A predicted protein-protein interaction network of the filamentous fungus Neurospora crassa

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 7, 2011, Pages 2278-2285

  Wang, Ting You ^a   He, Fei ^a   Hu, Qi Wen ^a   Zhang, Ziding ^a  

^a CHINA AGRICULTURAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FUNGAL PROTEIN;

ARTICLE; CIRCADIAN RHYTHM; INTERNET; METABOLISM; METHODOLOGY; NEUROSPORA CRASSA; PHYSIOLOGY; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN DATABASE; REPRODUCIBILITY; SIGNAL TRANSDUCTION;

CIRCADIAN CLOCKS; CIRCADIAN RHYTHM; DATABASES, PROTEIN; FUNGAL PROTEINS; INTERNET; NEUROSPORA CRASSA; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION MAPPING; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SIGNAL TRANSDUCTION;

FUNGI; NEUROSPORA CRASSA;

EID: 79959241188     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05028a     Document Type: Article

References (68)

1. J. E. Galagan S. E. Calvo K. A. Borkovich E. U. Selker N. D. Read D. Jaffe W. FitzHugh L.-J. Ma S. Smirnov S. Purcell B. Rehman T. Elkins R. Engels S. Wang C. B. Nielsen J. Butler M. Endrizzi D. Qui P. Ianakiev D. Bell-Pedersen M. A. Nelson M. Werner-Washburne C. P. Selitrennikoff J. A. Kinsey E. L. Braun A. Zelter U. Schulte G. O. Kothe G. Jedd W. Mewes C. Staben E. Marcotte D. Greenberg A. Roy K. Foley J. Naylor N. Stange-Thomann R. Barrett S. Gnerre M. Kamal M. Kamvysselis E. Mauceli C. Bielke S. Rudd D. Frishman S. Krystofova C. Rasmussen R. L. Metzenberg D. D. Perkins S. Kroken C. Cogoni G. Macino D. Catcheside W. Li R. J. Pratt S. A. Osmani C. P. C. DeSouza L. Glass M. J. Orbach J. A. Berglund R. Voelker O. Yarden M. Plamann S. Seiler J. Dunlap A. Radford R. Aramayo D. O. Natvig L. A. Alex G. Mannhaupt D. J. Ebbole M. Freitag I. Paulsen M. S. Sachs E. S. Lander C. Nusbaum B. Birren Nature 2003 422 859 868
2. J. C. Dunlap J. Biol. Chem. 2006 281 28489 28493
3. R. M. de Paula M. W. Vitalini R. H. Gomer D. Bell-Pedersen Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2007 72 345 351
4. M. W. Vitalini R. M. de Paula W. D. Park D. Bell-Pedersen J. Biol. Rhythms 2006 21 432 444
5. W. Dong X. Tang Y. Yu R. Nilsen R. Kim J. Griffith J. Arnold H. B. Schüttler PLoS One 2008 3 e3105
6. A. Correa Z. A. Lewis A. V. Greene I. J. March R. H. Gomer D. Bell-Pedersen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13597 13602
7. A. Vazquez A. Flammini A. Maritan A. Vespignani Nat. Biotechnol. 2003 21 697 700
8. S. Fields O. Song Nature 1989 340 245 246
9. M. Mann R. C. Hendrickson A. Pandey Annu. Rev. Biochem. 2001 70 437 473
10. G. MacBeath S. L. Schreiber Science 2000 289 1760 1763
11. P. Uetz L. Giot G. Cagney T. A. Mansfield R. S. Judson J. R. Knight D. Lockshon V. Narayan M. Srinivasan P. Pochart A. Qureshi-Emili Y. Li B. Godwin D. Conover T. Kalbfleisch G. Vijayadamodar M. Yang M. Johnston S. Fields J. M. Rothberg Nature 2000 403 623 627
12. S. Li C. M. Armstrong N. Bertin H. Ge S. Milstein M. Boxem P. O. Vidalain J. D. Han A. Chesneau T. Hao D. S. Goldberg N. Li M. Martinez J. F. Rual P. Lamesch L. Xu M. Tewari S. L. Wong L. V. Zhang G. F. Berriz L. Jacotot P. Vaglio J. Reboul T. Hirozane-Kishikawa Q. Li H. W. Gabel A. Elewa B. Baumgartner D. J. Rose H. Yu S. Bosak R. Sequerra A. Fraser S. E. Mango W. M. Saxton S. Strome S. Van Den Heuvel F. Piano J. Vandenhaute C. Sardet M. Gerstein L. Doucette-Stamm K. C. Gunsalus J. W. Harper M. E. Cusick F. P. Roth D. E. Hill M. Vidal Science 2004 303 540 543
