 107 16096 16100
98. M. Harms C. Castaneda J. Schlessman G. Sue D. Isom B. Cannon B. Garcia-Moreno J. Mol. Biol. 2009 389 34 47
99. W.-Y. Ching and P. Rulis, Electronic Structure Method for Complex Materials: The orthogonalized linear combination of atomic orbitals, in press
100. J. Bancroft E. Hiebert C. Bracker Virology 1969 39 924 930
101. P.-G. de Gennes, Scaling Concepts in Polymer Physics, Cornell University Press, Ithaca, 1st edn, 1979
102. M. Doi and S. F. Edwards, The Theory of Polymer Dynamics, Clarendon Press, Oxford, 1st edn, 1999
103. P.-G. de Gennes Rep. Prog. Phys. 1969 32 187 205
104. M. Muthukumar J. Chem. Phys. 1987 86 7230 7236
105. R. Podgornik J. Phys. Chem. 1992 96 884 896
106. L. R. G. Treloar, The physics of rubber elasticity, Oxford University Press, USA, Oxford, 3rd edn, 2005
107. M. Rubinstein and R. H. Colby, Polymer Physics, Oxford University Press, USA, Oxford, 1st edn, 2003
108. D. Swigon, The mathematics of DNA structure, mechanics and dynamics, Springer Science + Business Media, Berlin, 1st edn, 2009
109. R. Podgornik J. Polym. Sci., Part B: Polym. Phys. 2004 42 3539 3556
110. M. Lier R. Podgornik J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 414102 414109
111. L. Tang K. N. Johnson L. A. Ball T. Lin M. Yeager J. E. Johnson Nat. Struct. Biol. 2001 8 77 83
112. M. Tihova K. A. Dryden T. L. Le S. C. Harvey J. E. Johnson M. Yeager A. Schneemann J. Virol. 2004 78 2897 2905
113. C. E. Woodward B. Jansson Chem. Phys. 1991 155 207 219
114. A. Šiber R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 78 051915
115. T. Akesson C. Woodward B. Jonsson J. Chem. Phys. 1989 91 2461 2469
116. M. Turesson T. Akesson J. Forsman Langmuir 2007 23 9555 9558
117. I. Borukhov D. Andelman H. Orland J. Phys. Chem. B 1999 103 5042 5057
118. T. Abraham D. Christendat Z. Xu J. Masliyah J. Gohy R. Jerome AIChE J. 2004 50 2613 2626
119. D. G. Angelescu R. Bruinsma P. Linse Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 041921
120. B. Ninham V. Parsegian J. Theor. Biol. 1971 31 405 428
121. Y. Hu R. Zandi A. Anavitarte C. M. Knobler W. M. Gelbart Biophys. J. 2008 94 1428 1436
122. M. F. Hagan J. Chem. Phys. 2009 130 114902
123. P. van der Schoot R. Bruinsma Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2005 71 061928
124. O. M. Elrad M. F. Hagan Phys. Biol. 2010 7 1 17
125. P. L. Freddolino A. S. Arkhipov S. B. Larson A. McPherson K. Schulten Structure 2006 14 437 449
126. R. Bruinsma Eur. Phys. J. E: Soft Matter Biol. Phys. 2006 19 303 310
127. D. SvenŠek G. Veble R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010 82 011708
128. H. Shin and G. M. Grason, 2011, arXiv:1107.4406v1
129. P. J. Flory, Principles of polymer chemistry, Cornell University Press, Ithaca, 1st edn, 1953
130. A. Šiber R. Zandi R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010 81 051919
131. D. Marenduzzo C. Micheletti J. Mol. Biol. 2003 330 485 492
132. P. Jing F. Haque D. Shu C. Montemagno P. Guo Nano Lett. 2010 10 3620 3627
133. A. Guasch J. Pous G. Ibarra F. Gomis-Ruth J. Valpuesta N. Sousa J. Carrascosa M. Coll J. Mol. Biol. 2002 315 663 676
