A miR Image of Stem Cells and Their Lineages

Current Topics in Developmental Biology

Volumn 99, Issue , 2012, Pages 175-199

  Yi, Rui ^a   Fuchs, Elaine ^b  

^a UNIVERSITY OF COLORADO   (United States)

^b ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Adult stem cells; Mammalian development; MiR; Posttranscriptional regulation

Indexed keywords

EID: 84857384167     PISSN: 00702153     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/B978-0-12-387038-4.00007-0     Document Type: Chapter

References (118)

1. Aberdam D., Candi E., Knight R.A., Melino G. Trends Biochem. Sci. 2008, 33:583-591.
2. Alvarez-Saavedra E., Horvitz H.R. Curr. Biol. 2010, 20:367-373.
3. Ambros V. Nature 2004, 431:350-355.
4. Andl T., Murchison E.P., Liu F., Zhang Y., Yunta-Gonzalez M., Tobias J.W., Andl C.D., Seykora J.T., Hannon G.J., Millar S.E. Curr. Biol. 2006, 16:1041-1049.
5. Babiarz J.E., Ruby J.G., Wang Y., Bartel D.P., Blelloch R. Genes Dev. 2008, 22:2773-2785.
6. Babiarz J.E., Hsu R., Melton C., Thomas M., Ullian E.M., Blelloch R. RNA 2011, 17:1489-1501.
7. Baek D., Villen J., Shin C., Camargo F.D., Gygi S.P., Bartel D.P. Nature 2008, 455:64-71.
8. Bandres E., Cubedo E., Agirre X., Malumbres R., Zarate R., Ramirez N., Abajo A., Navarro A., Moreno I., Monzo M., Garcia-Foncillas J. Mol. Cancer 2006, 5:29.
9. Bartel D.P. Cell 2009, 136:215-233.
10. Bernstein E., Kim S.Y., Carmell M.A., Murchison E.P., Alcorn H., Li M.Z., Mills A.A., Elledge S.J., Anderson K.V., Hannon G.J. Nat. Genet. 2003, 35:215-217.
11. Borchert G.M., Lanier W., Davidson B.L. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13:1097-1101.
12. Brenner J.L., Jasiewicz K.L., Fahley A.F., Kemp B.J., Abbott A.L. Curr. Biol. 2010, 20:1321-1325.
13. Bueno M.J., Perez de Castro I., Gomez de Cedron M., Santos J., Calin G.A., Cigudosa J.C., Croce C.M., Fernandez-Piqueras J., Malumbres M. Cancer Cell 2008, 13:496-506.
14. Byrne C., Tainsky M., Fuchs E. Development 1994, 120:2369-2383.
15. Cai X., Hagedorn C.H., Cullen B.R. RNA 2004, 10:1957-1966.
16. Cai X., Li G., Laimins L.A., Cullen B.R. J. Virol. 2006, 80:10890-10893.
17. Chen C.Z., Li L., Lodish H.F., Bartel D.P. Science 2004, 303:83-86.
18. Chen J.F., Tao Y., Li J., Deng Z., Yan Z., Xiao X., Wang D.Z. J. Cell Biol. 2010, 190:867-879.
19. Cheng L.C., Pastrana E., Tavazoie M., Doetsch F. Nat. Neurosci. 2009, 12:399-408.
20. Childs G., Fazzari M., Kung G., Kawachi N., Brandwein-Gensler M., McLemore M., Chen Q., Burk R.D., Smith R.V., Prystowsky M.B., Belbin T.J., Schlecht N.F. Am. J. Pathol. 2009, 174:736-745.
21. Christodoulou F., Raible F., Tomer R., Simakov O., Trachana K., Klaus S., Snyman H., Hannon G.J., Bork P., Arendt D. Nature 2010, 463:1084-1088.
22. Christoffersen N.R., Silahtaroglu A., Orom U.A., Kauppinen S., Lund A.H. RNA 2007, 13:1172-1178.
