Peptide inhibitors of xenoreactive antibodies mimic the interaction profile of the native carbohydrate antigens

Biopolymers

Volumn 96, Issue 2, 2011, Pages 193-206

  Agostino, Mark ^a   Sandrin, Mauro S ^b   Thompson, Philip E ^a   Ramsland, Paul A ^b,c,d   Yuriev, Elizabeth ^a  

^a MONASH UNIVERSITY   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^c BURNET INSTITUTE   (Australia)

^d MONASH UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

Antibody; Carbohydrate; Docking; Mimicry; Peptide

Indexed keywords

ANTIGENS; BLOOD; CARBOHYDRATES; DOCKING; HYDROGEN BONDS; PEPTIDES; VAN DER WAALS FORCES;

ANTI-CARBOHYDRATE ANTIBODIES; ANTIBODY BINDING SITES; CARBOHYDRATE RECOGNITION; INTERACTION PROFILES; MIMICRY; PEPTIDE RECOGNITION; VAN DER WAALS INTERACTIONS; XENOTRANSPLANTATION;

ANTIBODIES;

ALLOANTIBODY; BIOMIMETIC MATERIAL; CARBOHYDRATE; PEPTIDE;

ARTICLE; BLOOD GROUP ABO SYSTEM; CHEMISTRY; HUMAN; IMMUNOLOGY;

ABO BLOOD-GROUP SYSTEM; BIOMIMETIC MATERIALS; CARBOHYDRATES; HUMANS; ISOANTIBODIES; PEPTIDES;

EID: 79960669494     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21427     Document Type: Conference Paper

References (75)