13. L. Giot J. S. Bader C. Brouwer A. Chaudhuri B. Kuang Y. Li Y. L. Hao C. E. Ooi B. Godwin E. Vitols G. Vijayadamodar P. Pochart H. Machineni M. Welsh Y. Kong B. Zerhusen R. Malcolm Z. Varrone A. Collis M. Minto S. Burgess L. McDaniel E. Stimpson F. Spriggs J. Williams K. Neurath N. Ioime M. Agee E. Voss K. Furtak R. Renzulli N. Aanensen S. Carrolla E. Bickelhaupt Y. Lazovatsky A. DaSilva J. Zhong C. A. Stanyon R. L. Finley, Jr. K. P. White M. Braverman T. Jarvie S. Gold M. Leach J. Knight R. A. Shimkets M. P. McKenna J. Chant J. M. Rothberg Science 2003 302 1727 1736
14. J. C. Rain L. Selig H. De Reuse V. Battaglia C. Reverdy S. Simon G. Lenzen F. Petel J. Wojcik V. Schachter Y. Chemama A. Labigne P. Legrain Nature 2001 409 211 215
15. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzmann A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell 2005 122 957 968
16. C. von Mering R. Krause B. Snel M. Cornell S. G. Oliver S. Fields P. Bork Nature 2002 417 399 403
17. A. J. Enright I. Iliopoulos N. C. Kyrpides C. A. Ouzounis Nature 1999 402 86 90
18. H. Yu N. M. Luscombe H. X. Lu X. Zhu Y. Xia J. D. Han N. Bertin S. Chung M. Vidal M. Gerstein Genome Res. 2004 14 1107 1118
19. P. Aloy B. Bottcher H. Ceulemans C. Leutwein C. Mellwig S. Fischer A.-C. Gavin P. Bork G. Superti-Furga L. Serrano R. B. Russell Science 2004 303 2026 2029
20. R. Jansen H. Yu D. Greenbaum Y. Kluger N. J. Krogan S. Chung A. Emili M. Snyder J. F. Greenblatt M. Gerstein Science 2003 302 449 453
21. J. Chen W. Hsu M. L. Lee S.-K. Ng Bioinformatics 2006 22 1998 2004
22. R. Overbeek M. Fonstein M. D'Souza G. D. Pusch N. Maltsev Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 2896 2901
23. I. Ulitsky R. Shamir BMC Syst. Biol. 2007 1 8
24. L. R. Matthews P. Vaglio J. Reboul H. Ge B. P. Davis J. Garrels S. Vincent M. Vidal Genome Res. 2001 11 2120 2126
25. M. Deng S. Mehta F. Sun T. Chen Genome Res. 2002 12 1540 1548
26. P.-Y. Chen C. M. Deane G. Reinert PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000118
27. F. He Y. Zhang H. Chen Z. Zhang Y.-L. Peng BMC Genomics 2008 9 519
28. X.-M. Zhao X.-W. Zhang W.-H. Tang L. Chen J. Proteome Res. 2009 8 4714 4721
29. T. Cui L. Zhang X. Wang Z.-G. He BMC Genomics 2009 10 118
30. K. Mezhoud H. Sghaier I. Barkallah Biol. Direct 2009 4 12
31. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 451
32. A. Ceol A. Chatr Aryamontri L. Licata D. Peluso L. Briganti L. Perfetto L. Castagnoli G. Cesareni Nucleic Acids Res. 2010 38 D532 539
33. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 772
34. B. Aranda P. Achuthan Y. Alam-Faruque I. Armean A. Bridge C. Derow M. Feuermann A. T. Ghanbarian S. Kerrien J. Khadake J. Kerssemakers C. Leroy M. Menden M. Michaut L. Montecchi-Palazzi S. N. Neuhauser S. Orchard V. Perreau B. Roechert K. van Eijk H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2010 38 D525 531
35. R. D. Finn M. Marshall A. Bateman Bioinformatics 2005 21 410 412
36. A. Stein A. Panjkovich P. Aloy Nucleic Acids Res. 2009 37 D300 304
37. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235 242
38. D. R. Rhodes S. A. Tomlins S. Varambally V. Mahavisno T. Barrette S. Kalyana-Sundaram D. Ghosh A. Pandey A. M. Chinnaiyan Nat. Biotechnol. 2005 23 951 959
39. F. P. Davis D. T. Barkan N. Eswar J. H. McKerrow A. Sali Protein Sci. 2007 16 2585 2596
40. Y. Assenov F. Ramirez S. E. Schelhorn T. Lengauer M. Albrecht Bioinformatics 2008 24 282 284
41. P. Shannon A. Markiel O. Ozier N. S. Baliga J. T. Wang D. Ramage N. Amin B. Schwikowski T. Ideker Genome Res. 2003 13 2498 2504