23. De Pietri Tonelli D., Pulvers J.N., Haffner C., Murchison E.P., Hannon G.J., Huttner W.B. Development 2008, 135:3911-3921.
24. Denli A.M., Tops B.B., Plasterk R.H., Ketting R.F., Hannon G.J. Nature 2004, 432:231-235.
25. Dore L.C., Amigo J.D., Dos Santos C.O., Zhang Z., Gai X., Tobias J.W., Yu D., Klein A.M., Dorman C., Wu W., Hardison R.C., Paw B.H., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105:3333-3338.
26. Eis P.S., Tam W., Sun L., Chadburn A., Li Z., Gomez M.F., Lund E., Dahlberg J.E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102:3627-3632.
27. Farh K.K., Grimson A., Jan C., Lewis B.P., Johnston W.K., Lim L.P., Burge C.B., Bartel D.P. Science 2005, 310:1817-1821.
28. Feber A., Xi L., Luketich J.D., Pennathur A., Landreneau R.J., Wu M., Swanson S.J., Godfrey T.E., Litle V.R. J. Thorac. Cardiovasc. Surg. 2008, 135:255-260. (discussion 260).
29. Friedman R.C., Farh K.K., Burge C.B., Bartel D.P. Genome Res. 2009, 19:92-105.
30. Gangaraju V.K., Lin H. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 10:116-125.
31. Gottardo F., Liu C.G., Ferracin M., Calin G.A., Fassan M., Bassi P., Sevignani C., Byrne D., Negrini M., Pagano F., Gomella L.G., Croce C.M., et al. Urol. Oncol. 2007, 25:387-392.
32. Gregory R.I., Yan K.P., Amuthan G., Chendrimada T., Doratotaj B., Cooch N., Shiekhattar R. Nature 2004, 432:235-240.
33. Gregory P.A., Bert A.G., Paterson E.L., Barry S.C., Tsykin A., Farshid G., Vadas M.A., Khew-Goodall Y., Goodall G.J. Nat. Cell Biol. 2008, 10:593-601.
34. Grimson A., Srivastava M., Fahey B., Woodcroft B.J., Chiang H.R., King N., Degnan B.M., Rokhsar D.S., Bartel D.P. Nature 2008, 455:1193-1197.
35. Gupta P.B., Onder T.T., Jiang G., Tao K., Kuperwasser C., Weinberg R.A., Lander E.S. Cell 2009, 138:645-659.
36. Gururajan M., Haga C.L., Das S., Leu C.M., Hodson D., Josson S., Turner M., Cooper M.D. Int. Immunol. 2010, 22:583-592.
37. Han J., Lee Y., Yeom K.H., Kim Y.K., Jin H., Kim V.N. Genes Dev. 2004, 18:3016-3027.
38. Harfe B.D., McManus M.T., Mansfield J.H., Hornstein E., Tabin C.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102:10898-10903.
39. He L., He X., Lim L.P., de Stanchina E., Xuan Z., Liang Y., Xue W., Zender L., Magnus J., Ridzon D., Jackson A.L., Linsley P.S., et al. Nature 2007, 447:1130-1134.
40. Herranz H., Cohen S.M. Genes Dev. 2010, 24:1339-1344.
41. Horsley V., O'Carroll D., Tooze R., Ohinata Y., Saitou M., Obukhanych T., Nussenzweig M., Tarakhovsky A., Fuchs E. Cell 2006, 126:597-609.
42. Hutvagner G., McLachlan J., Pasquinelli A.E., Balint E., Tuschl T., Zamore P.D. Science 2001, 293:834-838.
43. Iliopoulos D., Lindahl-Allen M., Polytarchou C., Hirsch H.A., Tsichlis P.N., Struhl K. Mol. Cell 2010, 39:761-772.
44. Iorio M.V., Visone R., Di Leva G., Donati V., Petrocca F., Casalini P., Taccioli C., Volinia S., Liu C.G., Alder H., Calin G.A., Menard S., et al. Cancer Res. 2007, 67:8699-8707.