134. A. Leforestier A. Šiber F. Livolant R. Podgornik Biophys. J. 2011 100 2209 2216
135. A. Šiber M. Dragar V. A. Parsegian R. Podgornik Eur. Phys. J. E: Soft Matter Biol. Phys. 2008 26 317 325
136. D. Kuzmanovic I. Elashvili C. Wick C. O'Connell1 S. Krueger J. Mol. Biol. 2006 355 1095 1111
137. L. R. Comolli A. J. Spakowitz C. E. Siegerist P. J. Jardine S. Grimes D. L. Anderson B. Bustamante K. H. Downing Virology 2008 371 267 277
138. J. Lepault J. Dubochet W. Baschong E. Kellenberger EMBO J. 1987 6 1507 1512
139. N. Hud K. Downing Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 14925 14930
140. C. Forrey M. Muthukumar Biophys. J. 2006 91 25 41
141. P. Serwer J. Mol. Biol. 1986 190 509 512
142. L. Black W. Newcomb J. Boring J. Brown Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985 82 7960 7964
143. R. Kilkson M. F. Maestre Nature 1962 195 494 495
144. A. Cole R. Langley Biophys. J. 1963 3 189 197
145. S. M. Klimenko T. I. Tikchonenko V. M. Andreev J. Mol. Biol. 1967 23 523 533
146. I. Gabashvili A. Y. Grosberg D. Kuznetsov G. Mrevlishvili Biofizika 1991 36 780 787
147. T. Odijk Biophys. J. 1998 75 1223 1227
148. T. Odijk Philos. Trans. R. Soc., A 2004 362 1497 1517
149. J. Kindt S. Tzlil A. Ben-Shaul W. M. Gelbart Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 13671 13674
150. P. K. Purohit J. Kondev R. Phillips Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 3173 3178
151. P. K. Purohit M. M. Inamdar P. D. Grayson T. M. Squires J. Kondev R. Phillips Biophys. J. 2005 88 851 866
152. S. Tzlil J. T. Kindt W. M. Gelbart A. Ben-Shaul Biophys. J. 2003 84 1616 1627
153. W. S. Klug M. T. Feldmann M. Ortiz Comput. Mech. 2005 35 146 152
154. W. S. Klug M. Ortiz J. Mech. Phys. Solids 2003 51 1815 1847
155. A. Evilevitch L. Lavelle C. M. Knobler E. Raspaud W. M. Gelbart Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2003 100 9292 9295
156. P. Grayson A. Evilevitch M. M. Inamdar P. K. Purohit W. M. Gelbart C. M. Knobler R. Phillips Virology 2006 348 430 436
157. J. Arsuaga R. K.-Z. Tan M. Vazquez D. W. Sumners S. C. Harvey Biophys. Chem. 2002 101 457 484
158. A. J. Spakowitz Z.-G. Wang Biophys. J. 2005 88 3912 3923
159. D. Marenduzzo Comput. Math. Methods Med. 2008 9 317 325
160. P. A. Wiggins T. van der Heijden F. Moreno-Herrero A. Spakowitz R. Phillips J. Widom C. Dekker P. C. Nelson Nat. Nanotechnol. 2006 1 137 141
161. R. Podgornik P. Hansen V. Parsegian J. Chem. Phys. 1999 113 9343 9350
162. M. C. Williams I. Rouzina Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 330 336
163. P. J. Hagerman Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988 17 265 286
164. D. E. Smith S. J. Tans S. B. Smith S. Grimes D. L. Anderson C. Bustamante Nature 2001 413 748 752
165. V. A. Parsegian R. P. Rand N. L. Faa et al. Methods Enzymol. 1986 127 400 416
166. H. H. Strey R. Podgornik D. C. Rau V. Parsegian Curr. Opin. Struct. Biol. 1998 8 309 313
167. S. Leikin V. A. Parsegian D. C. Rau Annu. Rev. Phys. Chem. 1993 44 369 395
168. H. H. Strey V. A. Parsegian R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 1999 59 999 1008
169. T. Odijk F. Slok J. Phys. Chem. B 2003 107 8074 8077
