Cyano groups as probes of protein microenvironments and dynamics

Angewandte Chemie - International Edition

Volumn 50, Issue 36, 2011, Pages 8333-8337

  Zimmermann, Jörg ^a   Thielges, Megan C ^a   Seo, Young Jun ^a   Dawson, Philip E ^a   Romesberg, Floyd E ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

carbon deuterium bonds; cytochrome c; protein dynamics; protein folding; time resolved IR spectroscopy

Indexed keywords

CARBON-DEUTERIUM BONDS; CYANO GROUPS; CYTOCHROME C; FOLDED STATE; IR SPECTRUM; MICROENVIRONMENTS; PROTEIN DYNAMICS; SITE-SPECIFIC; TIME-RESOLVED IR SPECTROSCOPY; TIME-RESOLVED METHODS;

AMINO ACIDS; DEUTERIUM; PORPHYRINS; PROBES; PROTEIN FOLDING;

PROTEINS;

CYANIDE; CYTOCHROME C; PHENYLALANINE;

ARTICLE; CHEMISTRY; GENETICS; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; KINETICS; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN FOLDING;

CYANIDES; CYTOCHROMES C; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PHENYLALANINE; PROTEIN FOLDING; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 80052094703     PISSN: 14337851     EISSN: 15213773     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/anie.201101016     Document Type: Article

References (49)

1. J. K. Chin, R. Jimenez, F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2426.
2. A. T. Fafarman, S. G. Boxer, J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13536.
3. S. Ye, T. Huber, R. Vogel, T. Sakmar, Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 397.
4. H. Taskent-Sezgin, J. Chung, P. S. Banerjee, S. Nagarajan, R. B. Dyer, I. Carrico, D. P. Raleigh, Angew. Chem. 2010, 122, 7635.
5. R. A. Nyquist, Appl. Spectrosc. 1990, 44, 1405.
6. W. R. Fawcett, G. J. Liu, T. E. Kessler, J. Phys. Chem. 1993, 97, 9293.
7. M. G. Maienschein-Cline, C. H. Londergan, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10020.
8. D. J. Aschaffenburg, R. S. Moog, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12736.
9. M. E. Cremeens, J. Zimmermann, W. Yu, P. E. Dawson, F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5726.
10. D. Groff, M. C. Thielges, S. Cellitti, P. G. Schultz, F. E. Romesberg, Angew. Chem. 2009, 121, 3530
11. Angew. Chem. Int. Ed. 2009, 48, 3478.
12. M. C. Thielges, D. A. Case, F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6597.
13. L. B. Sagle, J. Zimmermann, P. E. Dawson, F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14232.
14. P. Weinkam, J. Zimmermann, L. B. Sagle, S. Matsuda, P. E. Dawson, P. G. Wolynes, F. E. Romesberg, Biochemistry 2008, 47, 13470.
15. J. Zimmermann, M. C. Thielges, W. Yu, P. E. Dawson, F. E. Romesberg, J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 412.
16. C. Fang, J. D. Bauman, K. Das, A. Remorino, E. Arnold, R. M. Hochstrasser, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 1472.
17. I. T. Suydam, C. D. Snow, V. S. Pande, S. G. Boxer, Science 2006, 313, 200.
18. L. J. Webb, S. G. Boxer, Biochemistry 2008, 47, 1588.
19. W. Childs, S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6474.
20. Z. Getahun, C. Y. Huang, T. Wang, B. De Leon, W. F. DeGrado, F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 405.
21. M. J. Tucker, Z. Getahun, V. Nanda, W. F. DeGrado, F. Gai, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5078.
22. S. Mukherjee, P. Chowdhury, W. F. DeGrado, F. Gai, Langmuir 2007, 23, 11174.
23. C. L. Weeks, A. Polishchuk, Z. Getahun, W. F. DeGrado, T. G. Spiro, J. Raman Spectrosc. 2008, 39, 1606.
24. M. M. Waegele, M. J. Tucker, F. Gai, Chem. Phys. Lett. 2009, 478, 249.
25. M. M. Waegele, F. Gai, J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 781.
26. J. Liu, J. Strzalka, A. Tronin, J. S. Johansson, J. K. Blasie, Biophys. J. 2009, 96, 4176.
27. P. A. Sigala, A. T. Fafarman, P. E. Bogard, S. G. Boxer, D. Herschlag, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12104.
28. A. T. Fafarman, P. A. Sigala, D. Herschlag, S. G. Boxer, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 12811.
29. K. I. Oh, J. H. Choi, J. H. Lee, J. B. Han, H. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2008, 128, 154504.
30. J. H. Choi, K. I. Oh, H. Lee, C. Lee, M. Cho, J. Chem. Phys. 2008, 128, 134506.
31. B. A. Lindquist, S. A. Corcelli, J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6301.
32. B. A. Lindquist, K. E. Furse, S. A. Corcelli, Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 8119.
33. K. C. Schultz, L. Supekova, Y. Ryu, J. Xie, R. Perera, P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13984.
34. C. Zheng, J. A. McCammon, P. G. Wolynes, Chem. Phys. 1991, 158, 261.
35. D. S. Wuttke, M. J. Bjerrum, J. R. Winkler, H. B. Gray, Science 1992, 256, 1007.
36. S. A. Kang, B. R. Crane, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 15465.
37. J. R. Telford, P. Wittung-Stafshede, H. B. Gray, J. R. Winkler, Acc. Chem. Res. 1998, 31, 755.
38. P. Weinkam, C. Zong, P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 12401.
39. B. N. Storhoff, H. C. Lewis, Coord. Chem. Rev. 1977, 23, 1.
40. R. E. Clarke, P. C. Ford, Inorg. Chem. 1970, 9, 227.
41. C. M. Jones, E. R. Henry, Y. Hu, C. K. Chan, S. D. Luck, A. Bhuyan, H. Roder, J. Hofrichter, W. A. Eaton, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 11860.
42. E. Chen, M. J. Wood, A. L. Fink, D. S. Kliger, Biochemistry 1998, 37, 5589.
43. M. C. Thielges, J. Zimmermann, F. E. Romesberg, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6054.
44. R. Kumar, N. P. Prabhu, M. Yadaiah, A. K. Bhuyan, Biophys. J. 2004, 87, 2656.
45. M. M. Krishna, H. Maity, J. N. Rumbley, Y. Lin, S. W. Englander, J. Mol. Biol. 2006, 359, 1410.
46. I. T. Suydam, S. G. Boxer, Biochemistry 2003, 42, 12050.
47. S. S. Andrews, S. G. Boxer, J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11853.
48. S. S. Andrews, S. G. Boxer, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 469.
49. S. G. Boxer, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2972.