45. Ivey K.N., Srivastava D. Cell Stem Cell 2010, 7:36-41.
46. Johnnidis J.B., Harris M.H., Wheeler R.T., Stehling-Sun S., Lam M.H., Kirak O., Brummelkamp T.R., Fleming M.D., Camargo F.D. Nature 2008, 451:1125-1129.
47. Johnson S.M., Grosshans H., Shingara J., Byrom M., Jarvis R., Cheng A., Labourier E., Reinert K.L., Brown D., Slack F.J. Cell 2005, 120:635-647.
48. Kanellopoulou C., Muljo S.A., Kung A.L., Ganesan S., Drapkin R., Jenuwein T., Livingston D.M., Rajewsky K. Genes Dev. 2005, 19:489-501.
49. Kim V.N., Han J., Siomi M.C. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009, 10:126-139.
50. Korpal M., Lee E.S., Hu G., Kang Y. J. Biol. Chem. 2008, 283:14910-14914.
51. Krol J., Loedige I., Filipowicz W. Nat. Rev. Genet. 2010, 11:597-610.
52. Kumar M.S., Pester R.E., Chen C.Y., Lane K., Chin C., Lu J., Kirsch D.G., Golub T.R., Jacks T. Genes Dev. 2009, 23:2700-2704.
53. Landgraf P., Rusu M., Sheridan R., Sewer A., Iovino N., Aravin A., Pfeffer S., Rice A., Kamphorst A.O., Landthaler M., Lin C., Socci N.D., et al. Cell 2007, 129:1401-1414.
54. Landthaler M., Yalcin A., Tuschl T. Curr. Biol. 2004, 14:2162-2167.
55. Lee R.C., Feinbaum R.L., Ambros V. Cell 1993, 75:843-854.
56. Lena A.M., Shalom-Feuerstein R., di Val Cervo P.R., Aberdam D., Knight R.A., Melino G., Candi E. Cell Death Differ. 2008, 15:1187-1195.
57. Leung A.K., Sharp P.A. Mol. Cell 2010, 40:205-215.
58. Lewis B.P., Burge C.B., Bartel D.P. Cell 2005, 120:15-20.
59. Li Y.C., Pirro A.E., Amling M., Delling G., Baron R., Bronson R., Demay M.B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1997, 94:9831-9835.
60. Liu N., Olson E.N. Dev. Cell 2010, 18:510-525.
61. Liu C., Kelnar K., Liu B., Chen X., Calhoun-Davis T., Li H., Patrawala L., Yan H., Jeter C., Honorio S., Wiggins J.F., Bader A.G., et al. Nat. Med. 2011, 17:211-215.
62. Lu J., Getz G., Miska E.A., Alvarez-Saavedra E., Lamb J., Peck D., Sweet-Cordero A., Ebert B.L., Mak R.H., Ferrando A.A., Downing J.R., Jacks T., et al. Nature 2005, 435:834-838.
63. Lund E., Guttinger S., Calado A., Dahlberg J.E., Kutay U. Science 2004, 303:95-98.
64. Malumbres R., Sarosiek K.A., Cubedo E., Ruiz J.W., Jiang X., Gascoyne R.D., Tibshirani R., Lossos I.S. Blood 2009, 113:3754-3764.
65. Martinez N.J., Gregory R.I. Cell Stem Cell 2010, 7:31-35.
66. Mayr C., Bartel D.P. Cell 2009, 138:673-684.
67. Mayr C., Hemann M.T., Bartel D.P. Science 2007, 315:1576-1579.
68. McKenna D.J., McDade S.S., Patel D., McCance D.J. J. Virol. 2010, 84:10644-10652.
69. Melar-New M., Laimins L.A. J. Virol. 2010, 84:5212-5221.
70. Mills A.A., Zheng B., Wang X.J., Vogel H., Roop D.R., Bradley A. Nature 1999, 398:708-713.
71. Miska E.A., Alvarez-Saavedra E., Abbott A.L., Lau N.C., Hellman A.B., McGonagle S.M., Bartel D.P., Ambros V.R., Horvitz H.R. PLoS Genet. 2007, 3:e215.
72. Mohri T., Nakajima M., Takagi S., Komagata S., Yokoi T. Int. J. Cancer 2009, 125:1328-1333.
