Development and utilization of non-coding RNA-small molecule interactions

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 9, Issue 23, 2011, Pages 7969-7978

  Georgianna, Wesleigh E ^a   Young, Douglas D ^b  

^a DUKE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b The College of William and Mary   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMERS; CELLULAR BIOLOGY; CELLULAR PROCESS; DISEASE STATE; GENETIC INFORMATION; MOLECULE INTERACTIONS; NON-CODING RNA (NCRNA); RIBOSWITCHES; RIBOZYMES; SMALL MOLECULES;

CODES (SYMBOLS); CYTOLOGY; GENES; MOLECULES;

RNA;

RIBOZYME; SMALL UNTRANSLATED RNA;

ANIMAL; CHEMISTRY; CONFORMATION; GENETICS; METABOLISM; MOUSE; NUCLEOTIDE SEQUENCE; REVIEW; RIBOSWITCH;

ANIMALS; BASE SEQUENCE; MICE; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RIBOSWITCH; RNA, CATALYTIC; RNA, SMALL UNTRANSLATED;

EID: 81255195749     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1ob06324c     Document Type: Review

References (95)

1. T. R. Cech B. L. Bass Annu. Rev. Biochem. 1986 55 599 629
2. B. L. Bass T. R. Cech Nature 1984 308 820 826
3. J. Harms F. Schluenzen R. Zarivach A. Bashan S. Gat I. Agmon H. Bartels F. Franceschi A. Yonath Cell 2001 107 679 688
4. G. J. Hannon Nature 2002 418 244 251
5. A. Grishok A. E. Pasquinelli D. Conte N. Li S. Parrish I. Ha D. L. Baillie A. Fire G. Ruvkun C. C. Mello Cell 2001 106 23 34
6. J. S. Mattick EMBO Rep. 2001 2 986 991
7. J. S. Mattick Ann. N. Y. Acad. Sci. 2009 1178 29 46
8. E. S. Lander L. M. Linton B. Birren C. Nusbaum M. C. Zody J. Baldwin K. Devon K. Dewar M. Doyle W. FitzHugh R. Funke D. Gage K. Harris A. Heaford J. Howland L. Kann J. Lehoczky R. LeVine P. McEwan K. McKernan J. Meldrim J. P. Mesirov C. Miranda W. Morris J. Naylor C. Raymond M. Rosetti R. Santos A. Sheridan C. Sougnez N. Stange-Thomann N. Stojanovic A. Subramanian D. Wyman J. Rogers J. Sulston R. Ainscough S. Beck D. Bentley J. Burton C. Clee N. Carter A. Coulson R. Deadman P. Deloukas A. Dunham I. Dunham R. Durbin L. French D. Grafham S. Gregory T. Hubbard S. Humphray A. Hunt M. Jones C. Lloyd A. McMurray L. Matthews S. Mercer S. Milne J. C. Mullikin A. Mungall R. Plumb M. Ross R. Shownkeen S. Sims R. H. Waterston R. K. Wilson L. W. Hillier J. D. McPherson M. A. Marra E. R. Mardis L. A. Fulton A. T. Chinwalla K. H. Pepin W. R. Gish S. L. Chissoe M. C. Wendl K. D. Delehaunty T. L. Miner A. Delehaunty J. B. Kramer L. L. Cook R. S. Fulton D. L. Johnson P. J. Minx S. W. Clifton T. Hawkins E. Branscomb P. Predki P. Richardson S. Wenning T. Slezak N. Doggett J. F. Cheng A. Olsen S. Lucas C. Elkin E. Uberbacher M. Frazier R. A. Gibbs D. M. Muzny S. E. Scherer J. B. Bouck E. J. Sodergren K. C. Worley C. M. Rives J. H. Gorrell M. L. Metzker S. L. Naylor R. S. Kucherlapati D. L. Nelson G. M. Weinstock Y. Sakaki A. Fujiyama M. Hattori T. Yada A. Toyoda T. Itoh C. Kawagoe H. Watanabe Y. Totoki T. Taylor J. Weissenbach R. Heilig W. Saurin F. Artiguenave P. Brottier T. Bruls E. Pelletier C. Robert P. Wincker D. R. Smith L. Doucette-Stamm M. Rubenfield