1. Solís, D.; Jimenez-Barbero, J.; Kaltner, H.; Romero, A.; Siebert, H.-C; Von Der Lieth, C.-W.; Gabius, H.-J. Cells Tissues Organs 2001, 168, 5-23.
2. Rudiger, H.; Gabius, H.-J. Glycoconj J 2001, 18, 589-613.
3. Huflejt, M. E.; Vuskovic, M.; Vasiliu, D.; Xu, H.; Obukhova, P.; Shilova, N.; Tuzikov, A.; Galanina, O.; Arun, B.; Lu, K.; Bovin, N. Mol Immunol 2009, 46, 3037-3049.
4. Malhotra, R.; Wormald, M. R.; Rudd, P. M.; Fishcher, P. B.; Dwek, R. A.; Sim, R. B. Nat Med 1995, 1, 237-243.
5. Fukuda, M. Cancer Res 1996, 56, 2237-2244.
6. Coppo, R.; Amore, A. Kidney Int 2004, 65, 1544-1547.
7. Yuriev, E.; Farrugia, W.; Scott, A. M.; Ramsland, P. A. Immunol Cell Biol 2005, 83, 709-717.
8. Ramsland, P. A. Immunol Cell Biol 2005, 83, 315-317.
9. Manyalich, M., Costa, A. N., Paez, G. Organs Tissues Cells 2009, 12, 5-8.
10. Sandrin, M. S.; Vaughan, H. A.; Dabkowski, P. L.; McKenzie, I. F. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 11391-11395.
11. Cooper, D. K. C.; Good, A. H.; Koren, E.; Oriol, R.; Malcolm, A. J.; Ippolito, R. M.; Neethling, F. A.; Ye, Y.; Romano, E.; Zuhdi, N. Transplant Immunol 1993, 1, 198-205.
12. Sandrin, M. S.; McKenzie, I. F. Immunol Rev 1994, 141, 169-190.
13. Macher, B. A.; Galili, U. Biochim et Biophys Acta 2008, 1780, 75-88.
14. Brandl, U.; Michel, S.; Erhardt, M.; Brenner, P.; Burdorf, L.; Jöckle, H.; Bittman, I.; Rössle, M.; Mordstein, V.; Baschnegger, H.; Bauer, A.; Hammer, C.; Reichart, B.; Schmoeckel, M. Transplant Proc 2007, 39, 577-578.
15. Kuwaki, K.; Tseng, Y. L.; Dor, F. J.; Shimizu, A.; Houser, S. L.; Sanderson, T. M.; Lancos, C. J.; Prabharasuth, D. D.; Cheng, J.; Moran, K.; Hisashi, Y.; Mueller, N.; Yamada, K.; Greenstein, J. L.; Hawley, R. J.; Patience, C.; Awwad, M.; Fishman, J. A.; Robson, S. C.; Schuurman, H. J.; Sachs, D. H.; Cooper, D. K. Nat Med 2005, 11, 29-31.
16. Romano, E.; Neethling, F. A.; Nilsson, K.; Kosanke, S.; Shimizu, A.; Magnusson, S.; Svensson, L.; Samuelsson, B.; Cooper, D. K. C. Xenotransplantation 1999, 6, 36-42.
17. Ezzelarab, M.; Ayares, D.; Cooper, D. K. Immunol Cell Biol 2005, 83, 396-404.
18. Vaughan, H. A.; Oldenburg, K. R.; Gallop, M. A.; Atkin, J. D.; McKenzie, I. F. C.; Sandrin, M. S. Xenotransplantation 1996, 3, 18-23.
19. Kooyman, D. L., McClellan, S. B., Parker, W., Avissar, P. L., Velardo, M. A., Platt, J. L., Logan, J. S. Transplantation 1996, 61, 851-855.
20. Zhan, J., Xia, Z., Xu, L., Yan, Z., Wang, K. Biochem Biophys Res Commun 2003, 308, 19-22.
21. Lang, J.; Zhan, J.; Xu, L.; Yan, Z. Biochem Biophys Res Commun 2006, 344, 214-220.
22. Sandrin, M. S.; Vaughan, H. A.; Xing, P. X.; McKenzie, I. F. Glycoconj J 1997, 14, 97-105.
23. Xian, M.; Fatima, Z.; Zhang, W.; Fang, J.; Li, H.; Pei, D.; Loo, J.; Stevenson, T.; Wang, P. G. J Comb Chem 2004, 6, 126-134.
24. Ramsland, P. A.; Farrugia, W.; Yuriev, E.; Edmundson, A. B.; Sandrin, M. S. Cell Moll Biol 2003, 49, 307-317.
25. Tempel, W.; Tschampel, S.; Woods, R. J. J Biol Chem 2002, 277, 6615-6621.
26. Walser, P. J.; Haebel, P. W.; Kunzler, M.; Sargent, D.; Kues, U.; Aebi, M.; Ban, N. Structure 2004, 12, 689-702.