73. Muljo S.A., Ansel K.M., Kanellopoulou C., Livingston D.M., Rao A., Rajewsky K. J. Exp. Med. 2005, 202:261-269.
74. Murchison E.P., Partridge J.F., Tam O.H., Cheloufi S., Hannon G.J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102:12135-12140.
75. Nakagawa A., Shi Y., Kage-Nakadai E., Mitani S., Xue D. Science 2010, 328:327-334.
76. Neilson J.R., Zheng G.X., Burge C.B., Sharp P.A. Genes Dev. 2007, 21:578-589.
77. Nishino J., Kim I., Chada K., Morrison S.J. Cell 2008, 135:227-239.
78. Palmer H.G., Anjos-Afonso F., Carmeliet G., Takeda H., Watt F.M. PLoS One 2008, 3:e1483.
79. Park S.M., Gaur A.B., Lengyel E., Peter M.E. Genes Dev. 2008, 22:894-907.
80. Pasquinelli A.E., Reinhart B.J., Slack F., Martindale M.Q., Kuroda M.I., Maller B., Hayward D.C., Ball E.E., Degnan B., Muller P., Spring J., Srinivasan A., et al. Nature 2000, 408:86-89.
81. Patrick D.M., Zhang C.C., Tao Y., Yao H., Qi X., Schwartz R.J., Jun-Shen Huang L., Olson E.N. Genes Dev. 2010, 24:1614-1619.
82. Rasmussen K.D., Simmini S., Abreu-Goodger C., Bartonicek N., Di Giacomo M., Bilbao-Cortes D., Horos R., Von Lindern M., Enright A.J., O'Carroll D. J. Exp. Med. 2010, 207:1351-1358.
83. Reinhart B.J., Slack F.J., Basson M., Pasquinelli A.E., Bettinger J.C., Rougvie A.E., Horvitz H.R., Ruvkun G. Nature 2000, 403:901-906.
84. Rodriguez A., Vigorito E., Clare S., Warren M.V., Couttet P., Soond D.R., van Dongen S., Grocock R.J., Das P.P., Miska E.A., Vetrie D., Okkenhaug K., et al. Science 2007, 316:608-611.
85. Roush S., Slack F.J. Trends Cell Biol. 2008, 18:505-516.
86. Schmidt-Ullrich R., Paus R. Bioessays 2005, 27:247-261.
87. Schwarz D.S., Hutvagner G., Du T., Xu Z., Aronin N., Zamore P.D. Cell 2003, 115:199-208.
88. Selbach M., Schwanhausser B., Thierfelder N., Fang Z., Khanin R., Rajewsky N. Nature 2008, 455:58-63.
89. Senoo M., Pinto F., Crum C.P., McKeon F. Cell 2007, 129:523-536.
90. Shimono Y., Zabala M., Cho R.W., Lobo N., Dalerba P., Qian D., Diehn M., Liu H., Panula S.P., Chiao E., Dirbas F.M., Somlo G., et al. Cell 2009, 138:592-603.
91. Sonkoly E., Wei T., Janson P.C., Saaf A., Lundeberg L., Tengvall-Linder M., Norstedt G., Alenius H., Homey B., Scheynius A., Stahle M., Pivarcsi A. PLoS One 2007, 2:e610.
92. Stark A., Brennecke J., Bushati N., Russell R.B., Cohen S.M. Cell 2005, 123:1133-1146.
93. Suh N., Baehner L., Moltzahn F., Melton C., Shenoy A., Chen J., Blelloch R. Curr. Biol. 2010, 20:271-277.
94. Szafranska A.E., Davison T.S., John J., Cannon T., Sipos B., Maghnouj A., Labourier E., Hahn S.A. Oncogene 2007, 26:4442-4452.
95. Tam O.H., Aravin A.A., Stein P., Girard A., Murchison E.P., Cheloufi S., Hodges E., Anger M., Sachidanandam R., Schultz R.M., Hannon G.J. Nature 2008, 453:534-538.
96. Thai T.H., Calado D.P., Casola S., Ansel K.M., Xiao C., Xue Y., Murphy A., Frendewey D., Valenzuela D., Kutok J.L., Schmidt-Supprian M., Rajewsky N., et al. Science 2007, 316:604-608.