K. Weinstock H. M. Lee J. Dubois A. Rosenthal M. Platzer G. Nyakatura S. Taudien A. Rump H. Yang J. Yu J. Wang G. Huang J. Gu L. Hood L. Rowen A. Madan S. Qin R. W. Davis N. A. Federspiel A. P. Abola M. J. Proctor R. M. Myers J. Schmutz M. Dickson J. Grimwood D. R. Cox M. V. Olson R. Kaul N. Shimizu K. Kawasaki S. Minoshima G. A. Evans M. Athanasiou R. Schultz B. A. Roe F. Chen H. Pan J. Ramser H. Lehrach R. Reinhardt W. R. McCombie M. de la Bastide N. Dedhia H. Blocker K. Hornischer G. Nordsiek R. Agarwala L. Aravind J. A. Bailey A. Bateman S. Batzoglou E. Birney P. Bork D. G. Brown C. B. Burge L. Cerutti H. C. Chen D. Church M. Clamp R. R. Copley T. Doerks S. R. Eddy E. E. Eichler T. S. Furey J. Galagan J. G. Gilbert C. Harmon Y. Hayashizaki D. Haussler H. Hermjakob K. Hokamp W. Jang L. S. Johnson T. A. Jones S. Kasif A. Kaspryzk S. Kennedy W. J. Kent P. Kitts E. V. Koonin I. Korf D. Kulp D. Lancet T. M. Lowe A. McLysaght T. Mikkelsen J. V. Moran N. Mulder V. J. Pollara C. P. Ponting G. Schuler J. Schultz G. Slater A. F. Smit E. Stupka J. Szustakowski D. Thierry-Mieg J. Thierry-Mieg L. Wagner J. Wallis R. Wheeler A. Williams Y. I. Wolf K. H. Wolfe S. P. Yang R. F. Yeh F. Collins M. S. Guyer J. Peterson A. Felsenfeld K. A. Wetterstrand A. Patrinos M. J. Morgan P. de Jong J. J. Catanese K. Osoegawa H. Shizuya S. Choi Y. J. Chen Nature 2001 409 860 921
9. S. R. Eddy Nat. Rev. Genet. 2001 2 919 929
10. J. Barciszewski and V. A. Erdmann, RNA Technologies and Their Applications, Springer, Berlin, 2010
11. R. Garzon G. Marcucci C. M. Croce Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 775 789
12. M. C. Tsai R. C. Spitale H. Y. Chang Cancer Res. 2011 71 3 7
13. J. M. Thomson M. Newman J. S. Parker E. M. Morin-Kensicki T. Wright S. M. Hammond Genes Dev. 2006 20 2202 2207
14. B. Czech C. D. Malone R. Zhou A. Stark C. Schlingeheyde M. Dus N. Perrimon M. Kellis J. A. Wohlschlegel R. Sachidanandam G. J. Hannon J. Brennecke Nature 2008 453 798 802
15. M. Ghildiyal P. D. Zamore Nat. Rev. Genet. 2009 10 94 108
16. R. J. Taft E. A. Glazov N. Cloonan C. Simons S. Stephen G. J. Faulkner T. Lassmann A. R. Forrest S. M. Grimmond K. Schroder K. Irvine T. Arakawa M. Nakamura A. Kubosaki K. Hayashida C. Kawazu M. Murata H. Nishiyori S. Fukuda J. Kawai C. O. Daub D. A. Hume H. Suzuki V. Orlando P. Carninci Y. Hayashizaki J. S. Mattick Nat. Genet. 2009 41 572 578
17. K. Okamura J. W. Hagen H. Duan D. M. Tyler E. C. Lai Cell 2007 130 89 100
18. H. Inose H. Ochi A. Kimura K. Fujita R. Xu S. Sato M. Iwasaki S. Sunamura Y. Takeuchi S. Fukumoto K. Saito T. Nakamura H. Siomi H. Ito Y. Arai K. Shinomiya S. Takeda Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 20794 20799
19. M. S. Weinberg M. J. Wood Hum. Mol. Genet. 2009 18 R27 39
20. W. P. Kloosterman R. H. Plasterk Dev. Cell 2006 11 441 450
21. J. Lu G. Getz E. A. Miska E. Alvarez-Saavedra J. Lamb D. Peck A. Sweet-Cordero B. L. Ebert R. H. Mak A. A. Ferrando J. R. Downing T. Jacks H. R. Horvitz T. R. Golub Nature 2005 435 834 838
22. J. R. Thomas P. J. Hergenrother Chem. Rev. 2008 108 1171 1224
