Effects of interface mutations on association modes and electron-transfer rates between proteins

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 43, 2005, Pages 15465-15470

  Kang, Seong A ^a   Crane, Brian R ^a  

^a Department of Population Medicine and Diagnostic Sciences   (United States)

Author keywords

Cytochrome; Electron tunneling; Protein dynamics; Protein protein interaction

Indexed keywords

CYTOCHROME; CYTOCHROME C PEROXIDASE; PORPHYRIN; PROTEIN; TRYPTOPHAN; ZINC;

ARTICLE; CHANNEL GATING; CONFORMATIONAL TRANSITION; CRYSTAL STRUCTURE; ELECTRON TRANSPORT; GENE MUTATION; GENETIC RECOMBINATION; MOLECULAR DYNAMICS; NONHUMAN; OXIDATION REDUCTION REACTION; PHOTOCHEMISTRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS; TEMPERATURE DEPENDENCE;

CRYSTALLIZATION; CYTOCHROME-C PEROXIDASE; ELECTRON TRANSPORT; KINETICS; MUTATION; OXIDATION-REDUCTION; PROTEINS; TEMPERATURE;

EID: 27344432508     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0505176102     Document Type: Article

References (51)

1. Hoffman, B., Celis, L. M., Cull, D. A., Patel, A. D., Seifert, J. L., Wheeler, K. E., Wang, J., Yao, J., Kurnikov, I. V. & Nocek, J. M. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 3564-3569.
2. Page, C. C., Moser, C. C. & Dutton, P. L. (2003) Curr. Opin. Chem. Biol. 7, 551-556.
3. Gray, H. B. & Winkler, J. R. (2003) Q. Rev. Biophys. 36, 341-372.
4. Andrew, S. M., Thomasson, K. A. & Northrup, S. H. (1993) J. Am. Chem. Soc. 115, 5516-5521.
5. Mei, H. K., Wang, K. F., Peffer, N., Weatherly, G., Cohen, D. S., Miller, M., Pielak, G., Durham, B. & Millett, F. (1999) Biochemistry 38, 6846-6854.
6. Grove, T. Z. & Kostic, N. M. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 10598-10607.
7. Pletneva, E. V., Fulton, D. B., Kohzuma, T. & Kostic, N. M. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 1034-1046.
8. Nocek, J. M., Zhou, J. S., DeForest, S., Priyadarshy, S., Beratan, D. N., Onuchic, J. N. & Hoffman, B. M. (1996) Chem. Rev. 96, 2459-2489.
9. Leys, D., Basran, J., Talfournier, F., Sutcliffe, M. J. & Scrutton, N. S. (2003) Nat. Struct. Biol. 2003, 219-225.
10. Liang, Z. X., Kurnikov, I. V., Nocek, J. M., Mauk, A. G., Beratan, D. N. & Hoffman, B. M. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 2785-2798.
11. Lin, J. & Beratan, D. N. (2005) J. Phys. Chem. B 109, 7529-7534.
12. Everest, A. M., Wallin, S. A., Stemp, E. D. A., Nocek, J. M., Mauk, A. G. & Hoffman, B. M. (1991) J. Am. Chem. Soc. 113, 4337-4338.
13. Ren, Y., Wang, W. H., Wang, Y. H., Case, M., Qian, W., McLendon, G. & Huang, Z. X. (2004) Biochemistry 43, 3527-3536.
14. Niki, K., Hardy, W. R., Hill, M. G., Li, H., Sprinkle, J. R., Margoliash, E., Fujita, K., Tanimura, R., Nakamura, N., Ohno, H., et al. (2003) J. Phys. Chem. B 107, 9947-9949.
15. Pelletier, H. & Kraut, J. (1992) Science 258, 1748-1755.
16. Guo, M. L., Bhaskar, B., Li, H. Y., Barrows, T. P. & Poulos, T. L. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 5940-5945.
17. Nocek, J. M., Leesch, V. W., Zhou, J., Jiang, M. & Hoffman, B. M. (2000) Isr. J. Chem. 40, 35-46.
18. Seifert, J. L., Pfister, T. D., Nocek, J. M., Lu, Y. & Hoffman, B. M. (2005) J. Am. Chem. Soc. 127, 5750-5751.
19. Wang, K. F., Mei, H. K., Geren, L., Miller, M. A., Saunders, A., Wang, X. M., Waldner, J. L., Pielak, G. J., Durham, B. & Millett, F. (1996) Biochemistry 35, 15107-15119.