170. J. F. Marko E. D. Siggia Macromolecules 1995 28 8759 8770
171. S. Neukirch Phys. Rev. Lett. 2004 93 198107
172. C. G. Baumann S. B. Smith V. A. Bloomfield C. Bustamante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 6185 6190
173. A. Peterlin Nature 1953 171 259 260
174. R. Zandi J. Rudnick R. Golestanian Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2003 67 061805
175. T. Odijk J. Polym. Sci., Polym. Phys. Ed. 1977 15 477 483
176. J. Skolnick M. Fixman Macromolecules 1977 10 944 948
177. J. Ubbink U. Odijk Europhys. Lett. 1996 33 353 358
178. P. K. Purohit M. M. Inamdar P. D. Grayson T. M. Squires J. Kondev R. Phillips Biophys. J. 2005 88 851 866
179. T. Odijk Philos. Trans. R. Soc., A 2004 362 1497 1517
180. J. C. LaMarque T. V. Le S. C. Harvey Biopolymers 2004 73 348 355
181. P. A. Wiggins T. van der Heijden F. Moreno-Herrero A. Spakowitz R. Phillips J. Widom C. Dekker P. C. Nelson Nat. Nanotechnol. 2006 1 137 141
182. L. R. Comolli A. J. Spakowitz C. E. Siegerist P. J. Jardine S. Grimes D. L. Anderson C. Bustamante K. H. Downing Virology 2008 371 267 277
183. A. Petrov S. C. Harvey Biophys. J. 2008 95 497 502
184. A. G. Cherstvy Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 9942 9968
185. A. A. Kornyshev D. Lee S. Leikin A. Wynveen Rev. Mod. Phys. 2007 179 943 996
186. D. Marenduzzo C. Micheletti E. Orlandini J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 283102
187. D. C. Rau V. A. Parsegian Biophys. J. 1992 61 260 271
188. D. Rau V. A. Parsegian Biophys. J. 1992 61 246 259
189. D. Panja I. J. Molineux Phys. Biol. 2010 7 045006
190. I. J. Molineux Virology 2006 344 221 229
191. R. M. Peitzsch W. F. Reed Biopolymers 1992 32 219 238
192. R. Podgornik H. H. Strey K. Gawrisch D. C. Rau A. Rupprecht V. Parsegian Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 4261 4266
193. R. Podgornik H. Strey V. Parsegian Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1998 3 534 539
194. I. M. Kulić D. Andrienko M. Deserno Europhys. Lett. 2004 67 418 424
195. E. Nurmemmedova M. Castelnovo C. Catalano A. Evilevitch Q. Rev. Biophys. 2007 40 327 356
196. J. A. Cohen R. Podgornik P. L. Hansen V. A. Parsegian J. Phys. Chem. B 2009 113 3709 3714
197. H. Shin and G. M. Grason, 2011, arXiv:1107.4406v1
198. D. N. Fuller J. P. Rickgauer P. J. Jardine S. Grimes D. L. Anderson D. E. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 11245 11250
199. A. Cordova M. Deserno W. M. Gelbart A. Ben-Shaul Biophys. J. 2003 85 70 74
200. W. M. Gelbart R. F. Bruinsma P. A. Pincus V. A. Parsegian Phys. Today 2000 53 38 44
201. G. B. Sukhorukov M. Brumen E. Donath H. M. ohwald J. Phys. Chem. B 1999 103 6434 6440
202. P. Zupanovic, D. Kuic, M. Brumen, A. Fajmut and D. Juretic, 2009, arXiv:0907.2874v1
203. O. I. Vinogradova O. V. Lebedeva B.-S. Kim Annu. Rev. Mater. Res. 2006 36 143 178
204. A. Evilevitch L. Fang A. Yoffe M. Castelnovo D. C. Rau V. A. Parsegian W. M. Gelbart C. M. Knobler Biophys. J. 2008 94 1110 1120
205. R. Podgornik, in Electrostatis effects in soft matter and biophysics, ed., C. Holm, P. Kekicheff, and, R. Podgornik, NATO Science Series II - Mathematics, Physics and Chemistry, 2001, vol. 46, pp. 409-433