23. S. Zhang L. Chen E. J. Jung G. A. Calin Clin. Pharmacol. Ther. 2010 87 754 758
24. Y. Tor ChemBioChem 2003 4 998 1007
25. S. R. Chowdhury M. M. Islam G. S. Kumar Mol. BioSyst. 2010 6 1265 1276
26. A. Deiters AAPS J. 2010 12 51 60
27. Y. Li C. He P. Jin Chem. Biol. 2010 17 584 589
28. J. Gallego G. Varani Acc. Chem. Res. 2001 34 836 843
29. F. F. Costa Drug Discovery Today 2009 14 446 452
30. J. Stenvang M. Lindow S. Kauppinen Biochem. Soc. Trans. 2008 36 1197 1200
31. N. Barron N. Sanchez P. Kelly M. Clynes Biotechnol. Lett. 2011 33 11 21
32. A. Fire S. Xu M. K. Montgomery S. A. Kostas S. E. Driver C. C. Mello Nature 1998 391 806 811
33. L. He G. J. Hannon Nat. Rev. Genet. 2004 5 522 531
34. V. Ambros X. Chen Development 2007 134 1635 1641
35. G. A. Calin A. Cimmino M. Fabbri M. Ferracin S. E. Wojcik M. Shimizu C. Taccioli N. Zanesi R. Garzon R. I. Aqeilan H. Alder S. Volinia L. Rassenti X. Liu C. G. Liu T. J. Kipps M. Negrini C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5166 5171
36. T. Du P. D. Zamore Development 2005 132 4645 4652
37. Y. Lee C. Ahn J. Han H. Choi J. Kim J. Yim J. Lee P. Provost O. Radmark S. Kim V. N. Kim Nature 2003 425 415 419
38. A. M. Denli B. B. Tops R. H. Plasterk R. F. Ketting G. J. Hannon Nature 2004 432 231 235
39. G. Hutvagner J. McLachlan A. E. Pasquinelli E. Balint T. Tuschl P. D. Zamore Science 2001 293 834 838
40. J. Liu M. A. Carmell F. V. Rivas C. G. Marsden J. M. Thomson J. J. Song S. M. Hammond L. Joshua-Tor G. J. Hannon Science 2004 305 1437 1441
41. S. Vasudevan Y. Tong J. A. Steitz Science 2007 318 1931 1934
42. S. Vasudevan J. A. Steitz Cell 2007 128 1105 1118
43. M. P. Czech N. Engl. J. Med. 2006 354 1194 1195
44. J. Elmen M. Lindow S. Schutz M. Lawrence A. Petri S. Obad M. Lindholm M. Hedtjarn H. F. Hansen U. Berger S. Gullans P. Kearney P. Sarnow E. M. Straarup S. Kauppinen Nature 2008 452 896 U810
45. J. Krutzfeldt N. Rajewsky R. Braich K. G. Rajeev T. Tuschl M. Manoharan M. Stoffel Nature 2005 438 685 689
46. B. P. Davies C. Arenz Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 5550 5552
47. B. P. Davies C. Arenz Bioorg. Med. Chem. 2008 16 49 55
48. S. Chirayil R. Chirayil K. J. Luebke Nucleic Acids Res. 2009 37 5486 5497
49. Y. L. Chiu C. U. Dinesh C. Y. Chu A. Ali K. M. Brown H. Cao T. M. Rana Chem. Biol. 2005 12 643 648
50. K. Watashi M. L. Yeung M. F. Starost R. S. Hosmane K. T. Jeang J. Biol. Chem. 2010 285 24707 24716
51. Q. Zhang C. Zhang Z. Xi Cell Res. 2008 18 1077 1079
52. G. Shan Y. Li J. Zhang W. Li K. E. Szulwach R. Duan M. A. Faghihi A. M. Khalil L. Lu Z. Paroo A. W. Chan Z. Shi Q. Liu C. Wahlestedt C. He P. Jin Nat. Biotechnol. 2008 26 933 940
53. K. Gumireddy D. D. Young X. Xiong J. B. Hogenesch Q. Huang A. Deiters Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 7482 7484
54. D. D. Young C. M. Connelly C. Grohmann A. Deiters J. Am. Chem. Soc. 2010 132 7976 7981
55. A. D. Ellington Curr. Biol. 1994 4 427 429
56. J. E. Weigand B. Suess Appl. Microbiol. Biotechnol. 2009 85 229 236
