Studies of the ground and excited-state surfaces of the retinal chromophore using CAM-B3LYP

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 16, 2010, Pages 5547-5555

  Rostov, Ivan V ^a   Amos, Roger D ^a   Kobayashi, Rika ^a   Scalmani, Giovanni ^b   Frisch, Michael J ^b  

^a AUSTRALIAN NATIONAL UNIVERSITY   (Australia)

^b GAUSSIAN INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSOCIATIVE STORAGE; CAMS; CHROMOPHORES; EXCITED STATES; ISOMERS; OPHTHALMOLOGY;

CARBON CHAINS; CIS ISOMERS; CROSS SECTION; DFT METHOD; OPTIMIZED STRUCTURES; TIME DEPENDENT DENSITY FUNCTIONAL THEORY; TORSIONAL ANGLE; TRANS ISOMERS;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 77951528559     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp911329g     Document Type: Article

References (69)

1. Shichi, H. Biochemistry of Vision; Academic Press: New York, 1983.
2. Filipek, S.; Teller, D. C.; Palczewski, K.; Stenkamp, R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 375
3. Schoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Science 1991, 254, 412
4. Peteanu, L. A.; Schoenlein, R. W.; Wang, Q.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11762
5. Wang, Q.; Schoenlein, R. W.; Peteanu, L. A.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Science 1994, 266, 422
6. Wang, Q.; Kochendoerfer, G. G.; Schoenlein, R. W.; Verdegem, P. J. E.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17388
7. Kukura, P.; McCamant, D. W.; Yoon, S.; Wandschneider, D. B.; Mathies, R. A. Science 2005, 310, 1006
8. McCamant, D. W.; Kukura, P.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10449
9. Kukura, P.; Yoon, S.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2006, 78, 5952
10. Kim, J. E.; McCamant, D. W.; Zhu, L. Y.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1240
11. Delaney, J. K.; Schmidt, P. K.; Brack, T. L.; Atkinson, G. H. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10827
12. Terentis, A. C.; Ujj, L.; Abramczyk, H.; Atkinson, G. H. Chem. Phys. 2005, 313, 51
13. Akiyama, R.; Kakitani, T.; Imamoto, Y.; Shichida, Y.; Hatano, Y. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7147
14. Kandori, H.; Shichida, Y.; Yoshizawa, T. Biophys. J. 1989, 56, 453
15. Popp, A.; Ujj, L.; Atkinson, G. H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 10043
16. Green, B. H.; Monger, T. G.; Alfano, R. R.; Aton, B.; Callender, R. H. Nature 1977, 269, 179
17. Yan, M.; Manor, D.; Weng, G.; Chao, H.; Rothberg, L.; Jedju, T. M.; Alfano, R. R.; Callender, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 9809
18. Casida, M. E. In Recent advances in Density Functional Theory Methods; Chong, D. P., Ed.; World Scientific: Singapore, 1995; Part 1.
19. Bauernschmitt, R.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 454
20. Wanko, M.; Garavelli, M.; Bernardi, F.; Niehaus, T. A.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 1674
21. Andruniow, T.; Ferre, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17908
22. Frutos, L. M.; Andruniow, T.; Santoro, F.; Ferre, N.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 7764
23. Ishida, T.; Nanbu, S.; Nakamura, H. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 4356
24. Aquino, A. J. A.; Barbatti, M.; Lischka, H. Chemphyschem 2006, 7, 2089
25. Szymczak, J. J.; Barbatti, M.; Lischka, H. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1189
26. Szymczak, J. J.; Barbatti, M.; Lischka, H. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11907
27. Send, R.; Sundholm, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2862
28. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8766
29. Send, R.; Sundholm, D.; Johansson, M. P.; Pawlowski, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2401
30. Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodet, P.; Koslowski, A.; Thiel, W.; Neese, F.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3606
31. Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11685
32. Send, R.; Sundholm, D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 27