206. J. Carter and V. Saunders, Virology: Principles and Applications, Wiley, Chichester, 1st edn, 2007
207. R. Balhorn Genome Biol. 2007 8 227
208. J. DeRouchey and D. Rau, submitted, 2011
209. J. DeRouchey R. Netz J. Rädler Eur. Phys. J. E: Soft Matter Biol. Phys. 2005 16 17 28
210. J. DeRouchey V. A. Parsegian D. C. Rau Biophys. J. 2010 99 2608 2615
211. X. Qiu K. Andresen L. W. Kwok J. S. Lamb H. Y. Park L. Pollack Phys. Rev. Lett. 2007 99 038104
212. N. Hud J. Plavec Biopolymers 2003 69 144 158
213. W. Kunz P. L. Nostro B. Ninham Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2004 9 1 18
214. Specific ion effects, ed., W. Kunz, World Scientific, Singapore, 1st edn, 2010
215. R. Podgornik D. Rau V. Parsegian Biophys. J. 1994 66 962 971
216. C. Stanley D. C. Rau Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2011 16 551 556
217. A. Evilevitch J. Phys. Chem. B 2006 110 22261 22265
218. A. Evilevitch W. H. Roos I. L. Ivanovska M. Jeembaeva B. Jonsson G. J. L. Wuite J. Mol. Biol. 2011 405 18 23
219. A. Pey D. Rodriguez-Larrea J. Gavira B. Garcia-Moreno J. Sanchez-Ruiz J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1219 1219
220. R. H. French V. A. Parsegian R. Podgornik et al. Rev. Mod. Phys. 2010 82 1887 1944
221. L. Gulbrand B. Jonsson H. Wennerstrom P. Linse J. Chem. Phys. 1984 82 2221 2228
222. M. L. Bret B. H. Zimm Biopolymers 1984 23 287 312
223. N. Gronbech-Jensen R. J. Mashl R. F. Bruinsma W. M. Gelbart Phys. Rev. Lett. 1997 78 2477 2480
224. A. P. Lyubartsev L. Nordenskioeld J. Phys. Chem. 1995 99 10373 10382
225. I. Rouzina V. A. Bloomfield J. Phys. Chem. 1996 100 9977 9989
226. A. Y. Grosberg T. T. Nguyen B. I. Shklovskii Rev. Mod. Phys. 2002 74 329 345
227. Y. Levin Rep. Prog. Phys. 2002 65 1577
228. A. Naji S. Jungblut A. G. Moreira R. R. Netz Physica A 2005 352 131 170
229. M. O. Khan S. M. Mel'nikov B. Jonsson Macromolecules 1999 32 8836 8840
230. P. Hansen R. Podgornik D. Svensek V. Parsegian Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 1999 60 1956 1966
231. S. Lee C. V. Tran T. T. Nguyen J. Chem. Phys. 2011 134 125104
232. M. Kandu A. Naji J. Forsman R. Podgornik J. Chem. Phys. 2010 132 124701
233. M. Kandu A. Naji J. Forsman R. Podgornik Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2011 84 011502
234. R. Zandi P. van der Schoot Biophys. J. 2009 96 9 20
235. J. Sun C. DuFort M.-C. Daniel A. Murali C. Chen K. Gopinath B. Stein M. De V. M. Rotello A. Holzenburg C. C. Kao B. Dragnea Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 1354 1359
236. A. Zlotnick N. Cheng J. F. Conway F. P. Booy A. C. Steven S. J. Stahl P. T. Wingfield Biochemistry 1996 35 7412 7421
237. M. D. Paepe F. Taddei PLoS Biol. 2006 4 1248 1256
238. P. A. Thuman-Commike B. Greene J. A. Malinski J. King W. Chiu Biophys. J. 1998 74 559 568
239. A. H. Reid T. G. Fanning J. V. Hultin J. K. Taubenberger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 1651 1656
240. S. C. Manrubia E. Lázaro Phys. Life Rev. 2006 3 65 92
241. J. W. Drake J. J. Holland Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 13910 13913