Solvent effects on the radiative and nonradiative decay of a model of the rhodopsin chromophore

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 12, 2011, Pages 4050-4059

  Muñoz Losa, Aurora ^a   Martín, M Elena ^a   Galván, Ignacio Fdez ^a   Sánchez, M Luz ^a   Aguilar, Manuel A ^a  

^a UNIVERSITY OF EXTREMADURA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 83455218482     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200295r     Document Type: Article

References (67)

1. Yarkony, D. R. In Conical Intersections, Advanced Series in Physical Chemistry; Domcke, W., Yarkony, D. R., Köppel, H., Eds.; World Scientific: Singapore, 2004; Chapter 2, No. 15, p 41.
2. Olivucci, M.; Sinicropi, A. In Computational Photochemistry, Theoretical and Computational Chemistry; Olivucci, M., Ed.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 2005; Chapter I, No. 16, p 1.
3. Yarkony, D. R. J. Chem. Phys. 1990, 92, 2457
4. Atchity, G. J.; Xantheas, S. S.; Ruedenberg, K. J. Chem. Phys. 1991, 95, 1862
5. Reguero, M.; Olivucci, M.; Bernardi, F.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2103
6. Ragazos, N.; Robb, M. A.; Bernardi, F.; Olivucci, M. Chem. Phys. Lett. 1992, 197, 217
7. Burghardt, I.; Cederbaum, L.; Hynes, J. T. Faraday Discuss. 2004, 127, 395
8. Spezia, R.; Burghardt, I.; Hynes, J. T. Mol. Phys. 2006, 104, 903
9. Santoro, F.; Barone, V; Gustavsson, T.; Improta, R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16312
10. Yamazaki, S.; Kato, S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 114510
11. Ten-no, S.; Hirata, F.; Kato, S. J. Chem. Phys. 1994, 100, 7443
12. Sato, H.; Hirata, F.; Kato, S. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1546
13. Mori, T.; Nakano, K.; Kato, S. J. Chem. Phys. 2010, 133, 064107
14. Toniolo, A.; Granucci, G.; Martínez, T. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3822
15. Toniolo, A.; Ben-Nun, M.; Martínez, T. J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4679
16. Garavelli, M.; Rugen, F.; Ogliano, F.; Bearpark, M. J.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Robb, M. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1357
17. Ciminelli, C.; Granucci, G.; Persico, M. Chem.-Eur. J. 2004, 10, 2327
18. Muñoz-Losa, A.; Fdez. Galván, I.; Martín, M. E.; Aguilar, M. A. Chem. Phys. Lett. 2007, 443, 76
19. Muñoz-Losa, A.; Fdez. Galván, I.; Sánchez, M. L.; Martín, M. E.; Aguilar, M. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 877
20. Schoenlein, W. P.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Science 1991, 254, 412
21. Wang, Q.; Schoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. A. Science 1994, 266, 422
22. Garavelli, M.; Celani, P.; Bernardi, F.; Robb, M. A.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6891
23. Gonzalez-Luque, R.; Garavelli, M.; Bernardi, F.; Merchan, M.; Robb, M. A.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9379
24. Cembran, A.; Bernardi, F.; Olivucci, M; Garavelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16018
25. Cembran, A.; Bernardi, F.; Olivucci, M; Garavelli, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6255
26. Coto, P. B.; Strambi, A.; Olivucci, M. Chem. Phys. 2008, 347, 483
27. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8766
28. Warshel, A.; Chu, Z. T. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9857
29. Finley, J.; Malmqvist, P-Å.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 299
30. Schoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Science 1991, 254, 412
31. Kandori, H.; Katsuta, Y.; Ito, M.; Sasabe, H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2669
32. Kandori, H.; Sasabe, H.; Nakanishi, K.; Yoshizawa, T.; Mizukami, T.; Shichida, Y. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 1002
33. Polli, D.; Altoè, P.; Weingart, O.; Spillane, K. M.; Manzoni, C; Brida, D.; Tomasello, G.; Orlandi, G; Kukura, P; Mathies, R. A.; Garavelli, M; Cerullo, G. Nature 2010, 467, 440
34. Frutos, L. M.; Andruniów, T.; Santoro, F.; Ferré, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 7764
35. Zgrablić, G.; Haacke, S.; Chergui, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4384
36. Ishida, T.; Nanbu, S.; Nakamura, H. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 4356
37. Fdez. Galván, I.; Sánchez, M. L.; Martín, M. E.; Olivares del Valle, F. J.; Aguilar, M. A. Comput. Phys. Commun. 2003, 155, 244
38. Sánchez, M. L.; Martín, M. E.; Aguilar, M. A.; Olivares del Valle, F. J. J. Comput. Chem. 2000, 21, 705
39. Martín, M. E.; Sánchez, M. L.; Olivares del Valle, F. J.; Aguilar, M. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1613
40. Sánchez, M. L.; Martín, M. E.; Fdez. Galván, I.; Olivares del Valle, F. J.; Aguilar, M. A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4813
41. Bearpark, M. J.; Robb, M. A; Schlegel, H. B. Chem. Phys. Lett. 1994, 223, 269
42. Chandrasekhar, J.; Smith, S. F.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 154
43. Chandrasekhar, J.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 2974
44. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 1989, 22, 184
45. Muñoz-Losa, A.; Fdez. Galván, I.; Martín, M. E.; Aguilar, M. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18064
46. Muñoz-Losa, A.; Fdez. Galván, I.; Aguilar, M. A.; Martín, M. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8815
47. Nielsen, I. B.; Lammich, L.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 018304
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A11.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
49. Refson, K. Comput. Phys. Commun. 2000, 126, 310
50. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P.-O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrády, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28222
51. Ghigo, G.; Roos, B. O.; Malmqvist, P-Å. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 142
52. Cornell, W. D.; Cieplack, P.; Bayly, C. I.; Groud, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Cladwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
53. Rajamani, R.; Gao, J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 96
54. Röhrig, U. F.; Guidoni, L.; Rothlisberger, U. ChemPhysChem 2005, 6, 1836
55. Platz, P. E.; Moheler, J. H. Biochemistry 1975, 14, 2340
56. Levine, B. G.; Martinez, T. J. Annu. Rev. Phys. Chem. 2007, 58, 613
57. Valsson, O.; Filippi, C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1275
58. Garavelli, M.; Vreven, T.; Celani, P.; Bernardi, F.; Robb, M. A.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1285
59. Warshel, A. Nature 1976, 260, 679
60. Schapiro, I.; Weingart, O.; Buss, V. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16
61. Rostov, I. V.; Amos, R. D.; Kobayashi, R.; Scalmani, G.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 5547
62. Kochendoerfer, G. G.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14526
63. Fdez. Galván, I.; Sánchez, M. L.; Martín, M. E.; Olivares del Valle, F. J.; Aguilar, M. A. J. Chem. Phys. 2003, 118, 255
64. Serrano-Andrés, L.; Merchán, M.; Lindh, R. J. Chem. Phys. 2005, 122, 104107
65. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
66. Olivucci, M.; Lami, A.; Santoro, F. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 5118
67. Hasson, K. C.; Gai, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15124