42. H. Yu P. M. Kim E. Sprecher V. Trifonov M. Gerstein PLoS Comput. Biol. 2007 3 e59
43. E. Sprinzak S. Sattath H. Margalit J. Mol. Biol. 2003 327 919 923
44. C. M. Deane L. Salwinski I. Xenarios D. Eisenberg Mol. Cell. Proteomics 2002 1 349 356
45. H. Li S. Liang PLoS One 2009 4 e6410
46. P. Horton K.-J. Park T. Obayashi N. Fujita H. Harada C. J. Adams-Collier K. Nakai Nucleic Acids Res. 2007 35 W585 587
47. J. C. Dunlap K. A. Borkovich M. R. Henn G. E. Turner M. S. Sachs N. L. Glass K. McCluskey M. Plamann J. E. Galagan B. W. Birren R. L. Weiss J. P. Townsend J. J. Loros M. A. Nelson R. Lambreghts H. V. Colot G. Park P. Collopy C. Ringelberg C. Crew L. Litvinkova D. DeCaprio H. M. Hood S. Curilla M. Shi M. Crawford M. Koerhsen P. Montgomery L. Larson M. Pearson T. Kasuga C. Tian M. Basturkmen L. Altamirano J. Xu Adv. Genet. 2007 57 49 96
48. E. M. Zdobnov R. Apweiler Bioinformatics 2001 17 847 848
49. A. Ruepp A. Zollner D. Maier K. Albermann J. Hani M. Mokrejs I. Tetko U. Guldener G. Mannhaupt M. Munsterkotter H. W. Mewes Nucleic Acids Res. 2004 32 5539 5545
50. G. Mannhaupt C. Montrone D. Haase H. W. Mewes V. Aign J. D. Hoheisel B. Fartmann G. Nyakatura F. Kempken J. Maier U. Schulte Nucleic Acids Res. 2003 31 1944 1954
51. J.-D. J. Han D. Dupuy N. Bertin M. E. Cusick M. Vidal Nat. Biotechnol. 2005 23 839 844
52. K. A. Borkovich L. A. Alex O. Yarden M. Freitag G. E. Turner N. D. Read S. Seiler D. Bell-Pedersen J. Paietta N. Plesofsky M. Plamann M. Goodrich-Tanrikulu U. Schulte G. Mannhaupt F. E. Nargang A. Radford C. Selitrennikoff J. E. Galagan J. C. Dunlap J. J. Loros D. Catcheside H. Inoue R. Aramayo M. Polymenis E. U. Selker M. S. Sachs G. A. Marzluf I. Paulsen R. Davis D. J. Ebbole A. Zelter E. R. Kalkman R. O'Rourke F. Bowring J. Yeadon C. Ishii K. Suzuki W. Sakai R. Pratt Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004 68 1 108
53. Y. Liu D. Bell-Pedersen Eukaryotic Cell 2006 5 1184 1193
54. S. Krystofova K. A. Borkovich Eukaryotic Cell 2005 4 365 378
55. T. Zeke E. Kókai B. Szöor E. Yatzkan O. Yarden K. Szirák Z. Fehér P. Bagossi P. Gergely V. Dombrádi Comp. Biochem. Physiol., Part B: Biochem. Mol. Biol. 2003 134 161 170
56. M. L. Delgado J. E. O'Connor I. Azorin J. Renau-Piqueras M. L. Gil D. Gozalbo Microbiology 2001 147 411 417
57. H. V. Colot G. Park G. E. Turner C. Ringelberg C. M. Crew L. Litvinkova R. L. Weiss K. A. Borkovich J. C. Dunlap Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10352 10357
58. G. Palla I. Derenyi I. Farkas T. Vicsek Nature 2005 435 814 818
59. G. Bader C. Hogue BMC Bioinformatics 2003 4 2
60. K. M. Smith G. Sancar R. Dekhang C. M. Sullivan S. Li A. G. Tag C. Sancar E. L. Bredeweg H. D. Priest R. F. McCormick T. L. Thomas J. C. Carrington J. E. Stajich D. Bell-Pedersen M. Brunner M. Freitag Eukaryotic Cell 2010 9 1549 1556
61. J. C. Dunlap J. J. Loros Curr. Opin. Microbiol. 2006 9 579 587
62. R. Yang Z. Su Bioinformatics 2010 26 i168 i174
63. Z. Hu J.-H. Hung Y. Wang Y.-C. Chang C.-L. Huang M. Huyck C. DeLisi Nucleic Acids Res. 2009 37 W115 121
64. S. Honda E. U. Selker Mol. Cell. Biol. 2008 28 6044 6055
65. B. Feng G. A. Marzluf Mol. Cell. Biol. 1998 18 3983 3990
66. S. Maerz A. Dettmann C. Ziv Y. Liu O. Valerius O. Yarden S. Seiler Mol. Microbiol. 2009 74 707 723
67. S. Maerz C. Ziv N. Vogt K. Helmstaedt N. Cohen R. Gorovits O. Yarden S. Seiler Genetics 2008 179 1313 1325
68. H. Xu J. Wang Q. Hu Y. Quan H. Chen Y. Cao C. Li Y. Wang Q. He PLoS Genet. 2010 6 e1001132