97. Thatcher E.J., Paydar I., Anderson K.K., Patton J.G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105:18384-18389.
98. Tran N., McLean T., Zhang X., Zhao C.J., Thomson J.M., O'Brien C., Rose B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2007, 358:12-17.
99. Vassar R., Rosenberg M., Ross S., Tyner A., Fuchs E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1989, 86:1563-1567.
100. Viswanathan S.R., Powers J.T., Einhorn W., Hoshida Y., Ng T.L., Toffanin S., O'Sullivan M., Lu J., Phillips L.A., Lockhart V.L., Shah S.P., Tanwar P.S., et al. Nat. Genet. 2009, 41:843-848.
101. Wang Y., Medvid R., Melton C., Jaenisch R., Blelloch R. Nat. Genet. 2007, 39:380-385.
102. Wang Y., Juranek S., Li H., Sheng G., Wardle G.S., Tuschl T., Patel D.J. Nature 2009, 461:754-761.
103. Watanabe T., Totoki Y., Toyoda A., Kaneda M., Kuramochi-Miyagawa S., Obata Y., Chiba H., Kohara Y., Kono T., Nakano T., Surani M.A., Sakaki Y., et al. Nature 2008, 453:539-543.
104. Wellner U., Schubert J., Burk U.C., Schmalhofer O., Zhu F., Sonntag A., Waldvogel B., Vannier C., Darling D., zur Hausen A., Brunton V.G., Morton J., et al. Nat. Cell Biol. 2009, 11:1487-1495.
105. Wightman B., Ha I., Ruvkun G. Cell 1993, 75:855-862.
106. Wu H., Neilson J.R., Kumar P., Manocha M., Shankar P., Sharp P.A., Manjunath N. PLoS One 2007, 2:e1020.
107. Xiao C., Calado D.P., Galler G., Thai T.H., Patterson H.C., Wang J., Rajewsky N., Bender T.P., Rajewsky K. Cell 2007, 131:146-159.
108. Xie X., Lu J., Kulbokas E.J., Golub T.R., Mootha V., Lindblad-Toh K., Lander E.S., Kellis M. Nature 2005, 434:338-345.
109. Yang A., Schweitzer R., Sun D., Kaghad M., Walker N., Bronson R.T., Tabin C., Sharpe A., Caput D., Crum C., McKeon F. Nature 1999, 398:714-718.
110. Yi R., Qin Y., Macara I.G., Cullen B.R. Genes Dev. 2003, 17:3011-3016.
111. Yi R., O'Carroll D., Pasolli H.A., Zhang Z., Dietrich F.S., Tarakhovsky A., Fuchs E. Nat. Genet. 2006, 38:356-362.
112. Yi R., Poy M.N., Stoffel M., Fuchs E. Nature 2008, 452:225-229.
113. Yi R., Pasolli H.A., Landthaler M., Hafner M., Ojo T., Sheridan R., Sander C., O'Carroll D., Stoffel M., Tuschl T., Fuchs E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106:498-502.
114. Yu F., Yao H., Zhu P., Zhang X., Pan Q., Gong C., Huang Y., Hu X., Su F., Lieberman J., Song E. Cell 2007, 131:1109-1123.
115. Yu J., Ryan D.G., Getsios S., Oliveira-Fernandes M., Fatima A., Lavker R.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105:19300-19305.
116. Yu D., dos Santos C.O., Zhao G., Jiang J., Amigo J.D., Khandros E., Dore L.C., Yao Y., D'Souza J., Zhang Z., Ghaffari S., Choi J., et al. Genes Dev. 2010, 24:1620-1633.
117. Zhang L., Stokes N., Polak L., Fuchs E. Cell Stem Cell 2011, 8:294-308.
118. Zhao C., Sun G., Li S., Shi Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2009, 16:365-371.