27. Greco, A.; Ho, J. G.; Lin, S. J.; Palcic, M. M.; Rupnik, M.; Ng, K. K. Nat Struct Mol Biol 2006, 13, 460-461.
28. Natchiar, S. K.; Srinivas, O.; Mitra, N.; Surolia, A.; Jayaraman, N.; Vijayan, M. Acta Crystallogr 2006, D62, 1413-1421.
29. Grahn, E.; Askarieh, G.; Holmner, A.; Tateno, H.; Winter, H. C.; Goldstein, I. J.; Krengel, U. J Mol Biol 2007, 369, 710-721.
30. Kulkarni, K. A.; Katiyar, S.; Surolia, A.; Vijayan, M.; Suguna, K. Proteins 2007, 68, 762-769.
31. Blanchard, B.; Nurisso, A.; Hollville, E.; Tetaud, C.; Wiels, J.; Pokorna, M.; Wimmerova, M.; Varrot, A.; Imberty, A. J Mol Biol 2008, 383, 837-853.
32. Ramsland, P. A.; Shan, L.; Moomaw, C. R.; Slaughter, C. A.; Fan, Z.-C.; Guddat, L. W.; Edmundson, A. B. Mol Immunol 2000, 37, 295-310.
33. Yuriev, E.; Ramsland, P. A.; Edmundson, A. B. J Mol Recognit 2001, 14, 172-184.
34. Edmundson, A. B.; Tribbick, G.; Plompen, S.; Geysen, H. M.; Yuriev, E.; Ramsland, P. A. J Mol Recognit 2001, 14, 229-238.
35. Ramsland, P. A.; Yuriev, E.; Edmundson, A. B. Comb Chem High Throughput Screen 2001, 4, 397-408.
36. Yuriev, E.; Ramsland, P. A.; Edmundson, A. B. Scand J Immunol 2002, 55, 242-253.
37. Yuriev, E.; Ramsland, P. A. J Mol Recognit 2002, 15, 331-340.
38. Milland, J.; Yuriev, E.; Xing, P.-X.; McKenzie, I. F. C.; Ramsland, P. A.; Christiansen, D.; Sandrin, M. S. Immunol Cell Biol 2008, 86, 633-634.
39. Agostino, M.; Sandrin, M. S.; Thompson, P. E.; Yuriev, E.; Ramsland, P. A. Mol Immunol 2009, 47, 233-246.
40. Milland, J.; Yuriev, E.; Xing, P.-X.; McKenzie, I. F. C.; Ramsland, P. A.; Sandrin, M. S. Immunol Cell Biol 2007, 85, 623-632.
41. Yuriev, E.; Sandrin, M. S.; Ramsland, P. A. Mol Sim 2008, 34, 461-469.
42. Yuriev, E.; Agostino, M.; Farrugia, W.; Christiansen, D.; Sandrin, M. S.; Ramsland, P. A. Expert Opin Biol Ther 2009, 9, 1017-1029.
43. Agostino, M.; Jene, C.; Boyle, T.; Ramsland, P. A.; Yuriev, E. J Chem Inf Model 2009, 49, 2749-2760.
44. Agostino, M.; Sandrin, M. S.; Thompson, P. E.; Ramsland, P. A.; Yuriev, E. Glycobiology, in press; DOI: 10.1093/glycob/cwq022.
45. Dokurno, P.; Bates, P. A.; Band, H. A.; Stewart, L. M.; Lally, J. M.; Burchell, J. M.; Taylor-Papadimitriou, J.; Snary, D.; Sternberg, M. J.; Freemont, P. S. J Mol Biol 1998, 284, 713-728.
46. Cardoso, R. M. F.; Zwick, M. B.; Stanfield, R. L.; Kunert, R.; Binley, J. M.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wilson, I. A. Immunity 2005, 22, 163-173.
47. Stanfield, R. L.; Gorny, M. K.; Zolla-Pazner, S.; Wilson, I. A. J Virol 2006, 80, 6093-6105.
48. Peyerl, F. W.; Dai, S.; Murphy, G. A.; Crawford, F.; White, J.; Marrack, P.; Kappler, J. W. Cell Death Differ 2007, 14, 447-452.
49. Uysal, H.; Bockermann, R.; Nandakumar, K. S.; Sehnert, B.; Bajtner, E.; Engstrom, A.; Serre, G.; Burkhardt, H.; Thunnissen, M. M. G. M.; Holmdahl, R. J Exp Med 2009, 206, 449-462.
50. Nogi, T.; Sangawa, T.; Tabata, S.; Nagae, M.; Tamura-Kawakami, K.; Beppu, A.; Hattori, M.; Yasui, N.; Takagi, J. Protein Sci 2008, 17, 2120-2126.
51. Thomson, C. A.; Bryson, S.; McLean, G. R.; Creagh, A. L.; Pai, E. F.; Schrader, J. W. EMBO J 2008, 27, 2592-2602.