20. Wallin, S. A., Stemp, E. D. A., Everest, A. M., Nocek, J. M., Netzel, T. L. & Hoffman, B. M. (1991) J. Am. Chem. Soc. 113, 1842-1844.
21. Kang, S. A., Marjavaara, P. J. & Crane, B. R. (2004) J. Am. Chem. Soc. 126, 10836-10837.
22. Pollock, W. B., Rosell, F. I., Twitchett, M. B., Dumont, M. B. & Mauk, A. G. (1998) Biochemistry 37, 6124-6131.
23. DeWeerd, K., Grigoryants, V., Sun, Y., Fetrow, J. & Scholes, C. (2001) Biochemistry 40, 15846-15855.
24. Otwinowski, A. & Minor, W. (1997) Methods Enzymol. 276, 307-325.
25. Navaza, J. (1994) Acta Crystallogr. A 50, 157-163.
26. Brunger, A. T., Adams, P. D., Clore, G. M., Delano, W. L., Gros, P., Grosse-Kunstleve, R. W., Jiang, J. S., Kuszewski, J., Nilges, M., Pannu, N. S., et al. (1998) Acta Crystallogr. D 54, 905-921.
27. McRee, D. E. (1992) J. Mol. Graphics 10, 44-47.
28. Winn, M. D., Isupov, M. N. & Murshudov, G. N. (2001) Acta Crystallogr. D 57, 122-133.
29. Stemp, E. D. A. & Hoffman, B. M. (1993) Biochemistry 32, 10848-10865.
30. Elias, H., Chou, M. H. & Winkler, J. R. (1988) J. Am. Chem. Soc. 110, 429-434.
31. Kurnikov, I. V. (2000) HARLEM Molecular Modeling Package (University of Pittsburgh, Pittsburgh), Version 1.0.
32. Beratan, D. N., Betts, J. N. & Onichic, J. N. (1991) Science 252, 1285-1288.
33. Rafferty, S. P., Pearce, L. L., Barker, P. D., Guillemette, J. G., Kay, C. R., Smith, M. & Mauk, A.G. (1990) Biochemistry 29, 9365-9369.
34. Lo, T. P., Guillemette, G., Louie, G. V., Smith, M. & Brayer, G. D. (1995) Biochemistry 34, 163-171.
35. Louie, G. V., Pielak, G. J., Smith, M. & Brayer, G. D. (1988) Biochemistry 27, 7870-7876.
36. Tommos, C., Skalicky, J. J., Pilloud, D. L., Wand, A. J. & Dutton, P. L. (1999) 38, 9495-9507.
37. Di Bilio, A. J., Crane, B. R., Wehbi, W. A., Kiser, C. N., Abu-Omar, M. M., Carlos, R. M., Richards, J. H., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 3181-3182.
38. Tezcan, F. A., Crane, B. R., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 5002-5006.
39. Nocek, J. M., Stemp, E. D. A., Finnegan, M. G., Koshy, T. I., Johnson, M. K., Margoliash, E., Mauk, A. G., Smith, M. & Hoffman, B. M. (1991) J. Am. Chem. Soc. 113, 6822-6831.
40. Skov, L. K., Pascher, T., Winkler, J. R., and Gray, H. B. (1998) J. Am. Chem. Soc. 120, 1102-1103.
41. Crane, B. R., Di Bilio, A. J., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 11623-11631.
42. Khoshtariya, D. E., Wei, J. J., Liu, H. Y., Yue, H. J. & Waldeck, D. H. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 7704-7714.
43. Murgida, D. H. & Hildebrandt, P. (2002) J. Phys. Chem. B 106, 12814-12819.
44. Chi, Q. J., Zhang, J. D., Andersen, J. E. T. & Ulstrup, J. (2001) J. Phys. Chem. B 105, 4669-4679.
45. Avila, A., Gregory, B. W., Niki, K., Cotton, T. M. (2000) J. Phys. Chem. B 104, 2759-2766.
46. Feng, Z.-Q., Imabayashi, S., Kakiuchi, T. & Niki., K. (1997) J. Chem. Soc. Faraday Trans. 93, 1367-1371.
47. Pappa, H. S., Tajbaksh, S., Saunders, A. J., Pielak, G. J. & Poulos, T. L. (1996) Biochemistry 35, 4837-4845.
48. Sato, F., Yoshihiro, T., Era, M. & Kashiwagi, H. (2004) Chem. Phys. Lett. 392, 565-566.
49. Zusman, L. D. (1994) Z. Phys. Chem. Int. J. Res. Phys. Chem. Chem. Phys. 186, 1-29.
50. Beratan, D. N. & Onuchic, J. N. (1988) J. Chem. Phys. 89, 6195-6203.
51. Wuttke, D. S., Bjerrum, M. J., Winkler, J. R. & Gray, H. B. (1992) Science 256, 1007-1009.