33. Send, R.; Sundholm, D. J. Mol. Model. 2008, 14, 717
34. Wanko, M.; Hoffmann, M.; Frauenheim, T.; Elstner, M. J. Comput. Aided Mol. Des. 2006, 20, 511
35. Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 16883
36. Altun, A.; Yokoyama, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6814
37. Van Caillie, C.; Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 1999, 308, 249
38. Van Caillie, C.; Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 159
39. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
40. Stephens, P. J.; Jalkanen, K. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6107
41. Handy, N. C. Mol. Phys. 2004, 102, 2399
42. Tawada, Y.; Tsuneda, T.; Yanagisawa, S.; Yanai, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8425
43. Bonacickoutecky, V.; Kohler, J.; Michl, J. Chem. Phys. Lett. 1984, 104, 440
44. Bonacickoutecky, V.; Schoffel, K.; Michl, J. Theor. Chim. Acta 1987, 72, 459
45. Gonzalez-Luque, R.; Garavelli, M.; Bernardi, F.; Merchan, M.; Robb, M. A.; Olivucci, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9379
46. Yanai, T.; Tew, D. P.; Handy, N. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51
47. Kobayashi, R.; Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 2006, 420, 106
48. Cai, Z. L.; Crossley, M. J.; Reimers, J. R.; Kobayashi, R.; Amos, R. D. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15624
49. Yin, S.; Dahlbom, M. G.; Canfield, P. J.; Hush, N. S.; Kobayashi, R.; Reimers, J. R. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 9923
50. Peach, M. J. G.; Helgaker, T.; Salek, P.; Keal, T. W.; Lutnaes, O. B.; Tozer, D. J.; Handy, N. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 8, 558
51. Rudberg, E.; Salek, P.; Helgaker, T.; Agren, H. J. Chem. Phys. 2005, 123, 184108
52. Coto, P. B.; Sinicropi, A.; De Vico, L.; Ferre, N.; Olivucci, M. Mol. Phys. 2006, 104, 983
53. Gascon, J. A.; Batista, V. S. Biophys. J. 2004, 87, 2931
54. Gascon, J. A.; Sproviero, E. M.; Batista, V. S. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 184
55. Rohrig, U. F.; Guidoni, L.; Rothlisberger, U. Chemphyschem 2005, 6, 1836
56. Leenders, E. J. M.; Guidoni, L.; Rothlisberger, U.; Vreede, J.; Bolhuis, P. G.; Meijer, E. J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3765
57. Okada, T.; Sugihara, M.; Bondar, A. N.; Elstner, M.; Entel, P.; Buss, V. J. Mol. Biol. 2004, 342, 571
58. Vreven, T.; Morokuma, K. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 125
59. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098
60. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200
61. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
62. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Scalmani, G.; Mennucci, B.; Barone, V.; Petersson, G. A.; Caricato, M.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Peralta, J. E.; Izmaylov, A. F.; Kudin, K. N.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Staroverov, V.; Zheng, G.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Sonnenberg, J. L.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Parandekar, P. V.; Ferguson, G. A.; Mayhall, N. J.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Chen, W.; Wong, M. W.; Pople, J. A. Gaussian Development Version, Revision G.01; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2007.
63. Wiberg, K. B.; Hadad, C. M.; Lepage, T. J.; Breneman, C. M.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 671
64. Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 2002, 364, 612
65. Nielsen, I. B.; Lammich, L.; Andersen, L. H. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 018304
66. Kandori, H.; Katsuta, Y.; Ito, M.; Sasabe, H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2669
67. Arnaboldi, M.; Motto, M. G.; Tsujimoto, K.; Baloghnair, V.; Nakanishi, K. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 7082
68. Sekharan, S.; Weingart, O.; Buss, V. Biophys. J. 2006, 91, L7
69. Ponder, M.; Mathies, R. J. Phys. Chem. 1983, 87, 5090