52. Lee, M., Lloyd, P., Zhang, X., Schallhorn, J. M., Sugimoto, K., Leach, A. G., Sapiro, G., Houk, K. N. J Org Chem 2006, 71, 5082-5092.
53. Hossany, R. B.; Johnston, B. D.; Wen, X.; Borrelli, S.; Yuan, Y.; Johnson, M. A.; Pinto, M. B. Carbohydr Res 2009, 344, 1412-1427.
54. Menendez, A.; Calarese, D. A.; Stanfield, R. L.; Chow, K. C.; Scanlan, C. N.; Kunert, R.; Katinger, H.; Burton, D. R.; Wilson, I. A.; Scott, J. K. FASEB J 22:1380-1392, 2008.
55. Krishnan, L.; Sahni, G.; Kaur, K. J.; Salunke, D. M. Biophys J 2008, 94, 1367-1376.
56. Theillet, F.-X.; Saul, F. A.; Vuillez-Le Normand, B.; Hoos, S.; Felici, F.; Weintraub, A.; Mulard, L. A.; Phalipon, A.; Delepierre, M.; Bentley, G. A. J Mol Biol 2009, 388, 839-850.
57. Wondimu, A.; Zhang, T.; Kieber-Emmons, T.; Gimotty, P.; Sproesser, K.; Somasundaram, R.; Ferrone, S.; Tsao, C.-Y.; Herlyn, D. Cancer Immunol Immunother 2008, 57, 1079-1089.
58. Yu, L.; Yu, P. S.; Yee Yen Mui, E.; McKelvie, J. C.; Pham, T. P. T.; Yap, Y. W.; Wong, W. Q.; Wu, J.; Deng, W.; Orner, B. P. Bioorg Med Chem 2009, 17, 4825-4832.
59. Borrelli, S.; Hossany, R. B.; Pinto, M. B. Clin Vaccine Immunol 2008, 15, 1106-1114.
60. Clément, M.-J.; Fortuné, A.; Phalipon, A.; Marcel-Peyre, V.; Simenel, C.; Imberty, A.; Delepierre, M.; Mulard, L. A. J Biol Chem 2006, 281, 2317-2332.
61. Pashov, A. D.; Plaxco, J.; Kaveri, S. V.; Monzavi-Karbassi, B.; Harn, D.; Kieber-Emmons, T. J Biol Chem 2006, 281, 29675-29683.
62. Pashov, A.; Monzavi-Karbassi, B.; Raghava, G.; Kieber-Emmons, T. Crit Rev Immunol 2007, 27, 247-270.
63. Johnson, M. A.; Pinto, M. B. Aust J Chem 2002, 55, 13-25.
64. Harris, S. L.; Craig, L.; Mehroke, J. S.; Rashed, M.; Zwick, M. B.; Kenar, K.; Toone, E. T.; Greenspan, N.; Auzanneau, F.-I.; Marino-Albernas, J.-R.; Pinto, B. M.; Scott, J. K. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 2454-2459.
65. Vyas, N. K.; Vyas, M. N.; Chervenak, M. C.; Bundle, D. R.; Pinto, B. M.; Quiocho, F. A. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 15023-15028.
66. Johnson, M. A.; Pinto, B. M. Bioorg Med Chem 2004, 12, 295-300.
67. Oldenberg, K. R.; Longanathan, D.; Goldstein, I. J.; Schultz, P. G.; Gallop, M. A. Proc Natl Acad Sci USA 1992, 89, 5393-5397.
68. Pashov, A.; Canziani, G.; Monzavi-Karbassi, B.; Kaveri, S. V.; MacLeod, S.; Saha, R.; Perry, M.; Van Cott, T. C.; Kieber-Emmons, T. J Biol Chem 2005, 280, 28959-28965.
69. Jain, D.; Kaur, K. J.; Goel, M.; Salunke, D. M. Biochem Biophys Res Commun 2000, 272, 843-849.
70. Goel, M.; Krishnan, L.; Kaur, S.; Kaur, K. J.; Salunke, D. M. J Immunol 2004, 173, 7358-7367.
71. Luo, P.; Canziani, G.; Cunto-Amesty, G.; Kieber-Emmons, T. J Biol Chem 2000, 275, 16146-16154.
72. Dharmasena, M. N.; Jewell, D. A.; Taylor, R. K. J Biol Chem 2007, 282, 33805-33816.
73. Sali, A.; Blundell, T. J Mol Biol 1993, 234, 779-815.
74. Freisner, R. A., Banks, J. L., Murphy, R. B., Halgren, T. A., Klicic, J. J., Mainz, D. T., Repasky, M. P., Knoll, E. H., Shelley, M., Perry, J. K., Shaw, D. E., Francis, P., Shenkin, P. S. J Med Chem 2004, 47, 1739-1749.
75. Wallace, A. C.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Protein Eng 1995, 8, 127-134.