57. C. Tuerk L. Gold Science 1990 249 505 510
58. A. D. Ellington J. W. Szostak Nature 1990 346 818 822
59. G. Mayer Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 2672 2689
60. P. L. Sazani R. Larralde J. W. Szostak J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8370 8371
61. C. Wilson J. Nix J. Szostak Biochemistry 1998 37 14410 14419
62. R. D. Jenison S. C. Gill A. Pardi B. Polisky Science 1994 263 1425 1429
63. C. I. An V. B. Trinh Y. Yokobayashi RNA 2006 12 710 716
64. N. Tuleuova C. I. An E. Ramanculov A. Revzin Y. Yokobayashi Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008 376 169 173
65. A. Henn A. Joachimi D. P. Goncalves D. Monchaud M. P. Teulade-Fichou J. K. Sanders J. S. Hartig ChemBioChem 2008 9 2722 2729
66. T. S. Bayer C. D. Smolke Nat. Biotechnol. 2005 23 337 343
67. M. Mandal R. R. Breaker Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004 5 451 463
68. G. A. Soukup R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 3584 3589
69. S. Topp J. P. Gallivan ACS Chem. Biol. 2010 5 139 148
70. R. R. Breaker Cold Spring Harb Perspect Biol 2010
71. A. Nahvi N. Sudarsan M. S. Ebert X. Zou K. L. Brown R. R. Breaker Chem. Biol. 2002 9 1043
72. M. T. Cheah A. Wachter N. Sudarsan R. R. Breaker Nature 2007 447 497 500
73. A. Serganov D. J. Patel Nat. Rev. Genet. 2007 8 776 790
74. B. Suess B. Fink C. Berens R. Stentz W. Hillen Nucleic Acids Res. 2004 32 1610 1614
75. A. Wachter RNA Biol. 2010 7 67 76
76. I. Harvey P. Garneau J. Pelletier RNA 2002 8 452 463
77. S. A. Lynch S. Topp J. P. Gallivan Methods Mol. Biol. 2009 540 321 333
78. N. Sudarsan S. Cohen-Chalamish S. Nakamura G. M. Emilsson R. R. Breaker Chem. Biol. 2005 12 1325 1335
79. N. Sudarsan J. K. Wickiser S. Nakamura M. S. Ebert R. R. Breaker Genes Dev. 2003 17 2688 2697
80. E. Ott J. Stolz M. Lehmann M. Mack RNA Biol. 2009 6 276 280
81. W. G. Scott Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 280 286
82. C. Guerriertakada K. Gardiner T. Marsh N. Pace S. Altman Cell 1983 35 849 857
83. K. Kruger P. J. Grabowski A. J. Zaug J. Sands D. E. Gottschling T. R. Cech Cell 1982 31 147 157
84. M. E. Harris A. G. Cassano Curr. Opin. Chem. Biol. 2008 12 626 639
85. P. C. Bevilacqua R. Yajima Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 455 464
86. J. Tang R. R. Breaker Chem. Biol. 1997 4 453 459
87. W. G. Scott M. Martick Y. I. Chi Biochim Biophys Acta 2009 1789 634 641
88. G. A. Soukup R. R. Breaker Structure 1999 7 783 791
89. D. D. Young A. Deiters Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006 16 2658 2661
90. M. N. Win C. D. Smolke Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14283 14288
91. D. Kumar C. I. An Y. Yokobayashi J. Am. Chem. Soc. 2009 131 13906 13907
92. S. Auslander P. Ketzer J. S. Hartig Mol. BioSyst. 2010 6 807 814
93. L. Yen M. Magnier R. Weissleder B. R. Stockwell R. C. Mulligan RNA 2006 12 797 806
94. L. Yen J. Svendsen J. S. Lee J. T. Gray M. Magnier T. Baba R. J. D'Amato R. C. Mulligan Nature 2004 431 471 476
95. D. D. Young R. A. Garner J. A. Yoder A. Deiters Chem. Commun. 2009 568 570